BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-340F21
Chromosome10 (Build37)
Map Location 13,650,364 - 13,801,035
singlet/doubletdoublet
Overlap geneEG666859, Hivep2
Upstream geneStx11, Sf3b5, Plagl1, 4930519B02Rik, Ltv1, LOC666829, Phactr2, LOC100039475, Fuca2, Pex3, Deadc1, Aig1
Downstream geneGpr126, LOC100039571, LOC100039409, Vta1, D230044M03Rik, EG666904, Nmbr, LOC666917
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-340F21.bB6Ng01-340F21.g
ACCGA124096GA124097
length1,1301,116
definitionB6Ng01-340F21.b B6Ng01-340F21.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(13,799,887 - 13,801,035)(13,650,364 - 13,651,483)
sequence
gaattcttttggctctgcctcccctctcgtcacagatgtgctagcattac
agacatgaggtattgtgcctcgattttattctctgagtcatcttcgcaga
caccccagtttggagacagatttttctgtatcccagctggcttcaaactc
actacgtggcagagggtgaccttgaactgctgagtgcacaggccaccatg
cttgatttatgcagtgccaaggatggaagccgggcttccacacagctagg
catgcactctgcctaagctacactcctgaaattagtgttaagtctgtagg
tcaccgagaatgagtgtgagggaagacattgtcatatgtacattcccaaa
cacacagtcacacacacacatacacacacacacacacaccctaaagagtc
attctgcttaaaatttaaagcttcaaagaatgaaaagcaagcaagcctgt
ttagctgacccacatgaaatacactagcaggatatttcaaattcttcatt
tgatgaagaattaaatccattgctgctcagaacaacgggaaggagccaga
aaaccattcccatccaatctacaacttgaacaactgagacgaaatcccga
ggaactccacggtctttatagataaagatttcatctctggttaaattaag
aatgtcggtgagccttcacttgaactcttaaacttcatgcccaacaaatc
ctggcagccaagagtttctccccagttatgagttcttaagactcaaacta
aacttggcttacaatccactctcctcttccaacagtgagaaaataagctc
catcagggatttttaattttttccctatataccatgatcactcagctcca
gactgaggaattaaagggggcaacacatatgccacaccaccctgggcaca
tatgccctgcccctctggcatctaccactgctttctagccagatgctaaa
ccacagctgatccgggagtgggaacttgccccagagtcagatgcagagtc
tgcagctgagactgctaaaatcttacttagagcaaaaagagacttcactg
agcctcctcatctctgtctacttctcccgaacgttctgatgcaacatcct
ctacagtcttcattcctcacatgatgcacc
gaattctcatttggcctagtaaggatatctagaaagcatatttccagttt
ctttagaaattaaacgttataaactacatggtccaactattgctacctgc
ataattacctaatgaaaaataaattatatgtacacaaatattcatagcag
cttcgtttttagtaatcagaaacttcagacaagttaaacatgtccatcca
taggtgaatggatttttaaaactaaacaatcagccgcaagagtgaagaac
aacaggaagtaacttgtctgcatggaattgctttccaccttgctagtatt
ctaccttttctggagcatgcagagtgacctgatgacaaagtggattcact
tcgcaatgctacataatcgacaccaggagttggcaattttttaaatatag
aaagccatatggttaatattttggactttgtgagccagaggatcttagtt
gcagactaatcaactgtgaacttagaacacaaaagcagccatataagtag
acacgtgaatgaatgggtataacagctcaaaataaaaacctttacttagg
aaaacaggtagtgactggatttgaaggatcaattttattttcaaacaaac
ccattttactatgttgtatgtgtttcttgtcagctattggtcttgggtat
catctgttgatcttgcgtgtgggtgaacaatatgcttgggtatttagtac
tacctaaggacttttccagtgtctgaagcaggttcactgtctcacaggat
actgacttacggaaggtgtgatagactgactataaacaccacttcttgtt
catcttaccttctcctgctttgtggaaagctgaagtttatttttatcccc
attgaatctaggctgaccctgtaccctagaatgtggtgggattgagtgca
ctcattccaaacataacctttagagaccttaaatctgcctgattttgtgc
tttctgcactgtgagtcagaatcatgctgtacagacagggcagagctata
actctaagatccgatactatagagcaagggcttagcttgtgccagcgttc
caaagtaaaacctgggccttccagctaagtcaattcccaatcatctgaag
acttggaataatctga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr10_13799887_13801035
seq2: B6Ng01-340F21.b_46_1175 (reverse)

