BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-038M13
Chromosome11 (Build37)
Map Location 53,461,218 - 53,600,504
singlet/doubletdoublet
Overlap geneRad50, Il5, Irf1, LOC622459
Upstream geneFstl4, LOC623205, Hspa4, Zcchc10, Aff4, LOC100040576, Leap2, Uqcrq, Gdf9, Shroom1, ENSMUSG00000049427, Ankrd43, LOC546500, Sept8, Cycl, Kif3a, Il4, Il13, LOC667731
Downstream geneSlc22a5, LOC667762, Slc22a21, Slc22a4, Pdlim4, P4ha2, LOC623647, Dbi-ps, Csf2, Il3, Acsl6, 4930404A10Rik, LOC100041400, LOC100041411, Fnip1, Rapgef6, Cdc42se2, LOC677786
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-038M13.bB6Ng01-038M13.g
ACCDH866241DH866242
length1,0411,068
definitionDH866241|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-038M13, 5' end.DH866242|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-038M13, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(53,461,218 - 53,462,266)(53,599,434 - 53,600,504)
sequence
gaattcagtaagtaaatctttgccctgtgaggatggccctctgttctctt
tcagtgtcacagaggccgtgaaggaccagagaatgcttagagagttgtgg
ccccctgggtgagaattgggaccctattttctcagccaggcctgaagtcc
aaaataataagccacactggtctgagtccaggggtcagcaggacccaatc
attctataggctcagagggacaaatgtttctgttctttttggctcctggc
agctgtctcactcactcggcttggaaccctttctcatttccaagtacact
attctctccacatcccattttccctccaccatcttattaggatgcttaaa
atgacacccgggaccttcgtgggacaatgtctccaagttaaaatacctag
ctttcatcactgctgcagggaatcctttaccaggcaaggaagctcagctg
taacgacaatctgggtatcgagggggctgagcagagcctgagaactgtat
gcaaggcagcctgtccctcagcttgttaaatgtgggccacaactccagag
catcagtcaccaaaaattaaaacccagtgtcttactaaaccaaggtcttt
ccagcagtgcatccccacaatgcaaccttcaacttcactctttccctggc
tgtggacacagtaatgtacactttgtactaggcacagctacagcacacaa
cggacactgcataaaatatcccgtctcaaattcaagactgctccatgtga
cacattaatggccctactctacatatttgcactcttagaagcatgtggtt
caattatagagtgaagatgttcccgccatcatccttcagttgctgaggtc
tctcaccacgcccagggtgtctctctctgccatcctgcttgagatggaag
ctctcagtgtccctgctgcctttgttccaaatcatgacgctaacccctaa
agttaaaggctttcttcttaagttgtctagtcatggtgttttatctcatc
atagaaaaaaatactaaagtagcaatatcaaattgctttgg
gaattcaaagccagtttctgaggtatatagtgagaccccattaggaggtt
ggtacataaaacaaacaagcatagtgcaaagctgtagccagcaggacatc
ctgtggggacaagggtggctctcgaatccgcatcctgtgtgagctgctac
agaggtgaggagcctcggccgggccctgctctcatggctgggctacagcc
tcctgcctgagggtgagaagagcttctaatgactttgcacttgtccttcc
ttcccctcaggatgcactgatctcacacacacacacacacacacacacac
acacacacacacaccaaaaggcaggcggactacggttctggcaggatcct
tgtttctctcacagacccacaagctctgtgagcctctgagacagaccctg
ttctctccactgttcaatgggtgttctgttgtgattaacactgaccacag
acaacgtagggaagaaaggttctctttggcttacaggttacgccatcagt
cagaggagggcccggtcaggaagcacagcagagacaggaacactgcctgc
tggctgccatcctgaagcttgctcagcttgttggcactgaccaacctcag
gccaatccgatggtggcactatcacagcctgggtcctcattctctcttcc
taggtgtgtcaagttgacaaccaacatcgcttccactttgtgaatgaaga
tgctgaggccgccagtggagccagtagcctgggtgaggccacacagctag
ttaagctagttatgcagatctggttggtacctaatgcagtaacttccttt
aaatgccttccccgagccacactgggacccccctagcaaggacagctaag
cactgaagaccagtgagtgtgaccacaggctttaccctggagagtcctta
gccaggtcctataggtctgtctggctgtcctgaggctcagtttacaggcg
ctcatccagagactgctcaacttgggcaggttccctatcggcgtgttctg
cagaggcactgttctttcttggcttatcccaggctttggattttcccaga
tggacagctctttactaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr11_53461218_53462266
seq2: B6Ng01-038M13.b_44_1084

seq1  GAATTCAGTAAGTAAATCTTTGCCCTGTGAGGATGGCCCTCTGTTCTCTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGTAAGTAAATCTTTGCCCTGTGAGGATGGCCCTCTGTTCTCTT  50

seq1  TCAGTGTCACAGAGGCCGTGAAGGACCAGAGAATGCTTAGAGAGTTGTGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGTGTCACAGAGGCCGTGAAGGACCAGAGAATGCTTAGAGAGTTGTGG  100

seq1  CCCCCTGGGTGAGAATTGGGACCCTATTTTCTCAGCCAGGCCTGAAGTCC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCCTGGGTGAGAATTGGGACCCTATTTTCTCAGCCAGGCCTGAAGTCC  150

seq1  AAAATAATAAGCCACACTGGTCTGAGTCCAGGGGTCAGCAGGACCCAATC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATAATAAGCCACACTGGTCTGAGTCCAGGGGTCAGCAGGACCCAATC  200

seq1  ATTCTATAGGCTCAGAGGGACAAATGTTTCTGTTCTTTTTGGCTCCTGGC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTATAGGCTCAGAGGGACAAATGTTTCTGTTCTTTTTGGCTCCTGGC  250

seq1  AGCTGTCTCACTCACTCGGCTTGGAACCCTTTCTCATTTCCAAGTACACT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTGTCTCACTCACTCGGCTTGGAACCCTTTCTCATTTCCAAGTACACT  300

seq1  ATTCTCTCCACATCCCATTTTCCCTCCACCATCTTATTAGGATGCTTAAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTCTCCACATCCCATTTTCCCTCCACCATCTTATTAGGATGCTTAAA  350

seq1  ATGACACCCGGGACCTTCGTGGGACAATGTCTCCAAGTTAAAATACCTAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGACACCCGGGACCTTCGTGGGACAATGTCTCCAAGTTAAAATACCTAG  400

seq1  CTTTCATCACTGCTGCAGGGAATCCTTTACCAGGCAAGGAAGCTCAGCTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCATCACTGCTGCAGGGAATCCTTTACCAGGCAAGGAAGCTCAGCTG  450

seq1  TAACGACAATCTGGGTATCGAGGGGGCTGAGCAGAGCCTGAGAACTGTAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACGACAATCTGGGTATCGAGGGGGCTGAGCAGAGCCTGAGAACTGTAT  500

seq1  GCAAGGCAGCCTGTCCCTCAGCTTGTTAAATGTGGGCCACAACTCCAGAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAGGCAGCCTGTCCCTCAGCTTGTTAAATGTGGGCCACAACTCCAGAG  550

seq1  CATCAGTCACCAAAAATTAAAACCCAGTGTCTTACTAAACCAAGGTCTTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCAGTCACCAAAAATTAAAACCCAGTGTCTTACTAAACCAAGGTCTTT  600

seq1  CCAGCAGTGCATCCCCACAATGCAACCTTCAACTTCACTCTTTCCCTGGC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGCAGTGCATCCCCACAATGCAACCTTCAACTTCACTCTTTCCCTGGC  650

seq1  TGTGGACACAGTAATGTACACTTTGTACTAGGCACAGCTACAGCACACAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGACACAGTAATGTACACTTTGTACTAGGCACAGCTACAGCACACAA  700

seq1  CGGACACTGCATAAAATATCCCGTCTCAAATTCAAGACTGCTCCATGTGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGACACTGCATAAAATATCCCGTCTCAAATTCAAGACTGCTCCATGTGA  750

seq1  CACATTAATGGCCCTACTCTACATATTTGCACTCTTAGAAGCATGTGGTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATTAATGGCCCTACTCTACATATTTGCACTCTTAGAAGCATGTGGTT  800

seq1  CAATTATAGAGTGAAGATGTTCCCGCCATCATCCTTCAGTTGCTGAGGTC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATTATAGAGTGAAGATGTTCCCGCCATCATCCTTCAGTTGCTGAGGTC  850

seq1  TCTCACCACGCCCAGGGTGTCTCTCTCTGCCATCCTGCTTGAGATGGAAG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCACCACGCCCAGGGTGTCTCTCTCTGCCATCCTGCTTGAGATGGAAG  900

seq1  CTCTCAGGTGTCCCTGCTGCCTTTGTTCCAAATCATGACGCTAACCCCCT  950
      |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  CTCTCA-GTGTCCCTGCTGCCTTTGTTCCAAATCATGACGCTAA-CCCCT  948

seq1  AAAGTTAAAGGCTTTCTTCTTAAGTTGTCTAGGTCATGGTGTTCTATCTC  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||
seq2  AAAGTTAAAGGCTTTCTTCTTAAGTTGTCTA-GTCATGGTGTTTTATCTC  997

seq1  ATCAATAGAAAAAAATAACTAAGGTAGCAAATATCAAAATTGGCTTTGG  1049
      ||| |||||||||||| ||||| ||||| |||||||||  | |||||||
seq2  ATC-ATAGAAAAAAAT-ACTAAAGTAGC-AATATCAAA--TTGCTTTGG  1041

seq1: chr11_53599434_53600504
seq2: B6Ng01-038M13.g_70_1137 (reverse)

seq1  TTAGTAAAAGAGCCTGTCCATCTGGGAAAAT-CAAAGCCTGGGATAGGCC  49
      ||||| |||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||| |||
seq2  TTAGT-AAAGAG-CTGTCCATCTGGGAAAATCCAAAGCCTGGGATAAGCC  48

seq1  AAG-AAGGACAGTGCCTCTGCAGGACACGCCGATAGGGAACCTGCCCAAG  98
      ||| ||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| 
seq2  AAGAAAGAACAGTGCCTCTGCAGAACACGCCGATAGGGAACCTGCCCAA-  97

seq1  GTTGAGCAGTCTCTGGATGAGCGCCTGTAAACTGAGGCCCTCAGGACAGC  148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||
seq2  GTTGAGCAGTCTCTGGATGAGCGCCTGTAAACTGAG--CCTCAGGACAGC  145

seq1  CAGACAGAACCTATAGGACCTGGCTAAGGACTCTCCAGGGTAAAGCCTGT  198
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGACAG-ACCTATAGGACCTGGCTAAGGACTCTCCAGGGTAAAGCCTGT  194

seq1  GGTCACACTCACTGGTCTTCAGTGCTTAGCTGTCCTTGCTAGGGGGGT-C  247
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  GGTCACACTCACTGGTCTTCAGTGCTTAGCTGTCCTTGCTAGGGGGGTCC  244

seq1  CAGTGTGGCTCGGGGAAGGCATTTAAAGGAAGTTACTGCATTAGGTACCA  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGTGGCTCGGGGAAGGCATTTAAAGGAAGTTACTGCATTAGGTACCA  294

seq1  ACCAGATCTGCATAACTAGCTTAACTAGCTGTGTGGCCTCACCCAGGCTA  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAGATCTGCATAACTAGCTTAACTAGCTGTGTGGCCTCACCCAGGCTA  344

seq1  CTGGCTCCACTGGCGGCCTCAGCATCTTCATTCACAAAGTGGAAGCGATG  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGCTCCACTGGCGGCCTCAGCATCTTCATTCACAAAGTGGAAGCGATG  394

seq1  TTGGTTGTCAACTTGACACACCTAGGAAGAGAGAATGAGGACCCAGGCTG  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGTTGTCAACTTGACACACCTAGGAAGAGAGAATGAGGACCCAGGCTG  444

seq1  TGATAGTGCCACCATCGGATTGGCCTGAGGTTGGTCAGTGCCAACAAGCT  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATAGTGCCACCATCGGATTGGCCTGAGGTTGGTCAGTGCCAACAAGCT  494

seq1  GAGCAAGCTTCAGGATGGCAGCCAGCAGGCAGTGTTCCTGTCTCTGCTGT  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCAAGCTTCAGGATGGCAGCCAGCAGGCAGTGTTCCTGTCTCTGCTGT  544

seq1  GCTTCCTGACCGGGCCCTCCTCTGACTGATGGCGTAACCTGTAAGCCAAA  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTCCTGACCGGGCCCTCCTCTGACTGATGGCGTAACCTGTAAGCCAAA  594

seq1  GAGAACCTTTCTTCCCTACGTTGTCTGTGGTCAGTGTTAATCACAACAGA  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAACCTTTCTTCCCTACGTTGTCTGTGGTCAGTGTTAATCACAACAGA  644

seq1  ACACCCATTGAACAGTGGAGAGAACAGGGTCTGTCTCAGAGGCTCACAGA  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACCCATTGAACAGTGGAGAGAACAGGGTCTGTCTCAGAGGCTCACAGA  694

seq1  GCTTGTGGGTCTGTGAGAGAAACAAGGATCCTGCCAGAACCGTAGTCCGC  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTGTGGGTCTGTGAGAGAAACAAGGATCCTGCCAGAACCGTAGTCCGC  744

seq1  CTGCCTTTTGGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCCTTTTGGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT  794

seq1  GAGATCAGTGCATCCTGAGGGGAAGGAAGGACAAGTGCAAAGTCATTAGA  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGATCAGTGCATCCTGAGGGGAAGGAAGGACAAGTGCAAAGTCATTAGA  844

seq1  AGCTCTTCTCACCCTCAGGCAGGAGGCTGTAGCCCAGCCATGAGAGCAGG  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTCTTCTCACCCTCAGGCAGGAGGCTGTAGCCCAGCCATGAGAGCAGG  894

seq1  GCCCGGCCGAGGCTCCTCACCTCTGTAGCAGCTCACACAGGATGCGGATT  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCGGCCGAGGCTCCTCACCTCTGTAGCAGCTCACACAGGATGCGGATT  944

seq1  CGAGAGCCACCCTTGTCCCCACAGGATGTCCTGCTGGCTACAGCTTTGCA  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGAGAGCCACCCTTGTCCCCACAGGATGTCCTGCTGGCTACAGCTTTGCA  994

seq1  CTATGCTTGTTTGTTTTATGTACCAACCTCCTAATGGGGTCTCACTATAT  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATGCTTGTTTGTTTTATGTACCAACCTCCTAATGGGGTCTCACTATAT  1044

seq1  ACCTCAGAAACTGGCTTTGAATTC  1071
      ||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTCAGAAACTGGCTTTGAATTC  1068