BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-336A23
Chromosome10 (Build37)
Map Location 11,543,582 - 11,645,326
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneGrm1, Shprh, Fbxo30, Epm2a, EG666732, LOC100039343
Downstream geneUtrn, LOC665172
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-336A23.bB6Ng01-336A23.g
ACCGA121103GA121104
length1,1941,067
definitionB6Ng01-336A23.b B6Ng01-336A23.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(11,543,582 - 11,544,789)(11,644,253 - 11,645,326)
sequence
gaattcattgcgtgtaccatggtgaacctgcagtatagataggttcaggt
ttgatgggtgctttcttccctcaatgtgactttgtttgcactggaggaca
tagcccaaggaccaaatcccaacctatcatctgcacaactcagcgtccca
tccccgatgatgatttgatgtccagccttaccacaaacaatatccattcc
cttttaagtatgtttggagtcaagagtaaagttactttgttgttctcctc
ccaaacataatctcacttcaatcggaaacagccgcacttagggtatttac
tacctgtagcctactctcagcaactttgtataatccgactcattaatttc
caaaataactttaggagtctagatcagtaattatatctgtcttacagctg
aagaaattggagcacaaattgggtaataaattgcttgagcaggttttaaa
cctatcccataacctttcctttgtacaccagctagcattcataatctctg
aagtcaatattaggcctgcacctctctggtacaaacctttagtgatgaat
gtttctcagtgaacagactcttcttacataaattattgacaaacaaaaaa
tatgttttatttattgttatgcattttcagccagcagcaatgaacactac
agttgttgtgacccataggatccaaaatattaaatcaccaaagagtctgt
ggtcacagggactcctaggtcctctgcctcacagagttctcttgctctgt
tttggtatgatcctttaggaggagatgaaacagtgagatcacacgattga
ttgagtggctgtcacttaggtggagcatgccgtgatgtggaaatgtcctg
tacggggagtccccattcccatccaaagtcaaaattatttcatggacaca
cacacttgcgcatgctgagatgcatacacacagatgcatacacagacaga
attacagccagaaacacatctgacgttcacatatatgtgcagttacatac
acaactacactcacacagagtcacatgcatgtcaacaatacacatcaaag
tgtgccttcacatagtatagtcttgatgccgaagcatcatgttcaagaag
gaaacatggcagtgtaaatagctagctacatgtaatggacagcaacggct
gtcaatcattatgctacttaaccctgtgtaaacacatacggatt
gaattctccagaagggtttttgagactggccatgagataaaaatacaaac
gtattagaactaaactcaaaggaaggtcagaacacaggcaggtctaaata
gcaggggatacaggaaacactgtgaatggaaactgatgatgctggagcca
gagtggggtcttctgctgtgtttccatttccctttcagaagaaaagcaat
gaaacagaattagatgaatccatttttatatagcatcatttttcctgaag
ggtcaccaaagagaaaaagagaaaaccaacttataaatgaattatttatt
ccagctagcctgtataaaagacacaaaatcctggtattttatttacaagc
tatcaacctaaattgggcaggttgtgagttattctaacttacatcccagc
catatgttccttgttattttctgtttgagtatcacctgttatttctgctc
catccgtgtgtcctcagggggcatttctccagccgtgtactcctggttca
tttcatcctggtgacttgttcctctcccttcctcctttctccttctctct
ctcttcttgcctcttctctccttctccttctccttttactttcctctcct
catggtcattacttgcaacccccagcccagtaatcgaagttcaattacct
ctattatccccattaattggctgtaatcacttttaaggtttatacatcaa
aggcttgttagtatacacgggaattcagtcacctgagggcaatcaaatat
taggggccagtatttagcctttgagtacatagcagcaccaaaccaacccc
aacatcaccttctttaccctctgctctctagggtggatggatggtagtca
atgttttgcctgagaaatatgtttcaggattcagattctggggcattggg
atttgatctgtgggtaagtactgtgaaaacatgaggaactgagttcaaat
cccagccttccacttggaaatgtcaggtctagagtacttatctgtaatgc
atgctatagagatgctggatcccacatattccctggcagccagttagcct
acactgctctaaacgta
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr10_11543582_11544789
seq2: B6Ng01-336A23.b_43_1236

seq1  GAATTCATTGCGTGTACCATGGTGAACCTGCAGTATAGATAGGTTCAGGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATTGCGTGTACCATGGTGAACCTGCAGTATAGATAGGTTCAGGT  50

seq1  TTGATGGGTGCTTTCTTCCCTCAATGTGACTTTGTTTGCACTGGAGGACA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGATGGGTGCTTTCTTCCCTCAATGTGACTTTGTTTGCACTGGAGGACA  100

seq1  TAGCCCAAGGACCAAATCCCAACCTATCATCTGCACAACTCAGCGTCCCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCCCAAGGACCAAATCCCAACCTATCATCTGCACAACTCAGCGTCCCA  150

seq1  TCCCCGATGATGATTTGATGTCCAGCCTTACCACAAACAATATCCATTCC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCCGATGATGATTTGATGTCCAGCCTTACCACAAACAATATCCATTCC  200

