BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-011N13
Chromosome11 (Build37)
Map Location 106,098,495 - 106,222,879
singlet/doubletdoublet
Overlap geneDdx42, Ftsj3, Psmc5, Smarcd2, Tcam1, Gh, Cd79b, Scn4a
Upstream geneTlk2, Mrc2, Rnf190, EG666807, Tanc2, LOC667737, Cyb561, Ace, EG217246, Kcnh6, Wdr68, Ccdc44, Map3k3, Limd2, 2610019A05Rik, 2610204L23Rik
Downstream gene2310007L24Rik, Icam2, Ern1, LOC100041277, Tex2, Pecam1, Gm885, Polg2, Ddx5, Ccdc45, Smurf2, LOC666873, Kpna2, 1810010H24Rik, Bptf, LOC100042899, Nol11, LOC671692, Pitpnc1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-011N13.bB6Ng01-011N13.g
ACCDH847116DH847117
length789487
definitionDH847116|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-011N13, 5' end.DH847117|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-011N13, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(106,098,495 - 106,099,282)(106,222,386 - 106,222,879)
sequence
gaattccctctaaatatgggaaagctaggctgggattatcctgtgagtaa
ccaaccttttgtcttggtttcattatgatcagttgactaaacagcagtct
agttatatccatgaccaatgtatcagcagctacaagttcctattttaaac
aggttttcttaggctctcttaaaaactgggtctggccgggtggtggtggc
tcgcgcctttaatcccagcacttgggaggcagaggcaggcggatttctga
gttcgaggccagcctggtctacagagtgagttccaggacaaccagggcta
cacagaaaaaccctgtctcaaaaaaacaaaaaaccgaaacaacaacaaca
acaaaagaagttttatctagagactgccatatccagggatccaccccata
atcagcttccaaacgctgacaccattgcatacactagcaagattttatcg
aaaagacccagatgtagctgtctcttgtgagactatgccggggcctaaca
aacacagaagtggatgctcacagtcagctattggatacaaggctcccaat
ggaggagctagagaaagtacccaaggagctaaagggatctgcaaccctat
aggtggaacaacattatgaactaaccagtaccctggagctcttgactcta
gctgcatatgtatcaaaagatggcctagtctgccatcactggaaagagag
gcccattggacacgcaaactgtatatgccccagtacagaggaacgccagg
gccaaaaaaaaatgggaatgagtggggtagggaagtggg
tctggactctaggaggacagaaggagcaggattgaagtacatatagaaag
taggagcagggtgaagtatatagaggctgaaggagagcaacagaggcatt
gagctcctgaaaagaaagatccagaaggaggagccacggcaggggacagc
actgtctacatggacatgtttagagaaggtgatgggctcacacatgactg
tagtgtgagcaaaggagaggggccagcattggatgctaggcactgttcct
tagtgggatttaagctaacagaaggcaggacgtcccaggcttggatagaa
caaatcggtctccacaaccctttgagcagctgggaaattagtcacagagc
tgacactgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgccaagaaatg
gcaaataggccatagtagacattagatagatatgggggctaattggttcc
agttagggatggtggtactatcctttgtgagttcaag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr11_106098495_106099282
seq2: B6Ng01-011N13.b_43_831

seq1  GAATTCCCTCTAAATATGGGAAAGCTAGGCTGGGATTATCCTGTGAGTAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCCTCTAAATATGGGAAAGCTAGGCTGGGATTATCCTGTGAGTAA  50

seq1  CCAACCTTTTGTCTTGGTTTCATTATGATCAGTTGACTAAACAGCAGTCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAACCTTTTGTCTTGGTTTCATTATGATCAGTTGACTAAACAGCAGTCT  100

seq1  AGTTATATCCATGACCAATGTATCAGCAGCTACAAGTTCCTATTTTAAAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTATATCCATGACCAATGTATCAGCAGCTACAAGTTCCTATTTTAAAC  150

seq1  AGGTTTTCTTAGGCTCTCTTAAAAACTGGGTCTGGCCGGGTGGTGGTGGC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTTTTCTTAGGCTCTCTTAAAAACTGGGTCTGGCCGGGTGGTGGTGGC  200

seq1  TCGCGCCTTTAATCCCAGCACTTGGGAGGCAGAGGCAGGCGGATTTCTGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGCGCCTTTAATCCCAGCACTTGGGAGGCAGAGGCAGGCGGATTTCTGA  250

seq1  GTTCGAGGCCAGCCTGGTCTACAGAGTGAGTTCCAGGACAACCAGGGCTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCGAGGCCAGCCTGGTCTACAGAGTGAGTTCCAGGACAACCAGGGCTA  300

seq1  CACAGAAAAACCCTGTCTCAAAAAAACAAAAAACCGAAACAACAACAACA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGAAAAACCCTGTCTCAAAAAAACAAAAAACCGAAACAACAACAACA  350

seq1  ACAAAAGAAGTTTTATCTAGAGACTGCCATATCCAGGGATCCACCCCATA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAAAGAAGTTTTATCTAGAGACTGCCATATCCAGGGATCCACCCCATA  400

seq1  ATCAGCTTCCAAACGCTGACACCATTGCATACACTAGCAAGATTTTATCG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAGCTTCCAAACGCTGACACCATTGCATACACTAGCAAGATTTTATCG  450

seq1  AAAAGACCCAGATGTAGCTGTCTCTTGTGAGACTATGCCGGGGCCTAACA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGACCCAGATGTAGCTGTCTCTTGTGAGACTATGCCGGGGCCTAACA  500

seq1  AACACAGAAGTGGATGCTCACAGTCAGCTATTGGATACAAGGCTCCCAAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACACAGAAGTGGATGCTCACAGTCAGCTATTGGATACAAGGCTCCCAAT  550

seq1  GGAGGAGCTAGAGAAAGTACCCAAGGAGCTAAAGGGATCTGCAACCCTAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGGAGCTAGAGAAAGTACCCAAGGAGCTAAAGGGATCTGCAACCCTAT  600

seq1  AGGTGGAACAACATTATGAACTAACCAGTACCCTGGAGCTCTTGACTCTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTGGAACAACATTATGAACTAACCAGTACCCTGGAGCTCTTGACTCTA  650

seq1  GCTGCATATGTATCAAAAGATGGCCTAGTCTGCCATCACTGGAAAGAGAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGCATATGTATCAAAAGATGGCCTAGTCTGCCATCACTGGAAAGAGAG  700

seq1  GCCCATTGGACACGCAAACTGTATATGCCCCAGTACAGAGGAACGCCAGG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCATTGGACACGCAAACTGTATATGCCCCAGTACAGAGGAACGCCAGG  750

seq1  GCCAAAAAAAAATGGGAATGAGT-GGGTAGGGAAGTGGG  788
      ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  GCCAAAAAAAAATGGGAATGAGTGGGGTAGGGAAGTGGG  789

seq1: chr11_106222386_106222879
seq2: B6Ng01-011N13.g_66_558 (reverse)

seq1  CTTGAACTCACTATAGGATTGTACCACCATCCCTAACTGGAACCAATTAG  50
      ||||||||||| | ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGAACTCAC-AAAGGATAGTACCACCATCCCTAACTGGAACCAATTAG  49

seq1  CCCCCATATCTATCTAATGTCTACTATGGCCTATTTGCCATTTCTTGGCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCCATATCTATCTAATGTCTACTATGGCCTATTTGCCATTTCTTGGCA  99

seq1  CACACACACACACACACACACACACACACACAGTGTCAGCTCTGTGACTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACACACACACACACACACACACACACACAGTGTCAGCTCTGTGACTA  149

seq1  ATTTCCCAGCTGCTCAAAGGGTTGTGGAGACCGATTTGTTCTATCCAAGC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCCCAGCTGCTCAAAGGGTTGTGGAGACCGATTTGTTCTATCCAAGC  199

seq1  CTGGGACGTCCTGCCTTCTGTTAGCTTAAATCCCACTAAGGAACAGTGCC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGGACGTCCTGCCTTCTGTTAGCTTAAATCCCACTAAGGAACAGTGCC  249

seq1  TAGCATCCAATGCTGGCCCCTCTCCTTTGCTCACACTACAGTCATGTGTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCATCCAATGCTGGCCCCTCTCCTTTGCTCACACTACAGTCATGTGTG  299

seq1  AGCCCATCACCTTCTCTAAACATGTCCATGTAGACAGTGCTGTCCCCTGC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCCATCACCTTCTCTAAACATGTCCATGTAGACAGTGCTGTCCCCTGC  349

seq1  CGTGGCTCCTCCTTCTGGATCTTTCTTTTCAGGAGCTCAATGCCTCTGTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTGGCTCCTCCTTCTGGATCTTTCTTTTCAGGAGCTCAATGCCTCTGTT  399

seq1  GCTCTCCTTCAGCCTCTATATACTTCACCCTGCTCCTTCTTTCTATATGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  GCTCTCCTTCAGCCTCTATATACTTCACCCTGCTCCTACTTTCTATATGT  449

seq1  ACTTCAATCCTGCTCCTTCTGTCCTCCTAGAGTCCAGAGAATTC  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTCAATCCTGCTCCTTCTGTCCTCCTAGAGTCCAGAGAATTC  493