BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-047G23
Chromosome11 (Build37)
Map Location 21,986,902 - 22,087,110
singlet/doubletdoublet
Overlap geneEhbp1
Upstream genePeli1, Vps54, Ugp2, LOC100042081, 4932414J04Rik, Mdh1, AV249152, Pgam1-ps1, LOC382494, LOC666047, Otx1
Downstream geneLOC100042146, Tmem17, LOC100042827, LOC100042846, LOC666078, B3gnt2, 9130230N09Rik, Commd1, Zrsr1, Cct4, 4930430E16Rik, LOC100042875
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-047G23.bB6Ng01-047G23.g
ACCDH872296DH872297
length9791,009
definitionDH872296|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-047G23, 5' end.DH872297|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-047G23, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(21,986,902 - 21,987,886)(22,086,080 - 22,087,110)
sequence
gaattcagtgtctatcagggaactaccaggatcccatctcaagcaagtga
acaagctccagtcacaaatactaggtgattccacttatgtgaggtactaa
aaagtcaaatttatcctatcaaagagtagaatgatgggtgccaggagcta
gaagagagggggctaggaagatattggttaacatgtatagagctacaggt
aagaaaatgattaagtttcaaagatctgcactggacctatagtttacact
taaaaataagatggtaggtctcatggtaagtgtttctattacagtaaagt
aaattaaaatgagatattctttgatagctttcagaatgtcttacttttct
gatctactttcatttattatatatctctttggacttagctctgtgcacat
tacttttggacctactaatagtatttctaaacattttgtacttttcacat
aggaacacaactagatattaataaattttaccaaggtgtgattcccactt
ggtgataggcacccattttcggtttagtaagttttaacacttacatatag
acaaagtaaagtttcacattatcacttcccatctctgagagcttgctcac
ctagcactaagctgatccctccctccaggtcagcagtgacagcttccggt
caccctgttccagatgtgcatgcacagtacaggtagacactgtggctcgg
agcatctgttactcattatgctactgtgtatctcagtagctgagactctg
tgtcaccaagcagcacacgctgagtctcccttgtcttagggtggggtgtg
ttttgagttttgatacatttgggagtttggattttcacaccagggatgct
cagactgcattctcttctataaacaggtcacgtgtttattcattctttgc
tgatgcacatatattgtcaagttctgtgtggtacaatgtagactatgtag
ctagtcattatggtatatgtctttagtcc
gaattccaaattaaattctgtagtgcttcatcttggtctgctggtgaagc
agagatcagcatggcctgagaaatgctgtgctgtgacagtttgagagacc
agcgtcacagttttaaattcagaactgttgctcttctagattaacttcat
ttcatcatttcatttcagcataaagtttagaatgctatcacagagctcaa
tacagggacgccagacacataattcactaactttgaaaatatggcatttt
cttgccttgatattacaaaataccagctaattttgttttagaaagaacag
caacttgagtttttaggtatgaacgccaagtaccaaacagttgtctattt
agtaggcacactgtaagatgttcctgtagtggagtggcaggttggaataa
gaaactgctcttatgtcttcagtttctacattgtctcctgtgacagtttt
ggttttctaatgagtagtgagagtgtttattcaggtaattgagtgctcat
tctttacactatgaaataattcatgagtcagagggcaaggttgtctaact
cagaattttaaataaaaacagcattaatttagtcatcatcttagaatgtt
cttcagaattctagttgcctgtcatttcatttcttggtgccttggttcag
tagtacttagaacttaatagttcttgaggacaggggcaagaataggctca
agtattaggcagggagattttagagggtggatgttgcaggtactgattta
tctttatggggacattaagtatctaaagcttaattctcagtggacagaac
aggggaatccttagtataatgctgatgactacactgtgggtttagagagt
tattactcaacacttcattagccgtaagtgtaactgtggatcagtgactt
atgtgatgatggctggtattcaaactcaacaaagtaatctgctttgtcag
tgtagctcttgaaatagctaaacagaattgacaaattttagctaggtctg
agtgaccta
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr11_21986902_21987886
seq2: B6Ng01-047G23.b_46_1024

seq1  GAATTCAGTGTCTATCAGGGAACTACCAGGATCCCATCTCAAGCAAGTGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGTGTCTATCAGGGAACTACCAGGATCCCATCTCAAGCAAGTGA  50

seq1  ACAAGCTCCAGTCACAAATACTAGGTGATTCCACTTATGTGAGGTACTAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAGCTCCAGTCACAAATACTAGGTGATTCCACTTATGTGAGGTACTAA  100

seq1  AAAGTCAAATTTATCCTATCAAAGAGTAGAATGATGGGTGCCAGGAGCTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTCAAATTTATCCTATCAAAGAGTAGAATGATGGGTGCCAGGAGCTA  150

