BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-350D21
Chromosome10 (Build37)
Map Location 123,003,005 - 123,121,830
singlet/doubletdoublet
Overlap geneAI851790
Upstream genePpm1h, D630033A02Rik, Mon2, Usp15, LOC100042958
Downstream gene4930503E24Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-350D21.bB6Ng01-350D21.g
ACCGA130974GA130975
length9981,113
definitionB6Ng01-350D21.b B6Ng01-350D21.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(123,003,005 - 123,004,000)(123,120,694 - 123,121,830)
sequence
gaattctgcttctgctgggttgcctgagtatgcttttacttgttcatgta
tacaatccacacacatattgaatacctgttatatgtcagtgctatggtag
actccggggatatgaagacatgagtaatagtctcatcccccaaaatgctg
atgctctggaggaatgccctgagttatgttcctattgtgggttgttcaga
ttgcttaaggatagaatagtagtgattctttggtacaatggctattgtga
actcttgtctctaatactatgtccatttcatttggaacccttaagtaaat
attacacttgaaattcaacttactgtatgattgggtgttttagagaccaa
ttttgttttgtaggtgtgtgaatgggtaagttatggaaggaatatatgtt
cttggtagagagcagaaagttgtagaaagaatgggcttaagatagtaaag
atatttatcactgaggcatgactttaaggagtgtgtcaagatcttgaaaa
ttctacctatgcctaatttcaatcatctgataaaatactacatttctcat
tctctttaaccactttactgaattttataccttcctgtccctataatgtc
tccatgcctccctcttttcttccctccatacctccttccttccttctctc
cttccttccctcctttctttctcctaccctctttcttccctccctttctc
tcttcctctctccttctctctttctttcctccccttcctttcttccctcc
cttcccctctcccctccctcccttcctctttctctcccctctttactggg
aagatgttaagtagcagataaggtatagaagaccattggccttcaaggat
cttaaacacctttgaaaacaaattattattgtgcatatatgtgtcagtag
atggtgtgtcatggcacggacatgcatgtgtcagtagatggtgtgtcatg
gcacagacgtgcatggtgtcagtagatggtgtggtcatgggcatggat

gaattcttatttctttagtagtacctactggtggttcattctttgggaaa
ttgtttttatctcccagagtgaattaaacacgtacagtaactagccctcc
tgatggaggtgaagcagctgctatccatcaacttaacccaggaaagggaa
ctcagcttcttacaggaggtggtagagctccattgtgtgcaaaggaaact
agataccaaatttaacaggactgccactatcagtgtgactctgagcaagc
tgcagacaacatgccttagtttccgcacctgcaaaaacaatcagccgttt
cacagttttattgggaaggttaaatataaattaggaaatgtcttagcact
gtgtctggtatacaggtagagctcagaaagtattggatattagtaccagc
accagcaccagcagtaccagcagcatcatgtcatcatgtcatcatgtcat
catcatcactgttcttgtgaagaattcttcatgacaaatgacttaacagg
tgccttagtcagggttcctattcctgcacaaacatcatggccaagaagca
agttggggaggaaagggtttattcagcttacacctccacactgctgttca
tcaccaaaggaagtcaggactgaaactcacacagggaagcaggagctgat
gcagaggccacggagggatgttctttactggcttgcttcctggcttgctc
agcctgctctcttatagaacccaagactaccagtccagagatggtcccac
ccacaaaggggcctcccccattgatcactaattgagataatggcccacag
ctggatctcatggaggcatttcctcacctgaagttcctttccctgtgata
actccagcctgtgtcaagttgacacaaaaccagccaatataacaggtatc
ataagctaccttctatctaagattccttacgttacatagcagtagtgcaa
tgtgatatcacagactctgaaagatagattacatgattcacattcagaca
tcactatgtctgggcactattggtgtgctatactcatatgctcattttct
caatatgcatcgaataaaaaaaatccacagtactatctccagattatcat
acggatgccatta
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr10_123003005_123004000
seq2: B6Ng01-350D21.b_46_1043

seq1  GAATTCTGCTTCTGCTGGGTTGCCTGAGTATGCTTTTACTTGTTCATGTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGCTTCTGCTGGGTTGCCTGAGTATGCTTTTACTTGTTCATGTA  50

seq1  TACAATCCACACACATATTGAATACCTGTTATATGTCAGTGCTATGGTAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAATCCACACACATATTGAATACCTGTTATATGTCAGTGCTATGGTAG  100

seq1  ACTCCGGGGATATGAAGACATGAGTAATAGTCTCATCCCCCAAAATGCTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCCGGGGATATGAAGACATGAGTAATAGTCTCATCCCCCAAAATGCTG  150

seq1  ATGCTCTGGAGGAATGCCCTGAGTTATGTTCCTATTGTGGGTTGTTCAGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTCTGGAGGAATGCCCTGAGTTATGTTCCTATTGTGGGTTGTTCAGA  200

