BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-044F23
Chromosome11 (Build37)
Map Location 88,261,107 - 88,462,263
singlet/doubletdoublet
Overlap geneMsi2
Upstream geneTex14, Sept4, Mtmr4, Hsf5, Rnf43, Supt4h1, Bzrap1, Mpo, Lpo, Mks1, Epx, Olfr462, Olfr463, Olfr464, Dynll2, Sfrs1, Vezf1, Cuedc1, Mrps23, 1700106J16Rik, LOC668793
Downstream geneLOC100038945, Akap1, Scpep1, OTTMUSG00000001305, 2210409E12Rik, Coil, LOC100039051, Trim25, Dgke, A930013B10Rik, Gm525, LOC100039114, Nog, LOC100039047, 4932411E22Rik, Ankfn1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-044F23.bB6Ng01-044F23.g
ACCDH870145DH870146
length7491,089
definitionDH870145|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-044F23, 5' end.DH870146|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-044F23, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(88,261,107 - 88,261,851)(88,461,164 - 88,462,263)
sequence
gaattccttaacgactgcatcgtctggaagggtatcagggggatggaagg
cactgcccctgcaatcagggagcagtgctcatttgcacacaaagtgggca
tggggtgggcatgcatgtgtgtgtacgtgcgtgcgcgagcaaacgcagac
acacacactcatgtgagagagatagagagacagagagatgaagggaggga
agggggaaacagactctaattaccagtggccactacaggcatattaaaat
tgggaagaccacaggccacagcaggaaagagaggggctcatctgacatgg
ctgagttttggcctggtattctatatgtgcaatgggagggatgcaagttt
ggggtctctgcaccaaactgaactcacttctcagctctatgctggctttt
ctggggaccttgggcaagaaccctatcaattcataccccctcctcccact
ctctctgtccttccccctcccttcctccctcctctactgtacaaaaggaa
ctctccctgctgctggaggatgtcaggcaggctgctggggtagaactgtt
gtcaacatttcttagccagctgtggatctccgtatgcaacagtacttact
gactgcctaatcagatgagcttggtggtgtaatagtgaccagtctgttat
gggggtagccaaccattttcttgattgatttgatgtcctgctcctatatg
tccaaatccatttgtcttgtggttaaacctagtgagggtacataaactg
gaattcctcacttgggctgtctttcccaggcccagtggcatctactgaag
caaggcttgttgtagttgtgtatctgagagtctgtaattcttgcagtggg
agtgatgtgaatttttccggcacagcttctcagcccattgttggtgtttc
ttgaaggtcgctgtggaggacgaggagacccaccacagagctgggccaaa
gagcaggcatgcactttggattgtgaggcggtttgaaacttaatttccat
gtgggaaaccatctaccaccctggtggtatctacatagtgtttgggagag
agaaagggattctttgagcttacggtgttattagtacatcctgatacctg
cgtatggtctagatttcagcaaggagagcttccgacattatccaggttga
acaccaagatagacaccgagagatcagagcaaagaggcgatgggggagct
agatctcagggaggctgtttatatatgcaggctcagtcaggaggtggatt
ttctcttaactttattgttagaggaagcaaaaaaaaaggcagttaatcat
caatcaatttctttctctgcccctcccccatgtgtgtgcatgctcagttg
taatttcacaatagcaggtagtctccacttatattttttaggctagggtc
ttacacccatttgatagaagggaaagtgaacttcagagttattagggaac
ttcattcattcttgttatatactatacagaggtgtgctagaaaggcaggc
atgggtagactgacctatgatagtttaaacttgttcttacggttgcaaaa
tcactctaggtctatgctaccacgctggatatagttagaaggatttctct
ttggatgggcacagagggatccatgagctcagttctaggagggttatagc
agtctgccatctgtctgacttcttttttcccctctcccagtggctatgaa
gaactgcctttgcttgcctgggccgggtctctcaagaagggcctctgcac
tccttcacctggctcaccacagtaaagggtgtagcccttgtcgaatgagt
ctaaagcccagttcaaagacgatggttttaattacagaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr11_88261107_88261851
seq2: B6Ng01-044F23.b_43_791

seq1  GAATTCCTTAACGACTGCATCGTCTGGAAGGGTATCAGGGGGATGGAAGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTTAACGACTGCATCGTCTGGAAGGGTATCAGGGGGATGGAAGG  50

seq1  CACTGCCCCTGCAATCAGGGAGCAGTGCTCATTTGCACACAAAGTGGGCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGCCCCTGCAATCAGGGAGCAGTGCTCATTTGCACACAAAGTGGGCA  100