seq1  GAAGAGAGGGGGCTAGGAAGATATTGGTTAACATGTATAGAGCTACAGGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGAGAGGGGGCTAGGAAGATATTGGTTAACATGTATAGAGCTACAGGT  200

seq1  AAGAAAATGATTAAGTTTCAAAGATCTGCACTGGACCTATAGTTTACACT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAAAATGATTAAGTTTCAAAGATCTGCACTGGACCTATAGTTTACACT  250

seq1  TAAAAATAAGATGGTAGGTCTCATGGTAAGTGTTTCTATTACAGTAAAGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAAATAAGATGGTAGGTCTCATGGTAAGTGTTTCTATTACAGTAAAGT  300

seq1  AAATTAAAATGAGATATTCTTTGATAGCTTTCAGAATGTCTTACTTTTCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTAAAATGAGATATTCTTTGATAGCTTTCAGAATGTCTTACTTTTCT  350

seq1  GATCTACTTTCATTTATTATATATCTCTTTGGACTTAGCTCTGTGCACAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCTACTTTCATTTATTATATATCTCTTTGGACTTAGCTCTGTGCACAT  400

seq1  TACTTTTGGACCTACTAATAGTATTTCTAAACATTTTGTACTTTTCACAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTTTTGGACCTACTAATAGTATTTCTAAACATTTTGTACTTTTCACAT  450

seq1  AGGAACACAACTAGATATTAATAAATTTTACCAAGGTGTGATTCCCACTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAACACAACTAGATATTAATAAATTTTACCAAGGTGTGATTCCCACTT  500

seq1  GGTGATAGGCACCCATTTTCGGTTTAGTAAGTTTTAACACTTACATATAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGATAGGCACCCATTTTCGGTTTAGTAAGTTTTAACACTTACATATAG  550

seq1  ACAAAGTAAAGTTTCACATTATCACTTCCCATCTCTGAGAGCTTGCTCAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAAGTAAAGTTTCACATTATCACTTCCCATCTCTGAGAGCTTGCTCAC  600

seq1  CTAGCACTAAGCTGATCCCTCCCTCCAGGTCAGCAGTGACAGCTTCCGGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGCACTAAGCTGATCCCTCCCTCCAGGTCAGCAGTGACAGCTTCCGGT  650

seq1  CACCCTGTTCCAGATGTGCATGCACAGTACAGGTAGACACTGTGGCTCGG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCCTGTTCCAGATGTGCATGCACAGTACAGGTAGACACTGTGGCTCGG  700

seq1  AGCATCTGTTACTCATTATGCTACTGTGTATCTCAGTAGCTGAGACTCTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATCTGTTACTCATTATGCTACTGTGTATCTCAGTAGCTGAGACTCTG  750

seq1  TGTCACCAAGCAGCACACGCTGAGTCTCCCTTGTCTTAGGGTGGGGTGTG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCACCAAGCAGCACACGCTGAGTCTCCCTTGTCTTAGGGTGGGGTGTG  800

seq1  TTTTGAGTTTTGATACATTTGGGAGTTTGGATTTTCACACCAGGGATGCT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGAGTTTTGATACATTTGGGAGTTTGGATTTTCACACCAGGGATGCT  850

seq1  CAGACTGCATTCTCTTCTATAAACAGGTCACGTGTTTATTCATTCTTTGC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGACTGCATTCTCTTCTATAAACAGGTCACGTGTTTATTCATTCTTTGC  900

seq1  TGATGCACATATAATTTTGTCCAGTTTCTGTGTGGTACAATGTAAGAACT  950
      |||||||||||||   ||||| || |||||||||||||||||||   |||
seq2  TGATGCACATATA---TTGTCAAG-TTCTGTGTGGTACAATGTA--GACT  944

seq1  ATGAAGCCAGTCACTATGGTATATGTCTTTAGTCC  985
      ||| ||| ||||| |||||||||||||||||||||
seq2  ATGTAGCTAGTCATTATGGTATATGTCTTTAGTCC  979

seq1: chr11_22086080_22087110
seq2: B6Ng01-047G23.g_69_1077 (reverse)

seq1  TAGGTCACTTCAGAACTAGCTTTAAAATTTTTGTCATATTTCTGTTTTTA  50
      |||||||| ||||| |||||  |||||  ||||||  | |||||  ||||
seq2  TAGGTCAC-TCAGACCTAGC--TAAAA--TTTGTC--AATTCTG--TTTA  41

seq1  GCTATTTTCCAAGAGCTACCACTGAACAAAGCAGAATACTTTGTTTGAGT  100
      |||||||  ||||||||| ||||| |||||||||| ||||||| ||||||
seq2  GCTATTT--CAAGAGCTA-CACTG-ACAAAGCAGATTACTTTG-TTGAGT  86

seq1  TTTGATACCCAGCCATCATCACAATAAAGTTCACTGGTCCACAGTTACAC  150
      ||  ||| |||||||||||||| ||||   |||||| |||||||||||||
seq2  TTGAATA-CCAGCCATCATCAC-ATAA--GTCACTGATCCACAGTTACAC  132

seq1  TTACGGCTAATGGAGGTTGTTGGGTAATTAACTCTCTAGACCCACAGTTG  200
      |||||||||||| ||  ||||| |||| |||||||||| |||||||| ||
seq2  TTACGGCTAATGAAG--TGTTGAGTAA-TAACTCTCTAAACCCACAG-TG  178

seq1  TGGTCATCAGCATTATACT-AGGATTCCCCTGTTCTGTCCACTGAGAATT  249
      | ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTCATCAGCATTATACTAAGGATTCCCCTGTTCTGTCCACTGAGAATT  228

seq1  AAGCTTTAGATACTTAATGTCCCCATAAGGATAAATCAGTACCTGCAACA  299
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  AAGCTTTAGATACTTAATGTCCCCATAAAGATAAATCAGTACCTGCAACA  278

seq1  TCCACCCTTCTAAAATCTCCCTGCCTAATACTTGAGCCTATTCTTGCCCC  349
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCACCC-TCTAAAATCTCCCTGCCTAATACTTGAGCCTATTCTTGCCCC  327

seq1  TGTCCTCAAGAACTATTAAGTTCTAAGTACTACTGAACCAAGGCACCAAG  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCCTCAAGAACTATTAAGTTCTAAGTACTACTGAACCAAGGCACCAAG  377

seq1  AAATGAAATGACAGGCAACTAGAATTCTGAAGAACATTCTAAGATGATGA  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGAAATGACAGGCAACTAGAATTCTGAAGAACATTCTAAGATGATGA  427

seq1  CTAAATTAATGCTGTTTTTATTTAAAATTCTGAGTTAGACAACCTTGCCC  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAATTAATGCTGTTTTTATTTAAAATTCTGAGTTAGACAACCTTGCCC  477

seq1  TCTGACTCATGAATTATTTCATAGTGTAAAGAATGAGCACTCAATTACCT  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGACTCATGAATTATTTCATAGTGTAAAGAATGAGCACTCAATTACCT  527

seq1  GAATAAACACTCTCACTACTCATTAGAAAACCAAAACTGTCACAGGAGAC  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATAAACACTCTCACTACTCATTAGAAAACCAAAACTGTCACAGGAGAC  577

seq1  AATGTAGAAACTGAAGACATAAGAGCAGTTTCTTATTCCAACCTGCCACT  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTAGAAACTGAAGACATAAGAGCAGTTTCTTATTCCAACCTGCCACT  627

seq1  CCACTACAGGAACATCTTACAGTGTGCCTACTAAATAGACAACTGTTTGG  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACTACAGGAACATCTTACAGTGTGCCTACTAAATAGACAACTGTTTGG  677

seq1  TACTTGGCGTTCATACCTAAAAACTCAAGTTGCTGTTCTTTCTAAAACAA  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTTGGCGTTCATACCTAAAAACTCAAGTTGCTGTTCTTTCTAAAACAA  727

seq1  AATTAGCTGGTATTTTGTAATATCAAGGCAAGAAAATGCCATATTTTCAA  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTAGCTGGTATTTTGTAATATCAAGGCAAGAAAATGCCATATTTTCAA  777

seq1  AGTTAGTGAATTATGTGTCTGGCGTCCCTGTATTGAGCTCTGTGATAGCA  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTAGTGAATTATGTGTCTGGCGTCCCTGTATTGAGCTCTGTGATAGCA  827

seq1  TTCTAAACTTTATGCTGAAATGAAATGATGAAATGAAGTTAATCTAGAAG  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTAAACTTTATGCTGAAATGAAATGATGAAATGAAGTTAATCTAGAAG  877

seq1  AGCAACAGTTCTGAATTTAAAACTGTGACGCTGGTCTCTCAAACTGTCAC  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAACAGTTCTGAATTTAAAACTGTGACGCTGGTCTCTCAAACTGTCAC  927

seq1  AGCACAGCATTTCTCAGGCCATGCTGATCTCTGCTTCACCAGCAGACCAA  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCACAGCATTTCTCAGGCCATGCTGATCTCTGCTTCACCAGCAGACCAA  977

seq1  GATGAAGCACTACAGAATTTAATTTGGAATTC  1031
      ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGAAGCACTACAGAATTTAATTTGGAATTC  1009