BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-008I12
Chromosome11 (Build37)
Map Location 19,760,812 - 19,881,751
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC665868, LOC100041937, Spred2
Upstream geneMeis1, LOC635455, LOC100042708, Glns-ps1
Downstream geneActr2, Rab1, Cep68, LOC216544, Slc1a4, LOC100042746, LOC382492, Sertad2, LOC665953, Aftph, 1110067D22Rik, LOC100042035
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-008I12.bB6Ng01-008I12.g
ACCDH844755DH844756
length1,172738
definitionDH844755|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-008I12, 5' end.DH844756|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-008I12, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(19,760,812 - 19,761,991)(19,881,147 - 19,881,751)
sequence
gaattctttttaaaaaaaaaagattttatttattttatgtatgtgagcac
actgtagctatcttcagacacaccagaagagggcatcagatcccaccaca
gatgtttgtgagccaccatgtggttgctaagaattgaacctttgggagag
cagtcagtgctcttaaccactgagccatctctccagctccaccttcagtc
aagaaccccaaccaagaatggctgcccacagttaaggtgtcttgccccga
cagcagcctcaggcactaccctgctcccagctccacagggtgggcaccac
tcagcttgccttgcacttgccccaccatcggtgccctttgctaagtgcac
cttcctgtgccatgtggagtgatcaaagcagctgtacctcacatcctgct
gcctgcagagcagacaagctgccttctgtaccctgaagatgccactggcc
acggtggctggccagctgcggggcagagccacccagcgcagaggatggct
tcaggtacacaagcaagctccctggaattgcaaggtgaagcacacaagga
aggccgtccgtcccagagtgggactgtgggtgcaggtcccacagggacct
ccttgacggaagaagtgccatgtgcatgatgctgatgcctgaccatggag
aaagtctcacccttgacacttgtactccttagtcctggactgttgcttaa
agtaaacaatacccaccttttgaagcactggaaaaaaaaaaagtgtctta
ccaaaccccccaccctagataatccctgatggccacacccacatgtctcc
taggtgactctagatcttgtcaagctgacaatatttaccatcacaaacag
catctgcagtgatgccttggcagaatagattcccaaataaggaactaaaa
ttgcctgtagagaggccaagtcactctataaatacactagtatctattct
gctgaggcaagctcagacccatcccagacccatagactggtggctgcaag
acccggatcagcatgtcttaaccttggcatcgcagtgaaaagctcaatgt
attctgtttccaagcaacagaggtggaacctaattcgaagctgtatgctg
gaactattggagagacgccttctgtcctggaacttggaactggatattga
catgcaccagattgttgggagg
gaattcacagagatctgcctaactctgtcttttctggttttgttttgttt
gtttgtttgtttgtttgttttggtttttcgagacagggtttctctgtata
gccctggctgtcctggaactcactttgtagaccaggctggcctcgaactc
agaaatccgcctgcctctgcctcctgagtgccgggattaaaggcgtgtac
caccacgcccggctcttttttttttttttttaagatttatttattatgat
tacactgtagctgtcttcagacacaccagaagagtgcattggatcccact
gcagatggttgtcagccactatgtggttgctgggaattgaactcagagcc
tctggaagagcagccagtgctcttaaccactgggccatctctccagccct
gtttttatgttttctaagagacaagatcttatactgtagtccaggctggc
ctagaatttacaataatcctacttcggcttcctgagtgctgaaattacag
gcatgagccattatgcttgatgaagttttgacaaagtgaaccacaaactg
agtgtttttaaccaaaactctgggggagctcatatacatacatatatcca
aaaatatgtattctagtcaagtcaacatgctcaaagctttcctgaccttg
aaacacaatcttaatgagaaggaaaaaaggctctcattttggatctgaaa
tattttttaatatcagcaagtgctgttattgaatgtgt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr11_19760812_19761991
seq2: B6Ng01-008I12.b_42_1213

seq1  GAATTCTTTTTAAAAAAAAAAGATTTTATTTATTTTATGTATGTGAGCAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTTTAAAAAAAAAAGATTTTATTTATTTTATGTATGTGAGCAC  50

seq1  ACTGTAGCTATCTTCAGACACACCAGAAGAGGGCATCAGATCCCACCACA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGTAGCTATCTTCAGACACACCAGAAGAGGGCATCAGATCCCACCACA  100

seq1  GATGTTTGTGAGCCACCATGTGGTTGCTAAGAATTGAACCTTTGGGAGAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGTTTGTGAGCCACCATGTGGTTGCTAAGAATTGAACCTTTGGGAGAG  150

seq1  CAGTCAGTGCTCTTAACCACTGAGCCATCTCTCCAGCTCCACCTTCAGTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTCAGTGCTCTTAACCACTGAGCCATCTCTCCAGCTCCACCTTCAGTC  200

seq1  AAGAACCCCAACCAAGAATGGCTGCCCACAGTTAAGGTGTCTTGCCCCGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAACCCCAACCAAGAATGGCTGCCCACAGTTAAGGTGTCTTGCCCCGA  250

seq1  CAGCAGCCTCAGGCACTACCCTGCTCCCAGCTCCACAGGGTGGGCACCAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCAGCCTCAGGCACTACCCTGCTCCCAGCTCCACAGGGTGGGCACCAC  300

seq1  TCAGCTTGCCTTGCACTTGCCCCACCATCGGTGCCCTTTGCTAAGTGCAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGCTTGCCTTGCACTTGCCCCACCATCGGTGCCCTTTGCTAAGTGCAC  350

seq1  CTTCCTGTGCCATGTGGAGTGATCAAAGCAGCTGTACCTCACATCCTGCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCTGTGCCATGTGGAGTGATCAAAGCAGCTGTACCTCACATCCTGCT  400

seq1  GCCTGCAGAGCAGACAAGCTGCCTTCTGTACCCTGAAGATGCCACTGGCC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTGCAGAGCAGACAAGCTGCCTTCTGTACCCTGAAGATGCCACTGGCC  450

seq1  ACGGTGGCTGGCCAGCTGCGGGGCAGAGCCACCCAGCGCAGAGGATGGCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGGTGGCTGGCCAGCTGCGGGGCAGAGCCACCCAGCGCAGAGGATGGCT  500

seq1  TCAGGTACACAAGCAAGCTCCCTGGAATTGCAAGGTGAAGCACACAAGGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGGTACACAAGCAAGCTCCCTGGAATTGCAAGGTGAAGCACACAAGGA  550

seq1  AGGCCGTCCGTCCCAGAGTGGGACTGTGGGTGCAGGTCCCACAGGGACCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCCGTCCGTCCCAGAGTGGGACTGTGGGTGCAGGTCCCACAGGGACCT  600

seq1  CCTTGACGGAAGAAGTGCCATGTGCATGATGCTGATGCCTGACCATGGAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTGACGGAAGAAGTGCCATGTGCATGATGCTGATGCCTGACCATGGAG  650

seq1  AAAGTCTCACCCTTGACACTTGTACTCCTTAGTCCTGGACTGTTGCTTAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTCTCACCCTTGACACTTGTACTCCTTAGTCCTGGACTGTTGCTTAA  700

seq1  AGTAAACAATACCCACCTTTTGAAGCACTGGAAAAAAAAAAAGTGTCTTA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAAACAATACCCACCTTTTGAAGCACTGGAAAAAAAAAAAGTGTCTTA  750

seq1  CCAAACCCCCCACCCTAGATAATCCCTGATGGCCACACCCACATGTCTCC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAACCCCCCACCCTAGATAATCCCTGATGGCCACACCCACATGTCTCC  800

seq1  TAGGTGACTCTAGATCTTGTCAAGCTGACAATATTTACCATCACAAACAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGTGACTCTAGATCTTGTCAAGCTGACAATATTTACCATCACAAACAG  850

seq1  CATCTGCAGTGATGCCTTGGCAGAATAGATTCCCAAATAAGGAACTAAAA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTGCAGTGATGCCTTGGCAGAATAGATTCCCAAATAAGGAACTAAAA  900

seq1  TTGCCTGTAGAGAGGCCAAGTCACTCTATAAATACAACTAGTTATCTATT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||
seq2  TTGCCTGTAGAGAGGCCAAGTCACTCTATAAATAC-ACTAG-TATCTATT  948

seq1  CTGCTGAGGCAAGCTCAGACCCATCCCCAGACCCATAGACTGGTGGCTGC  1000
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTGAGGCAAGCTCAGACCCAT-CCCAGACCCATAGACTGGTGGCTGC  997

seq1  AAGACCCGGATCAGGCATGTCTT-AGCTTGGCATCGCAGTGAAAAGCTCA  1049
      ||||||||||||| ||||||||| | ||||||||||||||||||||||| 
seq2  AAGACCCGGATCA-GCATGTCTTAACCTTGGCATCGCAGTGAAAAGCTC-  1045

seq1  AATGTAATCTGTTTCCAAAGCACCAGGAGTGAGACTTAGTCCGAAGCTGT  1099
      |||||| ||||||||| ||||| |||  |||  || || | |||||||||
seq2  AATGTATTCTGTTTCC-AAGCAACAGAGGTGGAACCTAATTCGAAGCTGT  1094

seq1  ATGCTGGAACTATTGGAAGAGACGTCCTTTCTGTCCTGG-ACTTGGAACT  1148
      |||||||||||||||| |||||||  | ||||||||||| ||||||||||
seq2  ATGCTGGAACTATTGG-AGAGACG--CCTTCTGTCCTGGAACTTGGAACT  1141

seq1  -GATAATGACATGCACCCAGTATTGTTGGGAGG  1180
       |||| ||||||||| |||| ||||||||||||
seq2  GGATATTGACATGCA-CCAG-ATTGTTGGGAGG  1172

seq1: chr11_19881147_19881751
seq2: B6Ng01-008I12.g_197_803 (reverse)

seq1  ACACATTCAATAACAGCACTTGCTGATATT-AAAAATATTTCAGATCCAA  49
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  ACACATTCAATAACAGCACTTGCTGATATTAAAAAATATTTCAGATCCAA  50

seq1  AATGAGAGCC-TTTTTCCTTCTCATTAAGATTGTGTTTCAAGGTCAGGAA  98
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGAGAGCCTTTTTTCCTTCTCATTAAGATTGTGTTTCAAGGTCAGGAA  100

seq1  AGCTTTGAGCATGTTGACTTGACTAGAATACATAGTTTTGGATATATGTA  148
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  AGCTTTGAGCATGTTGACTTGACTAGAATACATATTTTTGGATATATGTA  150

seq1  TGTATATGAGCTCCCCCAGAGTTTTGGTTAAAAACACTCAGTTTGTGGTT  198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATATGAGCTCCCCCAGAGTTTTGGTTAAAAACACTCAGTTTGTGGTT  200

seq1  CACTTTGTCAAAACTTCATCAAGCATAATGGCTCATGCCTGTAATTTCAG  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTTTGTCAAAACTTCATCAAGCATAATGGCTCATGCCTGTAATTTCAG  250

seq1  CACTCAGGAAGCCGAAGTAGGATTATTGTAAATTCTAGGCCAGCCTGGAC  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTCAGGAAGCCGAAGTAGGATTATTGTAAATTCTAGGCCAGCCTGGAC  300

seq1  TACAGTATAAGATCTTGTCTCTTAGAAAACATAAAAACAGGGCTGGAGAG  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAGTATAAGATCTTGTCTCTTAGAAAACATAAAAACAGGGCTGGAGAG  350

seq1  ATGGCCCAGTGGTTAAGAGCACTGGCTGCTCTTCCAGAGGCTCTGAGTTC  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGCCCAGTGGTTAAGAGCACTGGCTGCTCTTCCAGAGGCTCTGAGTTC  400

seq1  AATTCCCAGCAACCACATAGTGGCTGACAACCATCTGCAGTGGGATCCAA  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTCCCAGCAACCACATAGTGGCTGACAACCATCTGCAGTGGGATCCAA  450

seq1  TGCACTCTTCTGGTGTGTCTGAAGACAGCTACAGTGTAATCATAATAAAT  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCACTCTTCTGGTGTGTCTGAAGACAGCTACAGTGTAATCATAATAAAT  500

seq1  AAATCTTAAAAAAAAAAAAAAAAGAGCCGGGCGTGGTGGTACACGCCTTT  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATCTTAAAAAAAAAAAAAAAAGAGCCGGGCGTGGTGGTACACGCCTTT  550

seq1  AATCCCGGCACTCAGGAGGCAGAGGCAGGCGGATTTCTGAGTTCGAGGCC  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCCCGGCACTCAGGAGGCAGAGGCAGGCGGATTTCTGAGTTCGAGGCC  600

seq1  AGCCTGG  605
      |||||||
seq2  AGCCTGG  607