BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-340C23
Chromosome10 (Build37)
Map Location 8,914,255 - 9,049,981
singlet/doubletdoublet
Overlap geneEG666625
Upstream geneUst, Sash1, LOC100039173
Downstream geneLOC666636, E130306M17Rik, LOC666658, LOC620417, Stxbp5, LOC100039238
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-340C23.bB6Ng01-340C23.g
ACCGA123967GA123968
length1,142865
definitionB6Ng01-340C23.b B6Ng01-340C23.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(9,048,834 - 9,049,981)(8,914,255 - 8,915,115)
sequence
gaattccattgacttcggaacctcaaacagcaccctcttcccctctcaca
agtacagttcatagtggagtacatcctttatatatagaagactgttcaat
cactttcatttctttatctctgagataagctagacatttaaaaaaaagta
tttgaaaaatcccaaacattataaaggtatcaattaattcaggtttttct
gtttgcagcattaaagtcttctggagaagtaaccagctctatttccattt
gttgagattcaaggagatgtggtgtttcaacattaatcggttgctggagg
gaaagaagtagtatagactttaatgttttaattttattgtcccaacactg
ataatgtcataatgaaggtcattaaaatgtgaaaaggcgtatggatactt
gatttcttttccaacctaggaccaaagacattgttattaatcattttggg
tctgcattattaaatgctataaattaatggacatataaagcttacaagtt
tagtggcacaaaaggcagccatatcactttctctttgtggtatcgtcttg
ggtgtagttaactttctctggcactttttttctatagcctctgttctttc
tttgtttccagtcatttcttccctttggctaccatggggaataacgtagg
aattgaccttgacaaaagcctagaagaatacaggcatcttgcccaagata
agattagttggcaaagtgagctgggagtttatccttctccaggttggcaa
gttgaaattggtgttgatccaaagtgaggaggacacctgtgagcgtgaca
catgtccctttgggatccacaaatgtactacttgttaacaagctccccag
tgggacaggtaagaagcaagggtagtccccacatggaaacacttgtacat
gcagtcctatggcaagggctgcatgtttcagtctctgatagttcagttag
ttacctgctatagattcttcctacccatcataattaatattatctttctt
attacagttagttttagactcatctcaatttctccaaagtacaaggaact
cttgaatggtgtatgagacattgcatagaccattccactttgaaatagaa
aggaggggatcagatgattttttttgaacctctagctcatgt

gaattctttgtttagctttgaaccccattttcaatggggttatttgaatt
tctagagtccagcttcttgagctctttgtatatattggatattagtcccc
tatcagattcaggattggtaaaaatcctttcccaatctcttggtggcctt
tttgtcttattgacagtgtcttttgccttacagaagctttgcaattttat
gaggtcccatttgtcaattcttgatcttacagcacaagccattgctattc
tgtttaggaattgttcccctgtgcccatatcttggaggcttttccctact
ttctcctctattaatttcagtgtctctgatcttatgtgtaggtctttgat
ccacttagacttgagttacctcgtgatcttattgagcttctatgaaatat
gaagtatttcactatcctttacataccccatgtcttaattaaacttcatc
caagatggagggttctgtcacagaggaaactggtacacagcaaactgata
cacattgattttgtgaatgtaagttaatgcagccaggaggaaaaccagta
tgaggttcctaaaaacaaaacaaaacctaagtgtagatctgccatatgtt
ccacctgcatctgctgaggtttggtcttttgctgtgtagtacaatgctaa
gtgtgggcctctagacctggttgacccagagaagagagagtccacacata
gacccaagagatactatgcaatcttgcccctaagttatttctgattgata
tataggtagggtttagaattcctgggattgggggaagaaggaggaggagg
agaatgcttaataatataataatattattaagaagaggaggacgagaaga
agacgaagatgaaga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr10_9048834_9049981
seq2: B6Ng01-340C23.b_51_1192 (reverse)

seq1  ACATGAGCTTAGAAGGTTTTAAAAAAAAATCATCTGATCCCCTTCCTTTC  50
      |||||||| |||| |   || ||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  ACATGAGC-TAGAGG---TTCAAAAAAAATCATCTGATCCCC-TCCTTTC  45

seq1  TATTTCAAAGT-GAATGGTCTATTGCAATGTCTCATTAACACATTCAAGA  99
      ||||||||||| |||||||||| |||||||||||||  || |||||||||
seq2  TATTTCAAAGTGGAATGGTCTA-TGCAATGTCTCATACAC-CATTCAAGA  93

