BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-044C07
Chromosome11 (Build37)
Map Location 50,197,207 - 50,359,578
singlet/doubletdoublet
Overlap geneHnrph1, Rufy1
Upstream geneLOC667286, Olfr1389, Olfr1388, Olfr1387, Olfr1386, Olfr1385, Olfr1549-ps1, Olfr1384, Olfr1383, Olfr1382, GA_x5J8B7TT7LR-4113-3651, Olfr1381, Olfr1380, Flt4, LOC100040032, Scgb3a1, Cnot6, LOC666899, LOC100040073, Gfpt2, Mapk9, Rasgef1c, Rnf130, LOC380696, Tbc1d9b, 3010026O09Rik, Sqstm1, Mgat4b, Ltc4s, Maml1, Canx, 1700121K02Rik
Downstream geneAdamts2, Zfp354c, 9630041N07Rik, Grm6, Zfp454, Zfp2, Zfp354b, Prop1, Olfr1379-ps1, Olfr1378, Olfr1377, Olfr226-ps1, Olfr51, Olfr54, Olfr1375-ps1, Zfp354a, LOC100040275, LOC382518, Olfr1374-ps1, 5133400J02Rik, LOC622699, BC049762, Clk4, Col23a1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-044C07.bB6Ng01-044C07.g
ACCDH869986DH869987
length1,1841,041
definitionDH869986|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-044C07, 5' end.DH869987|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-044C07, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(50,358,373 - 50,359,578)(50,197,207 - 50,198,251)
sequence
gaattccaaacctcctctctcaagacctttttctgaggtctcttcagtgt
gttcactgccacatgggctctaatatgtacctcagaggccccctctttat
ttcaagccacatgcattgcccaaggctaccccaagacctaaggagtggga
taaagagggccaaagagccagactgtgcatggtctccagccctgctccta
tctggtcacacttacctctctttaaaaggacacaatcccaaatggcacca
ggcccagatctatgccaagagcactccccaaggctccaggatcatctcat
gagcagagactgctattatgcagaaaggagcagagcttcgactaaaaccc
tcttagtccaaaaaattctgagcttcacggcacaaggcatatgcagtggg
ctacaacttcagccagcagctgacgtcagctgctgtgcctggcccaggta
cccctggtctttgggtgggtgccctgaacccacatctgtgcttcctggct
ctctcctcccacagttccccacttcccccagcatctggtacccacatcag
agcagaagcccattacctaccagctaaacataactggatgaggcttgtcc
actgtctgaagcgaaggacacctctcttgtgcgtgaaggaatgagagaag
cgaaaagtgaagctgacacagatagcctctggcttccagcttgtgggatt
taacggatcaagaggtttcaactatgggaaaatcattctttcttacaata
cattctgagctagtgccacacagagtcctctgaactggcttcagccagaa
cctgcttttatgtcttctatcttccaaaaaaaaatgtcaaatccactgaa
cccttggggagagatagattcccaggataccttgagcttaaaatagccaa
acttctaccttagtcagtgaatgtgttgaatagtctcaagaagtcttaac
aatgcccttccttagaggaacgcacagagggaggggcaagcgtcgccatc
atagggcactgtgggacactgtgaagtacttttcctgctaactcttggga
agagtatgccccgctgggacagctcttgcggagtgatgatttgacatgct
tttaaagatttggtttgggtgtctggagaaatggccaatggtttagagca
ttacgtcttgggtaaagacttgttcaattcccag
gaattctacagcaggagcaagcggtggtgcttacggtagccaaatgctag
gaggcatgggtttgtgtaaatatcactttagtgtctttttttaagctaac
cttgtatgccttttctctcatttcagaacacagatatgtagaactcttct
tgaattctacagcaggagcaagcggtggtgcttatggtagccaaatgatg
ggaggcatgggcttgtgtaaatatcgttagtttttttaaaaaccaaaaca
tttatatctgtataagtagataataagttaagttttaatatatatttaat
tagcacaagagtttgttagaataataataacataagttacaataataatt
ttaagttaggaaacaaatttaggcagagatagattcttaatttgaacaaa
ttttgtagttagtgtattagttactaaaatcttgaagtaacataaagctg
cttaggtagattactcaacgttaagtacttctgcttgggggagggttcta
ttgaaaattacattatctgtctataaagtttaagtctaaaatacttagta
aaaatataggattaaaatttaattagttgggcataattaattaggtatta
actgatagcctgtataatgacatatctaaatatatattgagctaaggagg
aaccttattaaactaaagtttcaaaacatggtcacaaaatacttctattt
agggaatcatgtgtatttagtccttaaccctttggtttataaaacatttg
actagctcatatgattaatataaaggttagtctggtatagacaattggag
tcttgtagatagtaggcagaaggagacagtaatgtaagaacaagactgga
aaattgtagacatagaattacaagcccggtaccaccaggtaccacattgg
ataaggaacaagctctaatgttctcttaacttaacagcaaaccagtccag
ttacgtggcccagccagccagcagctgagtggtggttatggaaggtggtt
acggcgccaagcaccatgatcgatattggtgagtgattttt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr11_50358373_50359578
seq2: B6Ng01-044C07.b_43_1226 (reverse)

