BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-026F03
Chromosome11 (Build37)
Map Location 41,894,465 - 42,026,797
singlet/doubletdoublet
Overlap geneGabra1
Upstream geneLOC100039256, LOC100039285, Hspd1, LOC100039292, Gabrg2
Downstream geneGabra6, Gabrb2, Atp10b
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-026F03.bB6Ng01-026F03.g
ACCDH857399DH857400
length542904
definitionDH857399|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-026F03, 5' end.DH857400|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-026F03, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(41,894,465 - 41,895,012)(42,025,893 - 42,026,797)
sequence
ctatttagttgttgatattgaaaactctttttatttcttgccaatagaga
agaaagatgcagacaatagcataccataattttaaaaaaatctggtagat
taactatgcatgagataatgtgggggaaagccatgactgacctctatgct
gtggtaagatgtagttgggactggctccaagctgtggccatggctgcaaa
aggcaatgataactattgatataaagctttatttagtctgatctgttcct
ttatagtcagtagggtcttgctacactttattagtgagattaagaaatgt
attatttggtttttgtcttgcctgctatgcttctcaatgataacttcgaa
atctgtgatttgtttaagtgctgggtgaatcatagtatagcttgcatgtt
cagatactttgcttctatacattttgtttggttctttttacccttgctgc
ttttatatatatggatatatgtaatatataataaatagtatataattaaa
tgatatgtgtgtgtttgtatgtaaatatttatgtatgtgtat
gaattcagtggccattttaagtgaagtaggaagtacctgaggaatttaaa
tggaaaaaatagcattatttgatctgggtttttgaaaggtatgaagtaga
aatggcaaatatatgcactatgattatacacatgcatatgtaacccttag
gtcctatacattgactttgaaaagatatgtagaatggaaatgggaaatga
acactttgcacatgtctgggacatgcagtaacatgttaaatgtctgttaa
tattctcttctgttactatccagttgcaggctttatgaagtagcaagaat
gaccccagagaataaagaaccttgcctagaggtagcaattgtgatgtgag
tgaaattctaaactagatatattttcatgttgaaagcagtcagtgcatga
tgccaatcataattccctttaagatacagcttatcctgtataccctatag
ctattaattatgcttttaatttttctatgacctcgtgaattccccatggg
taattcttgagctttctgtttcattttattttatagtatagaattcaggt
ccttgaaggagctttatcagcaagcctcacttttacattaccctctggtt
gtcctttcttacttgttcatacataaatatacacacatacaaacaaatgc
tcacatggcacatggggctgatgcaattgctaagtattcattacatagtc
atcatattatattaatttcctcatagtcttagaacttttgagatattact
attttttaattagtatgaagaacttcagttttagtagtctttatcttcct
gccaagacatttttatacttttgtaaatgggttttgtctttatttcataa
atatatatatacatatattcatatatgtgtgtgtgtgtatgtgtgtgtgt
gtaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr11_41894465_41895012
seq2: B6Ng01-026F03.b_44_591

seq1  GAATTCCTATTTAGTTGTTGATATTGAAAACTCTTTTTATTTCTTGCCAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTATTTAGTTGTTGATATTGAAAACTCTTTTTATTTCTTGCCAA  50

seq1  TAGAGAAGAAAGATGCAGACAATAGCATACCATAATTTTAAAAAAATCTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAGAAGAAAGATGCAGACAATAGCATACCATAATTTTAAAAAAATCTG  100

seq1  GTAGATTAACTATGCATGAGATAATGTGGGGGAAAGCCATGACTGACCTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGATTAACTATGCATGAGATAATGTGGGGGAAAGCCATGACTGACCTC  150

seq1  TATGCTGTGGTAAGATGTAGTTGGGACTGGCTCCAAGCTGTGGCCATGGC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGCTGTGGTAAGATGTAGTTGGGACTGGCTCCAAGCTGTGGCCATGGC  200

seq1  TGCAAAAGGCAATGATAACTATTGATATAAAGCTTTATTTAGTCTGATCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAAAAGGCAATGATAACTATTGATATAAAGCTTTATTTAGTCTGATCT  250

seq1  GTTCCTTTATAGTCAGTAGGGTCTTGCTACACTTTATTAGTGAGATTAAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCCTTTATAGTCAGTAGGGTCTTGCTACACTTTATTAGTGAGATTAAG  300

seq1  AAATGTATTATTTGGTTTTTGTCTTGCCTGCTATGCTTCTCAATGATAAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGTATTATTTGGTTTTTGTCTTGCCTGCTATGCTTCTCAATGATAAC  350

seq1  TTCGAAATCTGTGATTTGTTTAAGTGCTGGGTGAATCATAGTATAGCTTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCGAAATCTGTGATTTGTTTAAGTGCTGGGTGAATCATAGTATAGCTTG  400

seq1  CATGTTCAGATACTTTGCTTCTATACATTTTGTTTGGTTCTTTTTACCCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTTCAGATACTTTGCTTCTATACATTTTGTTTGGTTCTTTTTACCCT  450

seq1  TGCTGCTTTTATATATATGGATATATGTAATATATAATAAATAGTATATA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGCTTTTATATATATGGATATATGTAATATATAATAAATAGTATATA  500

seq1  ATTAAATGATATGTGTGTGTTTGTATGTAAATATTTATGTATGTGTAT  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAAATGATATGTGTGTGTTTGTATGTAAATATTTATGTATGTGTAT  548

seq1: chr11_42025893_42026797
seq2: B6Ng01-026F03.g_68_971 (reverse)

seq1  TTACACACACACACATACACACACACACATATATGAATATATGTATATAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACACACACACACATACACACACACACATATATGAATATATGTATATAT  50

seq1  ATATTTATGAATTAAAGACAAAACCCATTTACAAAAGTATAAAAATGTCT  100
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  ATATTTATGAAATAAAGACAAAACCCATTTACAAAAGTATAAAAATGTC-  99

seq1  TTGGCAGGAAGATAAAGACTACTAAAACTGAAGTTCTTCATACTAATTAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGCAGGAAGATAAAGACTACTAAAACTGAAGTTCTTCATACTAATTAA  149

seq1  AAAATAGTAATATCTCAAAAGTTCTAAGACTATGAGGAAATTAATATAAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATAGTAATATCTCAAAAGTTCTAAGACTATGAGGAAATTAATATAAT  199

seq1  ATGATGACTATGTAATGAATACTTAGCAATTGCATCAGCCCCATGTGCCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGATGACTATGTAATGAATACTTAGCAATTGCATCAGCCCCATGTGCCA  249

seq1  TGTGAGCATTTGTTTGTATGTGTGTATATTTATGTATGAACAAGTAAGAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGAGCATTTGTTTGTATGTGTGTATATTTATGTATGAACAAGTAAGAA  299

seq1  AGGACAACCAGAGGGTAATGTAAAAGTGAGGCTTGCTGATAAAGCTCCTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGACAACCAGAGGGTAATGTAAAAGTGAGGCTTGCTGATAAAGCTCCTT  349

seq1  CAAGGACCTGAATTCTATACTATAAAATAAAATGAAACAGAAAGCTCAAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGGACCTGAATTCTATACTATAAAATAAAATGAAACAGAAAGCTCAAG  399

seq1  AATTACCCATGGGGAATTCACGAGGTCATAGAAAAATTAAAAGCATAATT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTACCCATGGGGAATTCACGAGGTCATAGAAAAATTAAAAGCATAATT  449

seq1  AATAGCTATAGGGTATACAGGATAAGCTGTATCTTAAAGGGAATTATGAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAGCTATAGGGTATACAGGATAAGCTGTATCTTAAAGGGAATTATGAT  499

seq1  TGGCATCATGCACTGACTGCTTTCAACATGAAAATATATCTAGTTTAGAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCATCATGCACTGACTGCTTTCAACATGAAAATATATCTAGTTTAGAA  549

seq1  TTTCACTCACATCACAATTGCTACCTCTAGGCAAGGTTCTTTATTCTCTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCACTCACATCACAATTGCTACCTCTAGGCAAGGTTCTTTATTCTCTG  599

seq1  GGGTCATTCTTGCTACTTCATAAAGCCTGCAACTGGATAGTAACAGAAGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTCATTCTTGCTACTTCATAAAGCCTGCAACTGGATAGTAACAGAAGA  649

seq1  GAATATTAACAGACATTTAACATGTTACTGCATGTCCCAGACATGTGCAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATATTAACAGACATTTAACATGTTACTGCATGTCCCAGACATGTGCAA  699

seq1  AGTGTTCATTTCCCATTTCCATTCTACATATCTTTTCAAAGTCAATGTAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGTTCATTTCCCATTTCCATTCTACATATCTTTTCAAAGTCAATGTAT  749

seq1  AGGACCTAAGGGTTACATATGCATGTGTATAATCATAGTGCATATATTTG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGACCTAAGGGTTACATATGCATGTGTATAATCATAGTGCATATATTTG  799

seq1  CCATTTCTACTTCATACCTTTCAAAAACCCAGATCAAATAATGCTATTTT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATTTCTACTTCATACCTTTCAAAAACCCAGATCAAATAATGCTATTTT  849

seq1  TTCCATTTAAATTCCTCAGGTACTTCCTACTTCACTTAAAATGGCCACTG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCATTTAAATTCCTCAGGTACTTCCTACTTCACTTAAAATGGCCACTG  899

seq1  AATTC  905
      |||||
seq2  AATTC  904