BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-048P22
Chromosome11 (Build37)
Map Location 47,784,406 - 47,942,175
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneSgcd, LOC628753, LOC100039647
Downstream geneLOC192895, Hn1l-ps2, LOC667163, LOC432554, Gnb2l1, Trim41, LOC100039945, Trim7, Irgm, EG432555, OTTMUSG00000005523, Psme2b-ps, LOC667214, Tgtp, LOC667219, 9930111J21Rik, Olfr56, LOC100039796, Ifi47, Olfr1396
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-048P22.bB6Ng01-048P22.g
ACCDH873385DH873386
length1,0531,080
definitionDH873385|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-048P22, 5' end.DH873386|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-048P22, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(47,784,406 - 47,785,386)(47,941,094 - 47,942,175)
sequence
tttttgggccgctatccgattcactatggggagaggacccgcggatttca
ttctcgtacaccctgctgacctctcctcgtagatttgcctacatctactt
cccctcaaattaagtaagtactggagcaggaaaagtgatcttccacacag
ctgttaactttttcctggtaagccaaatccatgcatgtgcacacacattt
gggatgagtatgtattgataatcaaaatcactctgtttttcctgtatgtc
tgtaatcgttatcttatagctttaatctcacttaactctgctacacccct
tcacacttgcttatttgtctgtcccttcctcccctcaggtaggtaccagt
ttatgctttcatgtctttttacttttggttctagatttgaggaaagatga
tgaagtctttgtctgaatactgagtctagcttatttcacatatgatgatc
ataggcaattaagagagccattttacttcatgtaaagcatgacttaactc
aagtggtgataaaatcttatctccccaggaaacagatgactctgtcacca
tcacaagtaagtggatttaatttttgtagttatggatagggtattcctgc
acaattgcagtaccacaggacaatagcagcattgaattccccctggagtt
tacagaagttgtaagacaccctgatgtgggtgctggaaaccaaatctggg
gtctcagaaaaggtagtatgtgctctttcattgctgagtcatatctgcag
ctcaagaaactgcttttcaattttgtaaagtctagctaagttgattttta
tacctctaaatgccagctcccaagcagcagtccactccttcctgaaagct
aaataatctctaacatcaaactgcctatatagcaatttgagtcattcatt
gtctcattggttaggtgcagggttctaggttggtcaggccctggtactgg
aaaggcattaaaaacaaaccaacaaacaaacaaaaaaccctacactttta
tctattttctccgcccatctaaatgtttcttattttgacataccttctct
ctc
gaattccatttcatggctaaagacagccagatccagtagataatccaaaa
ttcctgggtctactttagactcgctcttgaactcaccttagcatatacat
tttctagtaaattaaatagacttactgggactatagatgacagtaattgt
tgttatttctttttctcttttctttatgttatcttactgatttttttagc
ataaaactattaagagaaattgattggagttcactgttcagactactaaa
tgtaaactggtggtgacatgtatttgttccttactttccagagtgtagac
ttctaaggcaatggagctcagcctacacaaaaaatagcttagagccacac
acacgcacactgccttcctaatctgtcaggggcattaaattaggtcatgt
tttaagttccttttcatctctgatagcttatgatttttgtacatctagtg
attagctgtgtggcttgcatatattatgaaattaatgaatgtttactgag
atgaatttagttaatcactatttattatttgtcaagtgtcattgacttca
cacatcatttagcttcttggagatgattggtttctttaattgttattatt
aggagatatgggagttatcatatacattttcatggttttaaggatggcta
atgataatagcaatgttaataaacacagattgactggttattatgtctca
gtgcatatttaggtattcagaaagttattccttaaggcaacttcatgaga
gatgaacaaacattagctttataatacagctaaagacatttatatataat
tgactgtatatgttcataatagctgaccttgatcacacagtttatcaaat
ggttatatctaagaagttcagctttttatccagacacagctgccagatta
aggatttaaatgcagatggtcagctaatgttgaatctcatataggtatag
ataattactatatcatgtctcttgccatcaagtaaatctcttcatcatag
tgattctctgtcttacccatcagtttaatgacccaccagacaagatgggt
ttatttaagaaaggttcattcaaacaggcc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr11_47784406_47785386
seq2: B6Ng01-048P22.b_65_1053

seq1  GCTGACCTCAAACTCAGAGATTTGCCTACATCTACTTCCCCTCAAATTAG  50
      |||||||||   |||  |||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  GCTGACCTC-TCCTCGTAGATTTGCCTACATCTACTTCCCCTCAAATTAA  49

seq1  GTAAGTACTGGAGCAGGAAAAGTGATCTTCCACACAGCTGTTAACTTTTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAGTACTGGAGCAGGAAAAGTGATCTTCCACACAGCTGTTAACTTTTT  99

seq1  CCTGGTAAGCCAAATCCATGCATGTGCACACACATTTGGGATGAGTATGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGGTAAGCCAAATCCATGCATGTGCACACACATTTGGGATGAGTATGT  149

seq1  ATTGATAATCAAAATCACTCTGTTTTTCCTGTATGTCTGTAATCGTTATC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGATAATCAAAATCACTCTGTTTTTCCTGTATGTCTGTAATCGTTATC  199

seq1  TTATAGCTTTAATCTCACTTAACTCTGCTACACCCCTTCACACTTGCTTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATAGCTTTAATCTCACTTAACTCTGCTACACCCCTTCACACTTGCTTA  249

seq1  TTTGTCTGTCCCTTCCTCCCCTCAGGTAGGTACCAGTTTATGCTTTCATG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTCTGTCCCTTCCTCCCCTCAGGTAGGTACCAGTTTATGCTTTCATG  299

seq1  TCTTTTTACTTTTGGTTCTAGATTTGAGGAAAGATGATGAAGTCTTTGTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTTTACTTTTGGTTCTAGATTTGAGGAAAGATGATGAAGTCTTTGTC  349

seq1  TGAATACTGAGTCTAGCTTATTTCACATATGATGATCATAGGCAATTAAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATACTGAGTCTAGCTTATTTCACATATGATGATCATAGGCAATTAAG  399

seq1  AGAGCCATTTTACTTCATGTAAAGCATGACTTAACTCAAGTGGTGATAAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGCCATTTTACTTCATGTAAAGCATGACTTAACTCAAGTGGTGATAAA  449

seq1  ATCTTATCTCCCCAGGAAACAGATGACTCTGTCACCATCACAAGTAAGTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTATCTCCCCAGGAAACAGATGACTCTGTCACCATCACAAGTAAGTG  499

seq1  GATTTAATTTTTGTAGTTATGGATAGGGTATTCCTGCACAATTGCAGTAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTTAATTTTTGTAGTTATGGATAGGGTATTCCTGCACAATTGCAGTAC  549

seq1  CACAGGACAATAGCAGCATTGAATT-CCCCTGGAGTTTACAGAAAGTTGT  599
      ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||
seq2  CACAGGACAATAGCAGCATTGAATTCCCCCTGGAGTTTACAG-AAGTTGT  598

seq1  AAGACA-CCTGATGTGGGTGCTGGAAACCAAATCTGGGGTCTCAGAAAAG  648
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGACACCCTGATGTGGGTGCTGGAAACCAAATCTGGGGTCTCAGAAAAG  648

seq1  GTAGTATGTGCTC-TTCATTGCTGAGTCATATCTGCAGCTCAAGAAACTG  697
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGTATGTGCTCTTTCATTGCTGAGTCATATCTGCAGCTCAAGAAACTG  698

seq1  CTTTTCAATTTGTAAAAGTCTAGCTAAGTTGA-TTTTATACCTCTAAATG  746
      |||||||||||   |||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  CTTTTCAATTTTGTAAAGTCTAGCTAAGTTGATTTTTATACCTCTAAATG  748

seq1  CCAGCTCACAAGCAGCAGT-CACT-CTTCCTGAAAGCT-AATTATCTCTA  793
      ||||||| ||||||||||| |||| ||||||||||||| ||| |||||||
seq2  CCAGCTCCCAAGCAGCAGTCCACTCCTTCCTGAAAGCTAAATAATCTCTA  798

seq1  ACATCAGACTGCCTATATAGC-AGTTGAGTCTATCATTGTCTGATTGCTT  842
      |||||| |||||||||||||| | |||||||  ||||||||| |||| ||
seq2  ACATCAAACTGCCTATATAGCAATTTGAGTCATTCATTGTCTCATTGGTT  848

seq1  AGGTACA-GGTTCT-TGTTGTTCAGCGCCCTGTTACTGACAGGGCATTAA  890
      |||| || ||||||  |||| |||| |||||| |||||  | ||||||||
seq2  AGGTGCAGGGTTCTAGGTTGGTCAG-GCCCTGGTACTGGAAAGGCATTAA  897

seq1  AAACAAACAAACAAACAAACAAAAAACCCTCAGCTTATATCTATTTTCTC  940
      |||||||| |||||||||||||||||||||   ||| |||||||||||||
seq2  AAACAAACCAACAAACAAACAAAAAACCCTACACTTTTATCTATTTTCTC  947

seq1  AGCCTATCTAAATGTTTTTTATTTTGTCATACCTTCT-TCTC  981
       ||| |||||||||||| |||||||| |||||||||| ||||
seq2  CGCCCATCTAAATGTTTCTTATTTTGACATACCTTCTCTCTC  989

seq1: chr11_47941094_47942175
seq2: B6Ng01-048P22.g_67_1146 (reverse)

seq1  GGCCTGTTTGAATGTAGCTTTCTTTAAATAAACCCATCTTGTCTGGTGGG  50
      |||||||||||||| | ||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCTGTTTGAATGAACCTTTC-TTAAATAAACCCATCTTGTCTGGTGGG  49

seq1  TCTATAAACTGATGGGTAAGACAGAGAATCACTTATGATGAAGGAGATTT  100
      ||  |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||| ||
seq2  TCATTAAACTGATGGGTAAGACAGAGAATCAC-TATGATGAA-GAGA-TT  96

seq1  TACTTGATGGCAAGAGACATGATTATAGTAATTATCTATTACCTATATGA  150
      |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||
seq2  TACTTGATGGCAAGAGACATGA-TATAGTAATTATCTA-TACCTATATGA  144

seq1  GATTCAACATTAGCTGACCATTCTGCATTTAATTCCTTAATCTGGCAGCT  200
      |||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  GATTCAACATTAGCTGACCA-TCTGCATTTAAATCCTTAATCTGGCAGCT  193

seq1  GTGTCTGGAT-AAAAGCTGAACTTC-TAGATAT-ACCATTTGAT-AACTG  246
      |||||||||| |||||||||||||| ||||||| |||||||||| |||||
seq2  GTGTCTGGATAAAAAGCTGAACTTCTTAGATATAACCATTTGATAAACTG  243

seq1  TGTTGATC-ATGTCAGCTATTATGAACATATACAGTCAATTAATATATAA  295
      || ||||| | |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  TG-TGATCAAGGTCAGCTATTATGAACATATACAGTCAATT-ATATATAA  291

seq1  ATGTCTTTAGCTGTATTATAAAGCTAATGTTTGTTCATCTCTCATGAAGT  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTCTTTAGCTGTATTATAAAGCTAATGTTTGTTCATCTCTCATGAAGT  341

seq1  TGCCTTAAGGAATAACTTTCTGAATACCT-AATATGCACTTGAGACATAA  394
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||
seq2  TGCCTTAAGGAATAACTTTCTGAATACCTAAATATGCAC-TGAGACATAA  390

seq1  TAACCAGTCAATCTGTGTTTATTAACATTGCTATTATCATTAGCCATCCT  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACCAGTCAATCTGTGTTTATTAACATTGCTATTATCATTAGCCATCCT  440

seq1  TAAAACCATG-AAATGTATATGATAACT-CCATATCTCCTAATAATAACA  492
      |||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  TAAAACCATGAAAATGTATATGATAACTCCCATATCTCCTAATAATAACA  490

seq1  ATTAAAGAAACCAATCATCTCCAAGAAGCTAAATGATGTGTGAAGTCAAT  542
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAAAGAAACCAATCATCTCCAAGAAGCTAAATGATGTGTGAAGTCAAT  540

seq1  GACACTTGACAAATAATAAATAGTGATTAACTAAATTCATCTCAGTAAAC  592
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACACTTGACAAATAATAAATAGTGATTAACTAAATTCATCTCAGTAAAC  590

seq1  ATTCATTAATTTCATAATATATGCAAGCCACACAGCTAATCACTAGATGT  642
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCATTAATTTCATAATATATGCAAGCCACACAGCTAATCACTAGATGT  640

seq1  ACAAAAATCATAAGCTATCAGAGATGAAAAGGAACTTAAAACATGACCTA  692
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAAAATCATAAGCTATCAGAGATGAAAAGGAACTTAAAACATGACCTA  690

seq1  ATTTAATGCCCCTGACAGATTAGGAAGGCAGTGTGCGTGTGTGTGGCTCT  742
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTAATGCCCCTGACAGATTAGGAAGGCAGTGTGCGTGTGTGTGGCTCT  740

seq1  AAGCTATTTTTTGTGTAGGCTGAGCTCCATTGCCTTAGAAGTCTACACTC  792
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCTATTTTTTGTGTAGGCTGAGCTCCATTGCCTTAGAAGTCTACACTC  790

seq1  TGGAAAGTAAGGAACAAATACATGTCACCACCAGTTTACATTTAGTAGTC  842
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAAAGTAAGGAACAAATACATGTCACCACCAGTTTACATTTAGTAGTC  840

seq1  TGAACAGTGAACTCCAATCAATTTCTCTTAATAGTTTTATGCTAAAAAAA  892
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAACAGTGAACTCCAATCAATTTCTCTTAATAGTTTTATGCTAAAAAAA  890

seq1  TCAGTAAGATAACATAAAGAAAAGAGAAAAAGAAATAACAACAATTACTG  942
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGTAAGATAACATAAAGAAAAGAGAAAAAGAAATAACAACAATTACTG  940

seq1  TCATCTATAGTCCCAGTAAGTCTATTTAATTTACTAGAAAATGTATATGC  992
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATCTATAGTCCCAGTAAGTCTATTTAATTTACTAGAAAATGTATATGC  990

seq1  TAAGGTGAGTTCAAGAGCGAGTCTAAAGTAGACCCAGGAATTTTGGATTA  1042
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGGTGAGTTCAAGAGCGAGTCTAAAGTAGACCCAGGAATTTTGGATTA  1040

seq1  TCTACTGGATCTGGCTGTCTTTAGCCATGAAATGGAATTC  1082
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTACTGGATCTGGCTGTCTTTAGCCATGAAATGGAATTC  1080