seq1  CTTTTAAGTATGTTTGGAGTCAAGAGTAAAGTTACTTTGTTGTTCTCCTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTAAGTATGTTTGGAGTCAAGAGTAAAGTTACTTTGTTGTTCTCCTC  250

seq1  CCAAACATAATCTCACTTCAATCGGAAACAGCCGCACTTAGGGTATTTAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAACATAATCTCACTTCAATCGGAAACAGCCGCACTTAGGGTATTTAC  300

seq1  TACCTGTAGCCTACTCTCAGCAACTTTGTATAATCCGACTCATTAATTTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCTGTAGCCTACTCTCAGCAACTTTGTATAATCCGACTCATTAATTTC  350

seq1  CAAAATAACTTTAGGAGTCTAGATCAGTAATTATATCTGTCTTACAGCTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAATAACTTTAGGAGTCTAGATCAGTAATTATATCTGTCTTACAGCTG  400

seq1  AAGAAATTGGAGCACAAATTGGGTAATAAATTGCTTGAGCAGGTTTTAAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAAATTGGAGCACAAATTGGGTAATAAATTGCTTGAGCAGGTTTTAAA  450

seq1  CCTATCCCATAACCTTTCCTTTGTACACCAGCTAGCATTCATAATCTCTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTATCCCATAACCTTTCCTTTGTACACCAGCTAGCATTCATAATCTCTG  500

seq1  AAGTCAATATTAGGCCTGCACCTCTCTGGTACAAACCTTTAGTGATGAAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTCAATATTAGGCCTGCACCTCTCTGGTACAAACCTTTAGTGATGAAT  550

seq1  GTTTCTCAGTGAACAGACTCTTCTTACATAAATTATTGACAAACAAAAAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTCTCAGTGAACAGACTCTTCTTACATAAATTATTGACAAACAAAAAA  600

seq1  TATGTTTTATTTATTGTTATGCATTTTCAGCCAGCAGCAATGAACACTAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTTTTATTTATTGTTATGCATTTTCAGCCAGCAGCAATGAACACTAC  650

seq1  AGTTGTTGTGACCCATAGGATCCAAAATATTAAATCACCAAAGAGTCTGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTGTTGTGACCCATAGGATCCAAAATATTAAATCACCAAAGAGTCTGT  700

seq1  GGTCACAGGGACTCCTAGGTCCTCTGCCTCACAGAGTTCTCTTGCTCTGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCACAGGGACTCCTAGGTCCTCTGCCTCACAGAGTTCTCTTGCTCTGT  750

seq1  TTTGGTATGATCCTTTAGGAGGAGATGAAACAGTGAGATCACACGATTGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGGTATGATCCTTTAGGAGGAGATGAAACAGTGAGATCACACGATTGA  800

seq1  TTGAGTGGCTGTCACTTAGGTGGAGCATGCCGTGGTGTGGAAATGTCCTG  850
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  TTGAGTGGCTGTCACTTAGGTGGAGCATGCCGTGATGTGGAAATGTCCTG  850

seq1  TACGGGGAGTCCCCATTCCCATCCAAAGTCAAAATTATTTCATGGACACA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACGGGGAGTCCCCATTCCCATCCAAAGTCAAAATTATTTCATGGACACA  900

seq1  CACACTTGCGCATGCTGAGATGCATACACACAGATGCATACACAGACAGA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACTTGCGCATGCTGAGATGCATACACACAGATGCATACACAGACAGA  950

seq1  ATTACAGCCAGAAACACATCTGAACGTTCACATATATGTGCAGTTACATA  1000
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTACAGCCAGAAACACATCTG-ACGTTCACATATATGTGCAGTTACATA  999

seq1  CACAAACATACACACACACAGAGTCACATGCATGTCCACAATTACACA-C  1049
      |||||   ||||| |||||||||||||||||||||| |||| |||||| |
seq2  CACAA--CTACACTCACACAGAGTCACATGCATGTCAACAA-TACACATC  1046

seq1  AAAGTTGTGCC-TCACATAGTATAGTCTTGGATGCAGAAGCACCAATGTC  1098
      |||| |||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||| ||   ||
seq2  AAAG-TGTGCCTTCACATAGTATAGTCTT-GATGCCGAAGCATCATGTTC  1094

seq1  AAGAAGGAAACATGCCAGTGTAAAATAG-TAGCTACATGTAAATGGTACA  1147
      |||||||||||||| |||||| |||||| ||||||||||| ||||| |||
seq2  AAGAAGGAAACATGGCAGTGT-AAATAGCTAGCTACATGT-AATGG-ACA  1141

seq1  GTAATAGGGGAATTTTAAAATCATTTATGCTACCTTAAACCTTTGTAAAC  1197
      | ||  |       |   ||||| |||||||| ||||| ||| |||||||
seq2  GCAACGG------CTGTCAATCA-TTATGCTA-CTTAACCCTGTGTAAAC  1183

seq1  ACATACTGATT  1208
      |||||| ||||
seq2  ACATACGGATT  1194

seq1: chr10_11644253_11645326
seq2: B6Ng01-336A23.g_64_1130 (reverse)