seq1  TTGCTTAAGGATAGAATAGTAGTGATTCTTTGGTACAATGGCTATTGTGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTTAAGGATAGAATAGTAGTGATTCTTTGGTACAATGGCTATTGTGA  250

seq1  ACTCTTGTCTCTAATACTATGTCCATTTCATTTGGAACCCTTAAGTAAAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCTTGTCTCTAATACTATGTCCATTTCATTTGGAACCCTTAAGTAAAT  300

seq1  ATTACACTTGAAATTCAACTTACTGTATGATTGGGTGTTTTAGAGACCAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTACACTTGAAATTCAACTTACTGTATGATTGGGTGTTTTAGAGACCAA  350

seq1  TTTTGTTTTGTAGGTGTGTGAATGGGTAAGTTATGGAAGGAATATATGTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGTTTTGTAGGTGTGTGAATGGGTAAGTTATGGAAGGAATATATGTT  400

seq1  CTTGGTAGAGAGCAGAAAGTTGTAGAAAGAATGGGCTTAAGATAGTAAAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGGTAGAGAGCAGAAAGTTGTAGAAAGAATGGGCTTAAGATAGTAAAG  450

seq1  ATATTTATCACTGAGGCATGACTTTAAGGAGTGTGTCAAGATCTTGAAAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTTATCACTGAGGCATGACTTTAAGGAGTGTGTCAAGATCTTGAAAA  500

seq1  TTCTACCTATGCCTAATTTCAATCATCTGATAAAATACTACATTTCTCAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTACCTATGCCTAATTTCAATCATCTGATAAAATACTACATTTCTCAT  550

seq1  TCTCTTTAACCACTTTACTGAATTTTATACCTTCCTGTCCCTATAATGTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTTTAACCACTTTACTGAATTTTATACCTTCCTGTCCCTATAATGTC  600

seq1  TCCATGCCTCCCTCTTTTCTTCCCTCCATACCTCCTTCCTTCCTTCTCTC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCATGCCTCCCTCTTTTCTTCCCTCCATACCTCCTTCCTTCCTTCTCTC  650

seq1  CTTCCTTCCCTCCTTTCTTTCTCCTACCCTCTTTCTTCCCTCCCTTTCTC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCTTCCCTCCTTTCTTTCTCCTACCCTCTTTCTTCCCTCCCTTTCTC  700

seq1  TCTTCCTCTCTCCTTCTCTCTTTCTTTCCTCCCCTTCCTTTCTTCCCTCC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCCTCTCTCCTTCTCTCTTTCTTTCCTCCCCTTCCTTTCTTCCCTCC  750

seq1  CTTCCCCTCTCCCCTCCCTCCCTTCCTCTTTCTCTCCCCTCTTTACTGGG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCCCTCTCCCCTCCCTCCCTTCCTCTTTCTCTCCCCTCTTTACTGGG  800

seq1  AAGATGTTAAGTAGCAGATAAGGTATAGAAGACCATTGGCCTTCAAAGGA  850
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  AAGATGTTAAGTAGCAGATAAGGTATAGAAGACCATTGGCCTTC-AAGGA  849

seq1  TCTTAAACACCTTTGAAAACAAATTATTATTGTGCATATATGTGTCAGTA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTAAACACCTTTGAAAACAAATTATTATTGTGCATATATGTGTCAGTA  899

seq1  GATGGTGTGTCATGGCACGGACATGCATGTGTCAGTAGATGGTGTGTCAT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGGTGTGTCATGGCACGGACATGCATGTGTCAGTAGATGGTGTGTCAT  949

seq1  GGCACAGACGTGCAT-GTGTCAGTAGATGGTGT-GTCAT-GGCATGGAT  996
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||
seq2  GGCACAGACGTGCATGGTGTCAGTAGATGGTGTGGTCATGGGCATGGAT  998


seq1: chr10_123120694_123121830
seq2: B6Ng01-350D21.g_63_1175 (reverse)

seq1  TAATGGCATCCCTATGATAATACTGTGAGATAGGTACTGTGATTTTTTTT  50
      ||||||||||| ||||||||| ||| |||||| ||||||||   ||||||
seq2  TAATGGCATCCGTATGATAAT-CTG-GAGATA-GTACTGTG-GATTTTTT  46

seq1  TTATTCGATGCACTAATGAGAAAATGGAAGCATAATGAGGTTAATTAGCA  100
      |||||||||||| || ||||||||||  ||||| |||||  ||  |||||
seq2  TTATTCGATGCA-TATTGAGAAAATG--AGCAT-ATGAG--TA--TAGCA  88

seq1  CACCAAATAGTGCCCAGACAATAAGTGATGGTCCTGGAATGTGAATCCAT  150
      |||| |||||||||||||||   |||||| |||   |||||||||| |||
seq2  CACC-AATAGTGCCCAGACA--TAGTGAT-GTC--TGAATGTGAAT-CAT  131

seq1  GTAATCTGGTCTTTCAGAGTCTGTGATATCAACAATTGCACTACTGCTTA  200
      |||||||  ||||||||||||||||||||||   ||||||||||||| ||
seq2  GTAATCT-ATCTTTCAGAGTCTGTGATATCA--CATTGCACTACTGC-TA  177

seq1  TGTAACGTAAGGAATCTTAGATAAGAAGGTAGCTTATGATACCTGTTATA  250
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAACGTAAGGAATCTTAGAT-AGAAGGTAGCTTATGATACCTGTTATA  226

seq1  TTGGCTGGTTTTGTGTCAACTTGACACAGGCTGGAGTTATCACAGGGAAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGCTGGTTTTGTGTCAACTTGACACAGGCTGGAGTTATCACAGGGAAA  276

seq1  GGAACTTCAGGTGAGGAAATGCCTCCATGAGATCCAGCTGTGGGCCATTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAACTTCAGGTGAGGAAATGCCTCCATGAGATCCAGCTGTGGGCCATTA  326

seq1  TCTCAATTAGTGATCAATGGGGGAGGCCCCCTTGTGGGTGGGACCATCTC  400
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  TCTCAATTAGTGATCAATGGGGGAGGCCCCTTTGTGGGTGGGACCATCTC  376

seq1  TGGACTGGTAGTCTTGGGTTCTATAAGAGAGCAGGCTGAGCAAGCCAGGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGACTGGTAGTCTTGGGTTCTATAAGAGAGCAGGCTGAGCAAGCCAGGA  426

seq1  AGCAAGCCAGTAAAGAACATCCCTCCGTGGCCTCTGCATCAGCTCCTGCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAAGCCAGTAAAGAACATCCCTCCGTGGCCTCTGCATCAGCTCCTGCT  476

seq1  TCCCTGTGTGAGTTTCAGTCCTGACTTCCTTTGGTGATGAACAGCAGTGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTGTGTGAGTTTCAGTCCTGACTTCCTTTGGTGATGAACAGCAGTGT  526

seq1  GGAGGTGTAAGCTGAATAAACCCTTTCCTCCCCAACTTGCTTCTTGGCCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGGTGTAAGCTGAATAAACCCTTTCCTCCCCAACTTGCTTCTTGGCCA  576

seq1  TGATGTTTGTGCAGGAATAGGAACCCTGACTAAGGCACCTGTTAAGTCAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGTTTGTGCAGGAATAGGAACCCTGACTAAGGCACCTGTTAAGTCAT  626

seq1  TTGTCATGAAGAATTCTTCACAAGAACAGTGATGATGATGACATGATGAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTCATGAAGAATTCTTCACAAGAACAGTGATGATGATGACATGATGAC  676

seq1  ATGATGACATGATGCTGCTGGTACTGCTGGTGCTGGTGCTGGTACTAATA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGATGACATGATGCTGCTGGTACTGCTGGTGCTGGTGCTGGTACTAATA  726

seq1  TCCAATACTTTCTGAGCTCTACCTGTATACCAGACACAGTGCTAAGACAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAATACTTTCTGAGCTCTACCTGTATACCAGACACAGTGCTAAGACAT  776

seq1  TTCCTAATTTATATTTAACCTTCCCAATAAAACTGTGAAACGGCTGATTG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTAATTTATATTTAACCTTCCCAATAAAACTGTGAAACGGCTGATTG  826

seq1  TTTTTGCAGGTGCGGAAACTAAGGCATGTTGTCTGCAGCTTGCTCAGAGT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTGCAGGTGCGGAAACTAAGGCATGTTGTCTGCAGCTTGCTCAGAGT  876

seq1  CACACTGATAGTGGCAGTCCTGTTAAATTTGGTATCTAGTTTCCTTTGCA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACTGATAGTGGCAGTCCTGTTAAATTTGGTATCTAGTTTCCTTTGCA  926

seq1  CACAATGGAGCTCTACCACCTCCTGTAAGAAGCTGAGTTCCCTTTCCTGG  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAATGGAGCTCTACCACCTCCTGTAAGAAGCTGAGTTCCCTTTCCTGG  976

seq1  GTTAAGTTGATGGATAGCAGCTGCTTCACCTCCATCAGGAGGGCTAGTTA  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAAGTTGATGGATAGCAGCTGCTTCACCTCCATCAGGAGGGCTAGTTA  1026

seq1  CTGTACGTGTTTAATTCACTCTGGGAGATAAAAACAATTTCCCAAAGAAT  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTACGTGTTTAATTCACTCTGGGAGATAAAAACAATTTCCCAAAGAAT  1076

seq1  GAACCACCAGTAGGTACTACTAAAGAAATAAGAATTC  1137
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACCACCAGTAGGTACTACTAAAGAAATAAGAATTC  1113


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |