BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-010A11
Chromosome11 (Build37)
Map Location 117,412,863 - 117,601,369
singlet/doubletdoublet
Overlap geneTnrc6c
Upstream geneUbe2o, Aanat, Rhbdf2, Cygb, OTTMUSG00000003947, 1810032O08Rik, St6galnac2, LOC634720, BC018473, St6galnac1, Mxra7, Jmjd6, 1110005A03Rik, LOC100043293, Sfrs2, Mfsd11, Mgat5b, LOC100042036, Sec14l1, Sept9, EG667423
Downstream geneTmc6, Tmc8, 6030468B19Rik, Syngr2, Tk1, Afmid, Birc5, LOC546519, Tha1, Socs3, Pgs1, Dnahc17, Pscd1, Usp36, Timp2, Ddc8, Lgals3bp, Cant1, C1qtnf1, D230014K01Rik, D11Bwg0517e
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-010A11.bB6Ng01-010A11.g
ACCDH845815DH845816
length1,017820
definitionDH845815|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-010A11, 5' end.DH845816|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-010A11, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(117,600,329 - 117,601,369)(117,412,863 - 117,413,685)
sequence
gaattcttgttgaaggcagaactaagacagctgcctagatccataccttg
tcaaggaaggtggggcggtccatggaagactctttggagattggtgggcg
gcagccgaggggtttggtgaccattccattgtagtcggtcattcccagtc
cacgtttgtccatgtccaccttcttttccagcagagcacctggggtacaa
catggagatcaacactgagaacgaacgagcacaggacaggaggtggcaat
ggagccggggctgctctcgagacccaggaccaccgtgcacactgtgactg
gacctgctcaccctgctcctgaccactctggccccacgctcttgccagcc
cttaggaaactcatcattatcttctcttgtagaatgaacttcctctgctc
ccaggtcttcatggacttgcttccttcctgcaagccaccagctccaggcc
accagcgagtggagccttctcactgccgtaacctgagaccactacctcac
ctccgccatggtcactgcctgctgtgggcaagcttttggcctactacatt
gggtgtggtgatgtgtcactgcttccacttgcacggtttctctgccttac
agtgtacacagcatgctttggtttctacagcctgtcccatcattcatggg
tctgcagccacataagcaccgtagcatgcttatggttcactttgtggacc
ctggaggttaagaggaaccctgacttggctggagtgtccagttcaggtct
gacaagggagtgctctacactcttcctgagcctcgtattgaagagtctct
gtggtgcatttgctgccacgtggtcatagctgtgtgttctgttgctctgg
aatgctcccaatgagtgctatgcgtattcccaatgcagaagctagccgcg
ccttgtaagaattgcatgtgcaggtcatttcttgcaggcagagctgtagc
ctgtacttgtagcggtgtaacaaatccacagaaaatgaatgagggaagga
tttcctggtgaggtcct
gaattcccaatgtgttcttggccagctgtgtgcactagtcacaagagatt
ccctgggagtgacagtagagaggtcttataggataacagagactaggcca
cccttgatgcttcatcaatgcacggggcctcacacgatctgtgaagaata
cctgttcccacccatcagagagcacacctgcaggggctctcgtgagctca
ggtgtgatcagagtctgttgctgcagcctgagcccgttagtccaggaaag
ccactcccaacctgtcaacacatgtactgtagagtcctacatcgagcagg
tttctgctgattggggtgggggtggcaggttctgggaacagtggggatgc
ccaagagccaggccagacgctatggacatgatttctgaggctcagtgagg
caggaagagggcaacagaaaggaagcctgagtaagggagttgcagagaag
actgaactgggtggcaccaccatttcctcctggctggaccccagggtctg
aagtgcccagggcagccagagcaggccatctcctgcctcccaccaatggt
ttccaggaaaggctcagttgtcatggcaacatccatccaattactctgct
tttgcagaaatcacctaccagccagttggctggaactcaccccttctaaa
gaacaagtcctccgcttgaagtttggcctcgctgtggccaagcgtgtgaa
gcgagaagtggagacgcgggttgggcacagggtccacaagacatatggtc
acagaggcagaggctataaccagagacaatggctagccttcaaaaccaga
gacaggcagagatctggatc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr11_117600329_117601369
seq2: B6Ng01-010A11.b_32_1048 (reverse)

seq1  AGGAGCCTCACCAGTGAAATTCCTTCTCCTCCTTCATTTCTCTGCTGGGA  50
      |||| ||||||||| |||| |||||| |||| ||||||| ||||   |||
seq2  AGGA-CCTCACCAG-GAAA-TCCTTC-CCTCATTCATTT-TCTG--TGGA  43

seq1  TTTGTTAACACCCGACCTACAAGCTACAGTGCTACAGCTCATGCCTGAAA  100
      |||||| |||||    ||||||| ||||| |||||||||| |||||| ||
seq2  TTTGTT-ACACC---GCTACAAG-TACAG-GCTACAGCTC-TGCCTGCAA  86

seq1  GAAAATGACCTGGCACATGCAATTTCTCTACAAGGCACGGCTAGCTTTCT  150
      | ||||||||| |||||||||| |||| |||||||| ||||||||||   
seq2  G-AAATGACCT-GCACATGCAA-TTCT-TACAAGGCGCGGCTAGCTT--C  130

seq1  TGCATTAGGAATACCACATAGCACTACATTAGGGAGCATTCCAAGAGCAA  200
      |||||| |||||| | ||||||||| |||| ||||||||||| |||||||
seq2  TGCATTGGGAATA-CGCATAGCACT-CATT-GGGAGCATTCC-AGAGCAA  176

seq1  CAGAACACACAGCTATGACCAACGTGGCAGCAAATGCACCACAGAGACTC  250
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAACACACAGCTATGACC-ACGTGGCAGCAAATGCACCACAGAGACTC  225

seq1  TTCAATACGAGGCTCAGGAAGAGTGTAGAGCACTCCCTTGTCAGACCTGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAATACGAGGCTCAGGAAGAGTGTAGAGCACTCCCTTGTCAGACCTGA  275

seq1  ACTGGACACTCCAGCCAAGTCAGGGTTCCTCTTAACCTCCAGGGTCCAC-  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  ACTGGACACTCCAGCCAAGTCAGGGTTCCTCTTAACCTCCAGGGTCCACA  325

seq1  AAGTGAACCATAAGCATGCTACGGTGCTTATGTGGCTGCAGACCCATGAA  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTGAACCATAAGCATGCTACGGTGCTTATGTGGCTGCAGACCCATGAA  375

seq1  TGATGGGACAGGCTGTAGAAACCAAAGCATGCTGTGTACACTGTAAGGCA  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGGGACAGGCTGTAGAAACCAAAGCATGCTGTGTACACTGTAAGGCA  425

seq1  GAGAAACCGTGCAAGTGGAAGCAGTGACACATCACCACACCCAATGTAGT  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAAACCGTGCAAGTGGAAGCAGTGACACATCACCACACCCAATGTAGT  475

seq1  AGGCCAAAAGCTTGCCCACAGCAGGCAGTGACCATGGCGGAGGTGAGGTA  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCCAAAAGCTTGCCCACAGCAGGCAGTGACCATGGCGGAGGTGAGGTA  525

seq1  GTGGTCTCAGGTTACGGCAGTGAGAAGGCTCCACTCGCTGGTGGCCTGGA  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGTCTCAGGTTACGGCAGTGAGAAGGCTCCACTCGCTGGTGGCCTGGA  575

seq1  GCTGGTGGCTTGCAGGAAGGAAGCAAGTCCATGAAGACCTGGGAGCAGAG  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGTGGCTTGCAGGAAGGAAGCAAGTCCATGAAGACCTGGGAGCAGAG  625

seq1  GAAGTTCATTCTACAAGAGAAGATAATGATGAGTTTCCTAAGGGCTGGCA  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGTTCATTCTACAAGAGAAGATAATGATGAGTTTCCTAAGGGCTGGCA  675

seq1  AGAGCGTGGGGCCAGAGTGGTCAGGAGCAGGGTGAGCAGGTCCAGTCACA  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGCGTGGGGCCAGAGTGGTCAGGAGCAGGGTGAGCAGGTCCAGTCACA  725

seq1  GTGTGCACGGTGGTCCTGGGTCTCGAGAGCAGCCCCGGCTCCATTGCCAC  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGCACGGTGGTCCTGGGTCTCGAGAGCAGCCCCGGCTCCATTGCCAC  775

seq1  CTCCTGTCCTGTGCTCGTTCGTTCTCAGTGTTGATCTCCATGTTGTACCC  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTGTCCTGTGCTCGTTCGTTCTCAGTGTTGATCTCCATGTTGTACCC  825

seq1  CAGGTGCTCTGCTGGAAAAGAAGGTGGACATGGACAAACGTGGACTGGGA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGTGCTCTGCTGGAAAAGAAGGTGGACATGGACAAACGTGGACTGGGA  875

seq1  ATGACCGACTACAATGGAATGGTCACCAAACCCCTCGGCTGCCGCCCACC  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGACCGACTACAATGGAATGGTCACCAAACCCCTCGGCTGCCGCCCACC  925

seq1  AATCTCCAAAGAGTCTTCCATGGACCGCCCCACCTTCCTTGACAAGGTAT  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCTCCAAAGAGTCTTCCATGGACCGCCCCACCTTCCTTGACAAGGTAT  975

seq1  GGATCTAGGCAGCTGTCTTAGTTCTGCCTTCAACAAGAATTC  1041
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATCTAGGCAGCTGTCTTAGTTCTGCCTTCAACAAGAATTC  1017

seq1: chr11_117412863_117413685
seq2: B6Ng01-010A11.g_67_886

seq1  GAATTCCCAATGTGTTCTTGGCCAGCTGTGTGCACTAGTCACAAGAGATT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCCAATGTGTTCTTGGCCAGCTGTGTGCACTAGTCACAAGAGATT  50

seq1  CCCTGGGAGTGACAGTAGAGAGGTCTTATAGGATAACAGAGACTAGGCCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTGGGAGTGACAGTAGAGAGGTCTTATAGGATAACAGAGACTAGGCCA  100

seq1  CCCTTGATGCTTCATCAATGCACGGGGCCTCACACGATCTGTGAAGAATA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTTGATGCTTCATCAATGCACGGGGCCTCACACGATCTGTGAAGAATA  150

seq1  CCTGTTCCCACCCATCAGAGAGCACACCTGCAGGGGCTCTCGTGAGCTCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGTTCCCACCCATCAGAGAGCACACCTGCAGGGGCTCTCGTGAGCTCA  200

seq1  GGTGTGATCAGAGTCTGTTGCTGCAGCCTGAGCCCGTTAGTCCAGGAAAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGTGATCAGAGTCTGTTGCTGCAGCCTGAGCCCGTTAGTCCAGGAAAG  250

seq1  CCACTCCCAACCTGTCAACACATGTACTGTAGAGTCCTACATCGAGCAGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACTCCCAACCTGTCAACACATGTACTGTAGAGTCCTACATCGAGCAGG  300

seq1  TTTCTGCTGATTGGGGTGGGGGTGGCAGGTTCTGGGAACAGTGGGGATGC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTGCTGATTGGGGTGGGGGTGGCAGGTTCTGGGAACAGTGGGGATGC  350

seq1  CCAAGAGCCAGGCCAGACGCTATGGACATGATTTCTGAGGCTCAGTGAGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAGAGCCAGGCCAGACGCTATGGACATGATTTCTGAGGCTCAGTGAGG  400

seq1  CAGGAAGAGGGCAACAGAAAGGAAGCCTGAGTAAGGGAGTTGCAGAGAAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGAAGAGGGCAACAGAAAGGAAGCCTGAGTAAGGGAGTTGCAGAGAAG  450

seq1  ACTGAACTGGGTGGCACCACCATTTCCTCCTGGCTGGACCCCAGGGTCTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGAACTGGGTGGCACCACCATTTCCTCCTGGCTGGACCCCAGGGTCTG  500

seq1  AAGTGCCCAGGGCAGCCAGAGCAGGCCATCTCCTGCCTCCCACCAATGGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTGCCCAGGGCAGCCAGAGCAGGCCATCTCCTGCCTCCCACCAATGGT  550

seq1  TTCCAGGAAAGGCTCAGTTGTCATGGCAACATCCATCCAATTACTCCACT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||
seq2  TTCCAGGAAAGGCTCAGTTGTCATGGCAACATCCATCCAATTACTCTGCT  600

seq1  TTTGCAGAAATCACCTACCAGCCAAGTTGGCTGGAACTCACCCCTTCTAA  650
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGCAGAAATCACCTACCAGCC-AGTTGGCTGGAACTCACCCCTTCTAA  649

seq1  AGAACAAGTCCTCCGCTTGAAGTTTGGCCTCGCTGTGGCCAAGCGTGTGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAACAAGTCCTCCGCTTGAAGTTTGGCCTCGCTGTGGCCAAGCGTGTGA  699

seq1  AGCGAGAAGTGGAGAGGCGGGTTGGGCACATGGGCCACAAGAGAGATGGT  750
      ||||||||||||||| |||||||||||||| || |||||||| | |||||
seq2  AGCGAGAAGTGGAGACGCGGGTTGGGCACAGGGTCCACAAGACATATGGT  749

seq1  CACAGAGGCAGAGGCTATAACCAAGGGACAATGGCTAGCCTTCACAAACC  800
      |||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||| |||||
seq2  CACAGAGGCAGAGGCTATAACC-AGAGACAATGGCTAGCCTTCA-AAACC  797

seq1  AGAGACAGGCGGAGAGCTGGATC  823
      |||||||||| |||| |||||||
seq2  AGAGACAGGCAGAGATCTGGATC  820