BAC Information

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BAC

Clone NameB6Ng01-014P09
Chromosome11 (Build37)
Map Location 39,007,407 - 39,146,253
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC276941
Downstream genenone
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-014P09.bB6Ng01-014P09.g
ACCDH849358DH849359
length1,152994
definitionDH849358|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-014P09, 5' end.DH849359|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-014P09, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(39,007,407 - 39,008,581)(39,145,526 - 39,146,253)
sequence
gaattcatttctagttgttaaaacaatgtgacacagaaaatttcaaattt
ccaatgttggcaattctcctaccttgaactattccaaacacattggattc
tattcagatttttttgagcaaaaaaaagaaataaaagaaatttcttgtca
cttttcccccagtcatttatatttctgcattcttaaatgtgagcagaatg
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cgaagttattgtctgtaattccctgcaggagttacttcattttcccctcc
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gaactgcagtgttagtaatttgatatacttatatttaatcataataatgt
gatgtattgccttgatatacagaatgggttgttgcatttctctgacaaac
tctgttgcacactcgtgtctaagtctactgggatagtcttgctataaatt
gatatatatatgtttcctagtaactttgctaagtttgaagtaaggtcact
acttgcttaatgaaatacactttgcgtgttttctctctttattt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr11_39007407_39008581
seq2: B6Ng01-014P09.b_45_1196

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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTCCCCCAGTCATTTATATTTCTGCATTCTTAAATGTGAGCAGAATG  200

seq1  TCTGACTCAGAATGAATCGTGTTCCAAACGTGTTTCCCCCTAAAAGACAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAACTATATAAAGAAATGCCTATTGAAAGGGTTTAAATAAATGTGCCAG  450

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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATCCTTATATTTGGTGCAGATTTTACTCTGCAGGACTAAAATATACAT  500

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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCAGGACAATATAAAGTCATTCTGGAATTACAGTTATCTGACATATAT  550

seq1  TCAGGCCTTTTTCTTGACATTCAGGAAGGAAATGGAAGATTTAAATATCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGGCCTTTTTCTTGACATTCAGGAAGGAAATGGAAGATTTAAATATCT  600

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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGCAAGTCAAAACCATGACATATTAAAATAGTTCCACTTTAAATATCA  700

seq1  CGAAGTTATTGTCTGTAATTCCCTGCAGGAGTTACTTCATTTTCCCCTCC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGAAGTTATTGTCTGTAATTCCCTGCAGGAGTTACTTCATTTTCCCCTCC  750

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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTGGCATGTGTTTTTCCAATTTAAAGGACTGAAAAGGCAATGGTGAC  800

seq1  AGATATTATCACACAGCTTATATCACACCATGTTGCCTTTACACAGCTAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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seq1  TTCTCAGACACCATTTTCTCCATGCTAGATTATTTCTCCTGTGATTACAG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCAGACACCATTTTCTCCATGCTAGATTATTTCTCCTGTGATTACAG  900

seq1  TGTATGTTTCTTTAAATATCTCAGTTTTGATTATGCTATTTCTTAACAGT  950
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATGTTTCTTTAAATATCTCAG-TTTGATTATGCTATTTCTTAACAGT  949

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      |||||||||||||| |||||||||||| ||||||||| |||||||||| |
seq2  GCCATTATTTGATC-AAAAATGCATCC-AAATAAGAG-TATGGATCACAA  996

seq1  TATTTATATCTAATATGAAACCTGTTTATTATAAAGGGCAAATTCCAGTT  1049
      ||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  TATTTATATCT-ATATGAAA-CTGTTTATTAT-AAGGGCAAATTCCAGTT  1043

seq1  TCATATTTAAAAATTTTAAGGCTTATATA-TTTCTATCAAACATATTTTA  1098
      |||||||||||     | ||||||||||| ||||||||  ||||||||||
seq2  TCATATTTAAA-----TTAGGCTTATATATTTTCTATC--ACATATTTTA  1086

seq1  ATTAAGTTATTTATTTGCTTTACACCCTG-ATCATAGCTCATCCTCCCTT  1147
          |||||||   |||| |||||||||| ||||||| |||| |||| ||
seq2  ---TAGTTATT--ATTGC-TTACACCCTGAATCATAG-TCAT-CTCCTTT  1128

seq1  CTCTCCCCCCGCCCCCAGTCCCTCTCTC  1175
      ||   |||||| ||| |||| |||||||
seq2  CT---CCCCCG-CCCGAGTCGCTCTCTC  1152

seq1: chr11_39145526_39146253
seq2: B6Ng01-014P09.g_66_793 (reverse)

seq1  CCATGAATGTATAATGGGTTTATGATAGAAATGCAAAGATCATTCCAGGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATGAATGTATAATGGGTTTATGATAGAAATGCAAAGATCATTCCAGGT  50

seq1  ACCAAGGCAATGCATAACATTATCACACTTAGATCAAAAGACCATGTTAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAAGGCAATGCATAACATTATCACACTTAGATCAAAAGACCATGTTAT  100

seq1  TCTAAAGAGAAAGTGATGGACAAAACGCCAACTTTCTTTTGTGTTAAAAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAAAGAGAAAGTGATGGACAAAACGCCAACTTTCTTTTGTGTTAAAAT  150

seq1  GATCTCTGCAAATTTCTTCTAGAAAGAAACTTTCTCAATGTGATAAAGGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCTCTGCAAATTTCTTCTAGAAAGAAACTTTCTCAATGTGATAAAGGG  200

seq1  ACATATAAAAAAGAAACCCTGCTCCACACACTTAACAGTAATAGGCTAAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATATAAAAAAGAAACCCTGCTCCACACACTTAACAGTAATAGGCTAAA  250

seq1  TCTATTTGCTTTAAGAATAAGTTTACTCTTTTCTCTTAGCATTTATGTAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTATTTGCTTTAAGAATAAGTTTACTCTTTTCTCTTAGCATTTATGTAT  300

seq1  AAAATTCTAGCCCAATTAAGACATACCAAATAAAGATAATGAAAAAATAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATTCTAGCCCAATTAAGACATACCAAATAAAGATAATGAAAAAATAT  350

seq1  CTGGCTAGAAAGAAGCAAAACTATATTTATTTGTAGATTGTGTGCATGGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGCTAGAAAGAAGCAAAACTATATTTATTTGTAGATTGTGTGCATGGT  400

seq1  CTTCTTTGGAGAAAAATTTTCATGTATAGATGTATAAACACATATTTATA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTTTGGAGAAAAATTTTCATGTATAGATGTATAAACACATATTTATA  450

seq1  TAGCTAATTTTAATATACATATATATATAATTTACAGAAATATTTATATT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCTAATTTTAATATACATATATATATAATTTACAGAAATATTTATATT  500

seq1  TGGTTAATCTGGTTATATGGACAAAAAGTACATACCATTGTGCACTTAAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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seq1  CTCTAAGTGCTTAAACTTGTGTCATCAGTCTTGGAAACACACATTTTTAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTAAGTGCTTAAACTTGTGTCATCAGTCTTGGAAACACACATTTTTAC  650

seq1  ACATGTAGGTGTCCAATTTATTCATATCACGTATCTAGCAAATACATATT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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seq1  TAAAATCAAGCACAGCTTTTGAGAATTC  728
      ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAATCAAGCACAGCTTTTGAGAATTC  728