BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-342A08
Chromosome10 (Build37)
Map Location 84,996,373 - 85,190,072
singlet/doubletdoublet
Overlap geneBtbd11, EG626858, LOC626878
Upstream geneCkap4, Tcp11l2, Polr3b, Rfx4, EG625690, Ric8b, Fhl4, AI597468, Mterfd3, Cry1, EG666974
Downstream geneLOC669723, LOC626940, Pwp1, Prdm4, Ascl4, D10Wsu52e, Bpil2, Fbxo7, Syn3, Timp3, EG627035, LOC672902, LOC100041419, EG382395, Hsp90b1, Nt5dc3
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-342A08.bB6Ng01-342A08.g
ACCGA125230GA125231
length1,2391,162
definitionB6Ng01-342A08.b B6Ng01-342A08.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(85,188,820 - 85,190,072)(84,996,373 - 84,997,549)
sequence
gaattccagttaggtcaagtggagcagaaagcaggaattacgttgaaatt
gatgggtgttccttctgcaacagaaataataaaggcctccagcaaagatg
ccatcaggctttggactctgtgtttcccactgtcattgaacatttcaata
gtcaagtaagaagcagactgaggagaaaggaactagagaggccctggcag
cagctctggtccacatctcaagggccacatcagtcatccagcgctccctg
atcaactcgcaagcatgctttgtgaccatgaatctgtggagctctattga
gatgcccagtatcagatatgcttggcaagaacttaaggagcagctgactg
agagcatcgatgacaaactgaacaggatggccctccttaaaggaaaactg
ggagttggttttgatctctgtgctgaagcagtcacagaaattcaggagga
gtggcatgatttgagatgctggcagctcaccatggccactgagcagccag
agcaggagggagccccggaagtatatggaggcagcaggatgccagctgtg
gatctttcagaagagaacagagtggaagcagtcatgtgcagggacagggg
cagtgatagcgaggagaaagtaaaaacttcagttaacagtgaccaggagg
tggcaacagaagtaacaaatccccaaacaaaggccagaagcagttttttt
aaaagcctttggtcagcaacaggcaagaaggaactgtttgcactgtggac
accagggctagtcctcctgtcaaagcccctagtgcttccttacattttta
tcatttctcagcacacacacccccaccccatccccacgccccaccccagt
atccttgcagatagaggcttctgactggcagactaaccaccataaactgt
cttcatttaggaaagggataggaattcattgcatcattttccagcatact
cctagatttttcatacaaaaatcaagcacagatctcagatctcatttaaa
aaaatgtagaggttatcattggccatcaccttcttaagaaacacagcctc
tctcagtctgctcattgagaagactagacctcacactggagagaatgaag
gactatgcaggacttttgtcacttgacacaagagacaaatggaggataaa
tcatctagaaatgaccctccacattgacatggtcatgtcacggacatttc
cttgaatccgtagtaagtccttttaggtgcaacggtggg
gaattcaacttgtttttatgaaggaaattcccatgaggattctgaggtag
aaccagagagttgggagcagctaaacgtgtctcaggaaacataatgtata
ttcaaacatggtctttattagacttatgcattcgaaccaccccattgttg
gctttcctctcccatacagtctttttcaccaattggacagcattcagaga
tccaatgattcagaatttaaattgatattggagagaatgagataaaaata
gcctctaagtgtcatttttaaaagaaatgaggttgaatcaagaccagtcc
tttctgattttaaagcctttatgaagcttcaataatgaaacaatttattt
cccacactggaaaaaaaatgagatcgataggataaagtgggaaatgcaga
ggtgaatgcaatccaccgtacctagaaataaaatggtttatagagcagga
tgtaaatcagtgggctaaggtgggttagccaggagtcactgacacagttg
atgggttactctggaaaaataacttttagtacttcgagcaaacactttct
tacttcttctttttgtgtatatgtgtgtcaaggtttctatgtgcacttct
gtgcatgcatgtagaggcctgagattgatgctggaactcttcctcagtca
ctctctcacttaatctttgaggcctggtctctcagttgaaaccaggactc
accagcatgaagggactcactagccagcttgctcctaggatcccgtctct
gccttgcaagggcaaggctgatattgtaagcaagccaccatacacactca
gcatttacgtgggttctggggatctgagcatcagtcctcttgtatctccc
tacagaggaagcacttgataaacataagcttatgcctatagagagaaaga
ttgaatgagccaagttgaaggagaacagccctggttggaatgatactaaa
aagcatgcgtaaagaacagatagaaaactgagacgtccgtgtgcagcaca
tagggtcagcaaaaggcttgttcttaaagtgcaagaacattttttatcat
gagatctggtagactgacttagagaccaaagaaacagatgctatgactca
gggaagtgtgttacttagatatatgattgtgggtctccttctccctagtc
atggtcactggc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr10_85188820_85190072
seq2: B6Ng01-342A08.b_45_1283 (reverse)

seq1  CCCACCG-TGCA-CTATAAGGACTTCATCAGGGATCAAGAAAATGGTCCG  48
      ||||||| |||| ||| ||||||||  |  ||  ||||| |||| |||||
seq2  CCCACCGTTGCACCTAAAAGGACTTACTACGGATTCAAGGAAAT-GTCCG  49

seq1  TGGACATGACCACAGTGCAAAATGTGGA-GGTCATTTCTTAGATGAATTT  97
      | ||||||||||   ||   |||||||| ||||||||| |||||||   |
seq2  T-GACATGACCA---TG-TCAATGTGGAGGGTCATTTC-TAGATGA---T  90

seq1  TTATCTCCCCTTTTGTCTCTTGTGTCAAGTTGACAAAAGTCTTCCAATAG  147
      ||||| | || |||||||||||||||||| ||||||||||| | | ||||
seq2  TTATC-CTCCATTTGTCTCTTGTGTCAAG-TGACAAAAGTCCTGC-ATAG  137

seq1  TCTTTCCTTCTCT-CAGTGTGA-GTCTAGTTCTTTCTCAATGAGCAGACT  195
      || ||| |||||| |||||||| |||||||   |||||||||||||||||
seq2  TCCTTCATTCTCTCCAGTGTGAGGTCTAGT--CTTCTCAATGAGCAGACT  185

seq1  GAGAAGAGGCTGTGTTTTCTAAGAAGGTGGATGGCCAATGATAACCTCTA  245
      ||| |||||||||||||  ||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  GAG-AGAGGCTGTGTTTCTTAAGAAGGT-GATGGCCAATGATAACCTCTA  233

seq1  CATTTTTTTTAAATGGAGATCTGAGATCTGTGCTTGATTTTTGTATGAAA  295
      || ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CA-TTTTTTTAAAT-GAGATCTGAGATCTGTGCTTGATTTTTGTATGAAA  281

seq1  AATCTAGGAGTATGCTGGAAAATGATGCAATGAATTCCTATCCCTTTCCT  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCTAGGAGTATGCTGGAAAATGATGCAATGAATTCCTATCCCTTTCCT  331

seq1  AAATGAAGACAGTTTATGGTGGTTAGTCTGCCAGTCAGAAGCCTCTATCT  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGAAGACAGTTTATGGTGGTTAGTCTGCCAGTCAGAAGCCTCTATCT  381

seq1  GCAAGGATACTGGGGTGGGGCGTGGGGATGGGGTGGGGGTGTGTGTGCTG  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAGGATACTGGGGTGGGGCGTGGGGATGGGGTGGGGGTGTGTGTGCTG  431

seq1  AGAAATGATAAAAATGTAAGGAAGCACTAGGGGCTTTGACAGGAGGACTA  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAATGATAAAAATGTAAGGAAGCACTAGGGGCTTTGACAGGAGGACTA  481

seq1  GCCCTGGTGTCCACAGTGCAAACAGTTCCTTCTTGCCTGTTGCTGACCAA  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCTGGTGTCCACAGTGCAAACAGTTCCTTCTTGCCTGTTGCTGACCAA  531

seq1  AGGCTTTTAAAAAAACTGCTTCTGGCCTTTGTTTGGGGATTTGTTACTTC  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCTTTTAAAAAAACTGCTTCTGGCCTTTGTTTGGGGATTTGTTACTTC  581

seq1  TGTTGCCACCTCCTGGTCACTGTTAACTGAAGTTTTTACTTTCTCCTCGC  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTGCCACCTCCTGGTCACTGTTAACTGAAGTTTTTACTTTCTCCTCGC  631

seq1  TATCACTGCCCCTGTCCCTGCACATGACTGCTTCCACTCTGTTCTCTTCT  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCACTGCCCCTGTCCCTGCACATGACTGCTTCCACTCTGTTCTCTTCT  681

seq1  GAAAGATCCACAGCTGGCATCCTGCTGCCTCCATATACTTCCGGGGCTCC  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGATCCACAGCTGGCATCCTGCTGCCTCCATATACTTCCGGGGCTCC  731

seq1  CTCCTGCTCTGGCTGCTCAGTGGCCATGGTGAGCTGCCAGCATCTCAAAT  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTGCTCTGGCTGCTCAGTGGCCATGGTGAGCTGCCAGCATCTCAAAT  781

seq1  CATGCCACTCCTCCTGAATTTCTGTGACTGCTTCAGCACAGAGATCAAAA  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGCCACTCCTCCTGAATTTCTGTGACTGCTTCAGCACAGAGATCAAAA  831

seq1  CCAACTCCCAGTTTTCCTTTAAGGAGGGCCATCCTGTTCAGTTTGTCATC  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAACTCCCAGTTTTCCTTTAAGGAGGGCCATCCTGTTCAGTTTGTCATC  881

seq1  GATGCTCTCAGTCAGCTGCTCCTTAAGTTCTTGCCAAGCATATCTGATAC  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGCTCTCAGTCAGCTGCTCCTTAAGTTCTTGCCAAGCATATCTGATAC  931

seq1  TGGGCATCTCAATAGAGCTCCACAGATTCATGGTCACAAAGCATGCTTGC  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGCATCTCAATAGAGCTCCACAGATTCATGGTCACAAAGCATGCTTGC  981

seq1  GAGTTGATCAGGGAGCGCTGGATGACTGATGTGGCCCTTGAGATGTGGAC  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTTGATCAGGGAGCGCTGGATGACTGATGTGGCCCTTGAGATGTGGAC  1031

seq1  CAGAGCTGCTGCCAGGGCCTCTCTAGTTCCTTTCTCCTCAGTCTGCTTCT  1095
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGCTGCTGCCAGGGCCTCTCTAGTTCCTTTCTCCTCAGTCTGCTTCT  1081

seq1  TACTTGACTATTGAAATGTTCAATGACAGTGGGAAACACAGAGTCCAAAG  1145
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTTGACTATTGAAATGTTCAATGACAGTGGGAAACACAGAGTCCAAAG  1131

seq1  CCTGATGGCATCTTTGCTGGAGGCCTTTATTATTTCTGTTGCAGAAGGAA  1195
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGATGGCATCTTTGCTGGAGGCCTTTATTATTTCTGTTGCAGAAGGAA  1181

seq1  CACCCATCAATTTCAACGTAATTCCTGCTTTCTGCTCCACTTGACCTAAC  1245
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCCATCAATTTCAACGTAATTCCTGCTTTCTGCTCCACTTGACCTAAC  1231

seq1  TGGAATTC  1253
      ||||||||
seq2  TGGAATTC  1239

seq1: chr10_84996373_84997549
seq2: B6Ng01-342A08.g_68_1229

seq1  GAATTCAACTTGTTTTTATGAAGGAAATTCCCATGAGGATTCTGAGGTAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAACTTGTTTTTATGAAGGAAATTCCCATGAGGATTCTGAGGTAG  50

seq1  AACCAGAGAGTTGGGAGCAGCTAAACGTGTCTCAGGAAACATAATGTATA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCAGAGAGTTGGGAGCAGCTAAACGTGTCTCAGGAAACATAATGTATA  100

seq1  TTCAAACATGGTCTTTATTAGACTTATGCATTCGAACCACCCCATTGTTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAAACATGGTCTTTATTAGACTTATGCATTCGAACCACCCCATTGTTG  150

seq1  GCTTTCCTCTCCCATACAGTCTTTTTCACCAATTGGACAGCATTCAGAGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTTCCTCTCCCATACAGTCTTTTTCACCAATTGGACAGCATTCAGAGA  200

seq1  TCCAATGATTCAGAATTTAAATTGATATTGGAGAGAATGAGATAAAAATA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAATGATTCAGAATTTAAATTGATATTGGAGAGAATGAGATAAAAATA  250

seq1  GCCTCTAAGTGTCATTTTTAAAAGAAATGAGGTTGAATCAAGACCAGTCC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTCTAAGTGTCATTTTTAAAAGAAATGAGGTTGAATCAAGACCAGTCC  300

seq1  TTTCTGATTTTAAAGCCTTTATGAAGCTTCAATAATGAAACAATTTATTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTGATTTTAAAGCCTTTATGAAGCTTCAATAATGAAACAATTTATTT  350

seq1  CCCACACTGGAAAAAAAATGAGATCGATAGGATAAAGTGGGAAATGCAGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCACACTGGAAAAAAAATGAGATCGATAGGATAAAGTGGGAAATGCAGA  400

seq1  GGTGAATGCAATCCACCGTACCTAGAAATAAAATGGTTTATAGAGCAGGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGAATGCAATCCACCGTACCTAGAAATAAAATGGTTTATAGAGCAGGA  450

seq1  TGTAAATCAGTGGGCTAAGGTGGGTTAGCCAGGAGTCACTGACACAGTTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAAATCAGTGGGCTAAGGTGGGTTAGCCAGGAGTCACTGACACAGTTG  500

seq1  ATGGGTTACTCTGGAAAAATAACTTTTAGTACTTCGAGCAAACACTTTCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGGTTACTCTGGAAAAATAACTTTTAGTACTTCGAGCAAACACTTTCT  550

seq1  TACTTCTTCTTTTTGTGTATATGTGTGTCAAGGTTTCTATGTGCACTTCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTTCTTCTTTTTGTGTATATGTGTGTCAAGGTTTCTATGTGCACTTCT  600

seq1  GTGCATGCATGTAGAGGCCTGAGATTGATGCTGGAACTCTTCCTCAGTCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCATGCATGTAGAGGCCTGAGATTGATGCTGGAACTCTTCCTCAGTCA  650

seq1  CTCTCTCACTTAATCTTTGAGGCCTGGTCTCTCAGTTGAAACCAGGACTC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCTCACTTAATCTTTGAGGCCTGGTCTCTCAGTTGAAACCAGGACTC  700

seq1  ACCAGCATGAAGGGACTCACTAGCCAGCTTGCTCCTAGGATCCCGTCTCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAGCATGAAGGGACTCACTAGCCAGCTTGCTCCTAGGATCCCGTCTCT  750

seq1  GCCTTGCAAGGGCAAGGCTGATATTGTAAGCAAGCCACCATACACACTCA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTTGCAAGGGCAAGGCTGATATTGTAAGCAAGCCACCATACACACTCA  800

seq1  GCATTTACGTGGGTTCTGGGGATCTGAGCATCAGTCCTCTTGTATCTCCC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATTTACGTGGGTTCTGGGGATCTGAGCATCAGTCCTCTTGTATCTCCC  850

seq1  TACAGAGGAAGCACTTGATAAACATAAGCTTATGCCTATAGAGAGAAAGA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAGAGGAAGCACTTGATAAACATAAGCTTATGCCTATAGAGAGAAAGA  900

seq1  TTGAATGAGCCAAGTTGAAGGAGAACAGCCCTGGTTGGAATGATACTAAA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAATGAGCCAAGTTGAAGGAGAACAGCCCTGGTTGGAATGATACTAAA  950

seq1  AAGCATGCGTAAAGAACAGATAGAAAACTGAGACGTCCGTGTGCAGCACA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCATGCGTAAAGAACAGATAGAAAACTGAGACGTCCGTGTGCAGCACA  1000

seq1  TA-GGTCAGCAAAAGGCTGGTTTCTTAAAGTGCAAAGAACA-TTTTTATC  1048
      || ||||||||||||||| | |||||||||||| ||||||| ||||||||
seq2  TAGGGTCAGCAAAAGGCTTG-TTCTTAAAGTGC-AAGAACATTTTTTATC  1048

seq1  AATGAGAATCTGGGTAGACTGACTTAGAGACAAAGGAAACAGATGCTAAT  1098
       ||||| |||| ||||||||||||||||||| || |||||||||||| ||
seq2  -ATGAG-ATCT-GGTAGACTGACTTAGAGACCAAAGAAACAGATGCT-AT  1094

seq1  GACTTCAGGGAAAGTGTGTTTACTTAGAATTATATGAATTTGTGGGTCTC  1148
      ||| |||||| ||||||| |||||||||  |||||||  |||||||||| 
seq2  GAC-TCAGGG-AAGTGTG-TTACTTAGA--TATATGA--TTGTGGGTCT-  1136

seq1  CCTTCTCCCCAGAGTCATTGGTCACTGGC  1177
      |||||||||   ||||| |||||||||||
seq2  CCTTCTCCC--TAGTCA-TGGTCACTGGC  1162