BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-032H06
Chromosome11 (Build37)
Map Location 103,642,559 - 103,816,655
singlet/doubletdoublet
Overlap geneWnt3, Nsf, EG667631
Upstream geneGja7, Higd1b, Eftud2, Ccdc103, LOC100042500, Gfap, 3000004C01Rik, C1ql1, Dcakd, Nmt1, Plcd3, Acbd4, Hexim1, Hexim2, Fmnl1, 4933400C05Rik, Map3k14, Arhgap27, 5730442P18Rik, Plekhm1, Lrrc37a, Gm884, Lyzl6, Rprml, Gosr2, Wnt9b
Downstream geneArf2, LOC100042645, Crhr1, 4933407P14Rik, Mapt, 1700081L11Rik, Cdc27, Myl4, LOC666721, EG629959, Itgb3, LOC666739, LOC629960, LOC666749, LOC632784
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-032H06.bB6Ng01-032H06.g
ACCDH861786DH861787
length842697
definitionDH861786|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-032H06, 5' end.DH861787|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-032H06, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(103,642,559 - 103,643,399)(103,815,959 - 103,816,655)
sequence
gaattccagaaatgtcaggtatactcacacatctaaagaaggatggggac
ccagaaatgttctgtgcttggagacaagaggagtcagagtgagggatggt
ttccaggtccgggatctgaactgttggacatggtcttcctattgcaaagt
gatgctctgtgctcaggacagtggatgtttgagttttctgtgcctagtgg
gagactggaactgattccgggacagagtagagaccataaactttatatgt
gagcagctttgaggtgcaagctgaattgccaaccttcccagacctcagtt
ttctcatccaccaaatggccaataacatgccttccctgcccatggtacta
atgagagctcaggatgtctgtcttaccagagtcagctcagcaactaccat
tgttagaaagaagaccaagatccccaccccctacccagaggaggtgcaag
agtatctgtagtggatccccaatctctgagtagaatctctgggagcagag
ccgttgcttgggtttaagacccagtgatggcaggtgtgctccagtttcag
ctctggaggtccacgaagagcacataggcctgatccccactgagacccgg
ttaggaggtctgggtggaggtgagggcaaggtaggcagctggaagcactc
tctcaaaagcccgaggccatcaggaaatccaaacacccccagggaatgcc
aaggaaacccacagcggcatagccctgttccctaactgagctagagagac
ttgaagagaatgtcctgtgtccctgtgttggcaagggggatgggagcaac
aggaccctgtgacaggtttgttggggagggcctttctgccaa
gaattcttggaaagagaggtaactcttgagcaaatataatttttgcttag
ttctgagtcctttcttagagacactcattacagtgaagatattgatagtg
tgaatggttctgacttactgacttaccagttactaaaaactggtccctat
cttgaccaccctagcataggaaatacccctgtagctcccttttatccctg
tcggtgtgtacacccttttgtttgctgttccctgggcctgctgagtgctt
ctcaggactgattaggctgcaccccctacccctagtatctcccttttaga
gtatttcaaggtcttcaggtttgctcccaggaagaggtacccattccatc
ccagagactttcctctaagagggttcctccaactttacttttccttttag
ggagtaatcttattgaatatctcatgtattctcatagatatcatgtctta
tttttacatgttgcatacattttaaatgacattatatatttgtaagggga
cccaagagtactttagagaaaagtgctgaagaggacataagggaacggat
atgaggaggctatgtcaaacattcctccttaaccctgaagtcctgctaca
tgctaaaagtctcactttcagccttggcaggacagggtacacctgtcttg
tttcctgtgtgagacttttactgctgtgctgcttatagaactatctt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr11_103642559_103643399
seq2: B6Ng01-032H06.b_45_886

seq1  GAATTCCAGAAATGTCAGGTATACTCACACATCTAAAGAAGGATGGGGAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAGAAATGTCAGGTATACTCACACATCTAAAGAAGGATGGGGAC  50

seq1  CCAGAAATGTTCTGTGCTTGGAGACAAGAGGAGTCAGAGTGAGGGATGGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGAAATGTTCTGTGCTTGGAGACAAGAGGAGTCAGAGTGAGGGATGGT  100

seq1  TTCCAGGTCCGGGATCTGAACTGTTGGACATGGTCTTCCTATTGCAAAGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCAGGTCCGGGATCTGAACTGTTGGACATGGTCTTCCTATTGCAAAGT  150

seq1  GATGCTCTGTGCTCAGGACAGTGGATGTTTGAGTTTTCTGTGCCTAGTGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGCTCTGTGCTCAGGACAGTGGATGTTTGAGTTTTCTGTGCCTAGTGG  200

seq1  GAGACTGGAACTGATTCCGGGACAGAGTAGAGACCATAAACTTTATATGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGACTGGAACTGATTCCGGGACAGAGTAGAGACCATAAACTTTATATGT  250

seq1  GAGCAGCTTTGAGGTGCAAGCTGAATTGCCAACCTTCCCAGACCTCAGTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCAGCTTTGAGGTGCAAGCTGAATTGCCAACCTTCCCAGACCTCAGTT  300

seq1  TTCTCATCCACCAAATGGCCAATAACATGCCTTCCCTGCCCATGGTACTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCATCCACCAAATGGCCAATAACATGCCTTCCCTGCCCATGGTACTA  350

seq1  ATGAGAGCTCAGGATGTCTGTCTTACCAGAGTCAGCTCAGCAACTACCAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAGAGCTCAGGATGTCTGTCTTACCAGAGTCAGCTCAGCAACTACCAT  400