seq1  TGGGGTGGGCATGCATGTGTGTGTACGTGCGTGCGCGAGCAAACGCAGAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGGTGGGCATGCATGTGTGTGTACGTGCGTGCGCGAGCAAACGCAGAC  150

seq1  ACACACACTCATGTGAGAGAGATAGAGAGACAGAGAGATGAAGGGAGGGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACACTCATGTGAGAGAGATAGAGAGACAGAGAGATGAAGGGAGGGA  200

seq1  AGGGGGAAACAGACTCTAATTACCAGTGGCCACTACAGGCATATTAAAAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGGGAAACAGACTCTAATTACCAGTGGCCACTACAGGCATATTAAAAT  250

seq1  TGGGAAGACCACAGGCCACAGCAGGAAAGAGAGGGGCTCATCTGACATGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGAAGACCACAGGCCACAGCAGGAAAGAGAGGGGCTCATCTGACATGG  300

seq1  CTGAGTTTTGGCCTGGTATTCTATATGTGCAATGGGAGGGATGCAAGTTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGTTTTGGCCTGGTATTCTATATGTGCAATGGGAGGGATGCAAGTTT  350

seq1  GGGGTCTCTGCACCAAACTGAACTCACTTCTCAGCTCTATGCTGGCTTTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGTCTCTGCACCAAACTGAACTCACTTCTCAGCTCTATGCTGGCTTTT  400

seq1  CTGGGGACCTTGGGCAAGAACCCTATCAATTCATACCCCCTCCTCCCACT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGGGACCTTGGGCAAGAACCCTATCAATTCATACCCCCTCCTCCCACT  450

seq1  CTCTCTGTCCTTCCCCCTCCCTTCCTCCCTCCTCTACTGTAC-AAAGGAA  499
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  CTCTCTGTCCTTCCCCCTCCCTTCCTCCCTCCTCTACTGTACAAAAGGAA  500

seq1  CTCTCCCTGCTGCTGGAGGATGTCAGGCAGGCTGCTGGGGTAGAACTGTT  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCCCTGCTGCTGGAGGATGTCAGGCAGGCTGCTGGGGTAGAACTGTT  550

seq1  GTCAACA-TTCTTAGCCAGCTGTGGATCCCCGTATGCAACAGTACTTACT  598
      ||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  GTCAACATTTCTTAGCCAGCTGTGGATCTCCGTATGCAACAGTACTTACT  600

seq1  GACTGCCTAATCAGATGAGCTTGGTGGTGTAATAGTGACCAGTCTGTTAT  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTGCCTAATCAGATGAGCTTGGTGGTGTAATAGTGACCAGTCTGTTAT  650

seq1  GGGGGTAGCCAACCA-TTTCTTGATTGATTTGATG-CCTGCTCC-AAAGG  695
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||| | | |
seq2  GGGGGTAGCCAACCATTTTCTTGATTGATTTGATGTCCTGCTCCTATATG  700

seq1  TCCAAATCCA-TTGTCTGGTGGTATAAACCTAGTGATGGGTACATAAACT  744
      |||||||||| |||||| ||||| |||||||||||| |||||||||||||
seq2  TCCAAATCCATTTGTCTTGTGGT-TAAACCTAGTGA-GGGTACATAAACT  748

seq1  G  745
      |
seq2  G  749

seq1: chr11_88461164_88462263
seq2: B6Ng01-044F23.g_67_1155 (reverse)

seq1  TTCTGTAATTAAAACCCATCGTCTTTGGAACTGTGCCTTTAGACTACATC  50
      |||||||||||||| ||||||||||| |||||| | ||||||||| ||| 
seq2  TTCTGTAATTAAAA-CCATCGTCTTT-GAACTG-GGCTTTAGACT-CATT  46

seq1  AGACAAGGGCTACACCCTTTACTGTGGTGAGCCA-GTGAGGAAGCTGCAA  99
       ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| | || ||| |
seq2  CGACAAGGGCTACACCCTTTACTGTGGTGAGCCAGGTGAAGGAG-TGC-A  94

seq1  GAGGCCCCTCCTGAGAGACCCGG-CCAGGCAGCCAAAGGCAGTTCTTCAT  148
      ||||||| || |||||||||||| |||||||  |||||||||||||||||
seq2  GAGGCCCTTCTTGAGAGACCCGGCCCAGGCAAGCAAAGGCAGTTCTTCAT  144

seq1  AAGCCACTGGGAAGAGTGGGAGAAAAGAAGTCAGACAAGATGGCAGACTG  198
       |||||||||| |||| |||| |||||||||||||| |||||||||||||
seq2  -AGCCACTGGG-AGAG-GGGAAAAAAGAAGTCAGAC-AGATGGCAGACTG  190

seq1  CTATAAACCCCTCCTAGAACCTGAGCTCATGGATCCCTCTGTGCCCATCC  248
      ||||||  ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATAA--CCCTCCTAGAA-CTGAGCTCATGGATCCCTCTGTGCCCATCC  237

seq1  AAAGAGAAATCCTTCTAACTATATCCAGCGTGGTAGCATAGACCTAGAGT  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGAGAAATCCTTCTAACTATATCCAGCGTGGTAGCATAGACCTAGAGT  287

seq1  GATTTTGCAACCGTAAGAACAAGTTTAAACTATCATAGGTCAGTCTACCC  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTTTGCAACCGTAAGAACAAGTTTAAACTATCATAGGTCAGTCTACCC  337

seq1  ATGCCTGCCTTTCTAGCACACCTCTGTATAGTATATAACAAGAATGAATG  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCCTGCCTTTCTAGCACACCTCTGTATAGTATATAACAAGAATGAATG  387

seq1  AAGTTCCCTAATAACTCTGAAGTTCACTTTCCCTTCTATCAAATGGGTGT  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTTCCCTAATAACTCTGAAGTTCACTTTCCCTTCTATCAAATGGGTGT  437

seq1  AAGACCCTAGCCTAAAAAATATAAGTGGAGACTACCTGCTATTGTGAAAT  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGACCCTAGCCTAAAAAATATAAGTGGAGACTACCTGCTATTGTGAAAT  487

seq1  TACAACTGAGCATGCACACACATGGGGGAGGGGCAGAGAAAGAAATTGAT  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAACTGAGCATGCACACACATGGGGGAGGGGCAGAGAAAGAAATTGAT  537

seq1  TGATGATTAACTGCCTTTTTTTTTGCTTCCTCTAACAATAAAGTTAAGAG  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGATTAACTGCCTTTTTTTTTGCTTCCTCTAACAATAAAGTTAAGAG  587

seq1  AAAATCCACCTCCTGACTGAGCCTGCATATATAAACAGCCTCCCTGAGAT  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATCCACCTCCTGACTGAGCCTGCATATATAAACAGCCTCCCTGAGAT  637

seq1  CTAGCTCCCCCATCGCCTCTTTGCTCTGATCTCTCGGTGTCTATCTTGGT  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGCTCCCCCATCGCCTCTTTGCTCTGATCTCTCGGTGTCTATCTTGGT  687

seq1  GTTCAACCTGGATAATGTCGGAAGCTCTCCTTGCTGAAATCTAGACCATA  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCAACCTGGATAATGTCGGAAGCTCTCCTTGCTGAAATCTAGACCATA  737

seq1  CGCAGGTATCAGGATGTACTAATAACACCGTAAGCTCAAAGAATCCCTTT  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGCAGGTATCAGGATGTACTAATAACACCGTAAGCTCAAAGAATCCCTTT  787

seq1  CTCTCTCCCAAACACTATGTAGATACCACCAGGGTGGTAGATGGTTTCCC  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCTCCCAAACACTATGTAGATACCACCAGGGTGGTAGATGGTTTCCC  837

seq1  ACATGGAAATTAAGTTTCAAACCGCCTCACAATCCAAAGTGCATGCCTGC  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGGAAATTAAGTTTCAAACCGCCTCACAATCCAAAGTGCATGCCTGC  887

seq1  TCTTTGGCCCAGCTCTGTGGTGGGTCTCCTCGTCCTCCACAGCGACCTTC  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTGGCCCAGCTCTGTGGTGGGTCTCCTCGTCCTCCACAGCGACCTTC  937

seq1  AAGAAACACCAACAATGGGCTGAGAAGCTGTGCCGGAAAAATTCACATCA  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAAACACCAACAATGGGCTGAGAAGCTGTGCCGGAAAAATTCACATCA  987

seq1  CTCCCACTGCAAGAATTACAGACTCTCAGATACACAACTACAACAAGCCT  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCCACTGCAAGAATTACAGACTCTCAGATACACAACTACAACAAGCCT  1037

seq1  TGCTTCAGTAGATGCCACTGGGCCTGGGAAAGACAGCCCAAGTGAGGAAT  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTCAGTAGATGCCACTGGGCCTGGGAAAGACAGCCCAAGTGAGGAAT  1087

seq1  TC  1100
      ||
seq2  TC  1089