BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-009E18
Chromosome11 (Build37)
Map Location 17,497,785 - 17,623,389
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC665689, LOC627583, Egfr, 2810442I21Rik, A630050E13Rik, Plek, 1500041B16Rik, LOC100042644, Ppp3r1, Pno1, AI553587, C1d, LOC382486, EG665748
Downstream geneEtaa1, LOC327871, LOC627696, LOC627716, LOC665796
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-009E18.bB6Ng01-009E18.g
ACCDH845278DH845279
length9931,157
definitionDH845278|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-009E18, 5' end.DH845279|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-009E18, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(17,497,785 - 17,498,581)(17,622,220 - 17,623,389)
sequence
gaattcactaatgtaaatggctttatctagctcactaggaccctttctct
ctccttcagtgaatgtgacgccttagagggttgagggttgacatttatgg
acaactcaatggctctcttggccgctggattggcattggctggtgacagg
cagggaaaagactgtaatggtggagacagatatgtatttccatttagttt
atttttctggcctctcacaatgatctctgggcagccatggctctatttcc
ctatcaaggcccatctctattgctcccacacatagctttaggttttctct
gtagaagttaggtctggttcttgctcccagaaataagactcagactctgt
actggctggttttgtgtgtcaacttgacacaggatggagttatcacaaaa
atggagcttcagttggggaagtgcctccaggagatccagctgtaaggcat
tttctcaattagtgatcaagggggagggccccttgtgggtgggactatct
ctgggctggttagtagccttgggttctataacaaagcaagctgagcaagc
cagtggaagcaagccagtaagaaacatccctccatggcctctgcatcagc
tcctgcttcctgccctgcttgagttccagtcctgacttcctttggtggtg
atcagcagtatggaagtgtaaactgaataaaccctttcctccccaactgc
ttcttggtcatgatgcttgtgcaggaatagaaaccctgactaagacagac
tccaaaagtatttacaaatatcatgaacatatagctaggctcttctctga
ctagatcataaaataactcatttaatttaatctacattctgccacatggc
tgggttgcctgtgttcaggtatcatgtgtctgtctcatcacatcttcccg
gatgaatctcctgtgcctgactctattcctgattctttctgcctcccacc
atgtcccaccgttctaccttttctataggtgataggtctttta
gaattcatttaagtcttgtagagaagatgaggcttaccccacactagata
tgaggttctaagaaaactacttaattttgccattattgtcttcatcaaaa
cagtttcacctgggtcaaactggtctctattgttatatagcccacaatga
ccttgacctcctgatcctgctatacatgtatccccagcactggaacatgc
ttgtaccaccatgcccagtttatatggtgaaaggaaaaaatcatgactgt
acaattgctagacaaacactctgccaacagagggatatcctcagcttcgg
cattatctccttcaggctacagtttctaacttagcaaatggatagccttc
caagaagtacgcactagttagatagttaggttgccagtggtgacatgagt
ctgatatctcagcttcttgacacatagctaatttcttactgaaataggtc
agctatctctgctcaaggaactagactgagcctggtaaactgttctgacg
tccagttattcactgaactctccttatccacccagaaaagtggaaagcaa
gaaaagagagattttagaagccaggaatctggttacacttcagaacctgt
cccatggttcactggagcccagaaatgtccccagagagatttgacagaag
ttggtgagtacagataggatacgtctttctcactgtggatgtattttatt
tatatatcatctaggatttatgaaatgtgcattgggaattttgaacattc
aaactctggatatgacctgtagctaaaggagagactaggaggaagtttgt
aggtaaaaagttggcaagagatgatgaatagacctgattcacatttatag
gcctcctgcaaaattctatcagacactaaaacttggctttaaatttgaaa
tatttgctcatttgctgtatggaatttggcaattatttaacatttgcaaa
gggcatatgctctatagaaaggaaattgcttataccaattagcatttgga
aatatacttggagttttgctagtgtcattatcacccactgctttcaaggg
acatactaggtagaagaagtcttgcctagcacttgcaaagctgaggctta
tctccatgctgtacaatggctaaaagggggcggaagatccttcatggttc
aatgtta
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr11_17497785_17498581
seq2: B6Ng01-009E18.b_47_843

seq1  GAATTCACTAATGTAAATGGCTTTATCTAGCTCACTAGGACCCTTTCTCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTAATGTAAATGGCTTTATCTAGCTCACTAGGACCCTTTCTCT  50

seq1  CTCCTTCAGTGAATGTGACGCCTTAGAGGGTTGAGGGTTGACATTTATGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTTCAGTGAATGTGACGCCTTAGAGGGTTGAGGGTTGACATTTATGG  100

seq1  ACAACTCAATGGCTCTCTTGGCCGCTGGATTGGCATTGGCTGGTGACAGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAACTCAATGGCTCTCTTGGCCGCTGGATTGGCATTGGCTGGTGACAGG  150

seq1  CAGGGAAAAGACTGTAATGGTGGAGACAGATATGTATTTCCATTTAGTTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGGAAAAGACTGTAATGGTGGAGACAGATATGTATTTCCATTTAGTTT  200

seq1  ATTTTTCTGGCCTCTCACAATGATCTCTGGGCAGCCATGGCTCTATTTCC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTTCTGGCCTCTCACAATGATCTCTGGGCAGCCATGGCTCTATTTCC  250

seq1  CTATCAAGGCCCATCTCTATTGCTCCCACACATAGCTTTAGGTTTTCTCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATCAAGGCCCATCTCTATTGCTCCCACACATAGCTTTAGGTTTTCTCT  300

seq1  GTAGAAGTTAGGTCTGGTTCTTGCTCCCAGAAATAAGACTCAGACTCTGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGAAGTTAGGTCTGGTTCTTGCTCCCAGAAATAAGACTCAGACTCTGT  350

seq1  ACTGGCTGGTTTTGTGTGTCAACTTGACACAGGATGGAGTTATCACAAAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGGCTGGTTTTGTGTGTCAACTTGACACAGGATGGAGTTATCACAAAA  400

seq1  ATGGAGCTTCAGTTGGGGAAGTGCCTCCAGGAGATCCAGCTGTAAGGCAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGAGCTTCAGTTGGGGAAGTGCCTCCAGGAGATCCAGCTGTAAGGCAT  450

seq1  TTTCTCAATTAGTGATCAAGGGGGAGGGCCCCTTGTGGGTGGGACTATCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTCAATTAGTGATCAAGGGGGAGGGCCCCTTGTGGGTGGGACTATCT  500

seq1  CTGGGCTGGTTAGTAGCCTTGGGTTCTATAACAAAGCAAGCTGAGCAAGC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGGCTGGTTAGTAGCCTTGGGTTCTATAACAAAGCAAGCTGAGCAAGC  550

seq1  CAGTGGAAGCAAGCCAGTAAGAAACATCCCTCCATGGCCTCTGCATCAGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGGAAGCAAGCCAGTAAGAAACATCCCTCCATGGCCTCTGCATCAGC  600

seq1  TCCTGCTTCCTGCCCTGCTTGAGTTCCAGTCCTGACTTCCTTTGGTGGTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGCTTCCTGCCCTGCTTGAGTTCCAGTCCTGACTTCCTTTGGTGGTG  650

seq1  ATCAGCAGTATGGAAGTGTAAACTGAATAAACCCTTTCCTCCCCAACTGC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAGCAGTATGGAAGTGTAAACTGAATAAACCCTTTCCTCCCCAACTGC  700

seq1  TTCTTGGTCATGATGCTTGTGCAGGAATAGAAACCCTGACTAAGACAGAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTGGTCATGATGCTTGTGCAGGAATAGAAACCCTGACTAAGACAGAC  750

seq1  TCCAAAAGTATTTACAAATATCATGAACATATAGCTAGGCTCTTCTC  797
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAAAAGTATTTACAAATATCATGAACATATAGCTAGGCTCTTCTC  797

seq1: chr11_17622220_17623389
seq2: B6Ng01-009E18.g_69_1225 (reverse)

seq1  TAACATTGAACAATGAAGGTGTCTCCGCCCCTTTTTAGCATTTGTACAGC  50
      ||||||||||| |||||||    |||||||| |||||||  |||||||||
seq2  TAACATTGAACCATGAAGGATCTTCCGCCCCCTTTTAGCCATTGTACAGC  50

seq1  ATGGAGATTAAGCCCTCAGCTTTGCATGTGCTAAGCAAACCCTCTTCTAC  100
      ||||||| |||| ||||||||||||| |||||| ||||  | ||||||||
seq2  ATGGAGA-TAAG-CCTCAGCTTTGCAAGTGCTAGGCAAGACTTCTTCTAC  98

seq1  TTAGGTATGTCCCTATGGAAAGCAGTGGGTGATATTGAACACTTAGCAAA  150
       || |||||||||  | ||||||||||||||||| || |||| |||||||
seq2  CTA-GTATGTCCC--TTGAAAGCAGTGGGTGATAATG-ACAC-TAGCAAA  143

seq1  AACTCAAGTATATTT-CAAATGCTAATTGGTATTAGCAAATTTCCTTTTC  199
      |   ||||||||||| ||||||||||||||||| ||| ||||||| ||||
seq2  ACTCCAAGTATATTTCCAAATGCTAATTGGTATAAGC-AATTTCC-TTTC  191

