BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-338P08
Chromosome10 (Build37)
Map Location 11,597,013 - 11,757,190
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneGrm1, Shprh, Fbxo30, Epm2a, EG666732, LOC100039343
Downstream geneUtrn, LOC665172, Stx11, Sf3b5
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-338P08.bB6Ng01-338P08.g
ACCGA123091GA123092
length1,1521,080
definitionB6Ng01-338P08.b B6Ng01-338P08.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(11,756,060 - 11,757,190)(11,597,013 - 11,598,082)
sequence
gaattctttgcctgaagttattccattttgtgtaaaaccgtattttattc
ccccaaattgttttgtcctgagaaacttcattatacaagcagtctttgag
tccattttgaaggaagagaaagattatactggtcaactaacaccatttgt
ccaggaccatccatgcaacagagactaatgaatagcttattcctggcagt
agaaattccaccaccctataaatttctcaaactaaattgagtggttctca
accttcctggtgctgcaacattttaataaataaaattccttgtgttatag
taccccccaaccataaaactgttttcgctactatttcataactgtaattt
tgctacttttatgaatagtaatgtaaaactctgttatgtgggatggtctt
aggcaacccctgtgaaagggtcattcaacctgcccaaacagggcactacc
cacgggttgagaaatattgctataggggtatgtgggtatattaaagttat
atttaataaacaggtccaggaacttactgaacaggacagaccaaagaatg
agtgcaaccctctcacttgggctcataaactgatagtcgttgttatctaa
cacccaatgtgcatgtcatagactaaatttctgactgtcactgacattct
acttgatcgaggctgtggatcatgacaattgaactgctgtctaactatgc
acctgctagttcctctgaacctgaacctgccattcctgctctggatttta
tcccgcctttttgtctctgcagctggctgcatttttgctctcaatcctga
ctcttgcaagacctgatttctatagcagtagcttacttcttttggtttgg
tttgggctcattatcttatctatttgcacttctgtcaggccaatccctct
tgaactctgatatggcctcttgaacttgtattcattttaacacacacaca
cacacacacacacacacactacattacacacacacacacacatttaaatc
gggataaaagtgaccttgcatttggctcaccagattacaaggtagacaaa
atgctcaatttagcctatgggaatacatcttccacatttaaatgcaatat
ttcatgcaattcatttttcacattggaaaattgttggaatgtgggaacaa
tc

gaattctcagctcctcctgcactatgctggtctggatgctgccatgctcc
tgccttgataataatgaaatgaactcctgaacctgtaagtcagccctaat
taaatgttgtccttataagagttgccttggttatggtgtctgtttacaga
agtaaaattcatacatacatacatacacacatatacatatcctctgtgtg
tgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgacttgttgattccctcctatgatgcc
tggatgtactgaggtcatatgcttttcatcactaattcacatattaatcc
actacacgatagagagggtattctttgcccctgcacttgctcaaagggaa
tgtttaggacaatggtaattactctaggttacagttcgttagtaacatac
tgactaacttaacctgtataactatttgaggattttggagatgctgacaa
atattttgcaatgggagtagccactgctccctgaattggcatctgtgcag
cacatgtctcatagcctccatttggacataagggtcagaagaagctcttt
tatttctaggtcctctggctagcaagtcaggcattccgagggactcaggc
aacgcttcctgacctttttataagctgggacaaacatagcttgaatatgt
atattttaatgaacagggatgcagcatctttgaaaatgaaaattcaagag
cagtgattactaaggggacagatttgtgggaatccgaaggagttgacttt
ggataagcgcaggaattgggaacacggcaatcgctcatcaaaggatgaag
gaggagatcaacggtgagtagaagctttctgcttgtgcagctgcagcctc
ccatgattcaagtggtcttcatagctctccaccaggtacagacaccttct
cctaatggaagtataaattttcaactcaacaaaagggagttttgtgggtt
cattttaggagactgcggggagggtggaagagggttttcttttctttcct
cctcttccttatctttcctttttttttttttctttatgttggcaagtttc
cagtttgcgtcctcctttcaaagtgatcaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr10_11756060_11757190
seq2: B6Ng01-338P08.b_47_1198 (reverse)

seq1  GATTGT--CCACATTC--AC-ATATTTCAATGTG-AAAATG-ATTGCATG  43
      ||||||  ||||||||  || || || ||||||| |||||| ||||||||
seq2  GATTGTTCCCACATTCCAACAATTTTCCAATGTGAAAAATGAATTGCATG  50

seq1  -AATATTGCATTTAAATGTG--AGATGTATT-CCATAGGCTAAATTGAGC  89
       |||||||||||||||||||  ||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  AAATATTGCATTTAAATGTGGAAGATGTATTCCCATAGGCTAAATTGAGC  100

seq1  A-TTTGTCTACCTTGGTAATCTGGTGAGCCAAATGCAAGTT--CCTTTAT  136
      | |||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |  | |||||
seq2  ATTTTGTCTACCTT-GTAATCTGGTGAGCCAAATGCAAGGTCACTTTTAT  149