seq1  GGTGCACCCATGTGAGGAATGAAGACTGTAGAGGATGTTGGCATCCAAGA  50
      ||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||  |||
seq2  GGTGCA-TCATGTGAGGAATGAAGACTGTAGAGGATGTT-GCATC--AGA  46

seq1  ACCTTTCGGGAAGGAAGTAGAACAGAGATGAAGGAGGGCTCAGTGAAGTC  100
      | | |||||||  ||||||| ||||||||| |||| ||||||||||||||
seq2  A-CGTTCGGGA--GAAGTAG-ACAGAGATG-AGGA-GGCTCAGTGAAGTC  90

seq1  CTCCTTTTTGCCTCTAAGTAAGAATTTTAGCAGTCTCCAGCTGCAGACTC  150
         ||||||| ||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||| 
seq2  --TCTTTTTG-CTCTAAGTAAG-ATTTTAGCAGTCT-CAGCTGCAGACT-  134

seq1  CCTGCATCCTGACTCTTGGGGCAAGTTCCCACTCCCGGATCAGCTGTGGT  200
       |||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  -CTGCAT-CTGACTC-TGGGGCAAGTTCCCACTCCCGGATCAGCTGTGGT  181

seq1  TTAGCATCTGGCTAGAAAGCAGTGGTAGATGCCCAGAGGGGCAGGGCATA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  TTAGCATCTGGCTAGAAAGCAGTGGTAGATG-CCAGAGGGGCAGGGCATA  230

seq1  TGTGCCCAGGGTGGTGTGGCATATGTGTTGCCCCC-TTAATTCCTCAGTC  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  TGTGCCCAGGGTGGTGTGGCATATGTGTTGCCCCCTTTAATTCCTCAGTC  280

seq1  TGGAGCTGAGTGATCATGGTATATAGGGAAAAAATTAAAAATCCCTGATG  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAGCTGAGTGATCATGGTATATAGGGAAAAAATTAAAAATCCCTGATG  330

seq1  GAGCTTATTTTCTCACTGTTGGAAGAGGAGAGTGGATTGTAAGCCAAGTT  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCTTATTTTCTCACTGTTGGAAGAGGAGAGTGGATTGTAAGCCAAGTT  380

seq1  TAGTTTGAGTCTTAAGAACTCATAACTGGGGAGAAACTCTTGGCTGCCAG  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTTTGAGTCTTAAGAACTCATAACTGGGGAGAAACTCTTGGCTGCCAG  430

seq1  GATTTGTTGGGCATGAAGTTTAAGAGTTCAAGTGAAGGCTCACCGACATT  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTTGTTGGGCATGAAGTTTAAGAGTTCAAGTGAAGGCTCACCGACATT  480

seq1  CTTAATTTAACCAGAGATGAAATCTTTATCTATAAAGACCGTGGAGTTCC  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAATTTAACCAGAGATGAAATCTTTATCTATAAAGACCGTGGAGTTCC  530

seq1  TCGGGATTTCGTCTCAGTTGTTCAAGTTGTAGATTGGATGGGAATGGTTT  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGGGATTTCGTCTCAGTTGTTCAAGTTGTAGATTGGATGGGAATGGTTT  580

seq1  TCTGGCTCCTTCCCGTTGTTCTGAGCAGCAATGGATTTAATTCTTCATCA  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGCTCCTTCCCGTTGTTCTGAGCAGCAATGGATTTAATTCTTCATCA  630