seq1  TATAGAGCATACTGCCCTTTGCAAATGTTAAATAATTTGCCAAAATCCAT  249
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||
seq2  TATAGAGCATA-TGCCCTTTGCAAATGTTAAATAA-TTGCCAAATTCCAT  239

seq1  ACAGCAAATGAGCTAAATATTTCAAATTTAAAGCCAAGTTTTAGTGTCTG  299
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGCAAATGAGC-AAATATTTCAAATTTAAAGCCAAGTTTTAGTGTCTG  288

seq1  ATAGAATTTTGCAGGAGGCCTATAAATTGTTGAATCAGGTCTATTCATCA  349
      |||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||
seq2  ATAGAATTTTGCAGGAGGCCTATAAAT--GTGAATCAGGTCTATTCATCA  336

seq1  TCTCTTGCCAACTTTTTACCTACAAACTTCCTCCTAGTCTCTCCTTTAGC  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTTGCCAACTTTTTACCTACAAACTTCCTCCTAGTCTCTCCTTTAGC  386

seq1  TACAGGTCATATCCAGAGTTTGAATGTTCAAAATTCCCAATGCACATTTC  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAGGTCATATCCAGAGTTTGAATGTTCAAAATTCCCAATGCACATTTC  436

seq1  ATAAATCCTAGATGATATATAAATAAAATACATCCACAGTGAGAAAGACG  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAATCCTAGATGATATATAAATAAAATACATCCACAGTGAGAAAGACG  486

seq1  TATCCTATCTGTACTCACCAACTTCTGTCAAATCTCTCTGGGGACATTTC  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCCTATCTGTACTCACCAACTTCTGTCAAATCTCTCTGGGGACATTTC  536

seq1  TGGGCTCCAGTGAACCATGGGACAGGTTCTGAAGTGTAACCAGATTCCTG  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGCTCCAGTGAACCATGGGACAGGTTCTGAAGTGTAACCAGATTCCTG  586

seq1  GCTTCTAAAATCTCTCTTTTCTTGCTTTCCACTTTTCTGGGTGGATAAGG  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTCTAAAATCTCTCTTTTCTTGCTTTCCACTTTTCTGGGTGGATAAGG  636

seq1  AGAGTTCAGTGAATAACTGGACGTCAGAACAGTTTACCAGGCTCAGTCTA  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGTTCAGTGAATAACTGGACGTCAGAACAGTTTACCAGGCTCAGTCTA  686

seq1  GTTCCTTGAGCAGAGATAGCTGACCTATTTCAGTAAGAAATTAGCTATGT  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCCTTGAGCAGAGATAGCTGACCTATTTCAGTAAGAAATTAGCTATGT  736

seq1  GTCAAGAAGCTGAGATATCAGACTCATGTCACCACTGGCAACCTAACTAT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAAGAAGCTGAGATATCAGACTCATGTCACCACTGGCAACCTAACTAT  786

seq1  CTAACTAGTGCGTACTTCTTGGAAGGCTATCCATTTGCTAAGTTAGAAAC  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAACTAGTGCGTACTTCTTGGAAGGCTATCCATTTGCTAAGTTAGAAAC  836

seq1  TGTAGCCTGAAGGAGATAATGCCGAAGCTGAGGATATCCCTCTGTTGGCA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAGCCTGAAGGAGATAATGCCGAAGCTGAGGATATCCCTCTGTTGGCA  886

seq1  GAGTGTTTGTCTAGCAATTGTACAGTCATGATTTTTTCCTTTCACCATAT  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTGTTTGTCTAGCAATTGTACAGTCATGATTTTTTCCTTTCACCATAT  936

seq1  AAACTGGGCATGGTGGTACAAGCATGTTCCAGTGCTGGGGATACATGTAT  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACTGGGCATGGTGGTACAAGCATGTTCCAGTGCTGGGGATACATGTAT  986

seq1  AGCAGGATCAGGAGGTCAAGGTCATTGTGGGCTATATAACAATAGAGACC  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGGATCAGGAGGTCAAGGTCATTGTGGGCTATATAACAATAGAGACC  1036

seq1  AGTTTGACCCAGGTGAAACTGTTTTGATGAAGACAATAATGGCAAAATTA  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTGACCCAGGTGAAACTGTTTTGATGAAGACAATAATGGCAAAATTA  1086

seq1  AGTAGTTTTCTTAGAACCTCATATCTAGTGTGGGGTAAGCCTCATCTTCT  1149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAGTTTTCTTAGAACCTCATATCTAGTGTGGGGTAAGCCTCATCTTCT  1136

seq1  CTACAAGACTTAAATGAATTC  1170
      |||||||||||||||||||||
seq2  CTACAAGACTTAAATGAATTC  1157