BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-054G14
Chromosome11 (Build37)
Map Location 4,704,695 - 4,876,968
singlet/doubletdoublet
Overlap geneNf2, Nipsnap1, Thoc5, Nefh
Upstream geneOsbp2, LOC664920, 4921536K21Rik, Dusp18, Slc35e4, Tcn2, LOC100041720, Pes1, Gal3st1, Sec14l4, Sec14l3, 1700020C11Rik, Sec14l2, LOC625729, Rnf215, 4930562D19Rik, Sf3a1, Tbc1d10a, 2410008K03Rik, LOC625760, Osm, Lif, Hormad2, Mtmr3, LOC100041006, OTTMUSG00000005065, Ascc2, 1110020P15Rik, Zmat5, Cabp7
Downstream geneAp1b1, Rasl10a, Gas2l1, Ewsr1, Rhbdd3, Emid1, Kremen1, Znrf3, LOC100042016, LOC382478, Xbp1, Ccdc117, LOC100041183, Ankrd36, LOC665181, Mrps24, 2010005J08Rik, 2210015D19Rik, Dbnl, Pgam2, Polm, Aebp1, Pold2, Myl7, Gck, Ykt6, Camk2b
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-054G14.bB6Ng01-054G14.g
ACCDH877161DH877162
length1,0641,086
definitionDH877161|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-054G14, 5' end.DH877162|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-054G14, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(4,875,900 - 4,876,968)(4,704,695 - 4,705,802)
sequence
gaattcaccaacattatcctgtcgttgcctcccaggtgctaaggttagag
gtgtgaccaccacacctggctatcccggtagatttttaatataccatttt
ggttggactgacattcctcatgtcccctttttgggtgggacatagaaggg
gcatgtgcaggatttggagggcagaggtgaaaccactgccccattgtggc
acttgcctggcacctctgacgtctttttgttggtgggaagctcagacctt
ccacggctactctgctttccctgtgtatggctctggctccccaacaccca
ggccatgagagggtgtggagcaacatccctccctggtctgcaagggctga
cttggtgttctgcccactcgcccaggctcctggggctttctgtgggttct
gctatttcccattcggaatccccctttctttcttcctgtggacttaaagc
gctcacagaagactgaagggtgtcagccttccagaaagtacttatgcagc
tcctacaatcacatgaggccaagcatctgggacaagccttttattctgtg
acctcaggattctgtctcctgagcctgagcctgaatcagtgtggctacac
tgggtcagtagaggcaggcacgcaagccgggagctggagatggtgggaca
tacctagtatcccagcatttaggaagtggagacaggaggatgaagagttc
aaggtcatccttggctacacagtgtgagcaagccaggctggactatagag
cgtttcaacataaacgtaaaaagcctacactcttaggtaaggatcctagt
ttggtgtggtgtacatgtgctgtgtagcttcagctaatggggagtctgag
tcagaggaaagatcttgagacctcacctcaacagggagaccccatttctc
tcactaaaatgcccgatgttccccattatagggactttgataagtggaac
acctgaattgtgtcgcaaatgtgaccggattttgtaagtgtgtgctagcc
caccaccccacgatatgagcatagctccctagagcagtggtgctctgaaa
ctgctgaacttgct
gaattctgcacagtcatgaaaatgagggaaaatatcactacacgccatgc
actcaaatctcacaagatgatcttgaggaaaaggtggcactaaaaataga
aattggttttatttatctaaagtttaaaaatggttgatggtggcttatgg
gtgcagctcagtggcagaatagttacttgcctagcatgtgagagaccttg
tatttcatcctcagtgctacaaaatagtaatataacaatggacagtaagg
gagggcaaaactaatcgatgtgagcactaattagaaattgggggaactgg
gctgggcacggttacacaagcttttaatgccagcactgagcagaggcagg
tagatttccgtgggtgagggccagcctggagaacacatagtcagctctag
ataatgactcaaaaagaaaaagaaagaaattggtgaaataggtatctctg
agtcatcgtctagttcttacttaccattttgtggtaaataatcaagtagt
atactcaaaatctgtctatttggtgggtataaacaaaaaataaagataca
ggagctagagagatggctcagtgttaagagcactgactgctcttcatgag
ggcctagtaattcctagcacccaccagagtcccacaaccattcagttcca
gtgccctcttccggcctcctcagtcaccttgcatgcacatggtacacaga
catacatgtaggaaaaatagccatatacacaaaataaatctgaagaaaaa
aatatagcaggaagctgatttgaaggactggggtagggcgcctaacacag
agatgatcaatagctgaaactaccaagggaatacttaaaacaaactatac
attttagtgttttatttaattgagacagggtttctctgtgtagcccttgg
ctgtcctggaatcgttctatagaccaggttgggctcactcacagagaaca
ctacctctgcctctgatgctgggataaaagtttgtgcactaccaccagat
cgtgtttatttatttattaattgcagatgactaaaactagggcataggac
cttctatcggctgatgacatggtgcaaaaggtaaaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr11_4875900_4876968
seq2: B6Ng01-054G14.b_46_1109 (reverse)

