BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-004C10
Chromosome11 (Build37)
Map Location 111,371,635 - 111,547,125
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100041559, EG629966
Upstream geneMap2k6, LOC100041523, Kcnj16, Kcnj2, LOC667003, LOC100041539
Downstream geneLOC629967, LOC100041589, LOC100043020, EG668396, EG667038, LOC100041610, LOC671963, LOC667047
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-004C10.bB6Ng01-004C10.g
ACCDH841641DH841642
length1,1561,130
definitionDH841641|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-004C10, 5' end.DH841642|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-004C10, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(111,371,635 - 111,372,789)(111,545,978 - 111,547,125)
sequence
gaattctttctcccctattcctcctccctttggtctctgagagcatcaaa
gtatcgcccagcttggggtatcaagtctctacaggaattgcacatcctct
cccactgaagccagacaaggcaggcttctgctatatatgtgccaggagac
ttattaattatgtatacagtgttgggcctacatgtatacctgcatgccaa
aagatagcctcagatcacagataaatgcttgtgatacaccatgtagttgc
tgggatttgaactcaggacttcttgaagaactaccaatgcttttaacctc
taaaccatctctccagtccttgtctcttatttttaaataaaaacacgtga
tttttttccctcaaaagtaaactggagccaagcaacgcttcactaagggc
agaaaatgataagtactgacagaatggtagaactttaaatttgcaaatgg
cgatcttatttccactcaggtacaaaaaaaaaaaaggttgatatttaaca
taacacaacgaaacttcatttacctgaaggttgataattctacattttga
aaagcttgacacgctaaaggcatccgctgaaattaacttttgtaataatc
tatgaaagggaatacataaagaaaattaaaaccgcggacgtgaaagcttg
gcggacactgtaatttctttcctctattgtgactacttcgtttcctaatt
aaaaatctctcttatctgcttgctgaagctttcccaaactcagaataaca
tcaaggctgagtaagtctcccctatgccagcctctgtacaagagctggga
agatgctctgcagatagatgctttgagcattctttcttgattaactccag
tgacacaatgtacctttcatttctttaatatagttgctcactcagagttc
tgagtctatgaattcttcgtcaccttgcctctggggtcagcggaaatgtg
caaggtctttctgaagcctctacaattaaagagtctacaaatgcagcttc
aattcttgaagtgggatttgttagtctcccttagatgatcatactaaatt
ccctgaatggctagcatgtataaggttattgctacaaagttccgaatatt
catcaaagcttatcagaatttctcgaagtacaccttcctttggccctcag
cagtag
gaattcatttggtgagactttctttgccagagctgagatcaacgacatgt
tcaaaggtagtctgagggtaaagcttgggactcaatttacgctgtcattt
ctggtttctctagacatttgctagatccctggtctattgcaatttgatta
aaacaaaggtgtactcggtcacctgtaatcaacatatgttttcagccaaa
ggaaccagctcttgatataagctgattgttgtaaaacatttgattatttt
catctctggtagcagttacaacagacttgtttgagttctgtaattgacat
taaaatgtttcaatcctctatgtgaatatttactgtgttattcaaaaaag
aaataaattgtattacagactgacttcataattctccttagacattgtaa
attttattggtcttacaaattaaacacagaacatatttatgtctactgcc
acgattgtaatattaataagagaaaacggtttcctttgcatagtaaaatt
atgaaatcgcaagtatagttctcagcaagccaccttctattctctttaaa
agaacatttatgtatttcattgttataaaagtaacataaaatacccactg
taattcattaaagacacaaataacaaaaagaaacaacaaaaaacccccca
agagtgtaagattattgttgtttaccatgatacatatcctgtgttttaat
ttttctttattaaaaaacgtaatgattatttatttatttatttatttatt
tatgtggtgagcctatgcacgtgccatagcatgtgagtggagatcagagc
gtagcttgcaagaattgcttcattctcttccaccagtgggtccctaggga
tcaaactcgggttgtgagaggcaagcacctttaaccaccgagccagctct
cccagacctgtgtgctttctgtcataggcttagtttcttcatatagtact
acatatatgtcactgtctgggatatatttacaactctttaaacgatgttg
ctctctttcatgcagctatagtactagatgcaaattttgtattttatgat
ggatgagagactgtgagatgtcctccctgtccgataggcagtgttacaca
cccttttgtctaacggtgagtactcactgc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr11_111371635_111372789
seq2: B6Ng01-004C10.b_47_1202

