BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-344G14
Chromosome10 (Build37)
Map Location 34,830,979 - 34,921,865
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneA630077B13Rik, Dse, Tspyl1, Tspyl4, Nt5dc1, Col10a1, Frk, LOC667824
Downstream geneLOC100041585, LOC667860
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-344G14.bB6Ng01-344G14.g
ACCGA126905GA126906
length1,0701,130
definitionB6Ng01-344G14.b B6Ng01-344G14.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(34,920,791 - 34,921,865)(34,830,979 - 34,832,092)
sequence
gaattcatcaaactgttcagccataattgaatagttttaattaattatat
aaatagttttacattaaccttacaggtacagattgtgtcaatggattata
gcagttggaaatttaaatgaattaatacaaaatccatgggaactttttca
taaaatatgaaaagaacacttttgcttacttaaacagtcacagccccgta
gtcgtagctagggagaaagggaccagttaatatctctcatggatatcaaa
gaaaaagtaagtatgcctaggatcctgggatcctaagttcctgggcatgt
tagagtgcttggaagtggtacccccctgggaatggtggggctgtccgctg
agtgtgaaaccaagttagaccagtgctaattggaaggaacctgaactact
ggtcaggtggggttccagtgtccctgctcctgctggccccagtcactccc
tgttctgttggaagagatgctgtgttccactcaccagtgatcctaagatc
ctgggtgttctagagtgcctgtggggtggagagtcctctggggactgtgg
aactgttgagcatattatcagcatgtcagaatttgcattaatttattcat
tttattactatattaatttgcacacttttgatctgaacatttcaccttac
atacttttatcccaaataataattatgtaatagttatgttcttaggttga
ttattatgggaaagtaatgaggagctagctataaagtgtcaacaactttt
ctactgttgtgatgagaaacaatggacaaggcaaggtaaaaatgatgtat
gtatcaaggcttcagcttctgagggtaaatccatgactgtcatgttagag
agcatggtagcaggcaggcatagtgcttaagtagctgagatttttctaat
ccacaagtaagaggcttagagaggtaactgggaaatggtgtgggatttga
acctcaaacctggattccaatgacatactttctccaccaaagtcacacct
tcctaatctttccaaacaatttcccctctgggacagctttcaatatatga
tcttatggtatatcttatcc

gaattcatgttcagttgtcttagactactttatgaatgctgtttctcttg
aaattgttgacttactcttttctattttatctttactttcttcttaagaa
acaatatctggatgtcttttaagctgcttaaatccctccatagaaattca
tgacctagtctgagggtatgtgcaagcttcaatgaaaaacaattcagccc
aattcaaataaaattgttaggttagcatggaatgtttctaaatacttcgt
aaaattaaaaaagtagttttattttcatttcattttctaaaaaataaagt
caaaaattacttgtctaaatatatgcatatagctgctaaatatcacccag
ctctattcttaatcatgacaattaaatttttaaaatgttaatattttatt
agatattttcttcctttacattttaaacgctatcccctttcatagttttc
tcttcgaaagtccactatacccttcccctgccctgttccccaacccaccc
actcttgcttcctggccctggcatttccctgtactggggcatataatctt
cgcaagaccaaggaggggcctctcatcccattgattgccgactaggccat
cttctgctacatatgcaactagagacataagctctggggggtactggtta
gttcatattgctgttcctcctatagggttgcagacctctttagctccttg
ggtactttctctagctccttcattgggggccctgtgctccatcaacaatt
aaattttaaatttcaatttaatcatcacccctccaactatacctaacact
atatttggggtgttatcagaaaatagagggcaagtttcatgtatgtatgt
atgtatgtatgtatgtatgtatgtatgtatgtattctttaatttctatga
tcttaaatgttatcaagacataccttgccctttgttaatatttgattcct
tagaattaagataattgctgtaacttatacataatgtctttgcatggtga
gtgacctgaggcataaacaatccaatttttctgctttcttaaaggcattt
gtagatgttggctgctgcaatccacatggtggtgtcagtaggcagcttgg
aaaaggagaaagctacattccatattgctc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr10_34920791_34921865
seq2: B6Ng01-344G14.b_52_1121 (reverse)

seq1  GAATAAGAATAATACCATAAGATCATATATTTGAAAGCTTGTCCCCAGGA  50
      | ||||||   |||||||||||||||||| |||||||| ||||||   ||
seq2  GGATAAGA--TATACCATAAGATCATATA-TTGAAAGC-TGTCCC--AGA  44

seq1  GGGGAAATTGTTTGGGAAAGATTAGG-AGGTGTGACTTTGGTGGAGAAAG  99
      ||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGAAATTGTTT-GGAAAGATTAGGAAGGTGTGACTTTGGTGGAGAAAG  93

seq1  TATGTCATTGGAATCCAGGTTTGAGGTTCAAATCCCACACCATTT-CCAG  148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  TATGTCATTGGAATCCAGGTTTGAGGTTCAAATCCCACACCATTTCCCAG  143

seq1  TTACCTCTCTAAGCCTCTTACTTGTGGATTAGAAAAATCTCAGCTACTTA  198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACCTCTCTAAGCCTCTTACTTGTGGATTAGAAAAATCTCAGCTACTTA  193

seq1  AGCACTATGCCTGCCTGCTACCATGCTCTCTAACATGACAGTCATGGATT  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCACTATGCCTGCCTGCTACCATGCTCTCTAACATGACAGTCATGGATT  243

seq1  TACCCTCAGAAGCTGAAGCCTTGATACATACATCATTTTTACCTTGCCTT  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCCTCAGAAGCTGAAGCCTTGATACATACATCATTTTTACCTTGCCTT  293

seq1  GTCCATTGTTTCTCATCACAACAGTAGAAAAGTTGTTGACACTTTATAGC  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCATTGTTTCTCATCACAACAGTAGAAAAGTTGTTGACACTTTATAGC  343

seq1  TAGCTCCTCATTACTTTCCCATAATAATCAACCTAAGAACATAACTATTA  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCTCCTCATTACTTTCCCATAATAATCAACCTAAGAACATAACTATTA  393

seq1  CATAATTATTATTTGGGATAAAAGTATGTAAGGTGAAATGTTCAGATCAA  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAATTATTATTTGGGATAAAAGTATGTAAGGTGAAATGTTCAGATCAA  443

seq1  AAGTGTGCAAATTAATATAGTAATAAAATGAATAAATTAATGCAAATTCT  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTGTGCAAATTAATATAGTAATAAAATGAATAAATTAATGCAAATTCT  493

seq1  GACATGCTGATAATATGCTCAACAGTTCCACAGTCCCCAGAGGACTCTCC  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACATGCTGATAATATGCTCAACAGTTCCACAGTCCCCAGAGGACTCTCC  543

seq1  ACCCCACAGGCACTCTAGAACACCCAGGATCTTAGGATCACTGGTGAGTG  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCCACAGGCACTCTAGAACACCCAGGATCTTAGGATCACTGGTGAGTG  593

seq1  GAACACAGCATCTCTTCCAACAGAACAGGGAGTGACTGGGGCCAGCAGGA  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACACAGCATCTCTTCCAACAGAACAGGGAGTGACTGGGGCCAGCAGGA  643

seq1  GCAGGGACACTGGAACCCCACCTGACCAGTAGTTCAGGTTCCTTCCAATT  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGGGACACTGGAACCCCACCTGACCAGTAGTTCAGGTTCCTTCCAATT  693

seq1  AGCACTGGTCTAACTTGGTTTCACACTCAGCGGACAGCCCCACCATTCCC  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCACTGGTCTAACTTGGTTTCACACTCAGCGGACAGCCCCACCATTCCC  743

seq1  AGGGGGGTACCACTTCCAAGCACTCTAACATGCCCAGGAACTTAGGATCC  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGGGGTACCACTTCCAAGCACTCTAACATGCCCAGGAACTTAGGATCC  793

seq1  CAGGATCCTAGGCATACTTACTTTTTCTTTGATATCCATGAGAGATATTA  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGATCCTAGGCATACTTACTTTTTCTTTGATATCCATGAGAGATATTA  843

seq1  ACTGGTCCCTTTCTCCCTAGCTACGACTACGGGGCTGTGACTGTTTAAGT  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGGTCCCTTTCTCCCTAGCTACGACTACGGGGCTGTGACTGTTTAAGT  893

seq1  AAGCAAAAGTGTTCTTTTCATATTTTATGAAAAAGTTCCCATGGATTTTG  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCAAAAGTGTTCTTTTCATATTTTATGAAAAAGTTCCCATGGATTTTG  943

seq1  TATTAATTCATTTAAATTTCCAACTGCTATAATCCATTGACACAATCTGT  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTAATTCATTTAAATTTCCAACTGCTATAATCCATTGACACAATCTGT  993

seq1  ACCTGTAAGGTTAATGTAAAACTATTTATATAATTAATTAAAACTATTCA  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTGTAAGGTTAATGTAAAACTATTTATATAATTAATTAAAACTATTCA  1043

seq1  ATTATGGCTGAACAGTTTGATGAATTC  1075
      |||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATGGCTGAACAGTTTGATGAATTC  1070


seq1: chr10_34830979_34832092
seq2: B6Ng01-344G14.g_66_1195

seq1  GAATTCATGTTCAGTTGTCTTAGACTACTTTATGAATGCTGTTTCTCTTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATGTTCAGTTGTCTTAGACTACTTTATGAATGCTGTTTCTCTTG  50

seq1  AAATTGTTGACTTACTCTTTTCTATTTTATCTTTACTTTCTTCTTAAGAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTGTTGACTTACTCTTTTCTATTTTATCTTTACTTTCTTCTTAAGAA  100

seq1  ACAATATCTGGATGTCTTTTAAGCTGCTTAAATCCCTCCATAGAAATTCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAATATCTGGATGTCTTTTAAGCTGCTTAAATCCCTCCATAGAAATTCA  150

seq1  TGACCTAGTCTGAGGGTATGTGCAAGCTTCAATGAAAAACAATTCAGCCC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACCTAGTCTGAGGGTATGTGCAAGCTTCAATGAAAAACAATTCAGCCC  200

seq1  AATTCAAATAAAATTGTTAGGTTAGCATGGAATGTTTCTAAATACTTCGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTCAAATAAAATTGTTAGGTTAGCATGGAATGTTTCTAAATACTTCGT  250

seq1  AAAATTAAAAAAGTAGTTTTATTTTCATTTCATTTTCTAAAAAATAAAGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATTAAAAAAGTAGTTTTATTTTCATTTCATTTTCTAAAAAATAAAGT  300

seq1  CAAAAATTACTTGTCTAAATATATGCATATAGCTGCTAAATATCACCCAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAAATTACTTGTCTAAATATATGCATATAGCTGCTAAATATCACCCAG  350

seq1  CTCTATTCTTAATCATGACAATTAAATTTTTAAAATGTTAATATTTTATT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTATTCTTAATCATGACAATTAAATTTTTAAAATGTTAATATTTTATT  400

seq1  AGATATTTTCTTCCTTTACATTTTAAACGCTATCCCCTTTCATAGTTTTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATATTTTCTTCCTTTACATTTTAAACGCTATCCCCTTTCATAGTTTTC  450

seq1  TCTTCGAAAGTCCACTATACCCTTCCCCTGCCCTGTTCCCCAACCCACCC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCGAAAGTCCACTATACCCTTCCCCTGCCCTGTTCCCCAACCCACCC  500

seq1  ACTCTTGCTTCCTGGCCCTGGCATTTCCCTGTACTGGGGCATATAATCTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCTTGCTTCCTGGCCCTGGCATTTCCCTGTACTGGGGCATATAATCTT  550

seq1  CGCAAGACCAAGGAGGGGCCTCTCATCCCATTGATTGCCGACTAGGCCAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGCAAGACCAAGGAGGGGCCTCTCATCCCATTGATTGCCGACTAGGCCAT  600

seq1  CTTCTGCTACATATGCAACTAGAGACATAAGCTCTGGGGGGTACTGGTTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTGCTACATATGCAACTAGAGACATAAGCTCTGGGGGGTACTGGTTA  650

seq1  GTTCATATTGCTGTTCCTCCTATAGGGTTGCAGACCTCTTTAGCTCCTTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCATATTGCTGTTCCTCCTATAGGGTTGCAGACCTCTTTAGCTCCTTG  700

seq1  GGTACTTTCTCTAGCTCCTTCATTGGGGGCCCTGTGCTCCATCAACAATT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTACTTTCTCTAGCTCCTTCATTGGGGGCCCTGTGCTCCATCAACAATT  750

seq1  AAATTTTAAATTTCAATTTAATCATCACCCCTCCAACTATACCTAACACT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTTTAAATTTCAATTTAATCATCACCCCTCCAACTATACCTAACACT  800

seq1  ATATTTGGGGTGTTATCAGAAAATAGAGGGCAAGTTTCATGTATGTATGT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTTGGGGTGTTATCAGAAAATAGAGGGCAAGTTTCATGTATGTATGT  850

seq1  ATGTATGTATGTATGTATGTATGTATGTATGTATTCTTTAA-TTCTATG-  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| 
seq2  ATGTATGTATGTATGTATGTATGTATGTATGTATTCTTTAATTTCTATGA  900

seq1  TCTTAAATGTTATCAAGACATACCTTGCCC-TTGGTAATATTTGATTCCT  947
      |||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||
seq2  TCTTAAATGTTATCAAGACATACCTTGCCCTTTGTTAATATTTGATTCCT  950

seq1  TAGAATT-AGATAATTGCTGTAACTTATACATAATGTCTTTGCATGGTGA  996
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAATTAAGATAATTGCTGTAACTTATACATAATGTCTTTGCATGGTGA  1000

seq1  GTGACCTGAGGCATAAACAATCCAATTTTCCTGCTT--CTAAAGGCA-TT  1043
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||   |||||||| ||
seq2  GTGACCTGAGGCATAAACAATCCAATTTTTCTGCTTTCTTAAAGGCATTT  1050

seq1  GTAGATG-TGGCTGCTGCA--TCACATG--TGTGTCAGTAGGCAGCT---  1085
      ||||||| |||||||||||   ||||||   ||||||||||||||||   
seq2  GTAGATGTTGGCTGCTGCAATCCACATGGTGGTGTCAGTAGGCAGCTTGG  1100

seq1  GAGAGGAGAAAGGCTACA-TCCATA-TGCTC  1114
       | |||||||| |||||| |||||| |||||
seq2  AAAAGGAGAAA-GCTACATTCCATATTGCTC  1130


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |