BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-005E16
Chromosome11 (Build37)
Map Location 92,917,526 - 92,963,026
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100039286, Car10
Upstream geneLOC382545
Downstream geneLOC629636, Utp18, Mbtd1, Nme2, Nme1, Spag9, LOC100039431
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-005E16.bB6Ng01-005E16.g
ACCDH842466DH842467
length1,187660
definitionDH842466|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-005E16, 5' end.DH842467|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-005E16, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(92,917,526 - 92,918,699)(92,962,367 - 92,963,026)
sequence
gaattctgaaacaacagtcaattgatgaagggtgatctaggagatagcac
ttgctacactgaaggcactgagatcctagatactggtactagccccagaa
aacaacaactctgccttgatgctaacaggatacaggctattttaataact
gattttccttaatagatacaagtcatagaaaacatatgggagtggttagt
gagatgcctcaaaagttaagaacaaaggttgcagaatctatgtgtgctga
tcacaaccagctgcaacctctcaacgccaagggtgtcgaaccttctttgg
aactctggggggcaactgcatgcactggtatagacatacaaacaaagtta
gtaataataagattatctttaacaaacagtaaaatcaaaaatagcatttc
agaaagaacccacatcatagcggacatcagaaaataagccttccagagag
agttctttctctttaagtattgaaaaaaattcaataaactttcttttcaa
atggtagcaacaacattgcatttgtagatagacagatctgagatatgttc
ctgcagccaaaaattagcctttaatatctcagacttctagctctgccaaa
agatgagagactaagtaaccataaaatgccctcactaactgtaggataaa
atgccagaactcaactctggagcttgaaatcccaccaatcccaccaatcc
ctgagctcgaaaattcacccatgagcttgctgaaatctcaccaatcccca
ccctggaactctctaccctggaaaactccgccaccaagaaatcctatcta
agttctcccccactcaactctctgctgctgctgctttctggagcagaggc
aggcagcctcctgtgcttttcccagtaaagcttcttgggtgagctctgtt
gtggtggtatgactttctgttattccttgggatcccaaatgacaggatta
cttttcctcttcagaagcttgtaccacttattattaaccaccaaggaatt
ctacaaaatttttcttaatagtctttaaactccacatctaagaccctgag
aatgccaggcaatagtcctcaaggactccgaatataaacagactctttgt
aagtgcagtaagcagatgaacaaaagtgctgctgtcccagaaggaccatt
cacccttggataattcttgcccttaattctttcattt
gaattctcactgtgtgtaaaagggaatgacctcagacttctcttgtctac
tatatggacataactctctaaagtattacaatggcatgtgttttagtagg
gtggccaagctccaaacatgatttcacataaacagagtcccattctgtct
ttggaggagattgaaattaaacagcagtatctagaactgggtccaaagta
aagaaaagacagaagggggtcttaatagccagactcagatctgatttagg
aggtggggactggcaaaactaaaggaggaggcatgaaacctgtcctactc
caaagctgcccaagcatatctgctcaaaaaggcagggctcctgctcatct
acctatggagacttcatgggaagttggctcagtccctaattctgcagagg
gaatgcaggcagaagagagaactgcaaatgggctacaccctgagcgctta
aatggcaggtgcaagggagtgggtgctggtcgatgggaggagccaaagga
ctgggaaatgtctacatagttccctccaagcctatattcctgcaccaaga
aagatacatcttggaaatgacagttcctcccaacacaggatactaagata
caggcaagcacaaaccctgccttagtcacctcaacacccaccctgggggg
ggggggggga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr11_92917526_92918699
seq2: B6Ng01-005E16.b_50_1236

seq1  GAATTCTGAAACAACAGTCAATTGATGAAGGGTGATCTAGGAGATAGCAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGAAACAACAGTCAATTGATGAAGGGTGATCTAGGAGATAGCAC  50

seq1  TTGCTACACTGAAGGCACTGAGATCCTAGATACTGGTACTAGCCCCAGAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTACACTGAAGGCACTGAGATCCTAGATACTGGTACTAGCCCCAGAA  100

seq1  AACAACAACTCTGCCTTGATGCTAACAGGATACAGGCTATTTTAATAACT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAACAACTCTGCCTTGATGCTAACAGGATACAGGCTATTTTAATAACT  150

seq1  GATTTTCCTTAATAGATACAAGTCATAGAAAACATATGGGAGTGGTTAGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTTTCCTTAATAGATACAAGTCATAGAAAACATATGGGAGTGGTTAGT  200

seq1  GAGATGCCTCAAAAGTTAAGAACAAAGGTTGCAGAATCTATGTGTGCTGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGATGCCTCAAAAGTTAAGAACAAAGGTTGCAGAATCTATGTGTGCTGA  250

seq1  TCACAACCAGCTGCAACCTCTCAACGCCAAGGGTGTCGAACCTTCTTTGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACAACCAGCTGCAACCTCTCAACGCCAAGGGTGTCGAACCTTCTTTGG  300

seq1  AACTCTGGGGGGCAACTGCATGCACTGGTATAGACATACAAACAAAGTTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTCTGGGGGGCAACTGCATGCACTGGTATAGACATACAAACAAAGTTA  350

seq1  GTAATAATAAGATTATCTTTAACAAACAGTAAAATCAAAAATAGCATTTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAATAATAAGATTATCTTTAACAAACAGTAAAATCAAAAATAGCATTTC  400

seq1  AGAAAGAACCCACATCATAGCGGACATCAGAAAATAAGCCTTCCAGAGAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAGAACCCACATCATAGCGGACATCAGAAAATAAGCCTTCCAGAGAG  450

seq1  AGTTCTTTCTCTTTAAGTATTGAAAAAAATTCAATAAACTTTCTTTTCAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTCTTTCTCTTTAAGTATTGAAAAAAATTCAATAAACTTTCTTTTCAA  500

seq1  ATGGTAGCAACAACATTGCATTTGTAGATAGACAGATCTGAGATATGTTC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGTAGCAACAACATTGCATTTGTAGATAGACAGATCTGAGATATGTTC  550

seq1  CTGCAGCCAAAAATTAGCCTTTAATATCTCAGACTTCTAGCTCTGCCAAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCAGCCAAAAATTAGCCTTTAATATCTCAGACTTCTAGCTCTGCCAAA  600

seq1  AGATGAGAGACTAAGTAACCATAAAATGCCCTCACTAACTGTAGGATAAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGAGAGACTAAGTAACCATAAAATGCCCTCACTAACTGTAGGATAAA  650

seq1  ATGCCAGAACTCAACTCTGGAGCTTGAAATCCCACCAATCCCACCAATCC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCCAGAACTCAACTCTGGAGCTTGAAATCCCACCAATCCCACCAATCC  700

seq1  CTGAGCTCGAAAATTCACCCATGAGCTTGCTGAAATCTCACCAATCCCCA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGCTCGAAAATTCACCCATGAGCTTGCTGAAATCTCACCAATCCCCA  750

seq1  CCCTGGAACTCTCTACCCTGGAAAACTCCGCCACCAAGAAATCCTATCTA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTGGAACTCTCTACCCTGGAAAACTCCGCCACCAAGAAATCCTATCTA  800

seq1  AGTTCTCCCCCACTCAACTCTCTGCTGCTGCTGCTTCCTGGAGCAGAGGC  850
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  AGTTCTCCCCCACTCAACTCTCTGCTGCTGCTGCTTTCTGGAGCAGAGGC  850

seq1  AGGCAGCCTCCTGTGCTTTTCCCAGTAAAGC-TCTTGGGTGAGCTCTGTT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  AGGCAGCCTCCTGTGCTTTTCCCAGTAAAGCTTCTTGGGTGAGCTCTGTT  900

seq1  GT-GTGGTATGACTTTCTGTTATTCCTT-GGATCCCAAATGACAGAATAC  947
      || ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||  
seq2  GTGGTGGTATGACTTTCTGTTATTCCTTGGGATCCCAAATGACAGGATTA  950

seq1  CTTT--CTCTTCAG-AGC-TGTACCACTTA-TATTAACCACCAAGGAAAT  992
      ||||  |||||||| ||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |
seq2  CTTTTCCTCTTCAGAAGCTTGTACCACTTATTATTAACCACCAAGGAATT  1000

seq1  CTACAAAA-TATTCTTAATAGTCTTTAAACT-CACATCTAAGAACCTGAG  1040
      |||||||| | |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||
seq2  CTACAAAATTTTTCTTAATAGTCTTTAAACTCCACATCTAAGACCCTGAG  1050

seq1  AATG-CAAGCAATAGT-CTCAGGGACTC--GATATAAACAGACTCTTGTA  1086
      |||| || |||||||| |||| ||||||   ||||||||||||||||   
seq2  AATGCCAGGCAATAGTCCTCAAGGACTCCGAATATAAACAGACTCTTTGT  1100

seq1  AAGTGCAGTAAGCAGATGAACAAAAGTTGCTGCTGCCCCCAGAAGGCACC  1136
      |||||||||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||| |||
seq2  AAGTGCAGTAAGCAGATGAACAAAAG-TGCTGCTG-TCCCAGAAGG-ACC  1147

seq1  A-TCAACCTT-GATAAT--CTGCCCTTTATATTCTTTCATTT  1174
      | ||| |||| ||||||   |||||||   ||||||||||||
seq2  ATTCACCCTTGGATAATTCTTGCCCTT--AATTCTTTCATTT  1187

seq1: chr11_92962367_92963026
seq2: B6Ng01-005E16.g_67_726 (reverse)

seq1  TCCCCCCCCCCCCCCCAGGGTGGGTGTTGAGGTGACTAAGGCAGGGTTTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCCCCCCCCCCCCCAGGGTGGGTGTTGAGGTGACTAAGGCAGGGTTTG  50

seq1  TGCTTGCCTGTATCTTAGTATCCTGTGTTGGGAGGAACTGTCATTTCCAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTGCCTGTATCTTAGTATCCTGTGTTGGGAGGAACTGTCATTTCCAA  100

seq1  GATGTATCTTTCTTGGTGCAGGAATATAGGCTTGGAGGGAACTATGTAGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGTATCTTTCTTGGTGCAGGAATATAGGCTTGGAGGGAACTATGTAGA  150

seq1  CATTTCCCAGTCCTTTGGCTCCTCCCATCGACCAGCACCCACTCCCTTGC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTCCCAGTCCTTTGGCTCCTCCCATCGACCAGCACCCACTCCCTTGC  200

seq1  ACCTGCCATTTAAGCGCTCAGGGTGTAGCCCATTTGCAGTTCTCTCTTCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTGCCATTTAAGCGCTCAGGGTGTAGCCCATTTGCAGTTCTCTCTTCT  250

seq1  GCCTGCATTCCCTCTGCAGAATTAGGGACTGAGCCAACTTCCCATGAAGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTGCATTCCCTCTGCAGAATTAGGGACTGAGCCAACTTCCCATGAAGT  300

seq1  CTCCATAGGTAGATGAGCAGGAGCCCTGCCTTTTTGAGCAGATATGCTTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCATAGGTAGATGAGCAGGAGCCCTGCCTTTTTGAGCAGATATGCTTG  350

seq1  GGCAGCTTTGGAGTAGGACAGGTTTCATGCCTCCTCCTTTAGTTTTGCCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAGCTTTGGAGTAGGACAGGTTTCATGCCTCCTCCTTTAGTTTTGCCA  400

seq1  GTCCCCACCTCCTAAATCAGATCTGAGTCTGGCTATTAAGACCCCCTTCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCCCACCTCCTAAATCAGATCTGAGTCTGGCTATTAAGACCCCCTTCT  450

seq1  GTCTTTTCTTTACTTTGGACCCAGTTCTAGATACTGCTGTTTAATTTCAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTTTTCTTTACTTTGGACCCAGTTCTAGATACTGCTGTTTAATTTCAA  500

seq1  TCTCCTCCAAAGACAGAATGGGACTCTGTTTATGTGAAATCATGTTTGGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCTCCAAAGACAGAATGGGACTCTGTTTATGTGAAATCATGTTTGGA  550

seq1  GCTTGGCCACCCTACTAAAACACATGCCATTGTAATACTTTAGAGAGTTA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTGGCCACCCTACTAAAACACATGCCATTGTAATACTTTAGAGAGTTA  600

seq1  TGTCCATATAGTAGACAAGAGAAGTCTGAGGTCATTCCCTTTTACACACA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCCATATAGTAGACAAGAGAAGTCTGAGGTCATTCCCTTTTACACACA  650

seq1  GTGAGAATTC  660
      ||||||||||
seq2  GTGAGAATTC  660