seq1  GAATTCTTTCTCCCCTATTCCTCCTCCCTTTGGTCTCTGAGAGCATCAAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTCTCCCCTATTCCTCCTCCCTTTGGTCTCTGAGAGCATCAAA  50

seq1  GTATCGCCCAGCTTGGGGTATCAAGTCTCTACAGGAATTGCACATCCTCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATCGCCCAGCTTGGGGTATCAAGTCTCTACAGGAATTGCACATCCTCT  100

seq1  CCCACTGAAGCCAGACAAGGCAGGCTTCTGCTATATATGTGCCAGGAGAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCACTGAAGCCAGACAAGGCAGGCTTCTGCTATATATGTGCCAGGAGAC  150

seq1  TTATTAATTATGTATACAGTGTTGGGCCTACATGTATACCTGCATGCCAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTAATTATGTATACAGTGTTGGGCCTACATGTATACCTGCATGCCAA  200

seq1  AAGATAGCCTCAGATCACAGATAAATGCTTGTGATACACCATGTAGTTGC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGATAGCCTCAGATCACAGATAAATGCTTGTGATACACCATGTAGTTGC  250

seq1  TGGGATTTGAACTCAGGACTTCTTGAAGAACTACCAATGCTTTTAACCTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGATTTGAACTCAGGACTTCTTGAAGAACTACCAATGCTTTTAACCTC  300

seq1  TAAACCATCTCTCCAGTCCTTGTCTCTTATTTTTAAATAAAAACACGTGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAACCATCTCTCCAGTCCTTGTCTCTTATTTTTAAATAAAAACACGTGA  350

seq1  TTTTTTTCCCTCAAAAGTAAACTGGAGCCAAGCAACGCTTCACTAAGGGC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTTTCCCTCAAAAGTAAACTGGAGCCAAGCAACGCTTCACTAAGGGC  400

seq1  AGAAAATGATAAGTACTGACAGAATGGTAGAACTTTAAATTTGCAAATGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAATGATAAGTACTGACAGAATGGTAGAACTTTAAATTTGCAAATGG  450

seq1  CGATCTTATTTCCACTCAGGTACAAAAAAAAAAAAGGTTGATATTTAACA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGATCTTATTTCCACTCAGGTACAAAAAAAAAAAAGGTTGATATTTAACA  500

seq1  TAACACAACGAAACTTCATTTACCTGAAGGTTGATAATTCTACATTTTGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACACAACGAAACTTCATTTACCTGAAGGTTGATAATTCTACATTTTGA  550

seq1  AAAGCTTGACACGCTAAAGGCATCCGCTGAAATTAACTTTTGTAATAATC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGCTTGACACGCTAAAGGCATCCGCTGAAATTAACTTTTGTAATAATC  600

seq1  TATGAAAGGGAATACATAAAGAAAATTAAAACCGCGGACGTGAAAGCTTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGAAAGGGAATACATAAAGAAAATTAAAACCGCGGACGTGAAAGCTTG  650

seq1  GCGGACACTGTAATTTCTTTCCTCTATTGTGACTACTTCGTTTCCTAATT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCGGACACTGTAATTTCTTTCCTCTATTGTGACTACTTCGTTTCCTAATT  700

seq1  AAAAATCTCTCTTATCTGCTTGCTGAAGCTTTCCCAAACTCAGAATAACA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAATCTCTCTTATCTGCTTGCTGAAGCTTTCCCAAACTCAGAATAACA  750