seq1  CTGGGAATTGAACAAGGGTCCTTTCCCAAAGCAGTAAGTGCTCTTAACCA  50
      ||||||||||||||||    |||| || |||  |||| |||||| |||||
seq2  CTGGGAATTGAACAAG---TCTTTACCCAAGACGTAA-TGCTCTAAACCA  46

seq1  TTGAGCCATCTCTCCAGACACCACAAAACAAATCTTTAAAAAGCCATGTC  100
      ||| ||||| |||||||||||| |||| |||||||||||||   ||||||
seq2  TTG-GCCATTTCTCCAGACACC-CAAACCAAATCTTTAAAA--GCATGTC  92

seq1  CAAAATCATCACCTCCGC-AGAGCTGTCCCCAGCCGGGGGCAATTACTCT  149
        ||||||||| |||||| |||||||| ||||||  ||||||  ||||||
seq2  --AAATCATCA-CTCCGCAAGAGCTGT-CCCAGC--GGGGCA--TACTCT  134

seq1  TTCCCAGAGTTAAGCAGGAAAAGTACCTTCACCAAGTGTTCCCACAGTGC  199
      | || |||||| ||||||||||||| ||||||  |||| |||||||||||
seq2  TCCCAAGAGTT-AGCAGGAAAAGTA-CTTCAC--AGTG-TCCCACAGTGC  179

seq1  CCTATGATGGCCGACGCTTGCCCCTCCCTCTGTGCGTTCCTCTAAGGAAG  249
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  CCTATGATGG-CGACGCTTGCCCCTCCCTCTGTGCGTTCCTCTAAGGAA-  227

seq1  GGGCATTGTTAAGACTTCTTGAGACTATTCAACACATTCACTGACTAAGG  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCATTGTTAAGACTTCTTGAGACTATTCAACACATTCACTGACTAAGG  277

seq1  TAGAAGTTTGGCTATTTTAAGCTCAAGGTATCCTGGGAATCTATCTCTCC  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAAGTTTGGCTATTTTAAGCTCAAGGTATCCTGGGAATCTATCTCTCC  327

seq1  CCAAGGGTTCAGTGGATTTGACATTTTTTTTTGGAAGATAGAAGACATAA  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAGGGTTCAGTGGATTTGACATTTTTTTTTGGAAGATAGAAGACATAA  377

seq1  AAGCAGGTTCTGGCTGAAGCCAGTTCAGAGGACTCTGTGTGGCACTAGCT  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCAGGTTCTGGCTGAAGCCAGTTCAGAGGACTCTGTGTGGCACTAGCT  427

seq1  CAGAATGTATTGTAAGAAAGAATGATTTTCCCATAGTTGAAACCTCTTGA  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAATGTATTGTAAGAAAGAATGATTTTCCCATAGTTGAAACCTCTTGA  477

seq1  TCCGTTAAATCCCACAAGCTGGAAGCCAGAGGCTATCTGTGTCAGCTTCA  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCGTTAAATCCCACAAGCTGGAAGCCAGAGGCTATCTGTGTCAGCTTCA  527