seq1  GTTCCTTGTACTTTGGAGAAATTGAGATGAGTCTAAAACTAACTTGTAAT  149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  GTTCCTTGTACTTTGGAGAAATTGAGATGAGTCTAAAACTAAC-TGTAAT  142

seq1  AAGAAAGATAATATTAATTATGATGGGTAGGAAGAATCTATAGCAGGTAA  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAAAGATAATATTAATTATGATGGGTAGGAAGAATCTATAGCAGGTAA  192

seq1  CTAACTGAACTATCAGAGACTGAAACATGCAGCCCTTGCCATAGGACTGC  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAACTGAACTATCAGAGACTGAAACATGCAGCCCTTGCCATAGGACTGC  242

seq1  ATGTACAAGTG-TTCCATGTGGGGACTACCCTTGCTTCTTACCTGTCCCA  298
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTACAAGTGTTTCCATGTGGGGACTACCCTTGCTTCTTACCTGTCCCA  292

seq1  CTGGGGAGCTTGTTAACAAGTAGTACATTTGTGGATCCCAAAGGGACATG  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGGGAGCTTGTTAACAAGTAGTACATTTGTGGATCCCAAAGGGACATG  342

seq1  TGTCACGCTCACAGGTGTCCTCCTCACTTTGGATCAACACCAATTTCAAC  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCACGCTCACAGGTGTCCTCCTCACTTTGGATCAACACCAATTTCAAC  392

seq1  TTGCCAACCTGGAGAAGGATAAACTCCCAGCTCACTTTGCCAACTAATCT  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCCAACCTGGAGAAGGATAAACTCCCAGCTCACTTTGCCAACTAATCT  442

seq1  TATCTTGGGCAAGATGCCTGTATTCTTCTAGGCTTTTGTCAAGGTCAATT  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCTTGGGCAAGATGCCTGTATTCTTCTAGGCTTTTGTCAAGGTCAATT  492

seq1  CCTACGTTATTCCCCATGGTAGCCAAAGGGAAGAAATGACTGGAAACAAA  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTACGTTATTCCCCATGGTAGCCAAAGGGAAGAAATGACTGGAAACAAA  542

seq1  GAAAGAACAGAGGCTATAGAAAAAAAGTGCCAGAGAAAGTTAACTACACC  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGAACAGAGGCTATAGAAAAAAAGTGCCAGAGAAAGTTAACTACACC  592

seq1  CAAGACGATACCACAAAGAGAAAGTGATATGGCTGCCTTTTGTGCCACTA  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGACGATACCACAAAGAGAAAGTGATATGGCTGCCTTTTGTGCCACTA  642

seq1  AACTTGTAAGCTTTATATGTCCATTAATTTATAGCATTTAATAATGCAGA  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTTGTAAGCTTTATATGTCCATTAATTTATAGCATTTAATAATGCAGA  692

seq1  CCCAAAATGATTAATAACAATGTCTTTGGTCCTAGGTTGGAAAAGAAATC  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAAAATGATTAATAACAATGTCTTTGGTCCTAGGTTGGAAAAGAAATC  742

seq1  AAGTATCCATACGCCTTTTCACATTTTAATGACCTTCATTATGACATTAT  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTATCCATACGCCTTTTCACATTTTAATGACCTTCATTATGACATTAT  792

seq1  CAGTGTTGGGACAATAAAATTAAAACATTAAAGTCTATACTACTTCTTTC  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGTTGGGACAATAAAATTAAAACATTAAAGTCTATACTACTTCTTTC  842

seq1  CCTCCAGCAACCGATTAATGTTGAAACACCACATCTCCTTGAATCTCAAC  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCCAGCAACCGATTAATGTTGAAACACCACATCTCCTTGAATCTCAAC  892

seq1  AAATGGAAATAGAGCTGGTTACTTCTCCAGAAGACTTTAATGCTGCAAAC  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGGAAATAGAGCTGGTTACTTCTCCAGAAGACTTTAATGCTGCAAAC  942

seq1  AGAAAAACCTGAATTAATTGATACCTTTATAATGTTTGGGATTTTTCAAA  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAAACCTGAATTAATTGATACCTTTATAATGTTTGGGATTTTTCAAA  992

seq1  TACTTTTTTTTAAATGTCTAGCTTATCTCAGAGATAAAGAAATGAAAGTG  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTTTTTTTTAAATGTCTAGCTTATCTCAGAGATAAAGAAATGAAAGTG  1042

seq1  ATTGAACAGTCTTCTATATATAAAGGATGTACTCCACTATGAACTGTACT  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGAACAGTCTTCTATATATAAAGGATGTACTCCACTATGAACTGTACT  1092

