BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-339C08
Chromosome10 (Build37)
Map Location 31,741,757 - 31,814,972
singlet/doubletdoublet
Overlap geneTcba1
Upstream geneLOC654431, EG432448, Hddc2, Tpd52l1, LOC100041294, Ibrdc1, LOC666055, LOC667752, LOC100040638
Downstream geneEG667761, Trdn
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-339C08.bB6Ng01-339C08.g
ACCGA123222GA123223
length1,1101,104
definitionB6Ng01-339C08.b B6Ng01-339C08.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(31,813,864 - 31,814,972)(31,741,757 - 31,742,869)
sequence
gaattcctatcctaattctggagggtcagtcacattgacagtggatccaa
caatgccaccacaacaccacttctttttatctttgatttgcctcaactat
gaaatcacattcccttctttccaccaatcaacagtccaaaaagtataaac
tggagtccttttctgggcattcagagtaaaaacttgtatgttagtctcaa
caggatgactagaattctatttagtttctttttaaatctctaatagagat
ttcacaatgatgtcttctatatcctaaaacaattgctgtgttcagagggg
aggaaagaaaagacttgccaaaactggattcatactcacagctagtttac
agtgcaacccacctgcactgacacttaaggaaaacaggggtgctcttacc
caagtgttgaccaagccagaacagtagatggtctccacagagtaagtttg
tagttctcctgttaaaactgtgtgccagaattagagagacaggagtttct
atatcaactctatctcacttccatgaactaaatgcttgtgtagacattaa
attcatacattgaaacttttttaagtataaaacatttagaggtaatttag
gttataagtatggtgatttatttataatccctaaaaatggggttggtgtc
tttataagtttcttcctttctcacactcatgagagtgctctctctcttac
acacacacaaacacacacacacacatacacacacacactcactctgtgca
tgagtgtgtgtgtgtgtgtataaatgtttagaagttgattcacataaagg
cagaggccaaagattctcattaactacctttacctcagtatcagtggtat
gatccttgtttgaagaccagaatcacagatcttttgtaactgttagttca
agacaggtggcagaatggaggcagaatggagttaataaataaagattgga
gtccaaagcaacaaaatcctagccacagatatctaggactggcaaatttt
atttggtatagccaaatgaagcacaattattttccttttcttattctttc
tggctgtggatcagataatgccacccaacaggcatagtgtgaatgcatgt
tggaatctca

gaattccagcacaaaatgcaaaatgtctgaatatatatgattattaatta
tatatatgaataatatattacaaatatacatgtgaactatgatctgtagg
gaaattacattatttttatatgaaaaaagtaatagtgttaaaatattctg
caattataaaaatatggatatcaggttgtttttgagaaatttaacatttt
ggattatttttgctgctatttatgtattcctcaaacattgaaatactttc
caaggtaagtatcttattttaaagaggtaaaaataaaaatcataaaaact
gaattataagcatgaataaaattttggtaataaatgtttttagtaggatt
atgggacaggttcttgtcatataaaatgtttagtatcatataaattatga
ttaacaaatgtattttctttttaaaataaaacaggtttaaacaggttgac
tgcctttacattggaaaagcactaaatatgctatagcatcaagtaatttt
atgagttcccttgaaaaatcgttgttttacttgaaaaagctatgtatagg
gatagcatttagaatctagctcaacattgtcatttaaatactcaatgtac
tgatgagtttccagaagcagtcgtgtcttctgtctttctataaacagcac
ccataactgcatgggtgctacctagtgctatcacaactacttggtttact
aagtgaatattctaatgctcttttattcaccatgggattgttctcactca
aaccatgacaaagaccttcttatcctatgtccctgtaccaagataattat
atccatttgaaaccctgggaaccttaaccatcataggattgagaagctat
attgtcaatttacccaatgctctgtgctatttattattagtcaaaatctc
agacacaaaaagtatatgactcatatttccccacacattgaatgctagcg
ttcctcatgggtctagagaagtcacttatcattttttcttggtatgcatg
gctgataaacaggacaggtagatgcatttttgttatttatacatgattct
ggcgaatgcacagagtacttgatgcgttgcaagccattctaaaccattcc
atga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr10_31813864_31814972
seq2: B6Ng01-339C08.b_50_1159 (reverse)

seq1  TGAGATTACAACATGCAATCACACTATG-CTG-TGGGTGGCATTATCTGA  48
      ||||||| ||||||||| |||||||||| ||| |||||||||||||||||
seq2  TGAGATTCCAACATGCATTCACACTATGCCTGTTGGGTGGCATTATCTGA  50

seq1  TCCACAGCCAGAAAGAATAAG-AAAGGGAAATAATTGTGCTTCATTTGGC  97
      ||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  TCCACAGCCAGAAAGAATAAGAAAAGGAAAATAATTGTGCTTCATTTGGC  100

seq1  TATACCAAATAAAATTTTGCCAGTTCTTAGATATCTGTGGCTAGGATTTT  147
      |||||||||||||| |||||||| || |||||||||||||||||||||||
seq2  TATACCAAATAAAA-TTTGCCAG-TCCTAGATATCTGTGGCTAGGATTTT  148

seq1  GTTGCTTTGGACTCCAATCTTTATTTATTAACTCCATTCTGCCTCCATTC  197
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGCTTTGGACTCCAATCTTTATTTATTAACTCCATTCTGCCTCCATTC  198

seq1  TGCCACCTGTCTTGAACTAACAGTTACAAAAGATCTGTGATTCTGGTCTT  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCACCTGTCTTGAACTAACAGTTACAAAAGATCTGTGATTCTGGTCTT  248

seq1  CAAACAAGGATCATACCACTGATACTGAGGTAAAGGTAGTTAATGAGAAT  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAACAAGGATCATACCACTGATACTGAGGTAAAGGTAGTTAATGAGAAT  298

seq1  CTTTGGCCTCTGCCTTTATGTGAATCAACTTCTAAACATTTATACACACA  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGGCCTCTGCCTTTATGTGAATCAACTTCTAAACATTTATACACACA  348

seq1  CACACACACTCATGCACAGAGTGAGTGTGTGTGTGTATGTGTGTGTGTGT  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACACACTCATGCACAGAGTGAGTGTGTGTGTGTATGTGTGTGTGTGT  398

seq1  GTTTGTGTGTGTGTAAGAGAGAGAGCACTCTCATGAGTGTGAGAAAGGAA  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTGTGTGTGTGTAAGAGAGAGAGCACTCTCATGAGTGTGAGAAAGGAA  448

seq1  GAAACTTATAAAGACACCAACCCCATTTTTAGGGATTATAAATAAATCAC  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAACTTATAAAGACACCAACCCCATTTTTAGGGATTATAAATAAATCAC  498

seq1  CATACTTATAACCTAAATTACCTCTAAATGTTTTATACTTAAAAAAGTTT  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATACTTATAACCTAAATTACCTCTAAATGTTTTATACTTAAAAAAGTTT  548

seq1  CAATGTATGAATTTAATGTCTACACAAGCATTTAGTTCATGGAAGTGAGA  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATGTATGAATTTAATGTCTACACAAGCATTTAGTTCATGGAAGTGAGA  598

seq1  TAGAGTTGATATAGAAACTCCTGTCTCTCTAATTCTGGCACACAGTTTTA  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAGTTGATATAGAAACTCCTGTCTCTCTAATTCTGGCACACAGTTTTA  648

seq1  ACAGGAGAACTACAAACTTACTCTGTGGAGACCATCTACTGTTCTGGCTT  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGAGAACTACAAACTTACTCTGTGGAGACCATCTACTGTTCTGGCTT  698

seq1  GGTCAACACTTGGGTAAGAGCACCCCTGTTTTCCTTAAGTGTCAGTGCAG  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCAACACTTGGGTAAGAGCACCCCTGTTTTCCTTAAGTGTCAGTGCAG  748

seq1  GTGGGTTGCACTGTAAACTAGCTGTGAGTATGAATCCAGTTTTGGCAAGT  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGGTTGCACTGTAAACTAGCTGTGAGTATGAATCCAGTTTTGGCAAGT  798

seq1  CTTTTCTTTCCTCCCCTCTGAACACAGCAATTGTTTTAGGATATAGAAGA  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTCTTTCCTCCCCTCTGAACACAGCAATTGTTTTAGGATATAGAAGA  848

seq1  CATCATTGTGAAATCTCTATTAGAGATTTAAAAAGAAACTAAATAGAATT  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCATTGTGAAATCTCTATTAGAGATTTAAAAAGAAACTAAATAGAATT  898

seq1  CTAGTCATCCTGTTGAGACTAACATACAAGTTTTTACTCTGAATGCCCAG  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGTCATCCTGTTGAGACTAACATACAAGTTTTTACTCTGAATGCCCAG  948

seq1  AAAAGGACTCCAGTTTATACTTTTTGGACTGTTGATTGGTGGAAAGAAGG  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGGACTCCAGTTTATACTTTTTGGACTGTTGATTGGTGGAAAGAAGG  998

seq1  GAATGTGATTTCATAGTTGAGGCAAATCAAAGATAAAAAGAAGTGGTGTT  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATGTGATTTCATAGTTGAGGCAAATCAAAGATAAAAAGAAGTGGTGTT  1048

seq1  GTGGTGGCATTGTTGGATCCACTGTCAATGTGACTGACCCTCCAGAATTA  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGTGGCATTGTTGGATCCACTGTCAATGTGACTGACCCTCCAGAATTA  1098

seq1  GGATAGGAATTC  1109
      ||||||||||||
seq2  GGATAGGAATTC  1110


seq1: chr10_31741757_31742869
seq2: B6Ng01-339C08.g_64_1167

seq1  GAATTCCAGCACAAAATGCAAAATGTCTGAATATATATGATTATTAATTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAGCACAAAATGCAAAATGTCTGAATATATATGATTATTAATTA  50

seq1  TATATATGAATAATATATTACAAATATACATGTGAACTATGATCTGTAGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATATGAATAATATATTACAAATATACATGTGAACTATGATCTGTAGG  100

seq1  GAAATTACATTATTTTTATATGAAAAAAGTAATAGTGTTAAAATATTCTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATTACATTATTTTTATATGAAAAAAGTAATAGTGTTAAAATATTCTG  150

seq1  CAATTATAAAAATATGGATATCAGGTTGTTTTTGAGAAATTTAACATTTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATTATAAAAATATGGATATCAGGTTGTTTTTGAGAAATTTAACATTTT  200

seq1  GGATTATTTTTGCTGCTATTTATGTATTCCTCAAACATTGAAATACTTTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATTATTTTTGCTGCTATTTATGTATTCCTCAAACATTGAAATACTTTC  250

seq1  CAAGGTAAGTATCTTATTTTAAAGAGGTAAAAATAAAAATCATAAAAACT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGGTAAGTATCTTATTTTAAAGAGGTAAAAATAAAAATCATAAAAACT  300

seq1  GAATTATAAGCATGAATAAAATTTTGGTAATAAATGTTTTTAGTAGGATT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTATAAGCATGAATAAAATTTTGGTAATAAATGTTTTTAGTAGGATT  350

seq1  ATGGGACAGGTTCTTGTCATATAAAATGTTTAGTATCATATAAATTATGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGGACAGGTTCTTGTCATATAAAATGTTTAGTATCATATAAATTATGA  400

seq1  TTAACAAATGTATTTTCTTTTTAAAATAAAACAGGTTTAAACAGGTTGAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAACAAATGTATTTTCTTTTTAAAATAAAACAGGTTTAAACAGGTTGAC  450

seq1  TGCCTTTACATTGGAAAAGCACTAAATATGCTATAGCATCAAGTAATTTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTTTACATTGGAAAAGCACTAAATATGCTATAGCATCAAGTAATTTT  500

seq1  ATGAGTTCCCTTGAAAAATCGTTGTTTTACTTGAAAAAGCTATGTATAGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAGTTCCCTTGAAAAATCGTTGTTTTACTTGAAAAAGCTATGTATAGG  550

seq1  GATAGCATTTAGAATCTAGCTCAACATTGTCATTTAAATACTCAATGTAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAGCATTTAGAATCTAGCTCAACATTGTCATTTAAATACTCAATGTAC  600

seq1  TGATGAGTTTCCAGAAGCAGTCGTGTCTTCTGTCTTTCTATAAACAGCAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGAGTTTCCAGAAGCAGTCGTGTCTTCTGTCTTTCTATAAACAGCAC  650

seq1  CCATAACTGCATGGGTGCTACCTAGTGCTATCACAACTACTTGGTTTACT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATAACTGCATGGGTGCTACCTAGTGCTATCACAACTACTTGGTTTACT  700

seq1  AAGTGAATATTCTAATGCTCTTTTATTCACCATGGGATTGTTCTCACTCA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTGAATATTCTAATGCTCTTTTATTCACCATGGGATTGTTCTCACTCA  750

seq1  AACCATGACAAAGACCTTCTTATCCTATGTCCCTGTACCAAGATAATTAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCATGACAAAGACCTTCTTATCCTATGTCCCTGTACCAAGATAATTAT  800

seq1  ATCCATTTGAAACCCTGGGAACCTTAACCATCATAGGATTGAGAAGCTAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCATTTGAAACCCTGGGAACCTTAACCATCATAGGATTGAGAAGCTAT  850

seq1  ATTGTCAATTTACCCAATGCTCTGTGCTATTTATTATTTAGTCAAAATCT  900
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  ATTGTCAATTTACCCAATGCTCTGTGCTATTTATTA-TTAGTCAAAATCT  899

seq1  CAGACACAAAAAGTATATGACTCATATTTCCCCACACATTGAATGCTAGC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGACACAAAAAGTATATGACTCATATTTCCCCACACATTGAATGCTAGC  949

seq1  GTTCCTCAT-GGTCTAGAGAAGTCACTTATCA-TTTTTCTTGGTAATGCA  998
      ||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||
seq2  GTTCCTCATGGGTCTAGAGAAGTCACTTATCATTTTTTCTTGGT-ATGCA  998

seq1  TGGCTGAATAAACAGGACAGGTAGATGCA-TTTTGTTATTTATAACCATG  1047
      |||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||  ||||
seq2  TGGCTG-ATAAACAGGACAGGTAGATGCATTTTTGTTATTTATA--CATG  1045

seq1  ATTCCTGCGGATTGCACAAGGAAGTTACTTTGATGCGTTGCAGGCAATTT  1097
      ||| |||  || ||||||  |    ||| ||||||||||||| || | ||
seq2  ATT-CTGGCGAATGCACAGAG----TAC-TTGATGCGTTGCAAGCCA-TT  1088

seq1  CTAAACAATTCAATGA  1113
      |||||| |||| ||||
seq2  CTAAACCATTCCATGA  1104


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |