BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-046A24
Chromosome11 (Build37)
Map Location 113,575,768 - 113,702,207
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCdc42ep4, Sdk2
Upstream geneSox9, 2610035D17Rik, Slc39a11, Sstr2, Cog1, D11Wsu99e, D11Wsu47e, D11Ertd636e
Downstream geneLOC100041739, LOC634710, 4932435O22Rik, Rpl38, Ttyh2, Dnaic2, Kif19a, 1500005I02Rik, Gpr142
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-046A24.bB6Ng01-046A24.g
ACCDH871339DH871340
length1,172962
definitionDH871339|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-046A24, 5' end.DH871340|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-046A24, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(113,701,023 - 113,702,207)(113,575,768 - 113,576,731)
sequence
gaattcttaccatccacattggactgcatgcagcccatagacaaacttct
tgtggggtggtcaaattagatgggaataatcagtcccaaacacaaacact
aagcaagccaggcatcatctctgagcctcagtttccctatctgtacacat
acagaattggaccagatcaccatgtggtcctctccagatcagaaaagctg
tgccagccagactgcctggaccaacctactaaggtggccaagacacctca
ggctccttcaacccccactcataatatctatcagtaatgctggtggttat
ctgtctgggacttcccaggccgaaagctacaggctttctctttctatgcc
tcctcgctgccgtttcctgctacgtgtgaccataccatcaccattatacc
aagacatgaaaaagggagggaggtgctgtatctgtagcttcccttgatac
cgagacaaaaacgcctgacaaaagcaacgtaaagaaggaagggttcactc
tggctcacagctcaaggctacagccgtcatggtgtgaaagtcacttcaaa
gggctggtcacattgcatctggaagcagagaaagacagagacagagacaa
agagagagacagagacagagagagatagacagagacaaagagagacagag
agactagtggtcaaccccatctctccttatcactcagtccagccctcagc
ctgtacaatagttccacctgtagttagggtgggtctccccaccccagccc
aacctaaaaactccctctcatatattcccagaggcttgtcttgtagaggg
ccctaaaccctgtcaatttaactatctcagttgctcaaagacacagtctg
taatggtagagttagattcaaaccgatgtttggatggttttatctgtttg
tttgctttgttgattggttgggtgtcgatactgggtctcactatatacct
ttacactggcctggacttctgtagccaaggctagctccaaaaccactaaa
gaatctgcattctttcagtcatcctgagcccaagaagtcctgacttcttg
ttgaaaaagaggagcagctcctgtctgcccccaccccacccttctaagcc
tccccagcatcactggctatgggaggctgtagtactgaaaggaggacagt
ctgataccatattgcatcaagc
gaattctctggctgtgtagcctggcgaggtcagcacttcctcccccaacc
tcaccaggcattgcaacctcctatctgtgccttgctggagcagagctcag
actcacccatggcccatccccttttcttcctgagcacctgcctcccccca
ccctctagttaatcctgaattcatggaaaggcctttgtggcacaggcctg
gcacatttctgtgcatctctctgttttatttgttttatttatttgtttgt
tgagacagggtctcactctgtatccctggctagcctggaatttgctttgt
agatcaggctcttctctgtttcacagagatacctgcctctgcctctgccc
cctgagtgctgggattaatggtgtgtcctatacctggcataaaacatatt
tttattttatttttattacacttacttgtttatttttgtgtgttggcgag
tgcatgccaaggtgtaaacctgtggagatcagaggacaacttgtgggagt
tagttccctcattttcaccacaatatttgaagtccagtgatcaaacccag
gccatcaggcatggctgcaagcaccattacccactgagccatctcgttgg
cctacaagtaccagctccatgggaattgtctttccatgagaggacagatt
tatctgctgtctaggcatgacaatgggattaaatgggacctggtgcacaa
gtacccaggttccctgcccctggtctggtccacagtgccatcctctggtc
acttttgttattctattgctgcagggcctgcctggttagatgtgcccttg
ggtgggtggggcttgctgttggcgttgccaaactcccgctttgataagca
cagcagtgtgagagccatcttttgggaggtgaccacagctgctgcggcta
ttgctgctcagttccagagacatgacccagtggtgccctgctatctcgtc
tccatggtgccc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr11_113701023_113702207
seq2: B6Ng01-046A24.b_41_1212 (reverse)

seq1  GCTTGATGCAAATATATGG-ATCAGAACTGTCCTCCATCCACGTGACCCT  49
      ||||||||||   |||||| ||||| |||||||||| | || ||    ||
seq2  GCTTGATGCA---ATATGGTATCAG-ACTGTCCTCCTTTCA-GT---ACT  42

seq1  ACAGCCCTCCATAGCCAGTGATGGCTGGGGAGGCTTAGAAGGGTTGGGGT  99
      ||||||  |||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||
seq2  ACAGCCTCCCATAGCCAGTGAT-GCTGGGGAGGCTTAGAAGGG-TGGGGT  90

seq1  GGGGGCAGACAGGAGGCTGCTCCTCTTTTTCAACCAGGAAGTCAGGACTT  149
      |||||||||||||| |||||||||||||||||| || |||||||||||||
seq2  GGGGGCAGACAGGA-GCTGCTCCTCTTTTTCAA-CAAGAAGTCAGGACTT  138

seq1  CTTGGGGCTCAGGATGGACTGAAAGAATGCAGATTCTGTAGTGTGTTTGG  199
      ||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||  |||||
seq2  CTT-GGGCTCAGGAT-GACTGAAAGAATGCAGATTCTTTAGTGGTTTTGG  186

seq1  AGCTAGCCTTGGCTACAGAAGTCCAGGCCAGTGTAAAGGTATATAGTGAG  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTAGCCTTGGCTACAGAAGTCCAGGCCAGTGTAAAGGTATATAGTGAG  236

seq1  ACCCAGTATCGACACCCAACCAATCAACAAAGCAAACAAACAGATAAAAC  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCAGTATCGACACCCAACCAATCAACAAAGCAAACAAACAGATAAAAC  286

seq1  CATCCAAACATCGGTTTGAATCTAACTCTACCATTACAGACTGTGTCTTT  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCCAAACATCGGTTTGAATCTAACTCTACCATTACAGACTGTGTCTTT  336

seq1  GAGCAACTGAGATAGTTAAATTGACAGGGTTTAGGGCCCTCTACAAGACA  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCAACTGAGATAGTTAAATTGACAGGGTTTAGGGCCCTCTACAAGACA  386

seq1  AGCCTCTGGGAATATATGAGAGGGAGTTTTTAGGTTGGGCTGGGGTGGGG  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCTCTGGGAATATATGAGAGGGAGTTTTTAGGTTGGGCTGGGGTGGGG  436

seq1  AGACCCACCCTAACTACAGGTGGAACTATTGTACAGGCTGAGGGCTGGAC  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACCCACCCTAACTACAGGTGGAACTATTGTACAGGCTGAGGGCTGGAC  486

seq1  TGAGTGATAAGGAGAGATGGGGTTGACCACTAGTCTCTCTGTCTCTCTTT  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGTGATAAGGAGAGATGGGGTTGACCACTAGTCTCTCTGTCTCTCTTT  536

seq1  GTCTCTGTCTATCTCTCTCTGTCTCTGTCTCTCTCTTTGTCTCTGTCTCT  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTCTGTCTATCTCTCTCTGTCTCTGTCTCTCTCTTTGTCTCTGTCTCT  586

seq1  GTCTTTCTCTGCTTCCAGATGCAATGTGACCAGCCCTTTGAAGTGACTTT  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTTTCTCTGCTTCCAGATGCAATGTGACCAGCCCTTTGAAGTGACTTT  636

seq1  CACACCATGACGGCTGTAGCCTTGAGCTGTGAGCCAGAGTGAACCCTTCC  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACCATGACGGCTGTAGCCTTGAGCTGTGAGCCAGAGTGAACCCTTCC  686

seq1  TTCTTTACGTTGCTTTTGTCAGGCGTTTTTGTCTCGGTATCAAGGGAAGC  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTTACGTTGCTTTTGTCAGGCGTTTTTGTCTCGGTATCAAGGGAAGC  736

seq1  TACAGATACAGCACCTCCCTCCCTTTTTCATGTCTTGGTATAATGGTGAT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAGATACAGCACCTCCCTCCCTTTTTCATGTCTTGGTATAATGGTGAT  786

seq1  GGTATGGTCACACGTAGCAGGAAACGGCAGCGAGGAGGCATAGAAAGAGA  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTATGGTCACACGTAGCAGGAAACGGCAGCGAGGAGGCATAGAAAGAGA  836

seq1  AAGCCTGTAGCTTTCGGCCTGGGAAGTCCCAGACAGATAACCACCAGCAT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCCTGTAGCTTTCGGCCTGGGAAGTCCCAGACAGATAACCACCAGCAT  886

seq1  TACTGATAGATATTATGAGTGGGGGTTGAAGGAGCCTGAGGTGTCTTGGC  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTGATAGATATTATGAGTGGGGGTTGAAGGAGCCTGAGGTGTCTTGGC  936

seq1  CACCTTAGTAGGTTGGTCCAGGCAGTCTGGCTGGCACAGCTTTTCTGATC  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCTTAGTAGGTTGGTCCAGGCAGTCTGGCTGGCACAGCTTTTCTGATC  986

seq1  TGGAGAGGACCACATGGTGATCTGGTCCAATTCTGTATGTGTACAGATAG  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAGAGGACCACATGGTGATCTGGTCCAATTCTGTATGTGTACAGATAG  1036

seq1  GGAAACTGAGGCTCAGAGATGATGCCTGGCTTGCTTAGTGTTTGTGTTTG  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAACTGAGGCTCAGAGATGATGCCTGGCTTGCTTAGTGTTTGTGTTTG  1086

seq1  GGACTGATTATTCCCATCTAATTTGACCACCCCACAAGAAGTTTGTCTAT  1149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACTGATTATTCCCATCTAATTTGACCACCCCACAAGAAGTTTGTCTAT  1136

seq1  GGGCTGCATGCAGTCCAATGTGGATGGTAAGAATTC  1185
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCTGCATGCAGTCCAATGTGGATGGTAAGAATTC  1172

seq1: chr11_113575768_113576731
seq2: B6Ng01-046A24.g_63_1024

seq1  GAATTCTCTGGCTGTGTAGCCTGGCGAGGTCAGCACTTCCTCCCCCAACC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCTGGCTGTGTAGCCTGGCGAGGTCAGCACTTCCTCCCCCAACC  50

seq1  TCACCAGGCATTGCAACCTCCTATCTGTGCCTTGCTGGAGCAGAGCTCAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACCAGGCATTGCAACCTCCTATCTGTGCCTTGCTGGAGCAGAGCTCAG  100

seq1  ACTCACCCATGGCCCATCCCCTTTTCTTCCTGAGCACCTGCCTCCCCCCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCACCCATGGCCCATCCCCTTTTCTTCCTGAGCACCTGCCTCCCCCCA  150

seq1  CCCTCTAGTTAATCCTGAATTCATGGAAAGGCCTTTGTGGCACAGGCCTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTCTAGTTAATCCTGAATTCATGGAAAGGCCTTTGTGGCACAGGCCTG  200

seq1  GCACATTTCTGTGCATCTCTCTGTTTTATTTGTTTTATTTATTTGTTTGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACATTTCTGTGCATCTCTCTGTTTTATTTGTTTTATTTATTTGTTTGT  250

seq1  TGAGACAGGGTCTCACTCTGTATCCCTGGCTAGCCTGGAATTTGCTTTGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGACAGGGTCTCACTCTGTATCCCTGGCTAGCCTGGAATTTGCTTTGT  300

seq1  AGATCAGGCTCTTCTCTGTTTCACAGAGATACCTGCCTCTGCCTCTGCCC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATCAGGCTCTTCTCTGTTTCACAGAGATACCTGCCTCTGCCTCTGCCC  350

seq1  CCTGAGTGCTGGGATTAATGGTGTGTCCTATACCTGGCATAAAACATATT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGAGTGCTGGGATTAATGGTGTGTCCTATACCTGGCATAAAACATATT  400

seq1  TTTATTTTATTTTTATTACACTTACTTGTTTATTTTTGTGTGTTGGCGAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATTTTATTTTTATTACACTTACTTGTTTATTTTTGTGTGTTGGCGAG  450

seq1  TGCATGCCAAGGTGTAAACCTGTGGAGATCAGAGGACAACTTGTGGGAGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCATGCCAAGGTGTAAACCTGTGGAGATCAGAGGACAACTTGTGGGAGT  500

seq1  TAGTTCCCTCATTTTCACCACAATATTTGAAGTCCAGTGATCAAACCCAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTTCCCTCATTTTCACCACAATATTTGAAGTCCAGTGATCAAACCCAG  550

seq1  GCCATCAGGCATGGCTGCAAGCACCATTACCCACTGAGCCATCTCGTTGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCATCAGGCATGGCTGCAAGCACCATTACCCACTGAGCCATCTCGTTGG  600

seq1  CCTACAAGTACCAGCTCCATGGGAATTGTCTTTCCATGAGAGGACAGATT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTACAAGTACCAGCTCCATGGGAATTGTCTTTCCATGAGAGGACAGATT  650

seq1  TATCTGCTGTCTAGGCATGACAATGGGATTAAATGGGACCTGGTGCACAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCTGCTGTCTAGGCATGACAATGGGATTAAATGGGACCTGGTGCACAA  700

seq1  GTACCCAGGTTCCCTGCCCCTGGTCTGGTCCACAGTGCCATCCTCTGGTC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACCCAGGTTCCCTGCCCCTGGTCTGGTCCACAGTGCCATCCTCTGGTC  750

seq1  ACTTTTGTTATTCTATTGCTGCAGGGCCTGCCTGGTTAGATGTGCCCTTG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTTTGTTATTCTATTGCTGCAGGGCCTGCCTGGTTAGATGTGCCCTTG  800

seq1  GGTGGGTGGGGCTTGCTGTTGGCGTTGCCAAACTCCCGCTTTGATAAGCA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGGGTGGGGCTTGCTGTTGGCGTTGCCAAACTCCCGCTTTGATAAGCA  850

seq1  CAGCAGTGTGAGAGCCATCTTTTGGGGAGGTGACCCACAGCTGCTGCGGC  900
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||
seq2  CAGCAGTGTGAGAGCCATCTTTT-GGGAGGTGA-CCACAGCTGCTGCGGC  898

seq1  TATTGCTGCTCAGTTCCAGAGACAATGACCCAGT-GTGCCCTGCTATCTC  949
      ||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||| 
seq2  TATTGCTGCTCAGTTCCAGAGAC-ATGACCCAGTGGTGCCCTGCTATCT-  946

seq1  CGTCTCCAT-GTGCCC  964
      ||||||||| ||||||
seq2  CGTCTCCATGGTGCCC  962