BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-346K15
Chromosome10 (Build37)
Map Location 9,178,898 - 9,302,457
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneUst, Sash1, LOC100039173, EG666625, LOC666636
Downstream geneE130306M17Rik, LOC666658, LOC620417, Stxbp5, LOC100039238, LOC665110, 9130014G24Rik, Rab32
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-346K15.bB6Ng01-346K15.g
ACCGA128498GA128499
length1,2171,117
definitionB6Ng01-346K15.b B6Ng01-346K15.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(9,178,898 - 9,180,119)(9,301,325 - 9,302,457)
sequence
gaattctttctgtgacacaaacacccacagaaagatgaagcactagagcc
tggccaaatgtagaaatgagctttggattacattgatgctggcttttatg
caacatgattctgtctcgtaaccaaatagtgggggaagggttccaaccag
attcaaaatggcatccgagccactcacggagaatgaggacatctgtgcat
atttatacccacaaaagcacacagtacatccttacatcaaggaatcccag
ctgcaaatgaatggtggtccctgatctgatgctatcaacccctctcagcc
ctccgcagcaaggacatcctgatgctagttccctgaatgctcacatacaa
ctgtaattgatcccatttagcttcatacgatttgtagataaatgatggct
gcgtgtttatgcaaagcatctctgtgaagaaatgaagctaattttcttct
tgaataacccttgaaggagaagagcaatcatgtggtagcaagaatatatg
gcaacatgtttcagtgaggagtggcgtccccacatttagccagtggactg
ccacatggtagcaactgcactggggagggggctgattgatgttagcacaa
aagtaggtgatcatttgaagcaaagaacaaaatcagcgtagaattttaag
aggtgaatttctaccatacacacctatgtgtgagccaacagccagagttt
agctcccaacgaatctttgtagaaagctactgtgagatctcaaggtttcc
taggaaaggcgattatctatctggtcagtctctgaggaccattcattgaa
acagtgtgcatggcaaagatgtctaccatttagctcaaagctaaatgccg
cctgaagatttaattcaagaaaagaacaagaactgcaaaatgatatgttt
gagaaggacattagtgcccattcagtaaaacctgatttttcacaggtaaa
gaaattaagatagcaatcacatggctttctacactgtaaaattcaaatga
acttcatgagaaaatgttctagagaggttatgctgtgcatgggttaatat
gaaagccactgaggtagataatttcttcactttccaagaataggtaaatc
cactttaaaaatacttaagttacttcccttatataatctaaataaattgg
gtaagtttaggcctggaagaatggccaagcacttggacccttgctgcaat
tcagaggacctggcttt

gaattctatatatgcactagactgcacagagaactctatgtgaactagac
tgcatggaaaagagcatattgggaggatcttacttcatataaagcagtta
ttttccttaactatcttaagatttaggttttctgagagtccagtctgagt
agacacaactgtaacggtatttcccttaaaggattggaaaggctcccacc
aagcaggaggttacagactgcactgtgtgtactctgcaaactaggagcat
cattttctcacttatgaaatagttaccatgctgggcacaaatctcctgtc
atacattttccactgtgtatgtacaggctcacatttccatatgtatgtgc
ctggctgataaacacatagaaaggaagaaagggagagtgtacctgaagct
cccatccatggcagattctatgattcttaggtgagtacccttttggagga
agataataggaaaaaaatctcctctcaatggagactgtgttcaaaaacac
gacaggcttgggtgtagtgactaggctcttgggagcacttgtcatactgg
gcagtgttgggttgaactatgctcagggatggaattctatagcagccttc
gaatggctgtcggttacatgctatgtttcctctaaaattgggattgaaat
ttgtatctttaccaatagttttgagcctatactcgctggatatgccaaca
ttccaaaagaacatgttggcagttcaaacaccagaccattgttttaaatc
agacctcaggctctcctggagcctgtgagtagcctcagtcctaagagaca
gaccagattctgaagttcacattttagcaccgtctgccctccattatctc
ttgcctatagaaatgctggccaggtttgtggtagatctcagaggatgccc
tgagatgagagcctctggaaagaattagatgaagagcgtgtctggggccc
acaacagcatagcatttattcagaaacagagaggtctggctctgcagtga
cagatacaaaccctcatgggtgcagacaggatcagaagagactgggatca
agtcaggaacacctgtgagagtcagcagagtcaggagcaactgttaatac
tccagcgtgagggtgtg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr10_9178898_9180119
seq2: B6Ng01-346K15.b_43_1259

seq1  GAATTCTTTCTGTGACACAAACACCCACAGAAAGATGAAGCACTAGAGCC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTCTGTGACACAAACACCCACAGAAAGATGAAGCACTAGAGCC  50

seq1  TGGCCAAATGTAGAAATGAGCTTTGGATTACATTGATGCTGGCTTTTATG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCCAAATGTAGAAATGAGCTTTGGATTACATTGATGCTGGCTTTTATG  100

seq1  CAACATGATTCTGTCTCGTAACCAAATAGTGGGGGAAGGGTTCCAACCAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACATGATTCTGTCTCGTAACCAAATAGTGGGGGAAGGGTTCCAACCAG  150

seq1  ATTCAAAATGGCATCCGAGCCACTCACGGAGAATGAGGACATCTGTGCAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCAAAATGGCATCCGAGCCACTCACGGAGAATGAGGACATCTGTGCAT  200

seq1  ATTTATACCCACAAAAGCACACAGTACATCCTTACATCAAGGAATCCCAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTATACCCACAAAAGCACACAGTACATCCTTACATCAAGGAATCCCAG  250

seq1  CTGCAAATGAATGGTGGTCCCTGATCTGATGCTATCAACCCCTCTCAGCC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCAAATGAATGGTGGTCCCTGATCTGATGCTATCAACCCCTCTCAGCC  300

seq1  CTCCGCAGCAAGGACATCCTGATGCTAGTTCCCTGAATGCTCACATACAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCGCAGCAAGGACATCCTGATGCTAGTTCCCTGAATGCTCACATACAA  350

seq1  CTGTAATTGATCCCATTTAGCTTCATACGATTTGTAGATAAATGATGGCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTAATTGATCCCATTTAGCTTCATACGATTTGTAGATAAATGATGGCT  400

seq1  GCGTGTTTATGCAAAGCATCTCTGTGAAGAAATGAAGCTAATTTTCTTCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCGTGTTTATGCAAAGCATCTCTGTGAAGAAATGAAGCTAATTTTCTTCT  450

seq1  TGAATAACCCTTGAAGGAGAAGAGCAATCATGTGGTAGCAAGAATATATG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATAACCCTTGAAGGAGAAGAGCAATCATGTGGTAGCAAGAATATATG  500

seq1  GCAACATGTTTCAGTGAGGAGTGGCGTCCCCACATTTAGCCAGTGGACTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAACATGTTTCAGTGAGGAGTGGCGTCCCCACATTTAGCCAGTGGACTG  550

seq1  CCACATGGTAGCAACTGCACTGGGGAGGGGGCTGATTGATGTTAGCACAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACATGGTAGCAACTGCACTGGGGAGGGGGCTGATTGATGTTAGCACAA  600

seq1  AAGTAGGTGATCATTTGAAGCAAAGAACAAAATCAGCGTAGAATTTTAAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTAGGTGATCATTTGAAGCAAAGAACAAAATCAGCGTAGAATTTTAAG  650

seq1  AGGTGAATTTCTACCATACACACCTATGTGTGAGCCAACAGCCAGAGTTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTGAATTTCTACCATACACACCTATGTGTGAGCCAACAGCCAGAGTTT  700

seq1  AGCTCCCAACGAATCTTTGTAGAAAGCTACTGTGAGATCTCAAGGTTTCC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTCCCAACGAATCTTTGTAGAAAGCTACTGTGAGATCTCAAGGTTTCC  750

seq1  TAGGAAAGGCGATTATCTATCTGGTCAGTCTCTGAGGACCATTCATTGAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGAAAGGCGATTATCTATCTGGTCAGTCTCTGAGGACCATTCATTGAA  800

seq1  ACAGTGTGCATGGCAAAGATGTCTACCATTTAGCTCAAAGCTAAATGCCG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGTGTGCATGGCAAAGATGTCTACCATTTAGCTCAAAGCTAAATGCCG  850

seq1  CCTGAAGATTTAATTCAAGAAAAGAACAAGAACTGCAAAATGATATGTTT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGAAGATTTAATTCAAGAAAAGAACAAGAACTGCAAAATGATATGTTT  900

seq1  GAGAAGGACATTAGTGCCCATTCAGTAAAACCTGATTTTTCACAGGTAAA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAAGGACATTAGTGCCCATTCAGTAAAACCTGATTTTTCACAGGTAAA  950

seq1  GAAATTAAGATAGCAATCACATGGCTTTCTACACTGTAAAATTCAAATGA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATTAAGATAGCAATCACATGGCTTTCTACACTGTAAAATTCAAATGA  1000

seq1  ACTTCATGAGAAAATGTTCTAGAGAGGTTATGCTGTGCATGGG-TAATAT  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  ACTTCATGAGAAAATGTTCTAGAGAGGTTATGCTGTGCATGGGTTAATAT  1050

seq1  GAAAGCCACTGAGGTAGATAATTTCTTCACCTTCCAAAGAATAGGTTAAA  1099
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||| ||||
seq2  GAAAGCCACTGAGGTAGATAATTTCTTCACTTTCC-AAGAATAGG-TAAA  1098

seq1  TCCACTTTTAAAAATACTTAAG-TACTTCCTTAATATAATCTAAATAAAA  1148
      ||||| |||||||||||||||| ||||||| | |||||||||||||  ||
seq2  TCCAC-TTTAAAAATACTTAAGTTACTTCCCTTATATAATCTAAAT--AA  1145

seq1  ATTGGTTAGTGTTAGGCCTGGAGAGATGGCCAAGCACTTTGGAACACTTG  1198
      ||||| ||   |||||||||||   ||||||||||||||  | || ||||
seq2  ATTGGGTAAGTTTAGGCCTGGAAGAATGGCCAAGCACTT--GGACCCTTG  1193

seq1  CTGCATTTCAGGAGGACCT-GCTTT  1222
      ||||| |||| |||||||| |||||
seq2  CTGCAATTCA-GAGGACCTGGCTTT  1217


seq1: chr10_9301325_9302457
seq2: B6Ng01-346K15.g_68_1184 (reverse)

seq1  CACACACTCACGCTGGAAGTTATAACAGTTGCTCCTTGACTTCCTTGCTG  50
      ||||| |||||||||| |||  ||||||||||||| |||||    |||||
seq2  CACACCCTCACGCTGG-AGTATTAACAGTTGCTCC-TGACT---CTGCTG  45

seq1  GCTTCTCACCAGTGTTCCCTTGACTTTGATTCCCAGTCCTTCTTTCTGAT  100
       | ||||||  |||||||  |||| |||| ||||||||  || |||||||
seq2  AC-TCTCACAGGTGTTCC--TGAC-TTGA-TCCCAGTC--TC-TTCTGAT  87

seq1  CCCTGTCTTGCACCCCTGAGGGTTTGTATCTGTCACTGCAGAGCCAGACC  150
       |||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  -CCTGTC-TGCACCCATGAGGGTTTGTATCTGTCACTGCAGAGCCAGACC  135

seq1  TCTCTGTTTCTGAATAAATGCTATGCTGTTTGTGGGCCCCAGACACGCTC  200
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTGTTTCTGAATAAATGCTATGCTG-TTGTGGGCCCCAGACACGCTC  184

seq1  TTCATCTAATTCTTTCCAGAGGCTCTCATCTCAGGGCATCCTCTGAGATC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATCTAATTCTTTCCAGAGGCTCTCATCTCAGGGCATCCTCTGAGATC  234

seq1  TACCACAAACCTGGCCAGCATTTCTATAGGCAAGAGATAATGGAGGGCAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCACAAACCTGGCCAGCATTTCTATAGGCAAGAGATAATGGAGGGCAG  284

seq1  ACGGTGCTAAAATGTGAACTTCAGAATCTGGTCTGTCTCTTAGGACTGAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGGTGCTAAAATGTGAACTTCAGAATCTGGTCTGTCTCTTAGGACTGAG  334

seq1  GCTACTCACAGGCTCCAGGAGAGCCTGAGGTCTGATTTAAAACAATGGTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTACTCACAGGCTCCAGGAGAGCCTGAGGTCTGATTTAAAACAATGGTC  384

seq1  TGGTGTTTGAACTGCCAACATGTTCTTTTGGAATGTTGGCATATCCAGCG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTGTTTGAACTGCCAACATGTTCTTTTGGAATGTTGGCATATCCAGCG  434

seq1  AGTATAGGCTCAAAACTATTGGTAAAGATACAAATTTCAATCCCAATTTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTATAGGCTCAAAACTATTGGTAAAGATACAAATTTCAATCCCAATTTT  484

seq1  AGAGGAAACATAGCATGTAACCGACAGCCATTCGAAGGCTGCTATAGAAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGAAACATAGCATGTAACCGACAGCCATTCGAAGGCTGCTATAGAAT  534

seq1  TCCATCCCTGAGCATAGTTCAACCCAACACTGCCCAGTATGACAAGTGCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCATCCCTGAGCATAGTTCAACCCAACACTGCCCAGTATGACAAGTGCT  584

seq1  CCCAAGAGCCTAGTCACTACACCCAAGCCTGTCGTGTTTTTGAACACAGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAAGAGCCTAGTCACTACACCCAAGCCTGTCGTGTTTTTGAACACAGT  634

seq1  CTCCATTGAGAGGAGATTTTTTTCCTATTATCTTCCTCCAAAAGGGTACT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCATTGAGAGGAGATTTTTTTCCTATTATCTTCCTCCAAAAGGGTACT  684

seq1  CACCTAAGAATCATAGAATCTGCCATGGATGGGAGCTTCAGGTACACTCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCTAAGAATCATAGAATCTGCCATGGATGGGAGCTTCAGGTACACTCT  734

seq1  CCCTTTCTTCCTTTCTATGTGTTTATCAGCCAGGCACATACATATGGAAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTTTCTTCCTTTCTATGTGTTTATCAGCCAGGCACATACATATGGAAA  784

seq1  TGTGAGCCTGTACATACACAGTGGAAAATGTATGACAGGAGATTTGTGCC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGAGCCTGTACATACACAGTGGAAAATGTATGACAGGAGATTTGTGCC  834

seq1  CAGCATGGTAACTATTTCATAAGTGAGAAAATGATGCTCCTAGTTTGCAG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCATGGTAACTATTTCATAAGTGAGAAAATGATGCTCCTAGTTTGCAG  884

seq1  AGTACACACAGTGCAGTCTGTAACCTCCTGCTTGGTGGGAGCCTTTCCAA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTACACACAGTGCAGTCTGTAACCTCCTGCTTGGTGGGAGCCTTTCCAA  934

seq1  TCCTTTAAGGGAAATACCGTTACAGTTGTGTCTACTCAGACTGGACTCTC  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTTAAGGGAAATACCGTTACAGTTGTGTCTACTCAGACTGGACTCTC  984

seq1  AGAAAACCTAAATCTTAAGATAGTTAAGGAAAATAACTGCTTTATATGAA  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAACCTAAATCTTAAGATAGTTAAGGAAAATAACTGCTTTATATGAA  1034

seq1  GTAAGATCCTCCCAATATGCTCTTTTCCATGCAGTCTAGTTCACATAGAG  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAGATCCTCCCAATATGCTCTTTTCCATGCAGTCTAGTTCACATAGAG  1084

seq1  TTCTCTGTGCAGTCTAGTGCATATATAGAATTC  1133
      |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCTGTGCAGTCTAGTGCATATATAGAATTC  1117


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |