BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-347O18
Chromosome10 (Build37)
Map Location 66,555,744 - 66,688,393
singlet/doubletdoublet
Overlap geneReep3, Jmjd1c
Upstream gene1700023F02Rik, 4930407I19Rik
Downstream geneNrbf2, Egr2, Gm237, LOC100040081, LOC100039618, Zfp365, Plekhk1, Arid5b
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-347O18.bB6Ng01-347O18.g
ACCGA129376GA129377
length1,0981,131
definitionB6Ng01-347O18.b B6Ng01-347O18.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(66,555,744 - 66,556,848)(66,687,269 - 66,688,393)
sequence
gaattcctcaaggcaagtctgtgaaggatgctgtggtggtttgaatatgc
ttggcccagagagtcatacttttaggatgtgtgaccttgttggaagaagt
gtgtctctgtgaggtgggattttctgagatttcctttgttgttgattctc
tttaccttagacttagtctcaggcagactcttcagacaaaggcaaaaagc
agccacattttttcagcaaaataccacaggatgaacctctaggtcagagg
tccaatccattatcatcaaggctggatgcgtgacagtatgcaggcaggca
tggtatatggttagctgagagttctacatcttgttctgaaggccacagga
agatgaatgactaccggaaactaggaggagaacctcagagcccaccccca
cagtgacatacttcctccaacaaggccacaactactaatagtgctactcc
ctgggtcaagcttaattcaaagcaccacagatgcccactgcagaattgca
cctgtattaattatagcattccttataaaatattatggtatacaactttt
gtatatataactttgatatctaaacacaggctcagagggggggacaaaag
aaaatgaaatatagtctaaaatttaatatgtaggtatttggctagtccgt
gcttctttgttctgaaagcagctactggcacttatggaataattactacc
cactagatgctgcatgtggacattatatatgagaatgtgccttatcttat
ggggcgagtcacagtggtagaactgatatttaaattcagaccagctggtt
cgagttttgatttgtgtacaatgctataacacagaagctacgaaaagtta
gggaaagatgtgtttgtgtgtgggctttcctcaatctgtgagcagtgcct
tcagaatatgaggtacgggcagtgtatatgaattttagtattatgaggta
tgctcacgttaccattcccttaaatttgctcacctggagaactagttcag
aggttatagcacttactctgcaagacccaggttttggttcaggattcaaa
tgggcagctcacactgctgtatctctgttcatggtatctgacattaca

gaattcttaaaatttgactgagagtcttttggctcaggaattagagttgg
aggcttctgagattcttgaactttgccaccagcatttactggcatcaccg
gtgtcagtgttggaggggaaaggctactgtagctgctttcctttctttcc
aaactgtggtggattggtggatggaatactggtgccctgtgcagagcagg
catgctgcggagtgcattagtagaagaaacagtcagatgggtagggctcc
gacaatcacttctgaacgttgttactgagtgagatgcactctgatgggga
agatggtctggtatcttgcccactaaactttcactttctggttggtgttt
aatcaaaggtggaggcttcgaaagagatgatataaaagaatgagtttgag
gattggctgttgcagaaaggttattattttgtttctcagtgtaaatgttg
gaaacttctttggatgggtaggatcttggtggctcattgaccacactatt
agataaagtagtgaagtagttactctggggcaaactctgaggcactgagt
gcttcatcttataaatctctgacacggagcggtctacgtctttatcttgt
ttgatagcatggcttttaggactagaagatgatggtactactctggagta
attctctctttcaacctcatgacccttgattttggttgtaaatggagcca
catcaatactctcctgaagaatccgacgatgttcctccttgtatttgttc
agtctctctccagtctcctggggtggccttggacccacaaaatgcctatg
caagtgacaatcttttcctgcctgtgacctattaagatccaggtcacctt
ttactgatgtggatgcattagaccgtaatggttccataaaagctttcctc
tccaattctcttacaaagaaaatacacaagattcctgtatcacttttcca
tacaaatgatttttatgaaatgttattcttgttatgaaagcaacagtttt
gataagtatttaaaattggagatataccagtggttgaaaggaacatatcc
acatgtaggactataccttatttattgccataactttgggaaggctggaa
ggcaggaggaattgcaatgagttcatatagc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr10_66555744_66556848
seq2: B6Ng01-347O18.b_49_1146

seq1  GAATTCCTCAAGGCAAGTCTGTGAAGGATGCTGTGGTGGTTTGAATATGC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTCAAGGCAAGTCTGTGAAGGATGCTGTGGTGGTTTGAATATGC  50

seq1  TTGGCCCAGAGAGTCATACTTTTAGGATGTGTGACCTTGTTGGAAGAAGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGCCCAGAGAGTCATACTTTTAGGATGTGTGACCTTGTTGGAAGAAGT  100

seq1  GTGTCTCTGTGAGGTGGGATTTTCTGAGATTTCCTTTGTTGTTGATTCTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTCTCTGTGAGGTGGGATTTTCTGAGATTTCCTTTGTTGTTGATTCTC  150

seq1  TTTACCTTAGACTTAGTCTCAGGCAGACTCTTCAGACAAAGGCAAAAAGC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTACCTTAGACTTAGTCTCAGGCAGACTCTTCAGACAAAGGCAAAAAGC  200

seq1  AGCCACATTTTTTCAGCAAAATACCACAGGATGAACCTCTAGGTCAGAGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCACATTTTTTCAGCAAAATACCACAGGATGAACCTCTAGGTCAGAGG  250

seq1  TCCAATCCATTATCATCAAGGCTGGATGCGTGACAGTATGCAGGCAGGCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAATCCATTATCATCAAGGCTGGATGCGTGACAGTATGCAGGCAGGCA  300

seq1  TGGTATATGGTTAGCTGAGAGTTCTACATCTTGTTCTGAAGGCCACAGGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTATATGGTTAGCTGAGAGTTCTACATCTTGTTCTGAAGGCCACAGGA  350

seq1  AGATGAATGACTACCGGAAACTAGGAGGAGAACCTCAGAGCCCACCCCCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGAATGACTACCGGAAACTAGGAGGAGAACCTCAGAGCCCACCCCCA  400

seq1  CAGTGACATACTTCCTCCAACAAGGCCACAACTACTAATAGTGCTACTCC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGACATACTTCCTCCAACAAGGCCACAACTACTAATAGTGCTACTCC  450

seq1  CTGGGTCAAGCTTAATTCAAAGCACCACAGATGCCCACTGCAGAATTGCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGGTCAAGCTTAATTCAAAGCACCACAGATGCCCACTGCAGAATTGCA  500

seq1  CCTGTATTAATTATAGCATTCCTTATAAAATATTATGGTATACAACTTTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGTATTAATTATAGCATTCCTTATAAAATATTATGGTATACAACTTTT  550

seq1  GTATATATAACTTTGATATCTAAACACAGGCTCAGAGGGGGGGACAAAAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATATATAACTTTGATATCTAAACACAGGCTCAGAGGGGGGGACAAAAG  600

seq1  AAAATGAAATATAGTCTAAAATTTAATATGTAGGTATTTGGCTAGTCCGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATGAAATATAGTCTAAAATTTAATATGTAGGTATTTGGCTAGTCCGT  650

seq1  GCTTCTTTGTTCTGAAAGCAGCTACTGGCACTTATGGAATAATTACTACC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTCTTTGTTCTGAAAGCAGCTACTGGCACTTATGGAATAATTACTACC  700

seq1  CACTAGATGCTGCATGTGGACATTATATATGAGAATGTGCCTTATCTTAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTAGATGCTGCATGTGGACATTATATATGAGAATGTGCCTTATCTTAT  750

seq1  GGGGCGAGTCACAGTGGTAGAACTGATATTTAAATTCAGACCAGCTGGTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGCGAGTCACAGTGGTAGAACTGATATTTAAATTCAGACCAGCTGGTT  800

seq1  CGAGTTTTGATTTGTGTACAATGCTATAACACAGAAGCTACGAAAAGTTA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGAGTTTTGATTTGTGTACAATGCTATAACACAGAAGCTACGAAAAGTTA  850

seq1  GGGAAAGATGTGTTTGTGTGTGGGCTTTCCTCAATCTGTGAGCAGTGCCT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAAAGATGTGTTTGTGTGTGGGCTTTCCTCAATCTGTGAGCAGTGCCT  900

seq1  TCAGAATATGAGGTACGGGCAGTGTATATGAA-TTTAGTATTATGAGGTA  949
      |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  TCAGAATATGAGGTACGGGCAGTGTATATGAATTTTAGTATTATGAGGTA  950

seq1  TGCTCACGTTACCATTCCTTAAAATTTGCTCACCTGGAGAACTAGTTCAG  999
      |||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTCACGTTACCATTCCCTTAAATTTGCTCACCTGGAGAACTAGTTCAG  1000

seq1  AGGTTAATAGCACTTACTTCTGCCAAGGACCCAGGTTTTGGTTCCAGGAT  1049
      ||||| ||||||||||| |||||  | |||||||||||||||| ||||||
seq2  AGGTT-ATAGCACTTAC-TCTGC--AAGACCCAGGTTTTGGTT-CAGGAT  1045

seq1  TCAAAT-GGCAGCTCACAACTGCTTGTATCTCCTGTTTCATGGGATCTGA  1098
      |||||| |||||||||| ||||| ||||||| ||| ||||||| ||||||
seq2  TCAAATGGGCAGCTCAC-ACTGC-TGTATCT-CTG-TTCATGGTATCTGA  1091

seq1  CATTACA  1105
      |||||||
seq2  CATTACA  1098


seq1: chr10_66687269_66688393
seq2: B6Ng01-347O18.g_69_1199 (reverse)

seq1  GCTAT-TGAACTCATTGCAA-TCCTCCTGCCT--CAGCCTTCC--AAGTA  44
      ||||| |||||||||||||| |||||||||||  |||||||||  |||| 
seq2  GCTATATGAACTCATTGCAATTCCTCCTGCCTTCCAGCCTTCCCAAAGTT  50

seq1  ATGGCAATAA--TAGGTATAAGTCACTACATGTGGATATGTTCTTTTCA-  91
      ||||||||||   |||||| |||| |||||||||||||||||| ||||| 
seq2  ATGGCAATAAATAAGGTAT-AGTC-CTACATGTGGATATGTTCCTTTCAA  98

seq1  -CACTGGTATATCTTCCAATTTTAAATAC-TATCAAAACTGTTTGCTTTC  139
       |||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||
seq2  CCACTGGTATATC-TCCAATTTTAAATACTTATCAAAACTG-TTGCTTTC  146

seq1  ATAAC-AGAATAACATTTCATAAAAATCATTTTGTATGGAAAAGTGATTA  188
      ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||
seq2  ATAACAAGAATAACATTTCATAAAAATCA-TTTGTATGGAAAAGTGA-TA  194

seq1  CAGGAATCTTTGTGTATTTTCTTTGT-AGAGAATTGGAGAGGAAAGCTTT  237
      |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGAATC-TTGTGTATTTTCTTTGTAAGAGAATTGGAGAGGAAAGCTTT  243

seq1  TATGGAACCATTACGGTCTAATGCATCCACATCAGTAAAAGGTGACCTGG  287
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGGAACCATTACGGTCTAATGCATCCACATCAGTAAAAGGTGACCTGG  293

seq1  ATCTTAATAGGTCACAGGCAGGAAAAGATTGTCACTTGCATAGGCATTTT  337
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTAATAGGTCACAGGCAGGAAAAGATTGTCACTTGCATAGGCATTTT  343

seq1  GTGGGTCCAAGGCCACCCCAGGAGACTGGAGAGAGACTGAACAAATACAA  387
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGGTCCAAGGCCACCCCAGGAGACTGGAGAGAGACTGAACAAATACAA  393

seq1  GGAGGAACATCGTCGGATTCTTCAGGAGAGTATTGATGTGGCTCCATTTA  437
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGGAACATCGTCGGATTCTTCAGGAGAGTATTGATGTGGCTCCATTTA  443

seq1  CAACCAAAATCAAGGGTCATGAGGTTGAAAGAGAGAATTACTCCAGAGTA  487
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACCAAAATCAAGGGTCATGAGGTTGAAAGAGAGAATTACTCCAGAGTA  493

seq1  GTACCATCATCTTCTAGTCCTAAAAGCCATGCTATCAAACAAGATAAAGA  537
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACCATCATCTTCTAGTCCTAAAAGCCATGCTATCAAACAAGATAAAGA  543

seq1  CGTAGACCGCTCCGTGTCAGAGATTTATAAGATGAAGCACTCAGTGCCTC  587
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTAGACCGCTCCGTGTCAGAGATTTATAAGATGAAGCACTCAGTGCCTC  593

seq1  AGAGTTTGCCCCAGAGTAACTACTTCACTACTTTATCTAATAGTGTGGTC  637
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGTTTGCCCCAGAGTAACTACTTCACTACTTTATCTAATAGTGTGGTC  643

seq1  AATGAGCCACCAAGATCCTACCCATCCAAAGAAGTTTCCAACATTTACAC  687
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGAGCCACCAAGATCCTACCCATCCAAAGAAGTTTCCAACATTTACAC  693

seq1  TGAGAAACAAAATAATAACCTTTCTGCAACAGCCAATCCTCAAACTCATT  737
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGAAACAAAATAATAACCTTTCTGCAACAGCCAATCCTCAAACTCATT  743

seq1  CTTTTATATCATCTCTTTCGAAGCCTCCACCTTTGATTAAACACCAACCA  787
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTATATCATCTCTTTCGAAGCCTCCACCTTTGATTAAACACCAACCA  793

seq1  GAAAGTGAAAGTTTAGTGGGCAAGATACCAGACCATCTTCCCCATCAGAG  837
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGTGAAAGTTTAGTGGGCAAGATACCAGACCATCTTCCCCATCAGAG  843

seq1  TGCATCTCACTCAGTAACAACGTTCAGAAGTGATTGTCGGAGCCCTACCC  887
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCATCTCACTCAGTAACAACGTTCAGAAGTGATTGTCGGAGCCCTACCC  893

seq1  ATCTGACTGTTTCTTCTACTAATGCACTCCGCAGCATGCCTGCTCTGCAC  937
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTGACTGTTTCTTCTACTAATGCACTCCGCAGCATGCCTGCTCTGCAC  943

seq1  AGGGCACCAGTATTCCATCCACCAATCCACCACAGTTTGGAAAGAAAGGA  987
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGCACCAGTATTCCATCCACCAATCCACCACAGTTTGGAAAGAAAGGA  993

seq1  AAGCAGCTACAGTAGCCTTTCCCCTCCAACACTGACACCGGTGATGCCAG  1037
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCAGCTACAGTAGCCTTTCCCCTCCAACACTGACACCGGTGATGCCAG  1043

seq1  TAAATGCTGGTGGCAAAGTTCAAGAATCTCAGAAGCCTCCAACTCTAATT  1087
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATGCTGGTGGCAAAGTTCAAGAATCTCAGAAGCCTCCAACTCTAATT  1093

seq1  CCTGAGCCAAAAGACTCTCAGTCAAATTTTAAGAATTC  1125
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGAGCCAAAAGACTCTCAGTCAAATTTTAAGAATTC  1131


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |