BAC Information

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BAC

Clone NameB6Ng01-027H20
Chromosome11 (Build37)
Map Location 25,605,666 - 25,744,873
singlet/doubletdoublet
Overlap gene5730522E02Rik
Upstream geneLOC100042282
Downstream geneLOC100042328, LOC100042345, Fancl, Vrk2, EG628586, Ppia-ps11_266.1, OTTMUSG00000005300, LOC666270
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-027H20.bB6Ng01-027H20.g
ACCDH858218DH858219
length895537
definitionDH858218|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-027H20, 5' end.DH858219|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-027H20, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(25,743,979 - 25,744,873)(25,605,666 - 25,606,208)
sequence
gaattccacaaacatgctgaacaaatggaaaggcttagcatgttcttgga
tggaaaaactcaacatcattaacatgctaatcttccctgagtttatttat
aaattacacatgatcttgataaaaataccacatctttacccatcaccaca
ctcgacaagttggttgcataattcatatgaaaattaagaagaatagcctg
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caagttcttaggatatatatttagccactatcaaaagtactttataggca
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ctttgttcattttttttctccaaatacgcgaaaactaccattgttccttt
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gtcttagaagtccttaatgacagtacaatgagagggaaatcatggataaa
agacatactttacatttttatttcttctcatgaagcagacaaaggcaacc
accagccttctcaccctaggagaatctggagagatgactttgtttcttat
aagtgacaggtcacatataatttctgagtgtgttaactagggcccctatg
tctgggttttgcatcttcttaaaacatagttgcttattattctatttcat
atgtatgtatgtatgtatgtatgtatgtatgtatgta
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr11_25743979_25744873
seq2: B6Ng01-027H20.b_43_937 (reverse)

seq1  GATATATTTATAAAAATGACATAGTATGATTGTATAAAATGGTAATAAAC  50
      ||||  || |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  GATAATTTAATAAAAATGACATAGTATGATTGTATAAAAAGGTAATAAAC  50

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      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAGCTTCTTTCTTAAATCATGTATTGCTTCATTCCTGAAATTAAAAGG  100

seq1  AACAATGGTAGTTTTCGCGTATTTGGAGAAAAAAAAATGAACAAAGAACT  149
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  AACAATGGTAGTTTTCGCGTATTTGGAG-AAAAAAAATGAACAAAGAACT  149

seq1  AAGATCTCTTAAATAATGTTTTATATTTGAAGCTTAAGTAAAATAATGCC  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  AAGATCTCTTAAATAATGTTTTATATTTGAAGCTTAAGTAAAAAAATGCC  199

seq1  TATAAAGTACTTTTGATAGTGGCTAAATATATATCCTAAGAACTTGTAAA  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAAAGTACTTTTGATAGTGGCTAAATATATATCCTAAGAACTTGTAAA  249

seq1  GTTTAAAAATTGTTCTTTTCTTAATTTGTTTCAAGTTAGGTACTTTGCAC  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTAAAAATTGTTCTTTTCTTAATTTGTTTCAAGTTAGGTACTTTGCAC  299

seq1  ACTTTCCTATAAATAGTTTATTTTGCTTACAAATGTAAATTAATCTAATT  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTTCCTATAAATAGTTTATTTTGCTTACAAATGTAAATTAATCTAATT  349

seq1  GCTTGATTCGCACTTTAAGATTTATAAAAACATGCTCAATGAAAGATCCT  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTGATTCGCACTTTAAGATTTATAAAAACATGCTCAATGAAAGATCCT  399

seq1  CTTCCTACTCTCCCAAAAACTAGATAGATTAAAGGAGCCCTCACATGAGA  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCTACTCTCCCAAAAACTAGATAGATTAAAGGAGCCCTCACATGAGA  449

seq1  AAATCATTTCTAGTTATTTCAACAGCCAGAAGACAACAGTCACATATACA  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATCATTTCTAGTTATTTCAACAGCCAGAAGACAACAGTCACATATACA  499

seq1  GGGCACACTGATGAACACACAAACAAATACACACATACATGGACATACAC  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCACACTGATGAACACACAAACAAATACACACATACATGGACATACAC  549

seq1  ATGACATACACACACAAATAGACACATACACACAGACCCACACATATGAA  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGACATACACACACAAATAGACACATACACACAGACCCACACATATGAA  599

seq1  CATATACACAGACATACAAATATATGTTTATATATATTCATATCCATTTT  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATACACAGACATACAAATATATGTTTATATATATTCATATCCATTTT  649

seq1  CTATAATCATAACTCATATTTATTGGTCATATTTTAAAGAAATTTCCAGG  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATAATCATAACTCATATTTATTGGTCATATTTTAAAGAAATTTCCAGG  699

seq1  CTATTCTTCTTAATTTTCATATGAATTATGCAACCAACTTGTCGAGTGTG  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATTCTTCTTAATTTTCATATGAATTATGCAACCAACTTGTCGAGTGTG  749

seq1  GTGATGGGTAAAGATGTGGTATTTTTATCAAGATCATGTGTAATTTATAA  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGATGGGTAAAGATGTGGTATTTTTATCAAGATCATGTGTAATTTATAA  799

seq1  ATAAACTCAGGGAAGATTAGCATGTTAATGATGTTGAGTTTTTCCATCCA  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAACTCAGGGAAGATTAGCATGTTAATGATGTTGAGTTTTTCCATCCA  849

seq1  AGAACATGCTAAGCCTTTCCATTTGTTCAGCATGTTTGTGGAATTC  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAACATGCTAAGCCTTTCCATTTGTTCAGCATGTTTGTGGAATTC  895

seq1: chr11_25605666_25606208
seq2: B6Ng01-027H20.g_70_612

seq1  GAATTCTCATTATTTTGATATGAGTCTTATGCACAGATGAAGAAATTAAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCATTATTTTGATATGAGTCTTATGCACAGATGAAGAAATTAAA  50

seq1  ACTATTCATTAGCTTAAAATAACCATTATTTTAAAAGCAACACACACACT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTATTCATTAGCTTAAAATAACCATTATTTTAAAAGCAACACACACACT  100

seq1  AAGTTGAGAATTTACAAATAAGTATTTCCATACAGTGATTTGAAATAGAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTTGAGAATTTACAAATAAGTATTTCCATACAGTGATTTGAAATAGAT  150

seq1  TTTAATTTATTTTTCTCCCTTTCAGAGCAATAATATTGCAGTATTTGAGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAATTTATTTTTCTCCCTTTCAGAGCAATAATATTGCAGTATTTGAGT  200

seq1  CAAGATTTAGGTCTTTAATTACTGTCTATTATGCAATGTCTCAGACTGAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGATTTAGGTCTTTAATTACTGTCTATTATGCAATGTCTCAGACTGAC  250

seq1  ATTACAGTCTTAGAAGTCCTTAATGACAGTACAATGAGAGGGAAATCATG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTACAGTCTTAGAAGTCCTTAATGACAGTACAATGAGAGGGAAATCATG  300

seq1  GATAAAAGACATACTTTACATTTTTATTTCTTCTCATGAAGCAGACAAAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAAAAGACATACTTTACATTTTTATTTCTTCTCATGAAGCAGACAAAG  350

seq1  GCAACCACCAGCCTTCTCACCCTAGGAGAATCTGGAGAGATGACTTTGTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAACCACCAGCCTTCTCACCCTAGGAGAATCTGGAGAGATGACTTTGTT  400

seq1  TCTTATAAGTGACAGGTCACATATAATTTCTGAGTGTGTTAACTAGGGCC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTATAAGTGACAGGTCACATATAATTTCTGAGTGTGTTAACTAGGGCC  450

seq1  CCTATGTCTGGGTTTTGCATCTTCTTAAAACATAGTTGCTTATTATTCTA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTATGTCTGGGTTTTGCATCTTCTTAAAACATAGTTGCTTATTATTCTA  500

seq1  TTTCATATGTATGTATGTATGTATGTATGTATGTATGTATGTA  543
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCATATGTATGTATGTATGTATGTATGTATGTATGTATGTA  543