BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-012N24
Chromosome11 (Build37)
Map Location 69,056,870 - 69,251,036
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCntrob, Trappc1, Kcnab3, A030009H04Rik, Chd3, Cyb5d1, Lsmd1, Tmem88, Jmjd3, Dnahc2
Upstream geneNtn1, Pik3r5, BB220380, BC024997, Ccdc42, Myh10, Ndel1, 9930039A11Rik, Rpl26, Odf4, Arhgef15, Slc25a35, 2400006H24Rik, Pfas, 1500010J02Rik, Aurkb, 2310047M10Rik, Tmem107, Vamp2, Per1, Hes7, Aloxe3, Alox12b, Alox8, Gucy2e
Downstream geneEfnb3, Wdr79, LOC100043030, Trp53, Atp1b2, Shbg, Sat2, LOC382532, Fxr2, Sox15, Mpdu1, Cd68, Eif4a1, Senp3, Tnfsf12-tnfsf13, Tnfsf13, Tnfsf12, LOC100041994, Polr2a, Amac1, Zbtb4, Chrnb1, Fgf11, Tmem102, 4933402P03Rik, 1700095G12Rik, Nlgn2, 1810027O10Rik, Plscr3, Tnk1, LOC432576, Kctd11, Centb1, 2810408A11Rik, 0610025P10Rik, Gps2, Eif5a, Ybx2, Slc2a4, LOC668442, Cldn7, Rai12, Dullard, Gabarap, Phf23, Dvl2, Acadvl, Dlg4, Asgr1, Asgr2, Mgl2, Mgl1, Slc16a11, Slc16a13, Bcl6b, 0610010K14Rik, D11Bwg0434e, Alox12, Alox12e, Alox15, LOC668466, Pelp1, Arrb2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-012N24.bB6Ng01-012N24.g
ACCDH847837DH847838
length948683
definitionDH847837|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-012N24, 5' end.DH847838|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-012N24, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(69,250,081 - 69,251,036)(69,056,870 - 69,057,556)
sequence
gaattcctggctccctgcaaggggtagatcttatcagtggataattagca
tacacatggctgtccgggaccaggactccagagtgattgagttctcagcc
tgaagggatttagaaaagggagactagctttgatctagaccagaatcaaa
ggagcaaaggagactgtctttcaaaacactctagcttatctccaaaggtc
tgaagccccaggcgcttatacctccctctgtacaccagggcctggaggag
gatctgggttacctggtgggcgactgtctgattgcagctgcgttcttgtc
ctacatgggaccctttctgaccaattaccgggatgagattatcaatcaaa
tctggatcaggaaggtgagaagggcccaggggttacagggaagcacttgg
ggtgtgcaggcaagagacagagctgctgaattccggctgaattttggggt
tcttctctcctcagatcagggagcttcaggttccctgttcacctcgcttt
gccattgataacttcctgaccaatcccaccaaagtccgggactggaacat
ccaggggttgccctcagatgccttctccacagagaatggcatcatcgtca
ccaggggcaacaggtgagagccttgtaggggagggagaggcaggggagga
gcagaacctgtctgctgacaggggcttcctctttcaggtgggccctcatg
atcgatcctcagggccaagccctcaagtggattaagaacatggaaagaaa
ccaggtattaggctgggctgccccaggagagtcccaagcctagtctttac
tcaagtcctgcccttggcttgagtgggccttcccggttgctctcatccat
ctgtccatcagtcatccatccatcatgcatctatccttgttctctaggcc
ttaaatcatcaacctgcaatgcatgactaccttcgagtctaaacatgc
ggtcatcaggtatgctgcaatgtcagtattactaattttgtaagaatgac
tactttaaagcttttgcattactttattaacttgtgtgtatgcgtgtggt
acagtctacttgtggagatcagaagacagcatccacatgtggttctttcc
ttctactatgtggggccgggagattaaactcaggtcatcaggtgtggtga
caagcacctttccctactgttccatctcaacaacccttacaattttttaa
aaatttaatttagaattgacttacttagaaaggccagcagtacttctcac
cttccacagaaagtctgcttacatctcccttgttggacacagcccctcac
agtcagggaaattccacccaatccttccacaccttggatgataatgaggt
atgatttggaacaatcatgagactgatttggaatcattgataatttccca
atgatcctttattaaacgagtccttgcatgatgtagtaaagatgaaggga
agatttttttaaaagattttatgtatgtatgtatgtatgtatgtatgtac
atatgtatgtatgtgagtactctgtagctgtcttagacgcaccataaaag
ggatcagatctcattcctgatggttgggagccaccactggttcatgatgg
gaaaaaataagggaattgacttcagacctcctg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr11_69250081_69251036
seq2: B6Ng01-012N24.b_48_995 (reverse)

seq1  GCATGTTCTAGAACTCGAAGGTAGTCATGCATCTGCAGGTCGATGATTTT  50
      ||||||| ||| |||||||||||||||||||| ||||||| ||||| |||
seq2  GCATGTT-TAG-ACTCGAAGGTAGTCATGCAT-TGCAGGTTGATGA-TTT  46

seq1  AAGGCCCTAGAGAGCAAGGGATAGATGGATGGATGGATGGATGGACTGAT  100
      |||| |||||||| ||| ||||||||| || ||||||||||| |||||||
seq2  AAGG-CCTAGAGAACAA-GGATAGATGCAT-GATGGATGGAT-GACTGAT  92

seq1  GGACAGATGGATGAGAGCAACAGGG-AGGACCACACAAGCCAAGGGCAGG  149
      ||||||||||||||||||||| ||| ||| |||| |||||||||||||||
seq2  GGACAGATGGATGAGAGCAACCGGGAAGGCCCACTCAAGCCAAGGGCAGG  142

seq1  ACCTTGAGAAAAGACTAGGCCTGGGACTCTCCTGGGGCAGCCCAGCCTAA  199
      | |||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  A-CTTGAGTAAAGACTAGGCTTGGGACTCTCCTGGGGCAGCCCAGCCTAA  191

seq1  TACCTGGTTTCCTTCCATGTTCTTAATCCACTTGAGGGCTTGGCCCTGAG  249
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCTGGTTTCTTTCCATGTTCTTAATCCACTTGAGGGCTTGGCCCTGAG  241

seq1  GATCGATCATGAGGGCCCACCTGAAAGAGGAAGCCCCTGTCAGCAGACAG  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCGATCATGAGGGCCCACCTGAAAGAGGAAGCCCCTGTCAGCAGACAG  291

seq1  GTTCTGCTCCTCCCCTGCCTCTCCCTCCCCTACAAGGCTCTCACCTGTTG  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCTGCTCCTCCCCTGCCTCTCCCTCCCCTACAAGGCTCTCACCTGTTG  341

seq1  CCCCTGGTGACGATGATGCCATTCTCTGTGGAGAAGGCATCTGAGGGCAA  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCTGGTGACGATGATGCCATTCTCTGTGGAGAAGGCATCTGAGGGCAA  391

seq1  CCCCTGGATGTTCCAGTCCCGGACTTTGGTGGGATTGGTCAGGAAGTTAT  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCTGGATGTTCCAGTCCCGGACTTTGGTGGGATTGGTCAGGAAGTTAT  441

seq1  CAATGGCAAAGCGAGGTGAACAGGGAACCTGAAGCTCCCTGATCTGAGGA  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATGGCAAAGCGAGGTGAACAGGGAACCTGAAGCTCCCTGATCTGAGGA  491

seq1  GAGAAGAACCCCAAAATTCAGCCGGAATTCAGCAGCTCTGTCTCTTGCCT  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAAGAACCCCAAAATTCAGCCGGAATTCAGCAGCTCTGTCTCTTGCCT  541

seq1  GCACACCCCAAGTGCTTCCCTGTAACCCCTGGGCCCTTCTCACCTTCCTG  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACACCCCAAGTGCTTCCCTGTAACCCCTGGGCCCTTCTCACCTTCCTG  591

seq1  ATCCAGATTTGATTGATAATCTCATCCCGGTAATTGGTCAGAAAGGGTCC  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCAGATTTGATTGATAATCTCATCCCGGTAATTGGTCAGAAAGGGTCC  641

seq1  CATGTAGGACAAGAACGCAGCTGCAATCAGACAGTCGCCCACCAGGTAAC  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTAGGACAAGAACGCAGCTGCAATCAGACAGTCGCCCACCAGGTAAC  691

seq1  CCAGATCCTCCTCCAGGCCCTGGTGTACAGAGGGAGGTATAAGCGCCTGG  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGATCCTCCTCCAGGCCCTGGTGTACAGAGGGAGGTATAAGCGCCTGG  741

