BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-024I19
Chromosome11 (Build37)
Map Location 80,773,709 - 80,863,550
singlet/doubletdoublet
Overlap geneAccn1
Upstream geneUtp6, ENSMUSG00000072631, Suz12, Crlf3, Atad5, 1110002N22Rik, Centa2, Rnf135, Rhot1, Rhbdl3, 5730455P16Rik, Zfp207, LOC100043601, LOC100042726, Psmd11, Cdk5r1, Myo1d, Tmem98, Spaca3
Downstream gene1700071K01Rik, 5530401A14Rik, Ccl2, Ccl7
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-024I19.bB6Ng01-024I19.g
ACCDH856148DH856149
length1,0881,036
definitionDH856148|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-024I19, 5' end.DH856149|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-024I19, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(80,773,709 - 80,774,801)(80,862,511 - 80,863,550)
sequence
gaattcatagcaaccttgtctgactattttcccaatcagtgaatggaaga
agcaggaaaatgtatggtgataataggataactgttgttaatattattta
ataaggaaaagtatattgctgttaaaagggcatctttaggcctctgcatg
gtgggaaacagtagtctaggcctgatcttccgacaactaaatatctgtga
gtcccctcaagtgctctgaggattcagggcatgccctgagattccacatc
taacacgctcccagctgagcctaggcttctgggtgaggactgacttccag
ttcacattaacaataactgtcctaataattattagtgtgtgtgtcgcgca
cggtgatatccaaggaggtcagagaaaggtgttgcatcacctgggagtta
caggcagctcaacatggatgctgggaacagaacttggttcttctggagga
gctgaaaatgcttttagccgctgcacatctacattttagcaaaacacacc
aagccagctaccaaatggtttggcttctacctggaagctagcctagcaca
ctctgggctgaccttgactttcctctccctgtacttgagatttcagcaac
ccacaaccccacagcctcctctcactcccatgcctagcaaatggagagcc
aagctcatttcttctgcacagctccccttcaatgctcttctcctcccctc
tggagctgtcacctcctttccttgttctgtttctagtctagtgatcagag
cacccaacggctcctatgtgaagacttggccatgccttggacattggatg
tgaaagctgtaggatgaaaagatgtctaactgtggcagaatcatatgtga
attccccagaaagtccctagcttatgtactcttacaaccctccctggact
tctgcctgtttcctgaggtgcccgagaacacagtgggtgcacaatgaaga
tcccctaaacaggatattgggtctgtttcctcactcctagtatctccttg
ggctgctggctgttctgctggactccaacgaggatcatatatgcttcttg
caccacacttagcaggtctccgcatgtataaaattcag
gaattcattctttactgtggtctgaaaatggcttaccctgcctgagccct
caaagtcttatgttaatgctagaaagagaattcaaacttaatctgaatgt
ggtgttataagcagggatctttggggaatggttagtctaggttaggaagg
agcccccacaaacaaattgtcctggtttgcttttgattgctgtgataaaa
caccatgaccaaaagcaacttggagaggaaagagcttattatgttttata
ggttagagtccatcatggagggaagccagggcaagagctcaaagcgggaa
ctgaagcagagaccatggagaaacactgcttactggcttgttatccatgg
ctttctcagcctgctttcttatagaacccagcactgcctgcccaggcagg
ggtggcacacccacagtggcctgggccttcccacatcaatcattactcaa
gaaaatgtcctacagatatgtccataggccagtccaatggaggcacttcc
tcatgtgaccttcactattcctaggtgattctgtgtcaagtcattttaaa
aacaaacaaacaaacaaacaaacaaaaactaacccacacatgagtcctca
gggtgttacaacaagacaaccttgagctacggaggtagttcagtggtagc
acatctgcttaggacaagcagggccctgaactcaatccccagcaatgaaa
caactggcagtgggacatgagaccagatacatatacattcacagtgctcc
ggtcatatataatgcagtccagaggagcctaaagcatactgtttggaccc
tataacccccacagccgtgacccaaaaatatatgtcttctctctacaaag
tgaatggcttctggcattttactaagcacagctgacaaaacactttcact
gttcaatattatcaaagtctcagttctttactgagtttagtctgcgtatt
gcacatactgaaagaggtggagacagcttcacgcatagtcgtggggttgt
gggtttctccctcatggccctaccaggctttatttt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr11_80773709_80774801
seq2: B6Ng01-024I19.b_33_1120

seq1  GAATTCATAGCAACCTTGTCTGACTATTTTCCCAATCAGTGAATGGAAGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATAGCAACCTTGTCTGACTATTTTCCCAATCAGTGAATGGAAGA  50

seq1  AGCAGGAAAATGTATGGTGATAATAGGATAACTGTTGTTAATATTATTTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGGAAAATGTATGGTGATAATAGGATAACTGTTGTTAATATTATTTA  100

seq1  ATAAGGAAAAGTATATTGCTGTTAAAAGGGCATCTTTAGGCCTCTGCATG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAGGAAAAGTATATTGCTGTTAAAAGGGCATCTTTAGGCCTCTGCATG  150

seq1  GTGGGAAACAGTAGTCTAGGCCTGATCTTCCGACAACTAAATATCTGTGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGGAAACAGTAGTCTAGGCCTGATCTTCCGACAACTAAATATCTGTGA  200

seq1  GTCCCCTCAAGTGCTCTGAGGATTCAGGGCATGCCCTGAGATTCCACATC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCCCTCAAGTGCTCTGAGGATTCAGGGCATGCCCTGAGATTCCACATC  250

seq1  TAACACGCTCCCAGCTGAGCCTAGGCTTCTGGGTGAGGACTGACTTCCAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACACGCTCCCAGCTGAGCCTAGGCTTCTGGGTGAGGACTGACTTCCAG  300

seq1  TTCACATTAACAATAACTGTCCTAATAATTATTAGTGTGTGTGTCGCGCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCACATTAACAATAACTGTCCTAATAATTATTAGTGTGTGTGTCGCGCA  350

seq1  CGGTGATATCCAAGGAGGTCAGAGAAAGGTGTTGCATCACCTGGGAGTTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGTGATATCCAAGGAGGTCAGAGAAAGGTGTTGCATCACCTGGGAGTTA  400

seq1  CAGGCAGCTCAACATGGATGCTGGGAACAGAACTTGGTTCTTCTGGAGGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGCAGCTCAACATGGATGCTGGGAACAGAACTTGGTTCTTCTGGAGGA  450

seq1  GCTGAAAATGCTTTTAGCCGCTGCACATCTACATTTTAGCAAAACACACC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGAAAATGCTTTTAGCCGCTGCACATCTACATTTTAGCAAAACACACC  500

seq1  AAGCCAGCTACCAAATGGTTTGGCTTCTACCTGGAAGCTAGCCTAGCACA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCCAGCTACCAAATGGTTTGGCTTCTACCTGGAAGCTAGCCTAGCACA  550

seq1  CTCTGGGCTGACCTTGACTTTCCTCTCCCTGTACTTGAGATTTCAGCAAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGGGCTGACCTTGACTTTCCTCTCCCTGTACTTGAGATTTCAGCAAC  600

seq1  CCACAACCCCACAGCCTCCTCTCACTCCCATGCCTAGCAAATGGAGAGCC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACAACCCCACAGCCTCCTCTCACTCCCATGCCTAGCAAATGGAGAGCC  650

seq1  AAGCTCATTTCTTCTGCACAGCTCCCCTTCAATGCTCTTCTCCTCCCCTC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCTCATTTCTTCTGCACAGCTCCCCTTCAATGCTCTTCTCCTCCCCTC  700

seq1  TGGAGCTGTCACCTCC-TTCCTTGTTCTGTTTCTAGTCTAGTGATCAGAG  749
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAGCTGTCACCTCCTTTCCTTGTTCTGTTTCTAGTCTAGTGATCAGAG  750

seq1  CACCCAACGGCTCCTATGTGAAGACTTGGCCATGCCTTGGACATTGGATG  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCCAACGGCTCCTATGTGAAGACTTGGCCATGCCTTGGACATTGGATG  800

seq1  TGAAAGCTGTAGGATGAAAAGATGTCTAACTGTGGCAGAATCATATGTGA  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAAGCTGTAGGATGAAAAGATGTCTAACTGTGGCAGAATCATATGTGA  850

seq1  ATTCCCCAGAAAGTCCCTAGCTTATGTACTCTTACAACCCTCCCTGGACT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCCCCAGAAAGTCCCTAGCTTATGTACTCTTACAACCCTCCCTGGACT  900

seq1  TCTGCCTGTATTCCTGAGGTGCCCGAGAACACAGTGGGTGCACAATGAAG  949
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCCTGT-TTCCTGAGGTGCCCGAGAACACAGTGGGTGCACAATGAAG  949

seq1  ATCCCCTAAACAGGATATTGGGTCTGTTTCCTCAGCTCCCTAGGTATTCT  999
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||| ||| |||
seq2  ATCCCCTAAACAGGATATTGGGTCTGTTTCCTCA-CT-CCTA-GTA-TCT  995

seq1  CTTTGGGCTGCTGGCTGTCTGGCTGGGACCTCCAACGA-GATCATATATG  1048
      | ||||||||||||||||   |||||   ||||||||| |||||||||||
seq2  CCTTGGGCTGCTGGCTGTTCTGCTGG--ACTCCAACGAGGATCATATATG  1043

seq1  CTTTCTGCACCACACTTAGCAGGTCTCCAGCATG-ATAAAAATCAG  1093
      |||  ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||| ||||
seq2  CTTCTTGCACCACACTTAGCAGGTCTCC-GCATGTATAAAATTCAG  1088

seq1: chr11_80862511_80863550
seq2: B6Ng01-024I19.g_67_1102 (reverse)

seq1  AAAATAAAGCCTGGTAGTGCCATGA-GGAGAAACCCACAA-CCCACGACT  48
      ||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||| |||||||||
seq2  AAAATAAAGCCTGGTAGGGCCATGAGGGAGAAACCCACAACCCCACGACT  50

seq1  ATGGCGTG-AGCTGTCTCCACCTCTCTCAGTTATGTGCAAATACGCAGAC  97
      || ||||| |||||||||||||||| |||| ||||||| |||||||||||
seq2  AT-GCGTGAAGCTGTCTCCACCTCTTTCAG-TATGTGC-AATACGCAGAC  97

seq1  TAAAACTCAGTAAAGACACTGAAGACTTTGATAATATTGAACAGTGAAAG  147
      | |||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  T-AAACTCAGTAAAGA-ACTG-AGACTTTGATAATATTGAACAGTGAAAG  144

seq1  TGTTTTGTCAGCTGTTGCTTAGTAAAATGCCAGAAGCCATTCACTTTGTA  197
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTTGTCAGCTG-TGCTTAGTAAAATGCCAGAAGCCATTCACTTTGTA  193

seq1  GAGAGAAGACATATATTTTTGGGTCACGGCTGTGGGGGTTATAGGGTCCA  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGAAGACATATATTTTTGGGTCACGGCTGTGGGGGTTATAGGGTCCA  243

seq1  AACAGTATGCTTTAGGCTCCTCTGGACTGCATTATATATGACCGGAGCAC  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGTATGCTTTAGGCTCCTCTGGACTGCATTATATATGACCGGAGCAC  293

seq1  TGTGAATGTATATGTATCTGGTCTCATGTCCCACTGCCAGTTGTTTCATT  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGAATGTATATGTATCTGGTCTCATGTCCCACTGCCAGTTGTTTCATT  343

seq1  GCTGGGGATTGAGTTCAGGGCCCTGCTTGTCCTAAGCAGATGTGCTACCA  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGGGATTGAGTTCAGGGCCCTGCTTGTCCTAAGCAGATGTGCTACCA  393

seq1  CTGAACTACCTCCGTAGCTCAAGGTTGTCTTGTTGTAACACCCTGAGGAC  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAACTACCTCCGTAGCTCAAGGTTGTCTTGTTGTAACACCCTGAGGAC  443

seq1  TCATGTGTGGGTTAGTTTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTTTAAAA  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATGTGTGGGTTAGTTTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTTTAAAA  493

seq1  TGACTTGACACAGAATCACCTAGGAATAGTGAAGGTCACATGAGGAAGTG  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACTTGACACAGAATCACCTAGGAATAGTGAAGGTCACATGAGGAAGTG  543

seq1  CCTCCATTGGACTGGCCTATGGACATATCTGTAGGACATTTTCTTGAGTA  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCCATTGGACTGGCCTATGGACATATCTGTAGGACATTTTCTTGAGTA  593

seq1  ATGATTGATGTGGGAAGGCCCAGGCCACTGTGGGTGTGCCACCCCTGCCT  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGATTGATGTGGGAAGGCCCAGGCCACTGTGGGTGTGCCACCCCTGCCT  643

seq1  GGGCAGGCAGTGCTGGGTTCTATAAGAAAGCAGGCTGAGAAAGCCATGGA  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCAGGCAGTGCTGGGTTCTATAAGAAAGCAGGCTGAGAAAGCCATGGA  693

seq1  TAACAAGCCAGTAAGCAGTGTTTCTCCATGGTCTCTGCTTCAGTTCCCGC  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACAAGCCAGTAAGCAGTGTTTCTCCATGGTCTCTGCTTCAGTTCCCGC  743

seq1  TTTGAGCTCTTGCCCTGGCTTCCCTCCATGATGGACTCTAACCTATAAAA  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGAGCTCTTGCCCTGGCTTCCCTCCATGATGGACTCTAACCTATAAAA  793

seq1  CATAATAAGCTCTTTCCTCTCCAAGTTGCTTTTGGTCATGGTGTTTTATC  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAATAAGCTCTTTCCTCTCCAAGTTGCTTTTGGTCATGGTGTTTTATC  843

seq1  ACAGCAATCAAAAGCAAACCAGGACAATTTGTTTGTGGGGGCTCCTTCCT  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGCAATCAAAAGCAAACCAGGACAATTTGTTTGTGGGGGCTCCTTCCT  893

seq1  AACCTAGACTAACCATTCCCCAAAGATCCCTGCTTATAACACCACATTCA  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCTAGACTAACCATTCCCCAAAGATCCCTGCTTATAACACCACATTCA  943

seq1  GATTAAGTTTGAATTCTCTTTCTAGCATTAACATAAGACTTTGAGGGCTC  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTAAGTTTGAATTCTCTTTCTAGCATTAACATAAGACTTTGAGGGCTC  993

seq1  AGGCAGGGTAAGCCATTTTCAGACCACAGTAAAGAATGAATTC  1040
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCAGGGTAAGCCATTTTCAGACCACAGTAAAGAATGAATTC  1036