BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-048H05
Chromosome11 (Build37)
Map Location 111,485,312 - 111,618,289
singlet/doubletdoublet
Overlap geneEG629966, LOC629967
Upstream geneLOC100041523, Kcnj16, Kcnj2, LOC667003, LOC100041539, LOC100041559
Downstream geneLOC100041589, LOC100043020, EG668396, EG667038, LOC100041610, LOC671963, LOC667047, BC006965
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-048H05.bB6Ng01-048H05.g
ACCDH873007DH873008
length1,135980
definitionDH873007|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-048H05, 5' end.DH873008|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-048H05, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(111,485,312 - 111,486,466)(111,617,308 - 111,618,289)
sequence
gaattccactaaagccccccaaacaaccttttatttaccttttaaactct
ataaagacaaagtctgctctctagtgtgacatcatactggtccagggtgc
ttattttgctccttcatggcactaattcctctcagttgacagagatcacc
aaccagatgtcaaagcaggttatgtctatgcattgtgactctagggtgtt
ggaaccaagaaatacttccatgtttctagaagttttttttatgtattaat
tatgcatttgtcttgtggctcctaacaaagtgtgcaaccttgaacgggag
gccaccaattctcagagaagactaaaaatccactcctccgggacatgttg
atgggtaaacacattaatcatagcaccaaaagagtttcacagtgacacat
gcagatcacttcaagaatactattctgtcacatctgaaagttgtcactac
gtttcacaaaacgatacttattttcccctgaatattaattgtaacctaaa
atccaagtcttaacacactggatacaaaatgaccaatttagaatgtttag
ccttgttttgctcctccccctacacacatacacacataacattgtgtttt
cctacatgtgaaagcaggagtatttcaaaggtactcctggttttcctgcc
tccatttctaaagtactgggattacaaacacggttcatcacgggtttatg
cagtgttggggatcaaacccaggaccccaatatattagacaaaacaatgt
ccattaagccccatacctaacccctacaagttctaaatacccatgcactt
tggttgcccctctctatactgcttagatttgccagtcagttcccagaagc
acacagatggcattgtcacagttttgctttagtattcctgatcaccttct
tattttaatgagatacatgtgccatctacagtgtacctactagccagttg
cagctgctcagtgtcaaattttaaatcatttctttcagcagctcatattt
atctgcagctgccatggggctctattggagaatacttcctgagttgcaga
ggctttctgatttcatttagtttgatttatatgcatgcaggtggagttaa
cacttaatggtgatttctgtgcacaggagtgcagt
gaattctcttctgtaagttgtcctctgacctcctcatgcacatgcgctgt
gcctccagtacattgacttcattgtcatgttatgcaacttaactgtactt
ccccacaaattacttttcagtttttctcatctttaaaacatacactttat
ttaaaaccagattaaatatttttaaatttaatatacaatctgtttcaaaa
cgttccaatgtatgggtctgggtagcttaattgcctttcttgatttttaa
aaagattttcaaacagtatttataattaatcacattttgtgttgttcctt
gcttcttctacatcagtgcttttaacgttcctgccctcagatgtcttagc
caaaacttgactcatactgccaccattttggactcttgtgagtgcagtgt
ggtgccacgacccattagtgccctccaggagtcaagtgttggattgttgg
aaatgaagaaacagagctttggtttacagatgttgacatgaagaactcag
tttcactcctgtgaagctaacagctaaactcattgacaagtgaacaagtc
atccaacgagaaccagaaaacacacaagtgaaccatctttagaagccgtg
tcgtaaggtgctgacagtttaatgaatggctttgtctgttgtgacagtag
ggacaccttgcgatgccaagagcaaatgtatgcaatgcaggaaatgtatg
tcctatatataggactgcttgtatcactaacagatgggcagagtttgaga
actcccattttataatctacaacatcagtcctgtcaatgtacttcaggtc
tggggattattaagcattgcattgcccagcacaagggggttcatttgtag
gtactaagaactgcgataagattctatccacagaatggagctcaataatt
cttacactctgatctcatttacggttaataagatcaacttccaagcattg
tgaattaggtaagcggggtgatatttaggt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr11_111485312_111486466
seq2: B6Ng01-048H05.b_44_1178

seq1  GAATTCCACTAAAGCCCCCCAAACAACCTTTTATTTACCTTTTAAACTCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCACTAAAGCCCCCCAAACAACCTTTTATTTACCTTTTAAACTCT  50

seq1  ATAAAGACAAAGTCTGCTCTCTAGTGTGACATCATACTGGTCCAGGGTGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAAGACAAAGTCTGCTCTCTAGTGTGACATCATACTGGTCCAGGGTGC  100

seq1  TTATTTTGCTCCTTCATGGCACTAATTCCTCTCAGTTGACAGAGATCACC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTTTGCTCCTTCATGGCACTAATTCCTCTCAGTTGACAGAGATCACC  150