seq1  GGCTTCAGACCTTTGGAGATAAGCTAGAGTGTTTTGAAAGACAGTCTCCT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTTCAGACCTTTGGAGATAAGCTAGAGTGTTTTGAAAGACAGTCTCCT  791

seq1  TTGCTCCTTTGATTCTGGTCTAGATCAAAGCTAGTCTCCCTTTTCTAAAT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTCCTTTGATTCTGGTCTAGATCAAAGCTAGTCTCCCTTTTCTAAAT  841

seq1  CCCTTCAGGCTGAGAACTCAATCACTCTGGAGTCCTGGTCCCGGACAGCC  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTTCAGGCTGAGAACTCAATCACTCTGGAGTCCTGGTCCCGGACAGCC  891

seq1  ATGTGTATGCTAATTATCCACTGATAAGATCTACCCCTTGCAGGGAGCCA  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGTATGCTAATTATCCACTGATAAGATCTACCCCTTGCAGGGAGCCA  941

seq1  GGAATTC  956
      |||||||
seq2  GGAATTC  948

seq1: chr11_69056870_69057556
seq2: B6Ng01-012N24.g_71_753

seq1  GGTCATCAGGTATGCTGCAATGTCAGTATTACTAATTTTGTAAGAATGAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCATCAGGTATGCTGCAATGTCAGTATTACTAATTTTGTAAGAATGAC  50

seq1  TACTTTAAAGCTTTTGCATTACTTTATTAACTTGTGTGTATGCGTGTGGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTTTAAAGCTTTTGCATTACTTTATTAACTTGTGTGTATGCGTGTGGT  100

seq1  ACAGTCTACTTGTGGAGATCAGAAGACAGCATCCACATGTGGTTCTTTCC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGTCTACTTGTGGAGATCAGAAGACAGCATCCACATGTGGTTCTTTCC  150

seq1  TTCTACTATGTGGGGCCGGGAGATTAAACTCAGGTCATCAGGTGTGGTGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTACTATGTGGGGCCGGGAGATTAAACTCAGGTCATCAGGTGTGGTGA  200

seq1  CAAGCACCTTTCCCTACTGTTCCATCTCAACAACCCTTACAATTTTTTAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGCACCTTTCCCTACTGTTCCATCTCAACAACCCTTACAATTTTTTAA  250

seq1  AAATTTAATTTAGAATTGACTTACTTAGAAAGGCCAGCAGTACTTCTCAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTTAATTTAGAATTGACTTACTTAGAAAGGCCAGCAGTACTTCTCAC  300

seq1  CTTCCACAGAAAGTCTGCTTACATCTCCCTTGTTGGACACAGCCCCTCAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCACAGAAAGTCTGCTTACATCTCCCTTGTTGGACACAGCCCCTCAC  350

seq1  AGTCAGGGAAATTCCACCCAATCCTTCCACACCTTGGATGATAATGAGGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCAGGGAAATTCCACCCAATCCTTCCACACCTTGGATGATAATGAGGT  400

seq1  ATGATTTGGAACAATCATGAGACTGATTTGGAATCATTGATAATTTCCCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGATTTGGAACAATCATGAGACTGATTTGGAATCATTGATAATTTCCCA  450

seq1  ATGATCCTTTATTAAACGAGTCCTTGCATGATGTAGTAAAGATGAAGGGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGATCCTTTATTAAACGAGTCCTTGCATGATGTAGTAAAGATGAAGGGA  500

seq1  AGATTTTTTTAAAAGATTTTATGTATGTATGTATGTATGTATGTATGTAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATTTTTTTAAAAGATTTTATGTATGTATGTATGTATGTATGTATGTAC  550

seq1  ATATGTATGTATGTGAGTACACTGTAGCTGTCTTCAGACGCACCAGAAGA  600
      |||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||| || |
seq2  ATATGTATGTATGTGAGTACTCTGTAGCTGTCTT-AGACGCACCATAAAA  599

seq1  GGGCATCAGATCCCATTCCAGATGGTTGGGAGCCACCACGTGGTTCATGA  650
      ||| |||||||| |||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  GGG-ATCAGATCTCATTCCTGATGGTTGGGAGCCACCAC-TGGTTCATGA  647

seq1  TGGGAAAAATAATGGGAATTGAACTCAGGACCTCCTG  687
      |||||||||  | |||||||||  ||| |||||||||
seq2  TGGGAAAAAATAAGGGAATTGACTTCA-GACCTCCTG  683