BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-045P18
Chromosome11 (Build37)
Map Location 65,275,788 - 65,411,089
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneHs3st3a1, LOC626959, Elac2, AU040829, 1700086D15Rik, LOC100041790, Myocd
Downstream geneMap2k4, Zkscan6, Dnahc9, Gm879, LOC668323
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-045P18.bB6Ng01-045P18.g
ACCDH871280DH871281
length9031,081
definitionDH871280|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-045P18, 5' end.DH871281|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-045P18, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(65,410,187 - 65,411,089)(65,275,788 - 65,276,886)
sequence
gaattcaggaattgtaaacagccacataggcttaagctggtattttctca
gtaatcctcctgccatttatagagtatacaggagtattctggctgccatt
attactaacattaagtgcctgggtgtggtaatatcttgacactgttatag
caaagtagcacaggctggatgctttaaaacaactgatatttattgcttag
acttcaggaagctgaaagtagagatcaaagagctggacagctgtgggctg
aaggctgtgatgctgtgatgtggattgtcctgcttagttttttctttttc
tgttttttgtcagcttgataaaaccaagagtcatgggaaaagtgagaatc
tcaactgagggatttcccagtttccctggatcatggcccatggcccatgt
ctgctgggaattgccttgattgttgattgacatgcgagagcccagcccac
tgtgggtgattccatccctcagaaggtgatcctgtgctggatcagaaagc
tggccaaacaggagagagcaaatcatctggcttgccttcatgggttgtgt
tcaagattcctgctttgagctcctaccgcaacttcccttggttatggact
attacctagaaatgtaaactggaattaaccctttcctcccctaagccact
tttggtcatggtgtttttcatagcaacatgaaagcaaactagaatagaaa
ccctggtccaaattttcccccttttttggattggttgctgaccatctgtg
gtgttccttgtctaacaaacatatctcttggtatcttgtcctgtcatctg
tcttcttgttgaacccacacacttttaaaattatagtgttaatttactag
tatttttgttggtgtgtgtttgtgtacatatgtgtatgtgtgtgtatgta
ttt
gaattctcctgtgacatcaacagaaaccatggtgacttgtctgtgctgtt
caccgatttacttgttttaagatgtgtttgtatttattctatatgtctaa
gcatactacatgtatgcagttcccaaagaggacaaaagagggattagagt
cctctagaatttaagttatagacagttgtgagccaccatgtaggtactgg
gaatggaaccatgtccactgcaagagcagcaggctttttaaattactgag
ccatctctgaaacaccgattgtttgtttgtttttatttaaacaccctacg
cttgtatttccctggtccagctgaggagatgtccacggctaagtggtttg
ctgaggtctgagaattttgccccaattagagaaaatgtcatgggtgcagt
tagctttgccacagctctgagcttatcctttcccacttccttccatctgc
ttccagacaacaggaatgagggcagaaggggcccagccatggctcacagt
gggaatgaacaagtggccctgcaaggggctcagagatgttggtttctcat
cttgctgacatttgccatggctcttgaactctttttgcttttgtctcgcc
agttaacaaacctcgctttagggttagacgtatttacctctggtggactt
acctgccatttcccatccagtcaagatggcaaattagttccattcattct
ggtttttcaagttttgtcaatttacttgatggtcaagaagaacttctgta
tgcagagattgcatttgccaggtttagcaggttatcgggttgggttgggt
ttcatcttcatccatgctgtctcttctcttttctttaaagctcatgccct
gttctttaactttctcattgcttcccaccctctgtatagtttctgatgta
gttaaaatgtgcatgacaaatgtggctatgtctaaatgtcatatcttaat
gtctttagcagcttattgttctgcttcagatgagcttcaagctcttgtag
acttcagttacctttgattattactaattgtcagggggtgttgcagttgt
gttgccaatttgcaaaatttgatccctggga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr11_65410187_65411089
seq2: B6Ng01-045P18.b_43_945 (reverse)

seq1  AAATACATACACACACATACACATATGTACACAAACACACACCAACAAAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATACATACACACACATACACATATGTACACAAACACACACCAACAAAA  50

seq1  ATACTAGTAAATTAACACTATAATTTTAAAAGTGTGTGGGTTCAACAAGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACTAGTAAATTAACACTATAATTTTAAAAGTGTGTGGGTTCAACAAGA  100

seq1  AGACAGATGACAGGACAAGATACCAAGAGATATGTTTGTTAGACAAGGAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACAGATGACAGGACAAGATACCAAGAGATATGTTTGTTAGACAAGGAA  150

seq1  CACCACAGATGGTCAGCAACCAATCCAAAAAAGGGGGAAAATTTGGACCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCACAGATGGTCAGCAACCAATCCAAAAAAGGGGGAAAATTTGGACCA  200

seq1  GGGTTTCTATTCTAGTTTGCTTTCATGTTGCTATGAAAAACACCATGACC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTTTCTATTCTAGTTTGCTTTCATGTTGCTATGAAAAACACCATGACC  250

seq1  AAAAGTGGCTTAGGGGAGGAAAGGGTTAATTCCAGTTTACATTTCTAGGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGTGGCTTAGGGGAGGAAAGGGTTAATTCCAGTTTACATTTCTAGGT  300

seq1  AATAGTCCATAACCAAGGGAAGTTGCGGTAGGAGCTCAAAGCAGGAATCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAGTCCATAACCAAGGGAAGTTGCGGTAGGAGCTCAAAGCAGGAATCT  350

seq1  TGAACACAACCCATGAAGGCAAGCCAGATGATTTGCTCTCTCCTGTTTGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAACACAACCCATGAAGGCAAGCCAGATGATTTGCTCTCTCCTGTTTGG  400

seq1  CCAGCTTTCTGATCCAGCACAGGATCACCTTCTGAGGGATGGAATCACCC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGCTTTCTGATCCAGCACAGGATCACCTTCTGAGGGATGGAATCACCC  450

seq1  ACAGTGGGCTGGGCTCTCGCATGTCAATCAACAATCAAGGCAATTCCCAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGTGGGCTGGGCTCTCGCATGTCAATCAACAATCAAGGCAATTCCCAG  500

seq1  CAGACATGGGCCATGGGCCATGATCCAGGGAAACTGGGAAATCCCTCAGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGACATGGGCCATGGGCCATGATCCAGGGAAACTGGGAAATCCCTCAGT  550

seq1  TGAGATTCTCACTTTTCCCATGACTCTTGGTTTTATCAAGCTGACAAAAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGATTCTCACTTTTCCCATGACTCTTGGTTTTATCAAGCTGACAAAAA  600

seq1  ACAGAAAAAGAAAAAACTAAGCAGGACAATCCACATCACAGCATCACAGC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGAAAAAGAAAAAACTAAGCAGGACAATCCACATCACAGCATCACAGC  650

seq1  CTTCAGCCCACAGCTGTCCAGCTCTTTGATCTCTACTTTCAGCTTCCTGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCAGCCCACAGCTGTCCAGCTCTTTGATCTCTACTTTCAGCTTCCTGA  700

seq1  AGTCTAAGCAATAAATATCAGTTGTTTTAAAGCATCCAGCCTGTGCTACT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCTAAGCAATAAATATCAGTTGTTTTAAAGCATCCAGCCTGTGCTACT  750

seq1  TTGCTATAACAGTGTCAAGATATTACCACACCCAGGCACTTAATGTTAGT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTATAACAGTGTCAAGATATTACCACACCCAGGCACTTAATGTTAGT  800

seq1  AATAATGGCAGCCAGAATACTCCTGTATACTCTATAAATGGCAGGAGGAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAATGGCAGCCAGAATACTCCTGTATACTCTATAAATGGCAGGAGGAT  850

seq1  TACTGAGAAAATACCAGCTTAAGCCTATGTGGCTGTTTACAATTCCTGAA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTGAGAAAATACCAGCTTAAGCCTATGTGGCTGTTTACAATTCCTGAA  900

seq1  TTC  903
      |||
seq2  TTC  903

seq1: chr11_65275788_65276886
seq2: B6Ng01-045P18.g_68_1148

seq1  GAATTCTCCTGTGACATCAACAGAAACCATGGTGACTTGTCTGTGCTGTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCCTGTGACATCAACAGAAACCATGGTGACTTGTCTGTGCTGTT  50

seq1  CACCGATTTACTTGTTTTAAGATGTGTTTGTATTTATTCTATATGTCTAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCGATTTACTTGTTTTAAGATGTGTTTGTATTTATTCTATATGTCTAA  100

seq1  GCATACTACATGTATGCAGTTCCCAAAGAGGACAAAAGAGGGATTAGAGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATACTACATGTATGCAGTTCCCAAAGAGGACAAAAGAGGGATTAGAGT  150

seq1  CCTCTAGAATTTAAGTTATAGACAGTTGTGAGCCACCATGTAGGTACTGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTAGAATTTAAGTTATAGACAGTTGTGAGCCACCATGTAGGTACTGG  200

seq1  GAATGGAACCATGTCCACTGCAAGAGCAGCAGGCTTTTTAAATTACTGAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATGGAACCATGTCCACTGCAAGAGCAGCAGGCTTTTTAAATTACTGAG  250

seq1  CCATCTCTGAAACACCGATTGTTTGTTTGTTTTTATTTAAACACCCTACG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATCTCTGAAACACCGATTGTTTGTTTGTTTTTATTTAAACACCCTACG  300

seq1  CTTGTATTTCCCTGGTCCAGCTGAGGAGATGTCCACGGCTAAGTGGTTTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGTATTTCCCTGGTCCAGCTGAGGAGATGTCCACGGCTAAGTGGTTTG  350

seq1  CTGAGGTCTGAGAATTTTGCCCCAATTAGAGAAAATGTCATGGGTGCAGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGGTCTGAGAATTTTGCCCCAATTAGAGAAAATGTCATGGGTGCAGT  400

seq1  TAGCTTTGCCACAGCTCTGAGCTTATCCTTTCCCACTTCCTTCCATCTGC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCTTTGCCACAGCTCTGAGCTTATCCTTTCCCACTTCCTTCCATCTGC  450

seq1  TTCCAGACAACAGGAATGAGGGCAGAAGGGGCCCAGCCATGGCTCACAGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCAGACAACAGGAATGAGGGCAGAAGGGGCCCAGCCATGGCTCACAGT  500

seq1  GGGAATGAACAAGTGGCCCTGCAAGGGGCTCAGAGATGTTGGTTTCTCAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAATGAACAAGTGGCCCTGCAAGGGGCTCAGAGATGTTGGTTTCTCAT  550

seq1  CTTGCTGACATTTGCCATGGCTCTTGAACTCTTTTTGCTTTTGTCTCGCC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGCTGACATTTGCCATGGCTCTTGAACTCTTTTTGCTTTTGTCTCGCC  600

seq1  AGTTAACAAACCTCGCTTTAGGGTTAGACGTATTTACCTCTGGTGGACTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTAACAAACCTCGCTTTAGGGTTAGACGTATTTACCTCTGGTGGACTT  650

seq1  ACCTGCCATTTCCCATCCAGTCAAGATGGCAAATTAGTTCCATTCATTCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTGCCATTTCCCATCCAGTCAAGATGGCAAATTAGTTCCATTCATTCT  700

seq1  GG-TTTTCAAGTTTTGTCAATTTACTTGATGGTCAAGAAGAACTTCTGTA  749
      || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTTTTCAAGTTTTGTCAATTTACTTGATGGTCAAGAAGAACTTCTGTA  750

seq1  TGCAGAGATTGCATTTGCCAGGTTTAGCAGGTTATCGGGTTGGGTTGGGT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAGAGATTGCATTTGCCAGGTTTAGCAGGTTATCGGGTTGGGTTGGGT  800

seq1  TTCATCTTCATCCATGCTGTCTCTTCTCTTTCCTTTAAAGCTCATGCCCT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  TTCATCTTCATCCATGCTGTCTCTTCTCTTTTCTTTAAAGCTCATGCCCT  850

seq1  GTTCTTTAACTTTCTCATTGCTTCCCACCCTCTGTATAGTTTCTGATGTA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCTTTAACTTTCTCATTGCTTCCCACCCTCTGTATAGTTTCTGATGTA  900

seq1  GTTAAAATGTGCATGACAAAATGTGGCTATGTCTAAATGTCATATCTTAA  949
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAAAATGTGCATGAC-AAATGTGGCTATGTCTAAATGTCATATCTTAA  949

seq1  TGTCTTTAGCAGCCTATTGTTCTGCTTCAAGATGAGGCTTTCAAAGCTCT  999
      ||||||||||||| |||||||||||||| |||||| ||||   |||||||
seq2  TGTCTTTAGCAGCTTATTGTTCTGCTTC-AGATGA-GCTT--CAAGCTCT  995

seq1  TGTTAGACTTCAGTTACCCTTTGGATTAAATTTTACTAATATGTCAGGTG  1049
      || |||||||||||||||  || |||||    |||||||| ||||||| |
seq2  TG-TAGACTTCAGTTACC--TTTGATTA----TTACTAAT-TGTCAGGGG  1037

seq1  GTGTTGCAGTTTGTGTTGTCAATTTGGCAAAAATCTGGTATCCCCTGGGA  1099
      ||||||||| |||||||| |||||||   ||||| || |   ||||||||
seq2  GTGTTGCAG-TTGTGTTGCCAATTTG--CAAAATTTGAT---CCCTGGGA  1081