seq1  AACCAGATGTCAAAGCAGGTTATGTCTATGCATTGTGACTCTAGGGTGTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCAGATGTCAAAGCAGGTTATGTCTATGCATTGTGACTCTAGGGTGTT  200

seq1  GGAACCAAGAAATACTTCCATGTTTCTAGAAGTTTTTTTTATGTATTAAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAACCAAGAAATACTTCCATGTTTCTAGAAGTTTTTTTTATGTATTAAT  250

seq1  TATGCATTTGTCTTGTGGCTCCTAACAAAGTGTGCAACCTTGAACGGGAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGCATTTGTCTTGTGGCTCCTAACAAAGTGTGCAACCTTGAACGGGAG  300

seq1  GCCACCAATTCTCAGAGAAGACTAAAAATCCACTCCTCCGGGACATGTTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCACCAATTCTCAGAGAAGACTAAAAATCCACTCCTCCGGGACATGTTG  350

seq1  ATGGGTAAACACATTAATCATAGCACCAAAAGAGTTTCACAGTGACACAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGGTAAACACATTAATCATAGCACCAAAAGAGTTTCACAGTGACACAT  400

seq1  GCAGATCACTTCAAGAATACTATTCTGTCACATCTGAAAGTTGTCACTAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGATCACTTCAAGAATACTATTCTGTCACATCTGAAAGTTGTCACTAC  450

seq1  GTTTCACAAAACGATACTTATTTTCCCCTGAATATTAATTGTAACCTAAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTCACAAAACGATACTTATTTTCCCCTGAATATTAATTGTAACCTAAA  500

seq1  ATCCAAGTCTTAACACACTGGATACAAAATGACCAATTTAGAATGTTTAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCAAGTCTTAACACACTGGATACAAAATGACCAATTTAGAATGTTTAG  550

seq1  CCTTGTTTTGCTCCTCCCCCTACACACATACACACATAACATTGTGTTTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTGTTTTGCTCCTCCCCCTACACACATACACACATAACATTGTGTTTT  600

seq1  CCTACATGTGAAAGCAGGAGTATTTCAAAGGTACTCCTGGTTTTCCTGCC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTACATGTGAAAGCAGGAGTATTTCAAAGGTACTCCTGGTTTTCCTGCC  650

seq1  TCCATTTCTAAAGTACTGGGATTACAAACACGGTTCATCACGGGTTTATG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCATTTCTAAAGTACTGGGATTACAAACACGGTTCATCACGGGTTTATG  700

seq1  CAGTGTTGGGGATCAAACCCAGGACCCCAATATATTAGACAAAACAATGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGTTGGGGATCAAACCCAGGACCCCAATATATTAGACAAAACAATGT  750

seq1  CCATTAAGCCCCATACCTAACCCCTACAAGTTCTAAATACCCATGCACTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATTAAGCCCCATACCTAACCCCTACAAGTTCTAAATACCCATGCACTT  800

seq1  TGGTTGCCCCTCTCTATACTGCTTAGATTTGCCAGTCAGTTCCCAGAAGC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTTGCCCCTCTCTATACTGCTTAGATTTGCCAGTCAGTTCCCAGAAGC  850

seq1  ACACAGATGGCATTGTCACAGTTTTGCTTTAGTATTCCTGATCACC-TCT  899
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  ACACAGATGGCATTGTCACAGTTTTGCTTTAGTATTCCTGATCACCTTCT  900

seq1  TATTTTAATTGAAGATAACATGTGCCATCTACAGTGTACCTACTAGCCAG  949
      |||||||||   |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTTAAT--GAGAT-ACATGTGCCATCTACAGTGTACCTACTAGCCAG  947

seq1  TTGCAGCTGCTCAGTTGTCAAATTTTAAAATCATTTCTTTCAGCAGCTCC  999
      |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||| |
seq2  TTGCAGCTGCTCAG-TGTCAAATTTT-AAATCATTTCTTTCAGCAGCT-C  994

seq1  ATATTTATCCTGCAGGCCTGCCCATGGGGCTCTTAATTGGAGAATAACTT  1049
      |||||||| ||||||  ||| ||||||||||||  |||||||||| ||||
seq2  ATATTTAT-CTGCAG--CTG-CCATGGGGCTCT--ATTGGAGAAT-ACTT  1037

seq1  CCTTGAGTTGCAAGAGGCTTTCTTGATTTTTCATTTAAGTTTGATTTTAT  1099
      || |||||||| |||||||||| |||  |||||||| ||||||| |||||
seq2  CC-TGAGTTGC-AGAGGCTTTC-TGA--TTTCATTT-AGTTTGA-TTTAT  1080

seq1  TTGCAATGCCAGGTGGATGTAACACTTATGTGTGA-TTCTGTGCACAGGA  1148
       ||| ||| ||||||||  |||||||||   |||| ||||||||||||||
seq2  ATGC-ATG-CAGGTGGAGTTAACACTTAATGGTGATTTCTGTGCACAGGA  1128

seq1  GTGCAGT  1155
      |||||||
seq2  GTGCAGT  1135

seq1: chr11_111617308_111618289
seq2: B6Ng01-048H05.g_69_1048 (reverse)