seq1  TGTTAGAAAGAAGACCAAGATCCCCACCCCCTACCCAGAGGAGGTGCAAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTAGAAAGAAGACCAAGATCCCCACCCCCTACCCAGAGGAGGTGCAAG  450

seq1  AGTATCTGTAGTGGATCCCCAATCTCTGAGTAGAATCTCTGGGAGCAGAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTATCTGTAGTGGATCCCCAATCTCTGAGTAGAATCTCTGGGAGCAGAG  500

seq1  CCGTTGCTTGGGTTTAAGACCCAGTGATGGCAGGTGTGCTCCAGTTTCAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGTTGCTTGGGTTTAAGACCCAGTGATGGCAGGTGTGCTCCAGTTTCAG  550

seq1  CTCTGGAGGTCCACGAAGAGCACATAGGCCTGATCCCCACTGAGACCCGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGGAGGTCCACGAAGAGCACATAGGCCTGATCCCCACTGAGACCCGG  600

seq1  TTAGGAGGTCTGGGTGGAGGTGAGGGCAAGGTAGGCAGCTGGAAGCACTC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGGAGGTCTGGGTGGAGGTGAGGGCAAGGTAGGCAGCTGGAAGCACTC  650

seq1  TCTC-AAAGCCCGAGGCCATCAGGAAATCCAAACACCCCCAGGGAATGCC  699
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCAAAAGCCCGAGGCCATCAGGAAATCCAAACACCCCCAGGGAATGCC  700

seq1  AAGGAAACCCACAGCGGCATAGCCCTGTTCCCTAACTGAGCTAGAGAGAC  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGAAACCCACAGCGGCATAGCCCTGTTCCCTAACTGAGCTAGAGAGAC  750

seq1  TTGAAGAGAATGTCCTGTGTCCCTGTGTTGGCAAGGGGGATGGGAGCAAC  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAAGAGAATGTCCTGTGTCCCTGTGTTGGCAAGGGGGATGGGAGCAAC  800

seq1  AGGACCCTGTGACCAGGTTTGTT-GGGAGGGCCTTTCTGCCAA  841
      |||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  AGGACCCTGTGA-CAGGTTTGTTGGGGAGGGCCTTTCTGCCAA  842

seq1: chr11_103815959_103816655
seq2: B6Ng01-032H06.g_71_767 (reverse)

seq1  AAGATAGTTCTATAAGCAGCACAGCAGTAAAAGTCTCACACAGGAAACAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGATAGTTCTATAAGCAGCACAGCAGTAAAAGTCTCACACAGGAAACAA  50

seq1  GACAGGTGTACCCTGTCCTGCCAAGGCTGAAAGTGAGACTTTTAGCATGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAGGTGTACCCTGTCCTGCCAAGGCTGAAAGTGAGACTTTTAGCATGT  100

seq1  AGCAGGACTTCAGGGTTAAGGAGGAATGTTTGACATAGCCTCCTCATATC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGGACTTCAGGGTTAAGGAGGAATGTTTGACATAGCCTCCTCATATC  150

seq1  CGTTCCCTTATGTCCTCTTCAGCACTTTTCTCTAAAGTACTCTTGGGTCC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTTCCCTTATGTCCTCTTCAGCACTTTTCTCTAAAGTACTCTTGGGTCC  200

seq1  CCTTACAAATATATAATGTCATTTAAAATGTATGCAACATGTAAAAATAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTACAAATATATAATGTCATTTAAAATGTATGCAACATGTAAAAATAA  250

seq1  GACATGATATCTATGAGAATACATGAGATATTCAATAAGATTACTCCCTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACATGATATCTATGAGAATACATGAGATATTCAATAAGATTACTCCCTA  300

seq1  AAAGGAAAAGTAAAGTTGGAGGAACCCTCTTAGAGGAAAGTCTCTGGGAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGAAAAGTAAAGTTGGAGGAACCCTCTTAGAGGAAAGTCTCTGGGAT  350

seq1  GGAATGGGTACCTCTTCCTGGGAGCAAACCTGAAGACCTTGAAATACTCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAATGGGTACCTCTTCCTGGGAGCAAACCTGAAGACCTTGAAATACTCT  400

seq1  AAAAGGGAGATACTAGGGGTAGGGGGTGCAGCCTAATCAGTCCTGAGAAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGGGAGATACTAGGGGTAGGGGGTGCAGCCTAATCAGTCCTGAGAAG  450

seq1  CACTCAGCAGGCCCAGGGAACAGCAAACAAAAGGGTGTACACACCGACAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTCAGCAGGCCCAGGGAACAGCAAACAAAAGGGTGTACACACCGACAG  500

seq1  GGATAAAAGGGAGCTACAGGGGTATTTCCTATGCTAGGGTGGTCAAGATA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATAAAAGGGAGCTACAGGGGTATTTCCTATGCTAGGGTGGTCAAGATA  550

seq1  GGGACCAGTTTTTAGTAACTGGTAAGTCAGTAAGTCAGAACCATTCACAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGACCAGTTTTTAGTAACTGGTAAGTCAGTAAGTCAGAACCATTCACAC  600

seq1  TATCAATATCTTCACTGTAATGAGTGTCTCTAAGAAAGGACTCAGAACTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCAATATCTTCACTGTAATGAGTGTCTCTAAGAAAGGACTCAGAACTA  650

seq1  AGCAAAAATTATATTTGCTCAAGAGTTACCTCTCTTTCCAAGAATTC  697
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAAAAATTATATTTGCTCAAGAGTTACCTCTCTTTCCAAGAATTC  697