BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-044I20
Chromosome11 (Build37)
Map Location 54,960,299 - 55,102,032
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSlc36a3, Slc36a2, Slc36a1, Fat2
Upstream geneLOC623647, Dbi-ps, Csf2, Il3, Acsl6, 4930404A10Rik, LOC100041400, LOC100041411, Fnip1, Rapgef6, Cdc42se2, LOC677786, LOC100041463, Lyrm7, Hint1, Gpx3, Tnip1, LOC667826, Anxa6, Ccdc69, Gm2a, LOC667832
Downstream geneSparc, Atox1, G3bp, Glra1, Nmur2, LOC100040816
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-044I20.bB6Ng01-044I20.g
ACCDH870272DH870273
length9291,012
definitionDH870272|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-044I20, 5' end.DH870273|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-044I20, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(54,960,299 - 54,961,227)(55,101,015 - 55,102,032)
sequence
gaattcttccaggaacaaagagtcaccattccatataacccagacttttt
ttttcatctacctccaaatatattcttccagaatcccccatggtaaattt
aactcctttacacaccttagtccccactctcctaagatccttaaagacca
aagtatttttttgtgatgcagtggccttctctgatgatggttagccagca
ggcctcagggacacttggcaggtgagtctgttaaggccagtttgaaccac
tctgtgcaatgcagaatgcagggtgtgggcagggaccttaactgttcctg
gacattgcagacaatgggggaggggtggaagctgatttagaacactcttc
ccagttgagcatcactgccccagagagtctgcttgtctctttgaagaagc
aaagttgatttgaaccacggtcctttggatatgactggaagggcacaatg
tgactttatagatgtgtcctgggtgacattattttgtcacaaagaaacac
atgcatggtcaagagtgttgttaagtaagtcccactaggaggcagcctcc
acatggcagaacctcttgtcttgtttacaacctttaatccttggggccag
gcacactcctacgagacaaagaggacagtctaaagagctagcaggggatt
acagagcacactgacagagacaatgtggccaaggctacagaggtttaagg
ctctcttgcagatatctatctagaacctagagaactccgaaggagaggtc
ctccctctggctggaactattcgtcatcagaagtcagatggaaggaagca
aggggccgcttacgaaacctggagaagacgagctgactgacaagaaatct
tacacgtggcatcttcctaaccctatgggcactactggggttttctgtgt
gcagatttccagagcaggactgtggggga
gaattccctcacaggtatgtctagaggccaactaatctagacaacatttc
aagagtcccttcccaggtgattcttgtttgtgtcaagttgacaacactaa
ccaccacagggacttactctgtcaaccaggttggcctggaactcaccttg
tataggccaagactatatggtgattctgcttcagactcccatatactggg
attacagatgagcaacaccatgtcacacacacacacacacacacacacac
acacacacacacacacgatcagtggcaagctagaagtggtggtatgtgcc
tttaattcaggcatttaggaagcagagacatgtggatctctgagtttgag
gctagctgatctacagagcaaattccatgacagccagggctacatagaaa
cccagtctactgggaaatctggtatctgaaagcttgttagtttgaaatac
ctcagtagctattttctgggtagaaaggcagctgctttccagacactgcc
aacatggatgggaccgtgaagttccagcaaacatcattcctgtgccattg
tacatcacaatctgcctctttgcgtcttgtccccatgtccaggtccacat
ccttatgattgccaacatcaaccaccaccggcctcagttcctgcaggatc
attatgacatcagggtcccccaggacacactgcctggggttgaactcctc
cgagtccaagccacagatcaagaccacggcaagggcctcatctataccat
ccacagcagtcgggaccctggaagtgccaacctcttccagctggatccaa
gcagtggagtgttggtgacagtggggacattggacctgcactccgggccc
tctcagcacattctgacagttatggtgagtaaacacaggaacagaaaagg
actggaatcttagttactttctcatggctgtactgaaataccctgacaca
taacatcttcaggagaaagttccagaaagcttcattcatcatggcgaaga
gacattgcagca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr11_54960299_54961227
seq2: B6Ng01-044I20.b_42_970

seq1  GAATTCTTCCAGGAACAAAGAGTCACCATTCCATATAACCCAGACTTTTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTCCAGGAACAAAGAGTCACCATTCCATATAACCCAGACTTTTT  50

seq1  TTTTCATCTACCTCCAAATATATTCTTCCAGAATCCCCCATGGTAAATTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCATCTACCTCCAAATATATTCTTCCAGAATCCCCCATGGTAAATTT  100

seq1  AACTCCTTTACACACCTTAGTCCCCACTCTCCTAAGATCCTTAAAGACCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTCCTTTACACACCTTAGTCCCCACTCTCCTAAGATCCTTAAAGACCA  150

seq1  AAGTATTTTTTTGTGATGCAGTGGCCTTCTCTGATGATGGTTAGCCAGCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTATTTTTTTGTGATGCAGTGGCCTTCTCTGATGATGGTTAGCCAGCA  200

seq1  GGCCTCAGGGACACTTGGCAGGTGAGTCTGTTAAGGCCAGTTTGAACCAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCTCAGGGACACTTGGCAGGTGAGTCTGTTAAGGCCAGTTTGAACCAC  250

seq1  TCTGTGCAATGCAGAATGCAGGGTGTGGGCAGGGACCTTAACTGTTCCTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTGCAATGCAGAATGCAGGGTGTGGGCAGGGACCTTAACTGTTCCTG  300

seq1  GACATTGCAGACAATGGGGGAGGGGTGGAAGCTGATTTAGAACACTCTTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACATTGCAGACAATGGGGGAGGGGTGGAAGCTGATTTAGAACACTCTTC  350

seq1  CCAGTTGAGCATCACTGCCCCAGAGAGTCTGCTTGTCTCTTTGAAGAAGC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGTTGAGCATCACTGCCCCAGAGAGTCTGCTTGTCTCTTTGAAGAAGC  400

seq1  AAAGTTGATTTGAACCACGGTCCTTTGGATATGACTGGAAGGGCACAATG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTTGATTTGAACCACGGTCCTTTGGATATGACTGGAAGGGCACAATG  450

seq1  TGACTTTATAGATGTGTCCTGGGTGACATTATTTTGTCACAAAGAAACAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACTTTATAGATGTGTCCTGGGTGACATTATTTTGTCACAAAGAAACAC  500

seq1  ATGCATGGTCAAGAGTGTTGTTAAGTAAGTCCCACTAGGAGGCAGCCTCC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCATGGTCAAGAGTGTTGTTAAGTAAGTCCCACTAGGAGGCAGCCTCC  550

seq1  ACATGGCAGAACCTCTTGTCTTGTTTACAACCTTTAATCCTTGGGGCCAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGGCAGAACCTCTTGTCTTGTTTACAACCTTTAATCCTTGGGGCCAG  600

seq1  GCACACTCCTACGAGACAAAGAGGACAGTCTAAAGAGCTAGCAGGGGATT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACACTCCTACGAGACAAAGAGGACAGTCTAAAGAGCTAGCAGGGGATT  650

seq1  ACAGAGCACACTGACAGAGACAATGTGGCCAAGGCTACAGAGGTTTAAGG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGAGCACACTGACAGAGACAATGTGGCCAAGGCTACAGAGGTTTAAGG  700

seq1  CTCTCTTGCAGATATCTATCTAGAACCTAGAGAACTCCGAAGGAGAGGTC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCTTGCAGATATCTATCTAGAACCTAGAGAACTCCGAAGGAGAGGTC  750

seq1  CTCCCTCTGGCTGGAACTATTCGTCATCAGAAGTCAGATGGAAGGAAGCA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCCTCTGGCTGGAACTATTCGTCATCAGAAGTCAGATGGAAGGAAGCA  800

seq1  AGGGGCCGCTTACGAAACCTGGAGAAGACGAGCTGACTGACAAGAAATCT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGGCCGCTTACGAAACCTGGAGAAGACGAGCTGACTGACAAGAAATCT  850

seq1  TACACGTGGCATCTTCCTAACCCTATGGGCACTACTGGGGTTTTCTGTGT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACACGTGGCATCTTCCTAACCCTATGGGCACTACTGGGGTTTTCTGTGT  900

seq1  GCAGATTTCCAGAGCAGGACTGTGGGGGA  929
      |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGATTTCCAGAGCAGGACTGTGGGGGA  929

seq1: chr11_55101015_55102032
seq2: B6Ng01-044I20.g_68_1079 (reverse)

seq1  TGCTGCCATGTCTTCTTCGCCATGATGGACTGAAGCTTTCTGGAACTTTC  50
      |||||| ||||| ||||||||||||| || ||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGCAATGTC-TCTTCGCCATGAT-GAATGAAGCTTTCTGGAACTTTC  48

seq1  TCCCTGAAGATGCTTTTGTGTCAGGGTATTTCAGTACAGCCATGAGAAAG  100
      | |||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  T-CCTGAAGATG-TTATGTGTCAGGGTATTTCAGTACAGCCATGAGAAAG  96

seq1  TAACTAAGATTCCAGTCCTTTTCTGTTCCTGTGTTTACTCACCATAACTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACTAAGATTCCAGTCCTTTTCTGTTCCTGTGTTTACTCACCATAACTG  146

seq1  TCAGAATGTGCTGAGAGGGCCCGGAGTGCAGGTCCAATGTCCCCACTGTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGAATGTGCTGAGAGGGCCCGGAGTGCAGGTCCAATGTCCCCACTGTC  196

seq1  ACCAACACTCCACTGCTTGGATCCAGCTGGAAGAGGTTGGCACTTCCAGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAACACTCCACTGCTTGGATCCAGCTGGAAGAGGTTGGCACTTCCAGG  246

seq1  GTCCCGACTGCTGTGGATGGTATAGATGAGGCCCTTGCCGTGGTCTTGAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCCGACTGCTGTGGATGGTATAGATGAGGCCCTTGCCGTGGTCTTGAT  296

seq1  CTGTGGCTTGGACTCGGAGGAGTTCAACCCCAGGCAGTGTGTCCTGGGGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGGCTTGGACTCGGAGGAGTTCAACCCCAGGCAGTGTGTCCTGGGGG  346

seq1  ACCCTGATGTCATAATGATCCTGCAGGAACTGAGGCCGGTGGTGGTTGAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCTGATGTCATAATGATCCTGCAGGAACTGAGGCCGGTGGTGGTTGAT  396

seq1  GTTGGCAATCATAAGGATGTGGACCTGGACATGGGGACAAGACGCAAAGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGGCAATCATAAGGATGTGGACCTGGACATGGGGACAAGACGCAAAGA  446

seq1  GGCAGATTGTGATGTACAATGGCACAGGAATGATGTTTGCTGGAACTTCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAGATTGTGATGTACAATGGCACAGGAATGATGTTTGCTGGAACTTCA  496

seq1  CGGTCCCATCCATGTTGGCAGTGTCTGGAAAGCAGCTGCCTTTCTACCCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGTCCCATCCATGTTGGCAGTGTCTGGAAAGCAGCTGCCTTTCTACCCA  546

seq1  GAAAATAGCTACTGAGGTATTTCAAACTAACAAGCTTTCAGATACCAGAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAATAGCTACTGAGGTATTTCAAACTAACAAGCTTTCAGATACCAGAT  596

seq1  TTCCCAGTAGACTGGGTTTCTATGTAGCCCTGGCTGTCATGGAATTTGCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCAGTAGACTGGGTTTCTATGTAGCCCTGGCTGTCATGGAATTTGCT  646

seq1  CTGTAGATCAGCTAGCCTCAAACTCAGAGATCCACATGTCTCTGCTTCCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTAGATCAGCTAGCCTCAAACTCAGAGATCCACATGTCTCTGCTTCCT  696

seq1  AAATGCCTGAATTAAAGGCACATACCACCACTTCTAGCTTGCCACTGATC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGCCTGAATTAAAGGCACATACCACCACTTCTAGCTTGCCACTGATC  746

seq1  GTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGACATG  800
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  --GTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGACATG  794

seq1  GTGTTGCTCATCTGTAATCCCAGTATATGGGAGTCTGAAGCAGAATCACC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTTGCTCATCTGTAATCCCAGTATATGGGAGTCTGAAGCAGAATCACC  844

seq1  ATATAGTCTTGGCCTATACAAGGTGAGTTCCAGGCCAACCTGGTTGACAG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATAGTCTTGGCCTATACAAGGTGAGTTCCAGGCCAACCTGGTTGACAG  894

seq1  AGTAAGTCCCTGTGGTGGTTAGTGTTGTCAACTTGACACAAACAAGAATC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAAGTCCCTGTGGTGGTTAGTGTTGTCAACTTGACACAAACAAGAATC  944

seq1  ACCTGGGAAGGGACTCTTGAAATGTTGTCTAGATTAGTTGGCCTCTAGAC  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTGGGAAGGGACTCTTGAAATGTTGTCTAGATTAGTTGGCCTCTAGAC  994

seq1  ATACCTGTGAGGGAATTC  1018
      ||||||||||||||||||
seq2  ATACCTGTGAGGGAATTC  1012