BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-013E04
Chromosome11 (Build37)
Map Location 11,552,415 - 11,775,152
singlet/doubletdoublet
Overlap geneIkzf1, Fignl1, Ddc
Upstream geneVwc2, Zpbp, LOC625132, EG432534, 4930415F15Rik
Downstream geneGrb10, Cobl
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-013E04.bB6Ng01-013E04.g
ACCDH848125DH848126
length1,0791,020
definitionDH848125|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-013E04, 5' end.DH848126|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-013E04, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(11,774,072 - 11,775,152)(11,552,415 - 11,553,439)
sequence
gaattctcagcagccatcagggcccagctgagctgactgctttaccacat
ggcacctgattttcttccagctgggatactgaggggctgggctagtggga
gtcacagctcatgggaagagctgagatggccttcttgctgaactgttgcc
attgctcttaggtcaggcacttggggccttcttctatagaccaagcctag
gatgagtgtatccttttctttcattaaatgttgttgtggcaggtttcatt
ggtgtcattctgctgctccaaaagccactgcatatatttgtctggagacc
caaaatcaacctctgacttatctgcttttctaggatggtcttggttgagg
aagagcctgacacagaggttgtgttgcttgatagctgtggttcataacat
ggaatgttggctcctatactgagaattagcattagcttggctgcagtagc
acccagcaggatggggataaccatctaaccagcagggggaaagtcctcag
ttcctcttgtcatcaatgtgtcataattccagaatgcacaagagcagcct
ggtcaccatgttgtgccccttaggtaaagacccaaaataaatggaggctc
aagtcacttttgcctggacctgagagtacccagctagctactttctgtgt
gcaatgagaggagagaagccagacaccaaatcactggggaattaaaagac
tacatgagatgagtggcttatctgatgttgcctagcagaagaaagtaggc
agtacctgttttcttggctccatcctgccctataaaatttgctcctggcc
atggaggagggtcttctagtagacctttttatattgttctgttatatgat
caagcacaccgagcacaagcaggcaggcatggtgccatcccccttaccac
caatctggatgattgaaagaagctatatctgagactgagttcaggcattt
gaggccacctgagatggaagagtttaaattgggttttagccaggcattgg
ccctaactcctcaggacctggctgctgttttagcattagctccttagaac
catggccgtgtatatgtggtggccctggg
gaattctttgggcatggggggaggagtgcacagaagaaaagtgactggtg
tttggcttcttgttgtggcaagtggagagaaccaaacagaagtgtggatg
aacaatgtcacctttccacttcttgacaaaggctgcctcccaaacagcat
cactctagttgtagattaaatgtgttcagaggacttccctggatctggtg
cttttggcttctttggaactgggtggtaaacacagccatcagctcagata
ttctgctctgttttcaaatgccacgtgagaacatgtatccatttcatggg
ggaacccacaaactagcaaggcttcctggcacaccctaggcattggaata
ccaactactgtctactcacattgcacctgggagatgtgttctggtgagga
ggtataatgctggttatctctgttagcacagtacatggtgaggagctgag
gatcagcaagtctctgttccaagccatggtttggagactataccccaagt
taacactgatagaggatgagcatgcagaagagggggctgtggttctccgt
gtaatagatctgcatgaaaacagattcctagagcctattggaccaaattt
gcttttcagtcaattaacttttcttctaatatttcccaaaataatggtga
ttattttctggatgaaattctgtgactcaaaagcaagtcaggaatcagag
ataaagtccttctccttacctggagtgggtaattcgatgagttgtcactg
ggtttctgttatcatttagtagcttcaagcaactcagtactgggaaaaca
gaaactatacttactttctccaacatagagtggtggggtactatctggcc
agatgagcttgaagttgacctgcaaatttcactaagttttgtttcacaca
agatctcacagacaacctgatctccttcaacctgtaaactgaataagaaa
catgttttaccatttgaattctgcatataaatcttttatcttctcatccc
tccttatttaaaaaccctac
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr11_11774072_11775152
seq2: B6Ng01-013E04.b_46_1124 (reverse)

seq1  CCCA-GCCCACCAC--ATACACAGCCATGGTTCTTTAAGAGCTAATGCTG  47
      |||| | |||||||  |||||| |||||||||| | | ||||||||||| 
seq2  CCCAGGGCCACCACATATACACGGCCATGGTTC-TAAGGAGCTAATGCTA  49

seq1  AAACAGCAGCCCAGTTCCTGAGGAGTTTAGGGCCAATGCCTGGCTAAAAC  97
      ||||||||| |||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAGCAG-CCAGGTCCTGAGGAG-TTAGGGCCAATGCCTGGCTAAAAC  97

seq1  CCAAATTTAAACTCTTTCAATCTCAGGTGGGCCTCAAATGCCTGAACTCA  147
      || ||||||||||| ||| ||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  CC-AATTTAAACTC-TTCCATCTCAGGT-GGCCTCAAATGCCTGAACTCA  144

seq1  GTCTCAGATATAGCTTCTTTCATTCATCCAGATTGGT-GTAAGGGGGATG  196
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||
seq2  GTCTCAGATATAGCTTCTTTCAATCATCCAGATTGGTGGTAAGGGGGATG  194

seq1  GCACCATGCCTGCCTGCTTGTGCTCGGTGTGCTTGATCATATAACAGAAC  246
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACCATGCCTGCCTGCTTGTGCTCGGTGTGCTTGATCATATAACAGAAC  244

seq1  AATATAAAAAGGTCTACTAGAAGACCCTCCTCCATGGCCAGGAGCAAATT  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATAAAAAGGTCTACTAGAAGACCCTCCTCCATGGCCAGGAGCAAATT  294

seq1  TTATAGGGCAGGATGGAGCCAAGAAAACAGGTACTGCCTACTTTCTTCTG  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATAGGGCAGGATGGAGCCAAGAAAACAGGTACTGCCTACTTTCTTCTG  344

seq1  CTAGGCAACATCAGATAAGCCACTCATCTCATGTAGTCTTTTAATTCCCC  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGGCAACATCAGATAAGCCACTCATCTCATGTAGTCTTTTAATTCCCC  394

seq1  AGTGATTTGGTGTCTGGCTTCTCTCCTCTCATTGCACACAGAAAGTAGCT  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGATTTGGTGTCTGGCTTCTCTCCTCTCATTGCACACAGAAAGTAGCT  444

seq1  AGCTGGGTACTCTCAGGTCCAGGCAAAAGTGACTTGAGCCTCCATTTATT  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTGGGTACTCTCAGGTCCAGGCAAAAGTGACTTGAGCCTCCATTTATT  494

seq1  TTGGGTCTTTACCTAAGGGGCACAACATGGTGACCAGGCTGCTCTTGTGC  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGGTCTTTACCTAAGGGGCACAACATGGTGACCAGGCTGCTCTTGTGC  544

seq1  ATTCTGGAATTATGACACATTGATGACAAGAGGAACTGAGGACTTTCCCC  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTGGAATTATGACACATTGATGACAAGAGGAACTGAGGACTTTCCCC  594

seq1  CTGCTGGTTAGATGGTTATCCCCATCCTGCTGGGTGCTACTGCAGCCAAG  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTGGTTAGATGGTTATCCCCATCCTGCTGGGTGCTACTGCAGCCAAG  644

seq1  CTAATGCTAATTCTCAGTATAGGAGCCAACATTCCATGTTATGAACCACA  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAATGCTAATTCTCAGTATAGGAGCCAACATTCCATGTTATGAACCACA  694

seq1  GCTATCAAGCAACACAACCTCTGTGTCAGGCTCTTCCTCAACCAAGACCA  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTATCAAGCAACACAACCTCTGTGTCAGGCTCTTCCTCAACCAAGACCA  744

seq1  TCCTAGAAAAGCAGATAAGTCAGAGGTTGATTTTGGGTCTCCAGACAAAT  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTAGAAAAGCAGATAAGTCAGAGGTTGATTTTGGGTCTCCAGACAAAT  794

seq1  ATATGCAGTGGCTTTTGGAGCAGCAGAATGACACCAATGAAACCTGCCAC  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGCAGTGGCTTTTGGAGCAGCAGAATGACACCAATGAAACCTGCCAC  844

seq1  AACAACATTTAATGAAAGAAAAGGATACACTCATCCTAGGCTTGGTCTAT  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAACATTTAATGAAAGAAAAGGATACACTCATCCTAGGCTTGGTCTAT  894

seq1  AGAAGAAGGCCCCAAGTGCCTGACCTAAGAGCAATGGCAACAGTTCAGCA  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGAAGGCCCCAAGTGCCTGACCTAAGAGCAATGGCAACAGTTCAGCA  944

seq1  AGAAGGCCATCTCAGCTCTTCCCATGAGCTGTGACTCCCACTAGCCCAGC  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGGCCATCTCAGCTCTTCCCATGAGCTGTGACTCCCACTAGCCCAGC  994

seq1  CCCTCAGTATCCCAGCTGGAAGAAAATCAGGTGCCATGTGGTAAAGCAGT  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTCAGTATCCCAGCTGGAAGAAAATCAGGTGCCATGTGGTAAAGCAGT  1044

seq1  CAGCTCAGCTGGGCCCTGATGGCTGCTGAGAATTC  1081
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCTCAGCTGGGCCCTGATGGCTGCTGAGAATTC  1079

seq1: chr11_11552415_11553439
seq2: B6Ng01-013E04.g_65_1083

seq1  GAATTCTTTGGGCATGGGGGGAGGAGTGCACAGAAGAAAAGTGACTGGTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTGGGCATGGGGGGAGGAGTGCACAGAAGAAAAGTGACTGGTG  50

seq1  TTTGGCTTCTTGTTGTGGCAAGTGGAGAGAACCAAACAGAAGTGTGGATG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGGCTTCTTGTTGTGGCAAGTGGAGAGAACCAAACAGAAGTGTGGATG  100

seq1  AACAATGTCACCTTTCCACTTCTTGACAAAGGCTGCCTCCCAAACAGCAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAATGTCACCTTTCCACTTCTTGACAAAGGCTGCCTCCCAAACAGCAT  150

seq1  CACTCTAGTTGTAGATTAAATGTGTTCAGAGGACTTCCCTGGATCTGGTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTCTAGTTGTAGATTAAATGTGTTCAGAGGACTTCCCTGGATCTGGTG  200

seq1  CTTTTGGCTTCTTTGGAACTGGGTGGTAAACACAGCCATCAGCTCAGATA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTGGCTTCTTTGGAACTGGGTGGTAAACACAGCCATCAGCTCAGATA  250

seq1  TTCTGCTCTGTTTTCAAATGCCACGTGAGAACATGTATCCATTTCATGGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGCTCTGTTTTCAAATGCCACGTGAGAACATGTATCCATTTCATGGG  300

seq1  GGAACCCACAAACTAGCAAGGCTTCCTGGCACACCCTAGGCATTGGAATA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAACCCACAAACTAGCAAGGCTTCCTGGCACACCCTAGGCATTGGAATA  350

seq1  CCAACTACTGTCTACTCACATTGCACCTGGGAGATGTGTTCTGGTGAGGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAACTACTGTCTACTCACATTGCACCTGGGAGATGTGTTCTGGTGAGGA  400

seq1  GGTATAATGCTGGTTATCTCTGTTAGCACAGTACATGGTGAGGAGCTGAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTATAATGCTGGTTATCTCTGTTAGCACAGTACATGGTGAGGAGCTGAG  450

seq1  GATCAGCAAGTCTCTGTTCCAAGCCATGGTTTGGAGACTATACCCCAAGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCAGCAAGTCTCTGTTCCAAGCCATGGTTTGGAGACTATACCCCAAGT  500

seq1  TAACACTGATAGAGGATGAGCATGCAGAAGAGGGGGCTGTGGTTCTCCGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACACTGATAGAGGATGAGCATGCAGAAGAGGGGGCTGTGGTTCTCCGT  550

seq1  GTAATAGATCTGCATGAAAACAGATTCCTAGAGCCTATTGGACCAAATTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAATAGATCTGCATGAAAACAGATTCCTAGAGCCTATTGGACCAAATTT  600

seq1  GCTTTTCAGTCAATTAACTTTTCTTCTAAATATTTCCAAAAATAATGGTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||
seq2  GCTTTTCAGTCAATTAACTTTTCTTCT-AATATTTCCCAAAATAATGGTG  649

seq1  ATTA-TTTCTGGATGAAATTCTGTGACTCAAAAGCAAGTCAGGAATCAGA  699
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATTTTCTGGATGAAATTCTGTGACTCAAAAGCAAGTCAGGAATCAGA  699

seq1  GATAAAGTCCTTCTCCTTACCTGGAGTGGGTAATTCGATGAGTTGTCACT  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAAAGTCCTTCTCCTTACCTGGAGTGGGTAATTCGATGAGTTGTCACT  749

seq1  -GGATTCTGTTATCATTTAGTAGCTTCAAGCAACTCAGTACTGGGAAAAC  798
       || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTTTCTGTTATCATTTAGTAGCTTCAAGCAACTCAGTACTGGGAAAAC  799

seq1  AGAAACTATACTTACTTTCTCCAACATAGAGTGGTGGGGTACTATCTGGC  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAACTATACTTACTTTCTCCAACATAGAGTGGTGGGGTACTATCTGGC  849

seq1  CAGATGAGCTTGGAGTTGACCTGCAAAAGTTCACTAAGTATTTGTTTCAC  898
      |||||||||||| ||||||||||| ||| |||||||||| ||||||||||
seq2  CAGATGAGCTTGAAGTTGACCTGC-AAATTTCACTAAGT-TTTGTTTCAC  897

seq1  ACAAGATCTCAGCAGAGCAAACCTGATCTTCTTCAACCTGTAAACTGAAT  948
      ||||||||||| ||||   |||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  ACAAGATCTCA-CAGA--CAACCTGATCTCCTTCAACCTGTAAACTGAAT  944

seq1  AAGAAACATTGTTTTACCA-TTGAATTCTGCATCATAATCTTTTATCTTT  997
      |||||||| |||||||||| |||||||||||||   ||||||||||| ||
seq2  AAGAAACA-TGTTTTACCATTTGAATTCTGCATATAAATCTTTTATC-TT  992

seq1  CTCATCTCTCCTTATTTTAAAACACCTA  1025
      |||||| |||||||||| ||||| ||||
seq2  CTCATCCCTCCTTATTTAAAAAC-CCTA  1019