BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-055G21
Chromosome11 (Build37)
Map Location 4,925,984 - 5,058,285
singlet/doubletdoublet
Overlap geneAp1b1, Rasl10a, Gas2l1, Ewsr1, Rhbdd3, Emid1
Upstream geneSec14l4, Sec14l3, 1700020C11Rik, Sec14l2, LOC625729, Rnf215, 4930562D19Rik, Sf3a1, Tbc1d10a, 2410008K03Rik, LOC625760, Osm, Lif, Hormad2, Mtmr3, LOC100041006, OTTMUSG00000005065, Ascc2, 1110020P15Rik, Zmat5, Cabp7, Nf2, Nipsnap1, Thoc5, Nefh
Downstream geneKremen1, Znrf3, LOC100042016, LOC382478, Xbp1, Ccdc117, LOC100041183, Ankrd36, LOC665181, Mrps24, 2010005J08Rik, 2210015D19Rik, Dbnl, Pgam2, Polm, Aebp1, Pold2, Myl7, Gck, Ykt6, Camk2b, LOC100042156, Nudcd3
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-055G21.bB6Ng01-055G21.g
ACCDH877880DH877881
length1,1881,197
definitionDH877880|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-055G21, 5' end.DH877881|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-055G21, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(4,925,984 - 4,927,187)(5,057,076 - 5,058,285)
sequence
gaattccaggacagccagggaaagtctcaaaatgaaaccaaaccacaccc
cacaccccctaccccactctctctctctctctcacacacacacacacaca
cacacacacacacacacacacacactatccttagctcctctctctccctt
cctcccccaccccctccttagctacacacactccctctcctcagcttctc
tccagatctgggaagctgcatgtcttcattggtgctcacgtactggctca
atcatgcttcccaggtatgagagtgtgatagctacactgtgtgagaatct
ggactctctggatgagcctgaggcccgagccgctatgatctggatagtgg
gcgagtatgccgagcggattgacaatgcagacgagctgctcgagagcttc
ctggaaggtttccatgatgagagcactcaggtgagcccccaagtggacag
acccggacctcctggcccactggtaggtatggatgtacacatgtatagtc
acatgcagccagttctgagtgttctgggcatttgtgatccataaccacta
taattcccgaagaagtaagtactgagctagcacttccagaagagacgaag
ttagatcctatgatgtctagacattttatcaattgggcaacagtaacatc
attgattcattagcattgaactctggccaacaactctgtgatttgtgtct
gactgaagtttatctagcatacaaatttcttaacagagaccattccagcc
ctctggacaagcactacagcatcacagcttagagacagttttaagtgagg
aaaaggagacttttttttagaggatgagagctgaaacaaggtagagtcgg
ccgtgtcttgtccaaccccagcttggacatctagagcaggtgatttatgc
ttccagtgctctgccagtgcaggtgcccactcaagccctgtgtaaatact
gatgttaaagggcaacgagaggcagactacaaaccgagagcaggctgtgg
caatgttaaacatggaatctcagcatttccaaggtgcttgtcagtgtttg
cggtcatccttggctctgagagagttgagtttggcctggttacagagact
tgatcaataacgaagctggtgagatgactctcctcacccagccgactctt
caatttgcactaggaaacgcacgtgtgttaggaagaac
gaattccccctctgcgcatgtgcaggttgaccgtcctgtatatgcggcgg
tctttctgcgctcttaagtagcagctgcctccatcatttcctgctcatct
cttcttttgttgcggtgctggagtagaacctgagcctcctgcgtgctacc
aaggccccaccaaaggctggctgtttgagccagggtcttattgtctaatc
cagtctgattttaagctcaaaacaaccctcctgtttccactttccaggct
ctggtagcaaagatctgtccccccttgccagccttacctttcgttcgaga
cagagtctagctaagttactgcggaatttaggatctttttgcctctgcct
ccaaggcagctgggattacagaagtgcggccccatgctagacgctccttg
atctttttcatggtaatatagtattccctgagagggccccagttgccagc
ctcttgggatgggcacttgtggtgttccaagacttctgttgctacctccg
gttccttgtgtcctttgcaaatccagctgtgagaaatgtctctctgagaa
gtggctgggtcgtgagtgtacaggtgacagctttagtgtgcattggtatg
ctctaaaaggagcacccacaaaggtgacatagccccaaatccttgccatc
acatttttaaaaataaaaaaaataaacaaataagaccctggcatcagttt
tgaaagagtctgtctgactgtggtttccatttctgtcttgcatttggagg
caggatcctgctgtgaagcctgctttctccgttgcctctaggccttccca
gtttgtcctactgttttccttctgcataaatttgaatttcttcttcattc
tgaaactaccatctgctcacagcttcagtccatgtgtctctgctgcatca
tcaatctaatattattggttgataggagctctttacatgtggagaaaaag
gcccccctttttttagcatatcatctggaaccctgaattgctctggaacc
ctcagacatccacctgcttcttcctatcccttaagcaggatcttacactg
gaaggctcaagaccaggtagaagtcatggaccaggccttgtcctgatagc
aagcagcctcaccagaactatcaaagaacctatagagagaaccagaccca
cccgccagcctgaaagaggggagaactggtgcacagttgtcatctgc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr11_4925984_4927187
seq2: B6Ng01-055G21.b_45_1232

seq1  GAATTCCAGGACAGCCAGGGAAAGTCTCAAAATGAAACCAAACCACACCC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAGGACAGCCAGGGAAAGTCTCAAAATGAAACCAAACCACACCC  50

seq1  CACACCCCCTACCCCACTCTCTCTCTCTCTCTCACACACACACACACACA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACCCCCTACCCCACTCTCTCTCTCTCTCTCACACACACACACACACA  100

seq1  CACACACACACACACACACACACACTATCCTTAGCTCCTCTCTCTCCCTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACACACACACACACACACACACTATCCTTAGCTCCTCTCTCTCCCTT  150

seq1  CCTCCCCCACCCCCTCCTTAGCTACACACACTCCCTCTCCTCAGCTTCTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCCCCCACCCCCTCCTTAGCTACACACACTCCCTCTCCTCAGCTTCTC  200

seq1  TCCAGATCTGGGAAGCTGCATGTCTTCATTGGTGCTCACGTACTGGCTCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAGATCTGGGAAGCTGCATGTCTTCATTGGTGCTCACGTACTGGCTCA  250

seq1  ATCATGCTTCCCAGGTATGAGAGTGTGATAGCTACACTGTGTGAGAATCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCATGCTTCCCAGGTATGAGAGTGTGATAGCTACACTGTGTGAGAATCT  300

seq1  GGACTCTCTGGATGAGCCTGAGGCCCGAGCCGCTATGATCTGGATAGTGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACTCTCTGGATGAGCCTGAGGCCCGAGCCGCTATGATCTGGATAGTGG  350

seq1  GCGAGTATGCCGAGCGGATTGACAATGCAGACGAGCTGCTCGAGAGCTTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCGAGTATGCCGAGCGGATTGACAATGCAGACGAGCTGCTCGAGAGCTTC  400

seq1  CTGGAAGGTTTCCATGATGAGAGCACTCAGGTGAGCCCCCAAGTGGACAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGAAGGTTTCCATGATGAGAGCACTCAGGTGAGCCCCCAAGTGGACAG  450

seq1  ACCCGGACCTCCTGGCCCACTGGTAGGTATGGATGTACACATGTATAGTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCGGACCTCCTGGCCCACTGGTAGGTATGGATGTACACATGTATAGTC  500

seq1  ACATGCAGCCAGTTCTGAGTGTTCTGGGCATTTGTGATCCATAACCACTA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGCAGCCAGTTCTGAGTGTTCTGGGCATTTGTGATCCATAACCACTA  550

seq1  TAATTCCCGAAGAAGTAAGTACTGAGCTAGCACTTCCAGAAGAGACGAAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTCCCGAAGAAGTAAGTACTGAGCTAGCACTTCCAGAAGAGACGAAG  600

seq1  TTAGATCCTATGATGTCTAGACATTTTATCAATTGGGCAACAGTAACATC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGATCCTATGATGTCTAGACATTTTATCAATTGGGCAACAGTAACATC  650

seq1  ATTGATTCATTAGCATTGAACTCTGGCCAACAACTCTGTGATTTGTGTCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGATTCATTAGCATTGAACTCTGGCCAACAACTCTGTGATTTGTGTCT  700

seq1  GACTGAAGTTTATCTAGCATACAAATTTCTTAACAGAGACCATTCCAGCC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTGAAGTTTATCTAGCATACAAATTTCTTAACAGAGACCATTCCAGCC  750

seq1  CTCTGGACAAGCACTACAGCATCACAGCTTAGAGACAGTTTTAAGTGAGG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGGACAAGCACTACAGCATCACAGCTTAGAGACAGTTTTAAGTGAGG  800

seq1  AAAAGGAGACTTTTTTTTAGAGGATGAGAGCTGAAACAAAGGTAGAGTCG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  AAAAGGAGACTTTTTTTTAGAGGATGAGAGCTGAAAC-AAGGTAGAGTCG  849

seq1  GCCGTGTCTTGTCCAACCCCAGCTTGGACATCTAGAGCAGGTGATTTATG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCGTGTCTTGTCCAACCCCAGCTTGGACATCTAGAGCAGGTGATTTATG  899

seq1  CTTCCAGTGCTCTGCCAGTGCAGGTGCCCACTCAAGCCCTGTGTAAATAC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCAGTGCTCTGCCAGTGCAGGTGCCCACTCAAGCCCTGTGTAAATAC  949

seq1  TGATGTTAAAGGGCAACGAGAGGCAGACTTACAAACCGAGAAGCAGGCTG  1000
      |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||
seq2  TGATGTTAAAGGGCAACGAGAGGCAGAC-TACAAACCGAG-AGCAGGCTG  997

seq1  TGGCAATG-TACACATGGAATCTCAGCATTTCCAAGGTGGCTTGTCAGGT  1049
      |||||||| || |||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||
seq2  TGGCAATGTTAAACATGGAATCTCAGCATTTCCAAGGT-GCTTGTCA-GT  1045

seq1  GTTTGCGGTCATCCTTGGCTCTGTAGAGAGTTTGAGTTTGGCCTGGGTTA  1099
      ||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||
seq2  GTTTGCGGTCATCCTTGGCTCTG-AGAGAG-TTGAGTTTGGCCT-GGTTA  1092

seq1  CAGGAGACTTGATCAGTAAACCGAGGCTGGTGAGATGACTCCACCTCCAC  1149
      || |||||||||||| |||  ||| ||||||||||||||| | ||| |||
seq2  CA-GAGACTTGATCAATAA--CGAAGCTGGTGAGATGACT-CTCCT-CAC  1137

seq1  CCAGCCTGACATCTTCAATTTTGTCATAGG-AACGCACGTGGTGTTAGGA  1198
      |||||| ||| ||||||| ||||   |||| ||||||||| |||||||||
seq2  CCAGCC-GAC-TCTTCAA-TTTGCACTAGGAAACGCACGT-GTGTTAGGA  1183

seq1  GAGAAC  1204
       |||||
seq2  -AGAAC  1188

seq1: chr11_5057076_5058285
seq2: B6Ng01-055G21.g_66_1262 (reverse)

seq1  GCAGATGGACAGACCTGTGCCGCCAGTTCTCCCCTCCTTTCCAGCTGGCG  50
      |||||||   | | ||||| | ||||||||||||| |||||  |||||||
seq2  GCAGATG---ACAACTGTG-CACCAGTTCTCCCCT-CTTTCAGGCTGGCG  45

seq1  GTGCTGGCTCTGAGTCCTCTTACTAGTGTCCTTTG-TAGTGTCTGGTGTG  99
        | ||| |||| || ||||   ||| || ||||| |||| ||||||| |
seq2  --GGTGGGTCTG-GTTCTCTCTATAG-GTTCTTTGATAGT-TCTGGTGAG  90

seq1  GCTGCCTGC-ATCCTGTGGACAAGGCCTTGGTCCATGACCTCTTACCTTG  148
      ||||| ||| |||    |||||||||| ||||||||||| || ||||| |
seq2  GCTGCTTGCTATC---AGGACAAGGCC-TGGTCCATGACTTC-TACCTGG  135

seq1  TCTTTGACCTTCCAGTTGTTAGGATCCTGCTAAAGGGATAGGAAGAGGCA  198
      ||||   |||||||||   || ||||||||| |||||||||||||| |||
seq2  TCTTGAGCCTTCCAGT--GTAAGATCCTGCTTAAGGGATAGGAAGAAGCA  183

seq1  GGTGGATGTCTGAGGGTTCCAGAGCAA-TCAGGGTTCCAGATGATATGCT  247
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGGATGTCTGAGGGTTCCAGAGCAATTCAGGGTTCCAGATGATATGCT  233

seq1  AAAAAAAAGGGGGGCTTTTTCTCCACATGTAAAGAGCTCCTATCAACCAA  297
      ||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAAAGGGGGGCCTTTTTCTCCACATGTAAAGAGCTCCTATCAACCAA  283

seq1  TAATATTAGATTGATGATGCAGCAGAGACACATGGACTGGAGCTGTGAGC  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  TAATATTAGATTGATGATGCAGCAGAGACACATGGACTGAAGCTGTGAGC  333

seq1  AGATGGTAGTTTCAGAATGAAGAAG-AATTCAAATTTATGCAGAAGGAAA  396
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGGTAGTTTCAGAATGAAGAAGAAATTCAAATTTATGCAGAAGGAAA  383

seq1  ACAGTAGGACAAACTGGGAAGGCCTAGAGGCAACGGAGAAAGCAGGCTTC  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGTAGGACAAACTGGGAAGGCCTAGAGGCAACGGAGAAAGCAGGCTTC  433

seq1  ACAGCAGGATCCTGCCTCCAAATGCAAGACAGAAATGGAAACCACAGTCA  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGCAGGATCCTGCCTCCAAATGCAAGACAGAAATGGAAACCACAGTCA  483

seq1  GACAGACTCTTTCAAAACTGATGCCAGGGTCTTATTTGTTTATTTTTTTT  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAGACTCTTTCAAAACTGATGCCAGGGTCTTATTTGTTTATTTTTTTT  533

seq1  ATTTTTAAAAATGTGATGGCAAGGATTTGGGGCTATGTCACCTTTGTGGG  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTTAAAAATGTGATGGCAAGGATTTGGGGCTATGTCACCTTTGTGGG  583

seq1  TGCTCCTTTTAGAGCATACCAATGCACACTAAAGCTGTCACCTGTACACT  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTCCTTTTAGAGCATACCAATGCACACTAAAGCTGTCACCTGTACACT  633

seq1  CACGACCCAGCCACTTCTCAGAGAGACATTTCTCACAGCTGGATTTGCAA  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACGACCCAGCCACTTCTCAGAGAGACATTTCTCACAGCTGGATTTGCAA  683

seq1  AGGACACAAGGAACCGGAGGTAGCAACAGAAGTCTTGGAACACCACAAGT  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGACACAAGGAACCGGAGGTAGCAACAGAAGTCTTGGAACACCACAAGT  733

seq1  GCCCATCCCAAGAGGCTGGCAACTGGGGCCCTCTCAGGGAATACTATATT  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCATCCCAAGAGGCTGGCAACTGGGGCCCTCTCAGGGAATACTATATT  783

seq1  ACCATGAAAAAGATCAAGGAGCGTCTAGCATGGGGCCGCACTTCTGTAAT  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCATGAAAAAGATCAAGGAGCGTCTAGCATGGGGCCGCACTTCTGTAAT  833

seq1  CCCAGCTGCCTTGGAGGCAGAGGCAAAAAGATCCTAAATTCCGCAGTAAC  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGCTGCCTTGGAGGCAGAGGCAAAAAGATCCTAAATTCCGCAGTAAC  883

seq1  TTAGCTAGACTCTGTCTCGAACGAAAGGTAAGGCTGGCAAGGGGGGACAG  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGCTAGACTCTGTCTCGAACGAAAGGTAAGGCTGGCAAGGGGGGACAG  933

seq1  ATCTTTGCTACCAGAGCCTGGAAAGTGGAAACAGGAGGGTTGTTTTGAGC  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTTGCTACCAGAGCCTGGAAAGTGGAAACAGGAGGGTTGTTTTGAGC  983

seq1  TTAAAATCAGACTGGATTAGACAATAAGACCCTGGCTCAAACAGCCAGCC  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAATCAGACTGGATTAGACAATAAGACCCTGGCTCAAACAGCCAGCC  1033

seq1  TTTGGTGGGGCCTTGGTAGCACGCAGGAGGCTCAGGTTCTACTCCAGCAC  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGGTGGGGCCTTGGTAGCACGCAGGAGGCTCAGGTTCTACTCCAGCAC  1083

seq1  CGCAACAAAAGAAGAGATGAGCAGGAAATGATGGAGGCAGCTGCTACTTA  1146
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGCAACAAAAGAAGAGATGAGCAGGAAATGATGGAGGCAGCTGCTACTTA  1133

seq1  AGAGCGCAGAAAGACCGCCGCATATACAGGACGGTCAACCTGCACATGCG  1196
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGCGCAGAAAGACCGCCGCATATACAGGACGGTCAACCTGCACATGCG  1183

seq1  CAGAGGGGGAATTC  1210
      ||||||||||||||
seq2  CAGAGGGGGAATTC  1197