seq1  TCAAGGCTGAGTAAGTCTCCCCTATGCCAGCCTCTGTACAAGAGCT-GGA  799
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  TCAAGGCTGAGTAAGTCTCCCCTATGCCAGCCTCTGTACAAGAGCTGGGA  800

seq1  AGATGCTCTGCAGATAGATGCTTTGAGCATTCTTTCTTGATTAACTCCAG  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGCTCTGCAGATAGATGCTTTGAGCATTCTTTCTTGATTAACTCCAG  850

seq1  TGACACAATGTACCTTTCATTTCTTTAATATAGTTGCTCACTCAGAGTTC  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACACAATGTACCTTTCATTTCTTTAATATAGTTGCTCACTCAGAGTTC  900

seq1  TGAGTCTATGAATTCTTCGTCACCTTGCCTCTGGGGTCAGCGGAAATGTG  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGTCTATGAATTCTTCGTCACCTTGCCTCTGGGGTCAGCGGAAATGTG  950

seq1  CAAGGTCTTTCTGAAGCCTCTAACAATTAAAGAGTCTACAAATGCAGCTT  999
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGGTCTTTCTGAAGCCTCT-ACAATTAAAGAGTCTACAAATGCAGCTT  999

seq1  CAATTCTTGAAGTGTGATTTGTTAGTTCTCCCTTAGATGATCATACTAAA  1049
      |||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATTCTTGAAGTGGGATTTGTTAG-TCTCCCTTAGATGATCATACTAAA  1048

seq1  TTCCCTGAATGGCTAGCATGTATAAGGTTTATGCTACAAAGTTCCG-ATA  1098
      |||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||| |||
seq2  TTCCCTGAATGGCTAGCATGTATAAGGTTATTGCTACAAAGTTCCGAATA  1098

seq1  TACATC-AAGCCTATCAGAATTTCTCCAAAGTAACACC-TCCTTTG---C  1143
      | |||| |||| ||||||||||||| | |||| ||||| |||||||   |
seq2  TTCATCAAAGCTTATCAGAATTTCT-CGAAGT-ACACCTTCCTTTGGCCC  1146

seq1  TCAGGCCAGTAG  1155
      ||||  ||||||
seq2  TCAG--CAGTAG  1156

seq1: chr11_111545978_111547125
seq2: B6Ng01-004C10.g_68_1197 (reverse)

seq1  GCAGTGAGTTCCCACACCGTAGACAGAAGGGTGTGTACAACTGCCTATCA  50
      ||||||||| | ||| |  |||||| |||||||||||  |||||||||| 
seq2  GCAGTGAGTACTCAC-CGTTAGACAAAAGGGTGTGTAACACTGCCTATCG  49

seq1  GACAAGGGAGGACAATTCTCAACAGTCCTCTTCATCCATCCATTAAAATA  100
      ||| ||||||||||  |||| ||||| ||| |||||||||   |||||||
seq2  GAC-AGGGAGGACA--TCTC-ACAGT-CTC-TCATCCATC--ATAAAATA  91

seq1  CAAATATTTGCATCTAGTACTATAGCTGCATGAAAGAGAGCAACATCGTT  150
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAA-ATTTGCATCTAGTACTATAGCTGCATGAAAGAGAGCAACATCGTT  140

seq1  TAAAAGAGTTTGTAAATATTATCCCAGACAGTGACAATATATGTAGTACT  200
      | |||||| ||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  T-AAAGAG-TTGTAAATA-TATCCCAGACAGTGAC-ATATATGTAGTACT  186

seq1  ATAATGAAGAAAACTAAGCCTATTGACAAGAAAGCACACAGGTCTGGGAG  250
      || |||||| |||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||
seq2  AT-ATGAAG-AAACTAAGCCTA-TGAC-AGAAAGCACACAGGTCTGGGAG  232

seq1  AGCTGGCTCGGTGGTTAAAGGTGCTTGCCTCTCACAACCCGAGTTTGATC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTGGCTCGGTGGTTAAAGGTGCTTGCCTCTCACAACCCGAGTTTGATC  282

seq1  CCTAGGGACCCACTGGTGGAAGAGAATGAAGCAATTCTTGCAAGCTACGC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAGGGACCCACTGGTGGAAGAGAATGAAGCAATTCTTGCAAGCTACGC  332

seq1  TCTGATCTCCACTCACATGCTATGGCACGTGCATAGGCTCACCACATAAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGATCTCCACTCACATGCTATGGCACGTGCATAGGCTCACCACATAAA  382

seq1  TAAATAAATAAATAAATAAATAATCATTACGTTTTTTAATAAAGAAAAAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATAAATAAATAAATAAATAATCATTACGTTTTTTAATAAAGAAAAAT  432

seq1  TAAAACACAGGATATGTATCATGGTAAACAACAATAATCTTACACTCTTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAACACAGGATATGTATCATGGTAAACAACAATAATCTTACACTCTTG  482

seq1  GGGGGTTTTTTGTTGTTTCTTTTTGTTATTTGTGTCTTTAATGAATTACA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGGTTTTTTGTTGTTTCTTTTTGTTATTTGTGTCTTTAATGAATTACA  532

seq1  GTGGGTATTTTATGTTACTTTTATAACAATGAAATACATAAATGTTCTTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGGTATTTTATGTTACTTTTATAACAATGAAATACATAAATGTTCTTT  582

seq1  TAAAGAGAATAGAAGGTGGCTTGCTGAGAACTATACTTGCGATTTCATAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAGAGAATAGAAGGTGGCTTGCTGAGAACTATACTTGCGATTTCATAA  632

seq1  TTTTACTATGCAAAGGAAACCGTTTTCTCTTATTAATATTACAATCGTGG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTACTATGCAAAGGAAACCGTTTTCTCTTATTAATATTACAATCGTGG  682

seq1  CAGTAGACATAAATATGTTCTGTGTTTAATTTGTAAGACCAATAAAATTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTAGACATAAATATGTTCTGTGTTTAATTTGTAAGACCAATAAAATTT  732

seq1  ACAATGTCTAAGGAGAATTATGAAGTCAGTCTGTAATACAATTTATTTCT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAATGTCTAAGGAGAATTATGAAGTCAGTCTGTAATACAATTTATTTCT  782

seq1  TTTTTGAATAACACAGTAAATATTCACATAGAGGATTGAAACATTTTAAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTGAATAACACAGTAAATATTCACATAGAGGATTGAAACATTTTAAT  832

seq1  GTCAATTACAGAACTCAAACAAGTCTGTTGTAACTGCTACCAGAGATGAA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAATTACAGAACTCAAACAAGTCTGTTGTAACTGCTACCAGAGATGAA  882

seq1  AATAATCAAATGTTTTACAACAATCAGCTTATATCAAGAGCTGGTTCCTT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAATCAAATGTTTTACAACAATCAGCTTATATCAAGAGCTGGTTCCTT  932

seq1  TGGCTGAAAACATATGTTGATTACAGGTGACCGAGTACACCTTTGTTTTA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCTGAAAACATATGTTGATTACAGGTGACCGAGTACACCTTTGTTTTA  982

seq1  ATCAAATTGCAATAGACCAGGGATCTAGCAAATGTCTAGAGAAACCAGAA  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAAATTGCAATAGACCAGGGATCTAGCAAATGTCTAGAGAAACCAGAA  1032

seq1  ATGACAGCGTAAATTGAGTCCCAAGCTTTACCCTCAGACTACCTTTGAAC  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGACAGCGTAAATTGAGTCCCAAGCTTTACCCTCAGACTACCTTTGAAC  1082

seq1  ATGTCGTTGATCTCAGCTCTGGCAAAGAAAGTCTCACCAAATGAATTC  1148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTCGTTGATCTCAGCTCTGGCAAAGAAAGTCTCACCAAATGAATTC  1130