seq1  CTTTTCGCTTCTCTCATTCCTTCACGCACAAGAGAGGTGTCCTTCGCTTC  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTCGCTTCTCTCATTCCTTCACGCACAAGAGAGGTGTCCTTCGCTTC  577

seq1  AGACAGTGGACAAGCCTCATCCAGTTATGTTTAGCTGGTAGGTAATGGGC  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACAGTGGACAAGCCTCATCCAGTTATGTTTAGCTGGTAGGTAATGGGC  627

seq1  TTCTGCTCTGATGTGGGTACCAGATGCTGGGGGAAGTGGGGAACTGTGGG  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGCTCTGATGTGGGTACCAGATGCTGGGGGAAGTGGGGAACTGTGGG  677

seq1  AGGAGAGAGCCAGGAAGCACAGATGTGGGTTCAGGGCACCCACCCAAAGA  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGAGAGCCAGGAAGCACAGATGTGGGTTCAGGGCACCCACCCAAAGA  727

seq1  CCAGGGGTACCTGGGCCAGGCACAGCAGCTGACGTCAGCTGCTGGCTGAA  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGGGTACCTGGGCCAGGCACAGCAGCTGACGTCAGCTGCTGGCTGAA  777

seq1  GTTGTAGCCCACTGCATATGCCTTGTGCCGTGAAGCTCAGAATTTTTTGG  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGTAGCCCACTGCATATGCCTTGTGCCGTGAAGCTCAGAATTTTTTGG  827

seq1  ACTAAGAGGGTTTTAGTCGAAGCTCTGCTCCTTTCTGCATAATAGCAGTC  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAAGAGGGTTTTAGTCGAAGCTCTGCTCCTTTCTGCATAATAGCAGTC  877

seq1  TCTGCTCATGAGATGATCCTGGAGCCTTGGGGAGTGCTCTTGGCATAGAT  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCTCATGAGATGATCCTGGAGCCTTGGGGAGTGCTCTTGGCATAGAT  927

seq1  CTGGGCCTGGTGCCATTTGGGATTGTGTCCTTTTAAAGAGAGGTAAGTGT  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGGCCTGGTGCCATTTGGGATTGTGTCCTTTTAAAGAGAGGTAAGTGT  977

seq1  GACCAGATAGGAGCAGGGCTGGAGACCATGCACAGTCTGGCTCTTTGGCC  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCAGATAGGAGCAGGGCTGGAGACCATGCACAGTCTGGCTCTTTGGCC  1027

seq1  CTCTTTATCCCACTCCTTAGGTCTTGGGGTAGCCTTGGGCAATGCATGTG  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTTATCCCACTCCTTAGGTCTTGGGGTAGCCTTGGGCAATGCATGTG  1077

seq1  GCTTGAAATAAAGAGGGGGCCTCTGAGGTACATATTAGAGCCCATGTGGC  1149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTGAAATAAAGAGGGGGCCTCTGAGGTACATATTAGAGCCCATGTGGC  1127

seq1  AGTGAACACACTGAAGAGACCTCAGAAAAAGGTCTTGAGAGAGGAGGTTT  1199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGAACACACTGAAGAGACCTCAGAAAAAGGTCTTGAGAGAGGAGGTTT  1177

seq1  GGAATTC  1206
      |||||||
seq2  GGAATTC  1184

seq1: chr11_50197207_50198251
seq2: B6Ng01-044C07.g_69_1109

seq1  GAATTCTACAGCAGGAGCAAGCGGTGGTGCTTACGGTAGCCAAATGCTAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTACAGCAGGAGCAAGCGGTGGTGCTTACGGTAGCCAAATGCTAG  50

seq1  GAGGCATGGGTTTGTGTAAATATCACTTTAGTGTCTTTTTTTAAGCTAAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGCATGGGTTTGTGTAAATATCACTTTAGTGTCTTTTTTTAAGCTAAC  100

seq1  CTTGTATGCCTTTTCTCTCATTTCAGAACACAGATATGTAGAACTCTTCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGTATGCCTTTTCTCTCATTTCAGAACACAGATATGTAGAACTCTTCT  150

seq1  TGAATTCTACAGCAGGAGCAAGCGGTGGTGCTTATGGTAGCCAAATGATG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATTCTACAGCAGGAGCAAGCGGTGGTGCTTATGGTAGCCAAATGATG  200

seq1  GGAGGCATGGGCTTGTGTAAATATCGTTAGTTTTTTTAAAAACCAAAACA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGGCATGGGCTTGTGTAAATATCGTTAGTTTTTTTAAAAACCAAAACA  250

seq1  TTTATATCTGTATAAGTAGATAATAAGTTAAGTTTTAATATATATTTAAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATATCTGTATAAGTAGATAATAAGTTAAGTTTTAATATATATTTAAT  300

seq1  TAGCACAAGAGTTTGTTAGAATAATAATAACATAAGTTACAATAATAATT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCACAAGAGTTTGTTAGAATAATAATAACATAAGTTACAATAATAATT  350

seq1  TTAAGTTAGGAAACAAATTTAGGCAGAGATAGATTCTTAATTTGAACAAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAGTTAGGAAACAAATTTAGGCAGAGATAGATTCTTAATTTGAACAAA  400

seq1  TTTTGTAGTTAGTGTATTAGTTACTAAAATCTTGAAGTAACATAAAGCTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGTAGTTAGTGTATTAGTTACTAAAATCTTGAAGTAACATAAAGCTG  450

seq1  CTTAGGTAGATTACTCAACGTTAAGTACTTCTGCTTGGGGGAGGGTTCTA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAGGTAGATTACTCAACGTTAAGTACTTCTGCTTGGGGGAGGGTTCTA  500

seq1  TTGAAAATTACATTATCTGTCTATAAAGTTTAAGTCTAAAATACTTAGTA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAAAATTACATTATCTGTCTATAAAGTTTAAGTCTAAAATACTTAGTA  550

seq1  AAAATATAGGATTAAAATTTAATTAGTTGGGCATAATTAATTAGGTATTA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATATAGGATTAAAATTTAATTAGTTGGGCATAATTAATTAGGTATTA  600

seq1  ACTGATAGCCTGTATAATGACATATCTAAATATATATTGAGCTAAGGAGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGATAGCCTGTATAATGACATATCTAAATATATATTGAGCTAAGGAGG  650

seq1  AACCTTATTAAACTAAAGTTTCAAAACATGGTCACAAAATACTTCTATTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCTTATTAAACTAAAGTTTCAAAACATGGTCACAAAATACTTCTATTT  700

seq1  AGGGAATCATGTGTATTTAGTCCTTAACCCTTTGGTTTATAAAACATTTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGAATCATGTGTATTTAGTCCTTAACCCTTTGGTTTATAAAACATTTG  750

seq1  ACTAGCTCATATGATTAATATAAAGGTTAGTCTGGTTATAGACAATTGGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  ACTAGCTCATATGATTAATATAAAGGTTAGTCTGG-TATAGACAATTGGA  799

seq1  GTCTTGTAGATAGTAGGCAGAAGGAGACAGTAATGTAAGAACAAGACTGG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTTGTAGATAGTAGGCAGAAGGAGACAGTAATGTAAGAACAAGACTGG  849

seq1  AAAATTGTAGACATAGAATTACAAGCCCGGTACCACCAGGTACCACATTG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATTGTAGACATAGAATTACAAGCCCGGTACCACCAGGTACCACATTG  899

seq1  GATAAGGAACAAAGCTCTAATGTTCTCTTAACTTAACAGCAAACCAGTCC  950
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAAGGAAC-AAGCTCTAATGTTCTCTTAACTTAACAGCAAACCAGTCC  948

seq1  AGTTACGGTGGCCCAGCCAGCCAGCAGCTGAGTGGTGGTTATGG-AGGTG  999
      |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  AGTTAC-GTGGCCCAGCCAGCCAGCAGCTGAGTGGTGGTTATGGAAGGTG  997

seq1  GTTACGGTGGCCAGAGCAGCATGAGCGGATA-TGGTGAGTGATTTTT  1045
      |||||||  |||| |||| ||||| | |||| |||||||||||||||
seq2  GTTACGG-CGCCA-AGCACCATGATC-GATATTGGTGAGTGATTTTT  1041