seq1  ACCTAAATATCA-CCCGCTTACCTATTTCACAATGCTTGGAAGTTGATCT  49
      |||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTAAATATCACCCCGCTTACCTAATTCACAATGCTTGGAAGTTGATCT  50

seq1  TATTAAACTGTAAATGAGATCAGAGTTGTAAGAATTA-TGAGCTCCATTC  98
      |||| ||| |||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||
seq2  TATT-AACCGTAAATGAGATCAGAG-TGTAAGAATTATTGAGCTCCATTC  98

seq1  TGTGAGTAG-ATCTATCCGCAGTCTCTTAGTACCTACAATGGAACCCCCT  147
      ||||  ||| ||||   |||||| |||||||||||||||  |||||||||
seq2  TGTGGATAGAATCTTATCGCAGT-TCTTAGTACCTACAAATGAACCCCCT  147

seq1  TGGTGCTGGGC-ATGGCATGCTTCATTAATCCCCAGACCTTGAAGTACAT  196
      | ||||||||| |||  |||||| | ||||||||||||| ||||||||| 
seq2  T-GTGCTGGGCAATGCAATGCTT-AATAATCCCCAGACC-TGAAGTACA-  193

seq1  TTGACAGGACTGATGTTGTAGATTATAAAATGGGAGTTCTCAAACTCTGC  246
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGACAGGACTGATGTTGTAGATTATAAAATGGGAGTTCTCAAACTCTGC  243

seq1  CCATCTGTTAGTGATACAAGCAGTCCTATATATAGGACATACATTTCCTG  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATCTGTTAGTGATACAAGCAGTCCTATATATAGGACATACATTTCCTG  293

seq1  CATTGCATACATTTGCTCTTGGCATCGCAAGGTGTCCCTACTGTCACAAC  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTGCATACATTTGCTCTTGGCATCGCAAGGTGTCCCTACTGTCACAAC  343

seq1  AGAC-AAGCCATTCATTAAACTGTCAGCACCTTACGACACGGCTTCTAAA  395
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACAAAGCCATTCATTAAACTGTCAGCACCTTACGACACGGCTTCTAAA  393

seq1  GATGGTTCACTTGTGTGTTTTCTGGTTCTCGTTGGATGACTTGTTCACTT  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGGTTCACTTGTGTGTTTTCTGGTTCTCGTTGGATGACTTGTTCACTT  443

seq1  GTCAATGAGTTTAGCTGTTAGCTTCACAGGAGTGAAACTGAGTTCTTCAT  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAATGAGTTTAGCTGTTAGCTTCACAGGAGTGAAACTGAGTTCTTCAT  493

seq1  GTCAACATCTGTAAACCAAAGCTCTGTTTCTTCATTTCCAACAATCCAAC  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAACATCTGTAAACCAAAGCTCTGTTTCTTCATTTCCAACAATCCAAC  543

seq1  ACTTGACTCCTGGAGGGCACTAATGGGTCGTGGCACCACACTGCACTCAC  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTGACTCCTGGAGGGCACTAATGGGTCGTGGCACCACACTGCACTCAC  593

seq1  AAGAGTCCAAAATGGTGGCAGTATGAGTCAAGTTTTGGCTAAGACATCTG  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGTCCAAAATGGTGGCAGTATGAGTCAAGTTTTGGCTAAGACATCTG  643

seq1  AGGGCAGGAACGTTAAAAGCACTGATGTAGAAGAAGCAAGGAACAACACA  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGCAGGAACGTTAAAAGCACTGATGTAGAAGAAGCAAGGAACAACACA  693

seq1  AAATGTGATTAATTATAAATACTGTTTGAAAATCTTTTTAAAAATCAAGA  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGTGATTAATTATAAATACTGTTTGAAAATCTTTTTAAAAATCAAGA  743

seq1  AAGGCAATTAAGCTACCCAGACCCATACATTGGAACGTTTTGAAACAGAT  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGCAATTAAGCTACCCAGACCCATACATTGGAACGTTTTGAAACAGAT  793

seq1  TGTATATTAAATTTAAAAATATTTAATCTGGTTTTAAATAAAGTGTATGT  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATATTAAATTTAAAAATATTTAATCTGGTTTTAAATAAAGTGTATGT  843

seq1  TTTAAAGATGAGAAAAACTGAAAAGTAATTTGTGGGGAAGTACAGTTAAG  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAAGATGAGAAAAACTGAAAAGTAATTTGTGGGGAAGTACAGTTAAG  893

seq1  TTGCATAACATGACAATGAAGTCAATGTACTGGAGGCACAGCGCATGTGC  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCATAACATGACAATGAAGTCAATGTACTGGAGGCACAGCGCATGTGC  943

seq1  ATGAGGAGGTCAGAGGACAACTTACAGAAGAGAATTC  982
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAGGAGGTCAGAGGACAACTTACAGAAGAGAATTC  980