seq1  AGCAAGTT------TCTCAGAGCCACACCTGCTCTAGGGGAGCTATGGCC  44
      ||||||||      | |||||| |||  |||||||| ||||||||||  |
seq2  AGCAAGTTCAGCAGTTTCAGAG-CACCACTGCTCTA-GGGAGCTATG--C  46

seq1  TCATATCGGTGGGGTGGTGGGCTAGCACACACTTACAAAATCCGGTCACA  94
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATATC-GTGGGGTGGTGGGCTAGCACACACTTACAAAATCCGGTCACA  95

seq1  TTTTGCGACACCAATTCCAGGTGTTCCACTTATCAAAGTCCCTATAATGG  144
       ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  -TTTGCGACA-CAATT-CAGGTGTTCCACTTATCAAAGTCCCTATAAT-G  141

seq1  GGGAACATCGGGCATTTTAGTGAGAGAAATGGGGTCTCCCTGTTGAGGTG  194
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAACATCGGGCATTTTAGTGAGAGAAATGGGGTCTCCCTGTTGAGGTG  191

seq1  AGGTCTCAAGATCTTTCCTCCTGACTCAGACTCCCCATTAGCTGAAGCTA  244
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTCTCAAGATCTTTCCT-CTGACTCAGACTCCCCATTAGCTGAAGCTA  240

seq1  CACAGCACATGTACACCACACCAAACTAGGATCCTTACCTAAGAGTGTAG  294
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGCACATGTACACCACACCAAACTAGGATCCTTACCTAAGAGTGTAG  290

seq1  GCTTTTTACGTTTATGTTGAAACGCTCTATAGTCCAGCCTGGCCTTGCTC  344
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  GCTTTTTACGTTTATGTTGAAACGCTCTATAGTCCAGCCTGG-CTTGCTC  339

seq1  ACACTGTGTAGCCAAGGATGACCTTGAACTCTTCATCCTCCTGTCTCCAC  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACTGTGTAGCCAAGGATGACCTTGAACTCTTCATCCTCCTGTCTCCAC  389

seq1  TTCCTAAATGCTGGGATACTAGGTATGTCCCACCATCTCCAGCTCCCGGC  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTAAATGCTGGGATACTAGGTATGTCCCACCATCTCCAGCTCCCGGC  439

seq1  TTGCGTGCCTGCCTCTACTGACCCAGTGTAGCCACACTGATTCAGGCTCA  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCGTGCCTGCCTCTACTGACCCAGTGTAGCCACACTGATTCAGGCTCA  489

seq1  GGCTCAGGAGACAGAATCCTGAGGTCACAGAATAAAAGGCTTGTCCCAGA  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTCAGGAGACAGAATCCTGAGGTCACAGAATAAAAGGCTTGTCCCAGA  539

seq1  TGCTTGGCCTCATGTGATTGTAGGAGCTGCATAAGTACTTTCTGGAAGGC  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTGGCCTCATGTGATTGTAGGAGCTGCATAAGTACTTTCTGGAAGGC  589

seq1  TGACACCCTTCAGTCTTCTGTGAGCGCTTTAAGTCCACAGGAAGAAAGAA  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACACCCTTCAGTCTTCTGTGAGCGCTTTAAGTCCACAGGAAGAAAGAA  639

seq1  AGGGGGATTCCGAATGGGAAATAGCAGAACCCACAGAAAGCCCCAGGAGC  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGGGATTCCGAATGGGAAATAGCAGAACCCACAGAAAGCCCCAGGAGC  689

seq1  CTGGGCGAGTGGGCAGAACACCAAGTCAGCCCTTGCAGACCAGGGAGGGA  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGGCGAGTGGGCAGAACACCAAGTCAGCCCTTGCAGACCAGGGAGGGA  739

seq1  TGTTGCTCCACACCCTCTCATGGCCTGGGTGTTGGGGAGCCAGAGCCATA  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTGCTCCACACCCTCTCATGGCCTGGGTGTTGGGGAGCCAGAGCCATA  789

seq1  CACAGGGAAAGCAGAGTAGCCGTGGAAGGTCTGAGCTTCCCACCAACAAA  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGGGAAAGCAGAGTAGCCGTGGAAGGTCTGAGCTTCCCACCAACAAA  839

seq1  AAGACGTCAGAGGTGCCAGGCAAGTGCCACAATGGGGCAGTGGTTTCACC  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGACGTCAGAGGTGCCAGGCAAGTGCCACAATGGGGCAGTGGTTTCACC  889

seq1  TCTGCCCTCCAAATCCTGCACATGCCCCTTCTATGTCCCACCCAAAAAGG  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCCCTCCAAATCCTGCACATGCCCCTTCTATGTCCCACCCAAAAAGG  939

seq1  GGACATGAGGAATGTCAGTCCAACCAAAATGGTATATTAAAAATCTACCG  994
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACATGAGGAATGTCAGTCCAACCAAAATGGTATATTAAAAATCTACCG  989

seq1  GGATAGCCAGGTGTGGTGGTCACACCTCTAACCTTAGCACCTGGGAGGCA  1044
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATAGCCAGGTGTGGTGGTCACACCTCTAACCTTAGCACCTGGGAGGCA  1039

seq1  ACGACAGGATAATGTTGGTGAATTC  1069
      |||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGACAGGATAATGTTGGTGAATTC  1064

seq1: chr11_4704695_4705802
seq2: B6Ng01-054G14.g_70_1155

seq1  GAATTCTGCACAGTCATGAAAATGAGGGAAAATATCACTACACGCCATGC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGCACAGTCATGAAAATGAGGGAAAATATCACTACACGCCATGC  50

seq1  ACTCAAATCTCACAAGATGATCTTGAGGAAAAGGTGGCACTAAAAATAGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCAAATCTCACAAGATGATCTTGAGGAAAAGGTGGCACTAAAAATAGA  100

seq1  AATTGGTTTTATTTATCTAAAGTTTAAAAATGGTTGATGGTGGCTTATGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTGGTTTTATTTATCTAAAGTTTAAAAATGGTTGATGGTGGCTTATGG  150

seq1  GTGCAGCTCAGTGGCAGAATAGTTACTTGCCTAGCATGTGAGAGACCTTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCAGCTCAGTGGCAGAATAGTTACTTGCCTAGCATGTGAGAGACCTTG  200

seq1  TATTTCATCCTCAGTGCTACAAAATAGTAATATAACAATGGACAGTAAGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTCATCCTCAGTGCTACAAAATAGTAATATAACAATGGACAGTAAGG  250

seq1  GAGGGCAAAACTAATCGATGTGAGCACTAATTAGAAATTGGGGGAACTGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGGCAAAACTAATCGATGTGAGCACTAATTAGAAATTGGGGGAACTGG  300

seq1  GCTGGGCACGGTTACACAAGCTTTTAATGCCAGCACTGAGCAGAGGCAGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGGCACGGTTACACAAGCTTTTAATGCCAGCACTGAGCAGAGGCAGG  350

seq1  TAGATTTCCGTGGGTGAGGGCCAGCCTGGAGAACACATAGTCAGCTCTAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGATTTCCGTGGGTGAGGGCCAGCCTGGAGAACACATAGTCAGCTCTAG  400

seq1  ATAATGACTCAAAAAGAAAAAGAAAGAAATTGGTGAAATAGGTATCTCTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATGACTCAAAAAGAAAAAGAAAGAAATTGGTGAAATAGGTATCTCTG  450

seq1  AGTCATCGTCTAGTTCTTACTTACCATTTTGTGGTAAATAATCAAGTAGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCATCGTCTAGTTCTTACTTACCATTTTGTGGTAAATAATCAAGTAGT  500

seq1  ATACTCAAAATCTGTCTATTTGGTGGGTATAAACAAAAAATAAAGATACA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACTCAAAATCTGTCTATTTGGTGGGTATAAACAAAAAATAAAGATACA  550

seq1  GGAGCTAGAGAGATGGCTCAGTGTTAAGAGCACTGACTGCTCTTCATGAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGCTAGAGAGATGGCTCAGTGTTAAGAGCACTGACTGCTCTTCATGAG  600

seq1  GGCCTAGTAATTCCTAGCACCCACCAGAGTCCCACAACCATTCAGTTCCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCTAGTAATTCCTAGCACCCACCAGAGTCCCACAACCATTCAGTTCCA  650

seq1  GTGCCCTCTTCCGGCCTCCTCAGTCACCTTGCATGCACATGGTACACAGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCCCTCTTCCGGCCTCCTCAGTCACCTTGCATGCACATGGTACACAGA  700

seq1  CATACATGTAGGAAAAATAGCCATATACACAAAATAAATCTGAAGAAAAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATACATGTAGGAAAAATAGCCATATACACAAAATAAATCTGAAGAAAAA  750

seq1  AATATAGCAGGAAGCTGATTTGAAGGACTGGGGTAGGGCGCCTAACACAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATAGCAGGAAGCTGATTTGAAGGACTGGGGTAGGGCGCCTAACACAG  800

seq1  AGATGATCAATAGCTGAAACTACCAAGGGAATACTTAAAACAAACTATAC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGATCAATAGCTGAAACTACCAAGGGAATACTTAAAACAAACTATAC  850

seq1  ATTTTAGTGTTTTATTTTATTTGAGACAGGGTTTCTCTGTGTAGCCC-TG  899
      |||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  ATTTTAGTGTTTTA-TTTAATTGAGACAGGGTTTCTCTGTGTAGCCCTTG  899

seq1  GCTGTCCTGGAATTCGTTCTATAGACCAGGTTGGCCTCAACTCACAGAGA  949
      |||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||
seq2  GCTGTCCTGGAA-TCGTTCTATAGACCAGGTTGGGCTC-ACTCACAGAGA  947

seq1  ACACCTACCTCTGCCTCCTGAGTGCTGGGATAAAAAGTTTGTGCCACTAC  999
      ||| |||||||||||| |||| ||||||||| ||||||||||| ||||||
seq2  ACA-CTACCTCTGCCT-CTGA-TGCTGGGAT-AAAAGTTTGTG-CACTAC  992

seq1  CACCCAGATTGTGTTTTAATTTTAATTTAGTAAAATTGCAGATTGACTAA  1049
      || |||||| ||||||  ||||  ||||| |  ||||||||| |||||||
seq2  CA-CCAGATCGTGTTT--ATTT--ATTTATT--AATTGCAGA-TGACTAA  1034

seq1  AAACATAGGGCAATAGGAACATTCTAATACTGCTGATGGACATGTGCCAA  1099
      ||   |||||| ||||| || |||||   | |||||| ||||||   |||
seq2  AA--CTAGGGC-ATAGG-ACCTTCTA--TCGGCTGAT-GACATGGTGCAA  1077

seq1  AAGGTAAAA  1108
      |||||||||
seq2  AAGGTAAAA  1086