BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-028L05
Chromosome11 (Build37)
Map Location 36,578,102 - 36,682,924
singlet/doubletdoublet
Overlap geneOdz2
Upstream genePank3, LOC666733, AI595406, Rars, Wwc1, LOC636532
Downstream geneLOC100039148
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-028L05.bB6Ng01-028L05.g
ACCDH859111DH859112
length1,144335
definitionDH859111|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-028L05, 5' end.DH859112|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-028L05, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(36,578,102 - 36,579,260)(36,682,590 - 36,682,924)
sequence
gaattctccatggataacacagggttaattctttcttttttctttatata
tctcacaagcaatggggaatgactctcagtgcagttgtgagatactgtat
ggcttcttgtgacatttaaacagacttcttagccattgcagactatcaga
acttctagagatgcacattctccaagtcttatgcacacaatttcataggc
caataagcagagctgatttcttgggtcacagtgacaatacccatgccatg
ggtactgaactttccattagcatcccacatgtctccacacatgaactcaa
tgtgtagatctgagaaagggagagaaaccaagccccaaggatagcactgg
gttcctggggctaggaaccatatgctgggatgactcatttccatctcaaa
atttattatcatttgcatttgtgcaagctgagttagaattttgtcatttg
caatagagatacttaagtaatgaatcaagaaacaacatgcatttaattaa
tcttggttaaatgttatgcttgttagatgttatgtatcaatgttgctcaa
atatttatggagatgcaacacttttgtcatatgccacctactaattttgg
aagaattatcaataacatgacaggcattttgagatatgggcatacatgat
tgcacctttcaatagatcttagtctactatatttaaaagagacagtatta
attcatcaacattcacattatactttaaaatcttggcaaatgacatataa
gcacctctcatcagaggatacctatgaatgacacagaaggaacgagagat
ttaactcagctccaatagtaaatccaacagtcagaagcatcctaccaaaa
atgtggacttcctcagatactaaatagaaaacttacttgtcaacatataa
aacagtgaatacaatgccaattatatttattcacttattttaaatgtaca
ctaaagctacaaataacagtgaacaaaatatacatgattcctgcctttaa
gaaatatagcaagtaactacatagtgtgtgttcaagtgctagcaccacag
agcaaacgagtggggcagagacagtgcagaactgctagagtccagtgttg
tgattttgacattcaaagctcctagaagtacagaataatatcaa
tctctcagagtgttgagaagaagacccgggttataaactgagattatgat
cacaaaaagtgcaaagggaaggcccaaacatctcactaaaaaaagttatt
taaaagacttagtattcccttaccttaatgacctaataggtttttagatg
atatttctctctgtattttaaattttaccaaatgtcagatgtaaatatta
tattttctgcttgaatattcacctgtaaaaatattgaatctcacatattc
ttctgttatatgggtgcacaatggtcaatttagtagtaaaactattaagt
gtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr11_36578102_36579260
seq2: B6Ng01-028L05.b_41_1184

seq1  GAATTCTCCATGGATAACACAGGGTTAATTCTTTCTTTTTTCTTTATATA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCCATGGATAACACAGGGTTAATTCTTTCTTTTTTCTTTATATA  50

seq1  TCTCACAAGCAATGGGGAATGACTCTCAGTGCAGTTGTGAGATACTGTAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCACAAGCAATGGGGAATGACTCTCAGTGCAGTTGTGAGATACTGTAT  100

seq1  GGCTTCTTGTGACATTTAAACAGACTTCTTAGCCATTGCAGACTATCAGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTTCTTGTGACATTTAAACAGACTTCTTAGCCATTGCAGACTATCAGA  150

seq1  ACTTCTAGAGATGCACATTCTCCAAGTCTTATGCACACAATTTCATAGGC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTCTAGAGATGCACATTCTCCAAGTCTTATGCACACAATTTCATAGGC  200

seq1  CAATAAGCAGAGCTGATTTCTTGGGTCACAGTGACAATACCCATGCCATG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATAAGCAGAGCTGATTTCTTGGGTCACAGTGACAATACCCATGCCATG  250

seq1  GGTACTGAACTTTCCATTAGCATCCCACATGTCTCCACACATGAACTCAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTACTGAACTTTCCATTAGCATCCCACATGTCTCCACACATGAACTCAA  300

seq1  TGTGTAGATCTGAGAAAGGGAGAGAAACCAAGCCCCAAGGATAGCACTGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTAGATCTGAGAAAGGGAGAGAAACCAAGCCCCAAGGATAGCACTGG  350

seq1  GTTCCTGGGGCTAGGAACCATATGCTGGGATGACTCATTTCCATCTCAAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCCTGGGGCTAGGAACCATATGCTGGGATGACTCATTTCCATCTCAAA  400

seq1  ATTTATTATCATTTGCATTTGTGCAAGCTGAGTTAGAATTTTGTCATTTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTATTATCATTTGCATTTGTGCAAGCTGAGTTAGAATTTTGTCATTTG  450

seq1  CAATAGAGATACTTAAGTAATGAATCAAGAAACAACATGCATTTAATTAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATAGAGATACTTAAGTAATGAATCAAGAAACAACATGCATTTAATTAA  500

seq1  TCTTGGTTAAATGTTATGCTTGTTAGATGTTATGTATCAATGTTGCTCAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGGTTAAATGTTATGCTTGTTAGATGTTATGTATCAATGTTGCTCAA  550

seq1  ATATTTATGGAGATGCAACACTTTTGTCATATGCCACCTACTAATTTTGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTTATGGAGATGCAACACTTTTGTCATATGCCACCTACTAATTTTGG  600

seq1  AAGAATTATCAATAACATGACAGGCATTTTGAGATATGGGCATACATGAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAATTATCAATAACATGACAGGCATTTTGAGATATGGGCATACATGAT  650

seq1  TGCACCTTTCAATAGATCTTAGTCTACTATATTTAAAAGAGACAGTATTA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCACCTTTCAATAGATCTTAGTCTACTATATTTAAAAGAGACAGTATTA  700

seq1  ATTCATCAACATTCACATTATACTTTAAAATCTTGGCAAATGACATATAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCATCAACATTCACATTATACTTTAAAATCTTGGCAAATGACATATAA  750

seq1  GCACCTCTCATCAGAGGATACCTATGAATGACACAGAAGGAACGAGAGAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACCTCTCATCAGAGGATACCTATGAATGACACAGAAGGAACGAGAGAT  800

seq1  TTAACTCAGCTCCAATAGTAAATCCAACAGTCAGAAGCATCCTACCAAAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAACTCAGCTCCAATAGTAAATCCAACAGTCAGAAGCATCCTACCAAAA  850

seq1  ATGTGGACTTCCTCAGATACTAAATAGAAAACTTACTTGTCAACATATAA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGGACTTCCTCAGATACTAAATAGAAAACTTACTTGTCAACATATAA  900

seq1  AACAGTGAATACAATGCCAATTATATTTATTCACTTATTTTAAAATGTAC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  AACAGTGAATACAATGCCAATTATATTTATTCACTTATTTT-AAATGTAC  949

seq1  ACTAAGGCTACAAATAACAGTGAACAAAATATACATGAATTCCTGCCTTT  1000
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  ACTAAAGCTACAAATAACAGTGAACAAAATATACATG-ATTCCTGCCTTT  998

seq1  AAGAAATATAAGCAAGTTAACTACATAGTGTGTGTTCAAAGTGCTAAGCA  1050
      ||||||||| |||||| |||||||||||||||||||| ||||||| ||||
seq2  AAGAAATAT-AGCAAG-TAACTACATAGTGTGTGTTC-AAGTGCT-AGCA  1044

seq1  CCACAGAGCAAAACGAAGTGGGGCAGAGACAGTGCAGAACTGCTAGAGTC  1100
      ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACAGAGC-AAACG-AGTGGGGCAGAGACAGTGCAGAACTGCTAGAGTC  1092

seq1  CAGTGTTGTGATTTTTGAACCATTTCAAAAGCTCCCTAGAAGTACAGAAT  1150
      ||||||||||| ||||||  ||||   |||||| ||||||||||||||||
seq2  CAGTGTTGTGA-TTTTGA--CATT--CAAAGCT-CCTAGAAGTACAGAAT  1136

seq1  AATTATCAA  1159
      || ||||||
seq2  AA-TATCAA  1144

seq1: chr11_36682590_36682924
seq2: B6Ng01-028L05.g_74_408 (reverse)

seq1  CACACACACACACACACACACACACACACACACACACTTAATAGTTTTAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACACACACACACACACACACACACACACACACACTTAATAGTTTTAC  50

seq1  TACTAAATTGACCATTGTGCACCCATATAACAGAAGAATATGTGAGATTC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTAAATTGACCATTGTGCACCCATATAACAGAAGAATATGTGAGATTC  100

seq1  AATATTTTTACAGGTGAATATTCAAGCAGAAAATATAATATTTACATCTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATTTTTACAGGTGAATATTCAAGCAGAAAATATAATATTTACATCTG  150

seq1  ACATTTGGTAAAATTTAAAATACAGAGAGAAATATCATCTAAAAACCTAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTTGGTAAAATTTAAAATACAGAGAGAAATATCATCTAAAAACCTAT  200

seq1  TAGGTCATTAAGGTAAGGGAATACTAAGTCTTTTAAATAACTTTTTTTAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGTCATTAAGGTAAGGGAATACTAAGTCTTTTAAATAACTTTTTTTAG  250

seq1  TGAGATGTTTGGGCCTTCCCTTTGCACTTTTTGTGATCATAATCTCAGTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGATGTTTGGGCCTTCCCTTTGCACTTTTTGTGATCATAATCTCAGTT  300

seq1  TATAACCCGGGTCTTCTTCTCAACACTCTGAGAGA  335
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAACCCGGGTCTTCTTCTCAACACTCTGAGAGA  335