seq1  TACGTTTTAGAGCAGTGTTAGGCTAAACTGGCTTGCCAGGGAATATGTGG  50
      |||| |||||||||||| |||||| ||||||| |||||||||||||||||
seq2  TACG-TTTAGAGCAGTG-TAGGCT-AACTGGC-TGCCAGGGAATATGTGG  46

seq1  GATCCAGCATCTCTATAAGCATGCATTACAGATAAGTACTTCTAGACCTG  100
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  GATCCAGCATCTCTAT-AGCATGCATTACAGATAAGTAC-TCTAGACCTG  94

seq1  ACATTTTCCAAGTGGAAGGCTGGGATTTGAACTCAGTTCCTCATGTTTTC  150
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACA-TTTCCAAGTGGAAGGCTGGGATTTGAACTCAGTTCCTCATGTTTTC  143

seq1  ACAGTACTTACCCACAGATCAAATCCCAATGCCCCAGAATCTGAATCCTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGTACTTACCCACAGATCAAATCCCAATGCCCCAGAATCTGAATCCTG  193

seq1  AAACATATTTCTCAGGCAAAACATTGACTACCATCCATCCACCCTAGAGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACATATTTCTCAGGCAAAACATTGACTACCATCCATCCACCCTAGAGA  243

seq1  GCAGAGGGTAAAGAAGGTGATGTTGGGGTTGGTTTGGTGCTGCTATGTAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGAGGGTAAAGAAGGTGATGTTGGGGTTGGTTTGGTGCTGCTATGTAC  293

seq1  TCAAAGGCTAAATACTGGCCCCTAATATTTGATTGCCCTCAGGTGACTGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAAGGCTAAATACTGGCCCCTAATATTTGATTGCCCTCAGGTGACTGA  343

seq1  ATTCCCGTGTATACTAACAAGCCTTTGATGTATAAACCTTAAAAGTGATT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCCCGTGTATACTAACAAGCCTTTGATGTATAAACCTTAAAAGTGATT  393

seq1  ACAGCCAATTAATGGGGATAATAGAGGTAATTGAACTTCGATTACTGGGC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGCCAATTAATGGGGATAATAGAGGTAATTGAACTTCGATTACTGGGC  443

seq1  TGGGGGTTGCAAGTAATGACCATGAGGAGAGGAAAGTAAAAGGAGAAGGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGGGTTGCAAGTAATGACCATGAGGAGAGGAAAGTAAAAGGAGAAGGA  493

seq1  GAAGGAGAGAAGAGGCAAGAAGAGAGAGAGAAGGAGAAAGGAGGAAGGGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGGAGAGAAGAGGCAAGAAGAGAGAGAGAAGGAGAAAGGAGGAAGGGA  543

seq1  GAGGAACAAGTCACCAGGATGAAATGAACCAGGAGTACACGGCTGGAGAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGAACAAGTCACCAGGATGAAATGAACCAGGAGTACACGGCTGGAGAA  593

seq1  ATGCCCCCTGAGGACACACGGATGGAGCAGAAATAACAGGTGATACTCAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCCCCCTGAGGACACACGGATGGAGCAGAAATAACAGGTGATACTCAA  643

seq1  ACAGAAAATAACAAGGAACATATGGCTGGGATGTAAGTTAGAATAACTCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGAAAATAACAAGGAACATATGGCTGGGATGTAAGTTAGAATAACTCA  693

seq1  CAACCTGCCCAATTTAGGTTGATAGCTTGTAAATAAAATACCAGGATTTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACCTGCCCAATTTAGGTTGATAGCTTGTAAATAAAATACCAGGATTTT  743

seq1  GTGTCTTTTATACAGGCTAGCTGGAATAAATAATTCATTTATAAGTTGGT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTCTTTTATACAGGCTAGCTGGAATAAATAATTCATTTATAAGTTGGT  793

seq1  TTTCTCTTTTTCTCTTTGGTGACCCTTCAGGAAAAATGATGCTATATAAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTCTTTTTCTCTTTGGTGACCCTTCAGGAAAAATGATGCTATATAAA  843

seq1  AATGGATTCATCTAATTCTGTTTCATTGCTTTTCTTCTGAAAGGGAAATG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGGATTCATCTAATTCTGTTTCATTGCTTTTCTTCTGAAAGGGAAATG  893

seq1  GAAACACAGCAGAAGACCCCACTCTGGCTCCAGCATCATCAGTTTCCATT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAACACAGCAGAAGACCCCACTCTGGCTCCAGCATCATCAGTTTCCATT  943

seq1  CACAGTGTTTCCTGTATCCCCTGCTATTTAGACCTGCCTGTGTTCTGACC  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGTGTTTCCTGTATCCCCTGCTATTTAGACCTGCCTGTGTTCTGACC  993

seq1  TTCCTTTGAGTTTAGTTCTAATACGTTTGTATTTTTATCTCATGGCCAGT  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTTTGAGTTTAGTTCTAATACGTTTGTATTTTTATCTCATGGCCAGT  1043

seq1  CTCAAAAACCCTTCTGGAGAATTC  1074
      ||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAAAAACCCTTCTGGAGAATTC  1067