seq1  AATGAAGAATTTGAAATATCCTGCTAGTGTATTTCATGTGGGTCAGCTAA  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGAAGAATTTGAAATATCCTGCTAGTGTATTTCATGTGGGTCAGCTAA  680

seq1  ACAGGCTTGCTTGCTTTTCATTCTTTGAAGCTTTAAATTTTAAGCAGAAT  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGCTTGCTTGCTTTTCATTCTTTGAAGCTTTAAATTTTAAGCAGAAT  730

seq1  GACTCTTTAGGGTGTGTGTGTGTGTGTGTATGTGTGTGTGTGACTGTGTG  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTCTTTAGGGTGTGTGTGTGTGTGTGTATGTGTGTGTGTGACTGTGTG  780

seq1  TTTGGGAATGTACATATGACAATGTCTTCCCTCACACTCATTCTCGGTGA  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGGGAATGTACATATGACAATGTCTTCCCTCACACTCATTCTCGGTGA  830

seq1  CCTACAGACTTAACACTAATTTCAGGAGTGTAGCTTAGGCAGAGTGCATG  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTACAGACTTAACACTAATTTCAGGAGTGTAGCTTAGGCAGAGTGCATG  880

seq1  CCTAGCTGTGTGGAAGCCCGGCTTCCATCCTTGGCACTGCATAAATCAAG  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAGCTGTGTGGAAGCCCGGCTTCCATCCTTGGCACTGCATAAATCAAG  930

seq1  CATGGTGGCCTGTGCACTCAGCAGTTCAAGGTCACCCTCTGCCACGTAGT  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGGTGGCCTGTGCACTCAGCAGTTCAAGGTCACCCTCTGCCACGTAGT  980

seq1  GAGTTTGAAGCCAGCTGGGATACAGAAAAATCTGTCTCCAAACTGGGGTG  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTTTGAAGCCAGCTGGGATACAGAAAAATCTGTCTCCAAACTGGGGTG  1030

seq1  TCTGCGAAGATGACTCAGAGAATAAAATCGAGGCACAATACCTCATGTCT  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCGAAGATGACTCAGAGAATAAAATCGAGGCACAATACCTCATGTCT  1080

seq1  GTAATGCTAGCACATCTGTGACGAGAGGGGAGGCAGAGCCAAAAGAATTC  1149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAATGCTAGCACATCTGTGACGAGAGGGGAGGCAGAGCCAAAAGAATTC  1130

seq1: chr10_13650364_13651483
seq2: B6Ng01-340F21.g_68_1183

seq1  GAATTCTCATTTGGCCTAGTAAGGATATCTAGAAAGCATATTTCCAGTTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCATTTGGCCTAGTAAGGATATCTAGAAAGCATATTTCCAGTTT  50

seq1  CTTTAGAAATTAAACGTTATAAACTACATGGTCCAACTATTGCTACCTGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTAGAAATTAAACGTTATAAACTACATGGTCCAACTATTGCTACCTGC  100

seq1  ATAATTACCTAATGAAAAATAAATTATATGTACACAAATATTCATAGCAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATTACCTAATGAAAAATAAATTATATGTACACAAATATTCATAGCAG  150

seq1  CTTCGTTTTTAGTAATCAGAAACTTCAGACAAGTTAAACATGTCCATCCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCGTTTTTAGTAATCAGAAACTTCAGACAAGTTAAACATGTCCATCCA  200

seq1  TAGGTGAATGGATTTTTAAAACTAAACAATCAGCCGCAAGAGTGAAGAAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGTGAATGGATTTTTAAAACTAAACAATCAGCCGCAAGAGTGAAGAAC  250

seq1  AACAGGAAGTAACTTGTCTGCATGGAATTGCTTTCCACCTTGCTAGTATT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGGAAGTAACTTGTCTGCATGGAATTGCTTTCCACCTTGCTAGTATT  300

seq1  CTACCTTTTCTGGAGCATGCAGAGTGACCTGATGACAAAGTGGATTCACT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACCTTTTCTGGAGCATGCAGAGTGACCTGATGACAAAGTGGATTCACT  350

seq1  TCGCAATGCTACATAATCGACACCAGGAGTTGGCAATTTTTTAAATATAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGCAATGCTACATAATCGACACCAGGAGTTGGCAATTTTTTAAATATAG  400

seq1  AAAGCCATATGGTTAATATTTTGGACTTTGTGAGCCAGAGGATCTTAGTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGCCATATGGTTAATATTTTGGACTTTGTGAGCCAGAGGATCTTAGTT  450

seq1  GCAGACTAATCAACTGTGAACTTAGAACACAAAAGCAGCCATATAAGTAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGACTAATCAACTGTGAACTTAGAACACAAAAGCAGCCATATAAGTAG  500

seq1  ACACGTGAATGAATGGGTATAACAGCTCAAAATAAAAACCTTTACTTAGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACGTGAATGAATGGGTATAACAGCTCAAAATAAAAACCTTTACTTAGG  550

seq1  AAAACAGGTAGTGACTGGATTTGAAGGATCAATTTTATTTTCAAACAAAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACAGGTAGTGACTGGATTTGAAGGATCAATTTTATTTTCAAACAAAC  600

seq1  CCATTTTACTATGTTGTATGTGTTTCTTGTCAGCTATTGGTCTTGGGTAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATTTTACTATGTTGTATGTGTTTCTTGTCAGCTATTGGTCTTGGGTAT  650

seq1  CATCTGTTGATCTTGCGTGTGGGTGAACAATATGCTTGGGTATTTAGTAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTGTTGATCTTGCGTGTGGGTGAACAATATGCTTGGGTATTTAGTAC  700

seq1  TACCTAAGGACTTTTCCAGTGTCTGAAGCAGGTTCACTGTCTCACAGGAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCTAAGGACTTTTCCAGTGTCTGAAGCAGGTTCACTGTCTCACAGGAT  750

seq1  ACTGACTTACGGAAGGTGTGATAGACTGACTATAAACACCACTTCTTGTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGACTTACGGAAGGTGTGATAGACTGACTATAAACACCACTTCTTGTT  800

seq1  CATCTTACCTTCTCCTGCTTTGTGGAAAGCTGAAGTTTATTTTTATCCCC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTTACCTTCTCCTGCTTTGTGGAAAGCTGAAGTTTATTTTTATCCCC  850

seq1  ATTGAATCTAGGCTGACCCTGTACCCTAGAATGTGGTGGGATTGAGTGCA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGAATCTAGGCTGACCCTGTACCCTAGAATGTGGTGGGATTGAGTGCA  900

seq1  CTCATTCCAAACATAAACCTTAAGAAGACCTTAAAATCTGCCTGATTTTG  950
      |||||||||||||| |||||| || ||||||| |||||||||||||||||
seq2  CTCATTCCAAACAT-AACCTTTAG-AGACCTT-AAATCTGCCTGATTTTG  947

seq1  TGCTTTCTGCCACTGTGAGTCAGAAATCATGCTGTACAGACAGGGCAAGA  1000
      ||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||
seq2  TGCTTTCTG-CACTGTGAGTCAG-AATCATGCTGTACAGACAGGGC-AGA  994

seq1  GCTATAAACTCTAAGACCCGATAC-ATAGAGCAA-GGCCTAGC-TGTGCC  1047
      ||||| |||||||||| ||||||| ||||||||| ||| |||| ||||||
seq2  GCTAT-AACTCTAAGATCCGATACTATAGAGCAAGGGCTTAGCTTGTGCC  1043

seq1  AGCGTT-CAAAGTAAAACCT-GGCCTTCCAGCCATAAGTCAATTCCCAAA  1095
      |||||| ||||||||||||| |||||||||||  ||||||||||||| ||
seq2  AGCGTTCCAAAGTAAAACCTGGGCCTTCCAGC--TAAGTCAATTCCC-AA  1090

seq1  TCATCTGAAGACTT-GAATAATCTGA  1120
      |||||||||||||| |||||||||||
seq2  TCATCTGAAGACTTGGAATAATCTGA  1116