seq1  TGTGAGAGGGGAAGAGGGTGCTGTTTGAGGTTCCGAAGTCAATGGAATTC  1148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGAGAGGGGAAGAGGGTGCTGTTTGAGGTTCCGAAGTCAATGGAATTC  1142


seq1: chr10_8914255_8915115
seq2: B6Ng01-340C23.g_68_932

seq1  GAATTCTTTGTTTAGCTTTGAACCCCATTTTCAATGGGGTTATTTGAATT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTGTTTAGCTTTGAACCCCATTTTCAATGGGGTTATTTGAATT  50

seq1  TCTAGAGTCCAGCTTCTTGAGCTCTTTGTATATATTGGATATTAGTCCCC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAGAGTCCAGCTTCTTGAGCTCTTTGTATATATTGGATATTAGTCCCC  100

seq1  TATCAGATTCAGGATTGGTAAAAATCCTTTCCCAATCTCTTGGTGGCCTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCAGATTCAGGATTGGTAAAAATCCTTTCCCAATCTCTTGGTGGCCTT  150

seq1  TTTGTCTTATTGACAGTGTCTTTTGCCTTACAGAAGCTTTGCAATTTTAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTCTTATTGACAGTGTCTTTTGCCTTACAGAAGCTTTGCAATTTTAT  200

seq1  GAGGTCCCATTTGTCAATTCTTGATCTTACAGCACAAGCCATTGCTATTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGTCCCATTTGTCAATTCTTGATCTTACAGCACAAGCCATTGCTATTC  250

seq1  TGTTTAGGAATTGTTCCCCTGTGCCCATATCTTGGAGGCTTTTCCCTACT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTAGGAATTGTTCCCCTGTGCCCATATCTTGGAGGCTTTTCCCTACT  300

seq1  TTCTCCTCTATTAATTTCAGTGTCTCTGATCTTATGTGTAGGTCTTTGAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCCTCTATTAATTTCAGTGTCTCTGATCTTATGTGTAGGTCTTTGAT  350

seq1  CCACTTAGACTTGAGTTACCTCGTGATCTTATTGAGCTTCTATGAAATAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACTTAGACTTGAGTTACCTCGTGATCTTATTGAGCTTCTATGAAATAT  400

seq1  GAAGTATTTCACTATCCTTTACATACCCCATGTCTTAATTAAACTTCATC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGTATTTCACTATCCTTTACATACCCCATGTCTTAATTAAACTTCATC  450

seq1  CAAGATGGAGGGTTCTGTCACAGAGGAAACTGGTACACAGCAAACTGATA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGATGGAGGGTTCTGTCACAGAGGAAACTGGTACACAGCAAACTGATA  500

seq1  CACATTGATTTTGTGAATGTAAGTTAATGCAGCCAGGAGGAAAACCAGTA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATTGATTTTGTGAATGTAAGTTAATGCAGCCAGGAGGAAAACCAGTA  550

seq1  TGAGGTTCCTAAAAACAAAACAAAACCTAAGTGTAGATCTGCCATATGTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGGTTCCTAAAAACAAAACAAAACCTAAGTGTAGATCTGCCATATGTT  600

seq1  CCACCTGCATCTGCTGAGGTTTGGTCTTTTGCTGTGTAGTACAATGCTAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACCTGCATCTGCTGAGGTTTGGTCTTTTGCTGTGTAGTACAATGCTAA  650

seq1  GTGTGGGCCTCTAGACCTGGTTGACCCAGAGAAGAGAGAGTCCACACATA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGGGCCTCTAGACCTGGTTGACCCAGAGAAGAGAGAGTCCACACATA  700

seq1  GACCCAAGAGATACTATGCAATCTTGCCCCTAAGTTATTTCTGATTGATA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCCAAGAGATACTATGCAATCTTGCCCCTAAGTTATTTCTGATTGATA  750

seq1  TATAGGTAGGGTTTAGAATTCCTGGGATTGGGGGAAGAAGGAGGAGGAGG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAGGTAGGGTTTAGAATTCCTGGGATTGGGGGAAGAAGGAGGAGGAGG  800

seq1  AGAATGCATAATAATAATAATAATAATAATAATAAGAAGA-----AGAAG  845
      ||||||| ||||||| ||||||||| || ||| |||| ||     |||||
seq2  AGAATGCTTAATAAT-ATAATAATATTATTAAGAAGAGGAGGACGAGAAG  849

seq1  AAGAAGAAGAAGAAGA  861
      |||| ||||| |||||
seq2  AAGACGAAGATGAAGA  865


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |