BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-027J22
Chromosome11 (Build37)
Map Location 66,192,329 - 66,317,942
singlet/doubletdoublet
Overlap geneGm879
Upstream geneMap2k4, Zkscan6, Dnahc9
Downstream geneLOC668323, A530088H08Rik, 9130409J20Rik, A730055C05Rik, 2310004I24Rik, Sco1, Myh3, Myh2, Myh1, Myh4, Myh8, Myh13
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-027J22.bB6Ng01-027J22.g
ACCDH858317DH858318
length9691,097
definitionDH858317|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-027J22, 5' end.DH858318|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-027J22, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(66,316,972 - 66,317,942)(66,192,329 - 66,193,441)
sequence
gaattcagttttagaatcaggagagatcttaaagcttgtctttgtataaa
cctagtgcttcactgatggggaaaattattaaaattctgtgtcaaagatt
aagatctgctgaaagtctgtgactggtcagtggcagagctgagagacctt
ttctgtgactttctgggacattgccttccttcttctcaggccacaaatga
tggctctccagattggccctggatcttaggctagctgagcttccttcaca
gggtacttagctttggttcctgctgccagttcagcagagtgagtgtggtg
ggtggcaagtgtctgctcttcctttgacaggctgagagaacagaaggtca
gctaggggaaagctcttgaaaatgtgaacttgctgtatatgtgccactaa
ttgataagattgccaacttggtgctcttcaaggcaggttcactgtgtcaa
cggcagcacagcagaagggaacgatttgcttaggtacatctaaggggccg
tggttgtcactttccaggaagatggagctctggagctggacattgggata
atggaagctatgggaaggctgggatatctcaaatggaagagactttgaag
gctggtgccttagggagatgctgagaaaacagaagggtttatgccccctt
tgtgcaaaacttgaggcatagagctttaccaggaacgggtgtgacactga
gaaggggtgctctgtggtggcttgccacactcttctgctgctccctttga
tcattccccaatgtctctctttcctagagccagtgggtagttcgtgtcac
acataatgaggcatttcatctgtaaacctggtggagaggaacttgcttta
tttgtgagtcaccagaggacaggactaggcacctttccactcatccctgg
agcgactgatgcctgctgagtccccactacatgcacgtttggaaagctga
agctggtgtgaatcattca
gaattctaggtgacaacatccaagttcatggaaattaattctgaatggga
gaaaaagaataaatggtattgatagctaatgaggcaggaccaggagcatg
gtagaggttggaagaattctggggtcaattcagtttgcagaattttgagt
taaacaatttgaaaagctatgtggaaacctatcctatagaatccttcttt
gtttgtcttaacacagggtctcatgatggagcccattttgacctcaaagt
ccctaaactcacacactggcctaccaagtgctggaaataaaggtatgcac
caaccccacccccagctcctatgtgatcctcaaaggcatctctaaaggtg
gttttctagaattggcttctgcggttcacatggaaagcacagtgaccacc
tcaaccttggtttgctcagtggtcctcaaacttgagcaaccacccaactc
ccctggatggcatgaacatcactgggctccagaatctcctgggtgtgagg
ttacccctgattactatagttctaataagttcttgactatgataattaat
cctctcgatcaactagactgtatgtagaataaccctaaagattaatgggg
catgcctgtgggtgtgaccatgaggatgtgtccacagagaactgagttac
aggaaagactcaccctgactgtgagtcgttccacaccatagggcaagtat
ctgaaaatactggacatggtaagaggagaaagcaagcagaactgcactgc
cctctcctctctggctcagatccactctgtcatgccttacccactatgga
ctgaatcctctagagtctgagctagatcaaacactttgactttgaatttg
tttctggcaggtgtctggtcacagcaacaggaccaacatccagacgccag
gggaaacatgatacagaatcctcaaagccacatcttgttgggactagtga
catgttagtcttcagtcggacccagacacagaatgatgtaaatacctctg
ccaaacagggagacagacttttactaaaaaaaattcctaccagtggcaat
cgaagaagaagtccgcatctcttctgtttctgatgatgccaagttga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr11_66316972_66317942
seq2: B6Ng01-027J22.b_45_1013 (reverse)

seq1  TGACTGATTCACACCAAGCTTCAGC-TTCCAAACGTGCATGTAGTGGGGA  49
      ||| ||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATGATTCACACC-AGCTTCAGCTTTCCAAACGTGCATGTAGTGGGGA  49

seq1  CTCAGCAGGCATCAGTCGCTCCAGGGATGAGTGGAAAGGTGCCTAGTCCT  99
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGCAGGCATCAGTCGCTCCAGGGATGAGTGGAAAGGTGCCTAGTCCT  99

seq1  GTCCTCTGGTGACTCACAAATTAAAGCAAGTTCCTCTGCCACCAGGTTTT  149
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| |||
seq2  GTCCTCTGGTGACTCACAAA-TAAAGCAAGTTCCTCT-CCACCAGG-TTT  146

seq1  ACAGATG-AATGCCTCATTATGTGTGACACGAGCTACCCACTGGCTCTAG  198
      ||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  ACAGATGAAATGCCTCATTATGTGTGACACGAACTACCCACTGGCTCTAG  196

seq1  GAAAGAGAGACATTGGGGAATGATCAAAGGGAGCAGCAGAAGAGTGTGGC  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGAGAGACATTGGGGAATGATCAAAGGGAGCAGCAGAAGAGTGTGGC  246

seq1  AAGCCACCACAGAGCACCCCTTCTCAGTGTCACACCCGTTCCTGGTAAAG  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCCACCACAGAGCACCCCTTCTCAGTGTCACACCCGTTCCTGGTAAAG  296

seq1  CTCTATGCCTCAAGTTTTGCACAAAGGGGGCATAAACCCTTCTGTTTTCT  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTATGCCTCAAGTTTTGCACAAAGGGGGCATAAACCCTTCTGTTTTCT  346

seq1  CAGCATCTCCCTAAGGCACCAGCCTTCAAAGTCTCTTCCATTTGAGATAT  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCATCTCCCTAAGGCACCAGCCTTCAAAGTCTCTTCCATTTGAGATAT  396

seq1  CCCAGCCTTCCCATAGCTTCCATTATCCCAATGTCCAGCTCCAGAGCTCC  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGCCTTCCCATAGCTTCCATTATCCCAATGTCCAGCTCCAGAGCTCC  446

seq1  ATCTTCCTGGAAAGTGACAACCACGGCCCCTTAGATGTACCTAAGCAAAT  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTCCTGGAAAGTGACAACCACGGCCCCTTAGATGTACCTAAGCAAAT  496

seq1  CGTTCCCTTCTGCTGTGCTGCCGTTGACACAGTGAACCTGCCTTGAAGAG  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTTCCCTTCTGCTGTGCTGCCGTTGACACAGTGAACCTGCCTTGAAGAG  546

seq1  CACCAAGTTGGCAATCTTATCAATTAGTGGCACATATACAGCAAGTTCAC  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCAAGTTGGCAATCTTATCAATTAGTGGCACATATACAGCAAGTTCAC  596

seq1  ATTTTCAAGAGCTTTCCCCTAGCTGACCTTCTGTTCTCTCAGCCTGTCAA  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTCAAGAGCTTTCCCCTAGCTGACCTTCTGTTCTCTCAGCCTGTCAA  646

seq1  AGGAAGAGCAGACACTTGCCACCCACCACACTCACTCTGCTGAACTGGCA  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAAGAGCAGACACTTGCCACCCACCACACTCACTCTGCTGAACTGGCA  696

seq1  GCAGGAACCAAAGCTAAGTACCCTGTGAAGGAAGCTCAGCTAGCCTAAGA  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGGAACCAAAGCTAAGTACCCTGTGAAGGAAGCTCAGCTAGCCTAAGA  746

seq1  TCCAGGGCCAATCTGGAGAGCCATCATTTGTGGCCTGAGAAGAAGGAAGG  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAGGGCCAATCTGGAGAGCCATCATTTGTGGCCTGAGAAGAAGGAAGG  796

seq1  CAATGTCCCAGAAAGTCACAGAAAAGGTCTCTCAGCTCTGCCACTGACCA  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATGTCCCAGAAAGTCACAGAAAAGGTCTCTCAGCTCTGCCACTGACCA  846

seq1  GTCACAGACTTTCAGCAGATCTTAATCTTTGACACAGAATTTTAATAATT  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCACAGACTTTCAGCAGATCTTAATCTTTGACACAGAATTTTAATAATT  896

seq1  TTCCCCATCAGTGAAGCACTAGGTTTATACAAAGACAAGCTTTAAGATCT  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCCATCAGTGAAGCACTAGGTTTATACAAAGACAAGCTTTAAGATCT  946

seq1  CTCCTGATTCTAAAACTGAATTC  971
      |||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTGATTCTAAAACTGAATTC  969

seq1: chr11_66192329_66193441
seq2: B6Ng01-027J22.g_65_1161

seq1  GAATTCTAGGTGACAACATCCAAGTTCATGGAAATTAATTCTGAATGGGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTAGGTGACAACATCCAAGTTCATGGAAATTAATTCTGAATGGGA  50

seq1  GAAAAAGAATAAATGGTATTGATAGCTAATGAGGCAGGACCAGGAGCATG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAAAGAATAAATGGTATTGATAGCTAATGAGGCAGGACCAGGAGCATG  100

seq1  GTAGAGGTTGGAAGAATTCTGGGGTCAATTCAGTTTGCAGAATTTTGAGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGAGGTTGGAAGAATTCTGGGGTCAATTCAGTTTGCAGAATTTTGAGT  150

seq1  TAAACAATTTGAAAAGCTATGTGGAAACCTATCCTATAGAATCCTTCTTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAACAATTTGAAAAGCTATGTGGAAACCTATCCTATAGAATCCTTCTTT  200

seq1  GTTTGTCTTAACACAGGGTCTCATGATGGAGCCCATTTTGACCTCAAAGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTGTCTTAACACAGGGTCTCATGATGGAGCCCATTTTGACCTCAAAGT  250

seq1  CCCTAAACTCACACACTGGCCTACCAAGTGCTGGAAATAAAGGTATGCAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTAAACTCACACACTGGCCTACCAAGTGCTGGAAATAAAGGTATGCAC  300

seq1  CAACCCCACCCCCAGCTCCTATGTGATCCTCAAAGGCATCTCTAAAGGTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACCCCACCCCCAGCTCCTATGTGATCCTCAAAGGCATCTCTAAAGGTG  350

seq1  GTTTTCTAGAATTGGCTTCTGCGGTTCACATGGAAAGCACAGTGACCACC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTCTAGAATTGGCTTCTGCGGTTCACATGGAAAGCACAGTGACCACC  400

seq1  TCAACCTTGGTTTGCTCAGTGGTCCTCAAACTTGAGCAACCACCCAACTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAACCTTGGTTTGCTCAGTGGTCCTCAAACTTGAGCAACCACCCAACTC  450

seq1  CCCTGGATGGCATGAACATCACTGGGCTCCAGAATCTCCTGGGTGTGAGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTGGATGGCATGAACATCACTGGGCTCCAGAATCTCCTGGGTGTGAGG  500

seq1  TTACCCCTGATTACTATAGTTCTAATAAGTTCTTGACTATGATAATTAAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACCCCTGATTACTATAGTTCTAATAAGTTCTTGACTATGATAATTAAT  550

seq1  CCTCTCGATCAACTAGACTGTATGTAGAATAACCCTAAAGATTAATGGGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTCGATCAACTAGACTGTATGTAGAATAACCCTAAAGATTAATGGGG  600

seq1  CATGCCTGTGGGTGTGACCATGAGGATGTGTCCACAGAGAACTGAGTTAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGCCTGTGGGTGTGACCATGAGGATGTGTCCACAGAGAACTGAGTTAC  650

seq1  AGGAAAGACTCACCCTGACTGTGAGTCGTTCCACACCATAGGGCAAGTAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAAAGACTCACCCTGACTGTGAGTCGTTCCACACCATAGGGCAAGTAT  700

seq1  CTGAAAATACTGGACATGGTAAGAGGAGAAAGCAAGCAGAACTGCACTGC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAAAATACTGGACATGGTAAGAGGAGAAAGCAAGCAGAACTGCACTGC  750

seq1  CCTCTCCTCCCTGGCTCAGATCCACTCTGTCATGCCTTACCCACTATGGA  800
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTCCTCTCTGGCTCAGATCCACTCTGTCATGCCTTACCCACTATGGA  800

seq1  CTGAATCCTCTAGAGTCTGAGCTAGATCAAACACTTTGACTTTGAATTTG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAATCCTCTAGAGTCTGAGCTAGATCAAACACTTTGACTTTGAATTTG  850

seq1  TTTCTGGCAGGTGTCTGGTCACAGCAACAGGACCAACATCCAGACGCCAG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTGGCAGGTGTCTGGTCACAGCAACAGGACCAACATCCAGACGCCAG  900

seq1  GGGAAACATGATACAGAATCCTCAAAAGCCACATCTTGTTGGGACTAGTG  950
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAAACATGATACAGAATCCTC-AAAGCCACATCTTGTTGGGACTAGTG  949

seq1  ACATGTTAGTCTTCAGTCGGACCCAGACACAAGAATGATGTAAAATACCT  1000
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||
seq2  ACATGTTAGTCTTCAGTCGGACCCAGACAC-AGAATGATGT-AAATACCT  997

seq1  CTGCACAAACAAGGGAAGACAGACTTTTACTAAAAAGAGAATCCCTACAC  1050
      |||| ||||||  || |||||||||||||||||||  | ||| ||||| |
seq2  CTGC-CAAACA--GGGAGACAGACTTTTACTAAAA--AAAATTCCTAC-C  1041

seq1  AGGTGGCCAATCAGAAGAGAGAAGTCGGCATCTCTTCTGTTTCCTGATGA  1100
      | |||| ||||| ||||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||
seq2  A-GTGG-CAATC-GAAGA-AGAAGTCCGCATCTCTTCTGTTT-CTGATGA  1086

seq1  TGCACCAAGTTGA  1113
      ||  |||||||||
seq2  TG--CCAAGTTGA  1097