seq1  CCCAATTT-AATGTGTGTGTGTGTGTGT-ATGT-GTGTGTGTGTGTGTGT  183
      ||| |||| ||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||
seq2  CCCGATTTAAATGTGTGTGTGTGTGTGTAATGTAGTGTGTGTGTGTGTGT  199

seq1  GTGTGTGTGTGTG-TAAAATGAATACAAGTTCAAGAGGCCATATCAGAGT  232
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTGTGTGTGTTAAAATGAATACAAGTTCAAGAGGCCATATCAGAGT  249

seq1  TCAAGA-GGATTGGCCTGACAGAAGTGCAAATAGATAAGATAATGAGCCC  281
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAGAGGGATTGGCCTGACAGAAGTGCAAATAGATAAGATAATGAGCCC  299

seq1  AAACC-AACCAAAAGAAGT-AGCTACTGCTATAG-AATCAGGTCTTGCAA  328
      ||||| ||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  AAACCAAACCAAAAGAAGTAAGCTACTGCTATAGAAATCAGGTCTTGCAA  349

seq1  GAGTCAGGATTGAGAGCAAAAATGCAGCCAGCTGCAGAGACAAAAAGGCG  378
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTCAGGATTGAGAGCAAAAATGCAGCCAGCTGCAGAGACAAAAAGGCG  399

seq1  GGATAAAATCCAGAGCAGGAATGGCAGGTTCAGGTTCAGAGGAACTAGCA  428
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATAAAATCCAGAGCAGGAATGGCAGGTTCAGGTTCAGAGGAACTAGCA  449

seq1  GGTGCATAGTTAGACAGCAGTTCAATTGTCATGATCCACAGCCTCGATCA  478
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGCATAGTTAGACAGCAGTTCAATTGTCATGATCCACAGCCTCGATCA  499

seq1  AGTAGAATGTCAGTGACAGTCAGAAATTTAGTCTATGACATGCACATTGG  528
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAGAATGTCAGTGACAGTCAGAAATTTAGTCTATGACATGCACATTGG  549

seq1  GTGTTAGATAACAACGACTATCAGTTTATGAGCCCAAGTGAGAGGGTTGC  578
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTTAGATAACAACGACTATCAGTTTATGAGCCCAAGTGAGAGGGTTGC  599

seq1  ACTCATTCTTTGGTCTGTCCTGTTCAGTAAGTTCCTGGACCTGTTTATTA  628
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCATTCTTTGGTCTGTCCTGTTCAGTAAGTTCCTGGACCTGTTTATTA  649

seq1  AATATAACTTTAATATACCCACATACCCCTATAGCAATATTTCTCAACCC  678
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATAACTTTAATATACCCACATACCCCTATAGCAATATTTCTCAACCC  699

seq1  GTGGGTAGTGCCCTGTTTGGGCAGGTTGAATGACCCTTTCACAGGGGTTG  728
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGGTAGTGCCCTGTTTGGGCAGGTTGAATGACCCTTTCACAGGGGTTG  749

seq1  CCTAAGACCATCCCACATAACAGAGTTTTACATTACTATTCATAAAAGTA  778
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAAGACCATCCCACATAACAGAGTTTTACATTACTATTCATAAAAGTA  799

seq1  GCAAAATTACAGTTATGAAATAGTAGCGAAAACAGTTTTATGGTTGGGGG  828
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAAATTACAGTTATGAAATAGTAGCGAAAACAGTTTTATGGTTGGGGG  849

seq1  GTACTATAACACAAGGAATTTTATTTATTAAAATGTTGCAGCACCAGGAA  878
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACTATAACACAAGGAATTTTATTTATTAAAATGTTGCAGCACCAGGAA  899

seq1  GGTTGAGAACCACTCAATTTAGTTTGAGAAATTTATAGGGTGGTGGAATT  928
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTGAGAACCACTCAATTTAGTTTGAGAAATTTATAGGGTGGTGGAATT  949

seq1  TCTACTGCCAGGAATAAGCTATTCATTAGTCTCTGTTGCATGGATGGTCC  978
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTACTGCCAGGAATAAGCTATTCATTAGTCTCTGTTGCATGGATGGTCC  999

seq1  TGGACAAATGGTGTTAGTTGACCAGTATAATCTTTCTCTTCCTTCAAAAT  1028
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGACAAATGGTGTTAGTTGACCAGTATAATCTTTCTCTTCCTTCAAAAT  1049

seq1  GGACTCAAAGACTGCTTGTATAATGAAGTTTCTCAGGACAAAACAATTTG  1078
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACTCAAAGACTGCTTGTATAATGAAGTTTCTCAGGACAAAACAATTTG  1099

seq1  GGGGAATAAAATACGGTTTTACACAAAATGGAATAACTTCAGGCAAAGAA  1128
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGAATAAAATACGGTTTTACACAAAATGGAATAACTTCAGGCAAAGAA  1149

seq1  TTC  1131
      |||
seq2  TTC  1152


seq1: chr10_11597013_11598082
seq2: B6Ng01-338P08.g_64_1143

seq1  GAATTCTCAGCTCCTCCTGCACTATGCTGGTCTGGATGCTGCCATGCTCC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCAGCTCCTCCTGCACTATGCTGGTCTGGATGCTGCCATGCTCC  50

