BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-016O23
Chromosome11 (Build37)
Map Location 112,234,238 - 112,302,135
singlet/doubletdoublet
Overlap geneEG668396
Upstream geneLOC100041559, EG629966, LOC629967, LOC100041589, LOC100043020
Downstream geneEG667038, LOC100041610, LOC671963, LOC667047, BC006965, Sox9, 2610035D17Rik, Slc39a11
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-016O23.bB6Ng01-016O23.g
ACCDH850759DH850760
length1,212794
definitionDH850759|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-016O23, 5' end.DH850760|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-016O23, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(112,234,238 - 112,235,436)(112,301,451 - 112,302,135)
sequence
gaattctataatgcatctactttatgaattagcatctctcaaggatgagc
ctctaactggttatctaatacaaagtggtcagtactgaaattatacatac
acacacaggcaacaccaattgggcacagcaggttttgtgtataggttttt
tcatgtacacacacacatacacacacacacacacacacacacatacacac
acacacaccaataatagtcaaagaaaaatggtcatcagtttgaaagagag
tgagaaggtatggaaagcattggaggggttgaagggaggaaagaggaaag
gtgatagaggaagtgatttaattatattttgataaaaattcattttaaca
aagcacaaaagaaatagaacagagagtaacagaggaagatactcaatatt
tacttctgacccccacatctgtatacatgggcatgaacagacacatccat
acaatacacagggatgcatataccacacatgtacacgcacatacacagac
agacagacacatacagagaaagacagagagacaaagagagaagagagttt
taaaagttattttgactcatccatgtgtgctggcccacatgtataatccc
aacattgtcaagaggcgtgagtattaaagaagtttgaagctagagtgaat
cccaggccacactaggcttcagtgtaagaccctgcctctgacaaacaaaa
ggacaaagaggagacacctaaggagtaagtcagtggtaaagtgattatcc
aatatgtcccaggccctggagtccaccttcagcattcctttaaccaaaca
ttcttcacaggaatacatatctctaatacaatgaatgaacttaaaaatta
ggaaatcaaaaagccaccccaaggttatgctacaaatccaggaccctccc
caagtcatatgcataggacctggttgatgcagaccatgcctgtggagaat
tatttcaataggttaatcaagggtaggaagatcctatgttgttccactga
gagtgcaccatttccctaggctgggaattttttactgtatttttttttta
agaaaagaagaacattgaaggtgaataggatcatcatttaatcctctata
tcctgggttatgcagtcatttgaccagaatgacctcagttccacagtgtg
actgtacctaaacttcgtgtgccaacaatcttctttctgcacgtgtgtta
gccatattgttc
gaattccatgaataagtatatatatatatacatatatatatatacacaca
catatatatacacacacatatatatatacatatattcatatacgaatata
tattataactacatacacatataactgtgttatatataaaacacacatgt
atgtataaacatgtatatatatgtctgtgtgtgtattatctatctatcta
tctatctatctatctatctatctatcaaaaatttgcactaagactcaaag
atttatgtgtctggaatgccatgttcaaagtaccattattcatcataagc
cacagacagagcaaactaagtgttcaatgacaattggatcagtaaaggta
atatgctaattgtgatctggaaatatttcccagtggaatgtttgcatagc
acataaaaagtcctaactttattcttagcaccatataaactaggtgttgt
ggctcacaactgtaacatctgcatggagaaggtgaatgtgggagagttag
gtgttcaaggttattctcaacataatgaacctgagaccaacccattaccc
ctcacctgtgtatgtatgtgtgtacttatatatgcatatatacatataga
tttatattaatatataaacatacatgtatatatgaacatgatttattgtg
aggaacagaaatttctgccagaactggaggatattatgtgaaatgaaata
agccagatgcaaacacacaaatttccacacaatatcatttaggtgataaa
tctaaaatagttaagatcatagaaggagatagtggggtggtgat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr11_112234238_112235436
seq2: B6Ng01-016O23.b_44_1255

seq1  GAATTCTATAATGCATCTACTTTATGAATTAGCATCTCTCAAGGATGAGC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTATAATGCATCTACTTTATGAATTAGCATCTCTCAAGGATGAGC  50

seq1  CTCTAACTGGTTATCTAATACAAAGTGGTCAGTACTGAAATTATACATAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTAACTGGTTATCTAATACAAAGTGGTCAGTACTGAAATTATACATAC  100

seq1  ACACACAGGCAACACCAATTGGGCACAGCAGGTTTTGTGTATAGGTTTTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACAGGCAACACCAATTGGGCACAGCAGGTTTTGTGTATAGGTTTTT  150

seq1  TCATGTACACACACACATACACACACACACACACACACACACATACACAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATGTACACACACACATACACACACACACACACACACACACATACACAC  200

seq1  ACACACACCAATAATAGTCAAAGAAAAATGGTCATCAGTTTGAAAGAGAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACACCAATAATAGTCAAAGAAAAATGGTCATCAGTTTGAAAGAGAG  250

seq1  TGAGAAGGTATGGAAAGCATTGGAGGGGTTGAAGGGAGGAAAGAGGAAAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGAAGGTATGGAAAGCATTGGAGGGGTTGAAGGGAGGAAAGAGGAAAG  300

seq1  GTGATAGAGGAAGTGATTTAATTATATTTTGATAAAAATTCATTTTAACA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGATAGAGGAAGTGATTTAATTATATTTTGATAAAAATTCATTTTAACA  350

seq1  AAGCACAAAAGAAATAGAACAGAGAGTAACAGAGGAAGATACTCAATATT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCACAAAAGAAATAGAACAGAGAGTAACAGAGGAAGATACTCAATATT  400

seq1  TACTTCTGACCCCCACATCTGTATACATGGGCATGAACAGACACATCCAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTTCTGACCCCCACATCTGTATACATGGGCATGAACAGACACATCCAT  450

seq1  ACAATACACAGGGATGCATATACCACACATGTACACGCACATACACAGAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAATACACAGGGATGCATATACCACACATGTACACGCACATACACAGAC  500

seq1  AGACAGACACATACAGAGAAAGACAGAGAGACAAAGAGAGAAGAGAGTTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACAGACACATACAGAGAAAGACAGAGAGACAAAGAGAGAAGAGAGTTT  550

seq1  TAAAAGTTATTTTGACTCATCCATGTGTGCTGGCCCACATGTATAATCCC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAAGTTATTTTGACTCATCCATGTGTGCTGGCCCACATGTATAATCCC  600

seq1  AACATTGTCAAGAGGCGTGAGTATTAAAGAAGTTTGAAGCTAGAGTGAAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACATTGTCAAGAGGCGTGAGTATTAAAGAAGTTTGAAGCTAGAGTGAAT  650

seq1  CCCAGGCCACACTAGGCTTCAGTGTAAGACCCTGCCTCTGACAAACAAAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGGCCACACTAGGCTTCAGTGTAAGACCCTGCCTCTGACAAACAAAA  700

seq1  GGACAAAGAGGAGACACCTAAGGAGTAAGTCAGTGGTAAAGTGATTATCC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACAAAGAGGAGACACCTAAGGAGTAAGTCAGTGGTAAAGTGATTATCC  750

seq1  AATATGTCCCAGGCCCTGGAGTCCACCTTCAGCATTCC-TTAACCAAACA  799
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  AATATGTCCCAGGCCCTGGAGTCCACCTTCAGCATTCCTTTAACCAAACA  800

seq1  TTCTTCACAGGAATACATATCTCTAATACAATGAATGAACTTAAAAATTA  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTCACAGGAATACATATCTCTAATACAATGAATGAACTTAAAAATTA  850

seq1  GGAAATCAAAAAGCCACCCCAAGGTTATGCTACAAATCCAGGACCCTCCC  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  GGAAATCAAAAAGCCACCCCAAGGTTATGCTACAAATCCAGGACCCT-CC  899

seq1  CCAAGTCATATGCATAGGACCTGG-TGATGCAGACCATGCCTGTGGAGAA  948
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAGTCATATGCATAGGACCTGGTTGATGCAGACCATGCCTGTGGAGAA  949

seq1  TTATTTCAATAGGTTAATCAA-GGTAGGAAGAT-CTATGT--GTCCACTG  994
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||   |||||||
seq2  TTATTTCAATAGGTTAATCAAGGGTAGGAAGATCCTATGTTGTTCCACTG  999

seq1  AGAGTGGCACCA-TTCCCTAAGCT-GGAATTTCTTACTGTA-TTTTTTTT  1041
      ||||| |||||| ||||||| ||| ||||||| |||||||| ||||||||
seq2  AGAGT-GCACCATTTCCCTAGGCTGGGAATTTTTTACTGTATTTTTTTTT  1048

seq1  TAAGAAA--GAGAACAT--GAGGTGAATAGGATCATTCATTTA--TCTCC  1085
      |||||||   |||||||   ||||||||||||||| |||||||   ||| 
seq2  TAAGAAAAGAAGAACATTGAAGGTGAATAGGATCA-TCATTTAATCCTCT  1097

seq1  TTTTCCT-GGTTATGCAAGCAATATGACCAG-ATGACTCAAGTTCCACAG  1133
       | |||| |||||||| ||  || ||||||| |||||   ||||||||||
seq2  ATATCCTGGGTTATGC-AGTCATTTGACCAGAATGACCTCAGTTCCACAG  1146

seq1  TG-GACTGTACCTAAACTCTGTGCCCAAACAATCTTCTCTTCCTGCACGT  1182
      || |||||||||||||||  |||  | ||||||||  |||| ||||||||
seq2  TGTGACTGTACCTAAACTTCGTGTGCCAACAATCT--TCTTTCTGCACGT  1194

seq1  GTGTTTG-CATATTGTTC  1199
      ||||| | ||||||||||
seq2  GTGTTAGCCATATTGTTC  1212

seq1: chr11_112301451_112302135
seq2: B6Ng01-016O23.g_67_751 (reverse)

seq1  AATATCCTCCAGTTCTGGCAGAAATTTCTGTTCCTCACAATAAATCATGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATCCTCCAGTTCTGGCAGAAATTTCTGTTCCTCACAATAAATCATGT  50

seq1  TCATATATACATGTATGTTTATATATTAATATAAATCTATATGTATATAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATATATACATGTATGTTTATATATTAATATAAATCTATATGTATATAT  100

seq1  GCATATATAAGTACACACATACATACACAGGTGAGGGGTAATGGGTTGGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATATATAAGTACACACATACATACACAGGTGAGGGGTAATGGGTTGGT  150

seq1  CTCAGGTTCATTATGTTGAGAATAACCTTGAACACCTAACTCTCCCACAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGGTTCATTATGTTGAGAATAACCTTGAACACCTAACTCTCCCACAT  200

seq1  TCACCTTCTCCATGCAGATGTTACAGTTGTGAGCCACAACACCTAGTTTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACCTTCTCCATGCAGATGTTACAGTTGTGAGCCACAACACCTAGTTTA  250

seq1  TATGGTGCTAAGAATAAAGTTAGGACTTTTTATGTGCTATGCAAACATTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGGTGCTAAGAATAAAGTTAGGACTTTTTATGTGCTATGCAAACATTC  300

seq1  CACTGGGAAATATTTCCAGATCACAATTAGCATATTACCTTTACTGATCC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGGGAAATATTTCCAGATCACAATTAGCATATTACCTTTACTGATCC  350

seq1  AATTGTCATTGAACACTTAGTTTGCTCTGTCTGTGGCTTATGATGAATAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTGTCATTGAACACTTAGTTTGCTCTGTCTGTGGCTTATGATGAATAA  400

seq1  TGGTACTTTGAACATGGCATTCCAGACACATAAATCTTTGAGTCTTAGTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTACTTTGAACATGGCATTCCAGACACATAAATCTTTGAGTCTTAGTG  450

seq1  CAAATTTTTGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATTTTTGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAA  500

seq1  TACACACACAGACATATATATACATGTTTATACATACATGTGTGTTTTAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACACACACAGACATATATATACATGTTTATACATACATGTGTGTTTTAT  550

seq1  ATATAACACAGTTATATGTGTATGTAGTTATAATATATATTCGTATATGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATAACACAGTTATATGTGTATGTAGTTATAATATATATTCGTATATGA  600

seq1  ATATATGTATATATATATGTGTGTGTATATATATGTGTGTGTATATATAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATATGTATATATATATGTGTGTGTATATATATGTGTGTGTATATATAT  650

seq1  ATATGTATATATATATATACTTATTCATGGAATTC  685
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGTATATATATATATACTTATTCATGGAATTC  685