seq1  TGCCTTGATAATAATGAAATGAACTCCTGAACCTGTAAGTCAGCCCTAAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTTGATAATAATGAAATGAACTCCTGAACCTGTAAGTCAGCCCTAAT  100

seq1  TAAATGTTGTCCTTATAAGAGTTGCCTTGGTTATGGTGTCTGTTTACAGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATGTTGTCCTTATAAGAGTTGCCTTGGTTATGGTGTCTGTTTACAGA  150

seq1  AGTAAAATTCATACATACATACATACACACATATACATATCCTCTGTGTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAAAATTCATACATACATACATACACACATATACATATCCTCTGTGTG  200

seq1  TGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGACTTGTTGATTCCCTCCTATGATGCC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGACTTGTTGATTCCCTCCTATGATGCC  250

seq1  TGGATGTACTGAGGTCATATGCTTTTCATCACTAATTCACATATTAATCC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGATGTACTGAGGTCATATGCTTTTCATCACTAATTCACATATTAATCC  300

seq1  ACTACACGATAGAGAGGGTATTCTTTGCCCCTGCACTTGCTCAAAGGGAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTACACGATAGAGAGGGTATTCTTTGCCCCTGCACTTGCTCAAAGGGAA  350

seq1  TGTTTAGGACAATGGTAATTACTCTAGGTTACAGTTCGTTAGTAACATAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTAGGACAATGGTAATTACTCTAGGTTACAGTTCGTTAGTAACATAC  400

seq1  TGACTAACTTAACCTGTATAACTATTTGAGGATTTTGGAGATGCTGACAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACTAACTTAACCTGTATAACTATTTGAGGATTTTGGAGATGCTGACAA  450

seq1  ATATTTTGCAATGGGAGTAGCCACTGCTCCCTGAATTGGCATCTGTGCAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTTTGCAATGGGAGTAGCCACTGCTCCCTGAATTGGCATCTGTGCAG  500

seq1  CACATGTCTCATAGCCTCCATTTGGACATAAGGGTCAGAAGAAGCTCTTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATGTCTCATAGCCTCCATTTGGACATAAGGGTCAGAAGAAGCTCTTT  550

seq1  TATTTCTAGGTCCTCTGGCTAGCAAGTCAGGCATTCCGAGGGACTCAGGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTCTAGGTCCTCTGGCTAGCAAGTCAGGCATTCCGAGGGACTCAGGC  600

seq1  AACGCTTCCTGACCTTTTTATAAGCTGGGACAAACATAGCTTGAATATGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACGCTTCCTGACCTTTTTATAAGCTGGGACAAACATAGCTTGAATATGT  650

seq1  ATATTTTAATGAACAGGGATGCAGCATCTTTGAAAATGAAAATTCAAGAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTTTAATGAACAGGGATGCAGCATCTTTGAAAATGAAAATTCAAGAG  700

seq1  CAGTGATTACTAAGGGGACAGATTTGTGGGAATCCGAAGGAGTTGACTTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGATTACTAAGGGGACAGATTTGTGGGAATCCGAAGGAGTTGACTTT  750

seq1  GGATAAGCGCAGGAATTGGGAACACGGCAATCGCTCATCAAAGGATGAAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATAAGCGCAGGAATTGGGAACACGGCAATCGCTCATCAAAGGATGAAG  800

seq1  GAGGAGATCAACGGTGAGTAGAAGCTTCCTGCTTGTGCAGCTGCAGCCTC  850
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGAGATCAACGGTGAGTAGAAGCTTTCTGCTTGTGCAGCTGCAGCCTC  850

seq1  CCATGATTCAAGTGGTC-TCATAGCTCTCCACCAGGTACAGACACC-TCT  898
      ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  CCATGATTCAAGTGGTCTTCATAGCTCTCCACCAGGTACAGACACCTTCT  900

seq1  CCTAATGTAAGTATAAA-TTTCAACTCAACAAAAGGGAGTTTTGT-GGTT  946
      ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  CCTAATGGAAGTATAAATTTTCAACTCAACAAAAGGGAGTTTTGTGGGTT  950

seq1  CATTTTAGGAGACTGCGGGGAGG--TGAAGAGGGTTTTCTTTTCTTTTCT  994
      |||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||| ||
seq2  CATTTTAGGAGACTGCGGGGAGGGTGGAAGAGGGTTTTCTTTTCTTTCCT  1000

seq1  TCTCTTCTTTTTCTTTCCTTTTTTTTTTTTT-TTTATGTTGGCAAGTTTT  1043
       |||||| || |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| 
seq2  CCTCTTCCTTATCTTTCCTTTTTTTTTTTTTCTTTATGTTGGCAAGTTTC  1050

seq1  CAGTTTGC--TCTCC-TTCAAAGTGATCAA  1070
      ||||||||   |||| ||||||||||||||
seq2  CAGTTTGCGTCCTCCTTTCAAAGTGATCAA  1080


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |