BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-056I02
Chromosome11 (Build37)
Map Location 44,536,287 - 44,700,391
singlet/doubletdoublet
Overlap geneEbf1
Upstream geneTtc1, Adra1b, Il12b, Ublcp1, 3732413I11Rik
Downstream geneLOC382510, LOC633082, Clint1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-056I02.bB6Ng01-056I02.g
ACCDH878642DH878643
length1,043427
definitionDH878642|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-056I02, 5' end.DH878643|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-056I02, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(44,699,348 - 44,700,391)(44,536,287 - 44,536,719)
sequence
catgtaggtccactcccacacattaccagcaagagaattcaatagtcacc
cttggtagagtagatatttatgcatgtgcttgaagtgactaagtgagtgg
gtgttgatgtatggctacttaattcactctgtagaaaatcagatttctgc
attgctgcactgttggtattcaaaatctgaacatggctaccttttcattc
tactgggggaagtagagtcagggtttgattgagtgtgaaggacacagtgt
gtagtgacctctccagtgaaagatagccattgttctgcattgaaatgtca
ccaccgttttgaataagattctttgtagatgggtaaacaaagaagaggaa
agtactttccttcagtctggggataagatgatgtcccagcttgtacatta
ttctgtatgcttaaagagggaaaagttgagctaagacaacatttggatat
gttttgatagagagacctcagtggtcagccctcttcctcagtgtcatctc
ctcccttctatgcttaaatattcatcattagttattaaatgatagtaatt
agttattagtagttaaaaagtaggacagttttaattccttgccaaattgg
agcatatggccccctctctccccattagagactctagggctaggacatcc
aggtcagtcttcactgccttcacccagcccactcccattatccacatccc
cttccctcactcaaagaaacgacctgttgttttatccctaacagatagcc
accttcattttaccaagaggaaaaaaaggatcctaagactaaactgactt
gtccagggttgggccagagggccagagtgagataacaaatagaatctgaa
attgctagtgcctactccacaacttctttctctgtaccaccaccttgcaa
aaagtgtcactgaccctctttggaggcatcatcctagctggttgctttta
tttggaatctggtgcagaataaatagtatgtgtcatgaggttatccattt
tctttgaagcatattttcaagtaatatgtgggggtggtgtgtg
actttgttgaggacttggagcccactggttctcttttctataggggaatt
ttttaatgtacacagctcaggttgtgagagaacccttgtgctatctgtgg
ataaatgaggagggacatggggatgtgaacacagaggtagttatttgcat
gcattattcaggcccttttaaacttgaataggaggcatcagagatgtagc
tcagtaagagaatgcttgactatgccggagtctttggatttgatcttcag
tgccattttttaaaaagtagatctcatctagaaatggaagaaatgagagc
taaccttcctgtgtcatcaagttcttgagtgaacttgatgcaagatccca
agagttaaaatatcaaacttggcctttcagttgtaaggaatggaagggag
aagggatatatgttagtgtagagaaac
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr11_44699348_44700391
seq2: B6Ng01-056I02.b_54_1096 (reverse)

seq1  CACACA----CACCACATA-TACCTGAAAATATGCTTTCAAAGAAAATGG  45
      ||||||    | ||||||| ||| ||||||||||| ||||||||||||||
seq2  CACACACCACCCCCACATATTACTTGAAAATATGC-TTCAAAGAAAATGG  49

seq1  AATAACCTCATGACACCATACTATTTATTCCTGCAACCAAGATTCCAAAG  95
       |||||||||||||| ||||||||||||| |||||  | |||||||||| 
seq2  -ATAACCTCATGACA-CATACTATTTATT-CTGCA--CCAGATTCCAAA-  93

seq1  TAAAAGCAACCAGCTAGGATGGATGCCTCCAAAGA-GGTCAGTGACACTT  144
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||| |
seq2  TAAAAGCAACCAGCTAGGAT-GATGCCTCCAAAGAGGGTCAGTGACAC-T  141

seq1  TTTTGCAAGGTGGTGGTACAGAGAAAGAAGTTGTGGAGTAGGCACTAGCA  194
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGCAAGGTGGTGGTACAGAGAAAGAAGTTGTGGAGTAGGCACTAGCA  191

seq1  ATTTCAGATTCTATTTGTTATCTCACTCTGG-CCTCTGG-CCAACCCTGG  242
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||
seq2  ATTTCAGATTCTATTTGTTATCTCACTCTGGCCCTCTGGCCCAACCCTGG  241

seq1  ACAAGTCAGTTTAGTCTTAGGATCCTTTTTTTCCTCTTGGTAAAATGAAG  292
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAGTCAGTTTAGTCTTAGGATCCTTTTTTTCCTCTTGGTAAAATGAAG  291

seq1  GTGGCTATCTGTTAGGGATAAAACAACAGGTCGTTTCTTTGAGTGAGGGA  342
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGCTATCTGTTAGGGATAAAACAACAGGTCGTTTCTTTGAGTGAGGGA  341

seq1  AGGGGATGTGGATAATGGGAGTGGGCTGGGTGAAGGCAGTGAAGACTGAC  392
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGGATGTGGATAATGGGAGTGGGCTGGGTGAAGGCAGTGAAGACTGAC  391

seq1  CTGGATGTCCTAGCCCTAGAGTCTCTAATGGGGAGAGAGGGGGCCATATG  442
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGATGTCCTAGCCCTAGAGTCTCTAATGGGGAGAGAGGGGGCCATATG  441

seq1  CTCCAATTTGGCAAGGAATTAAAACTGTCCTACTTTTTAACTACTAATAA  492
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCAATTTGGCAAGGAATTAAAACTGTCCTACTTTTTAACTACTAATAA  491

seq1  CTAATTACTATCATTTAATAACTAATGATGAATATTTAAGCATAGAAGGG  542
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAATTACTATCATTTAATAACTAATGATGAATATTTAAGCATAGAAGGG  541

seq1  AGGAGATGACACTGAGGAAGAGGGCTGACCACTGAGGTCTCTCTATCAAA  592
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGATGACACTGAGGAAGAGGGCTGACCACTGAGGTCTCTCTATCAAA  591

seq1  ACATATCCAAATGTTGTCTTAGCTCAACTTTTCCCTCTTTAAGCATACAG  642
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATATCCAAATGTTGTCTTAGCTCAACTTTTCCCTCTTTAAGCATACAG  641

seq1  AATAATGTACAAGCTGGGACATCATCTTATCCCCAGACTGAAGGAAAGTA  692
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAATGTACAAGCTGGGACATCATCTTATCCCCAGACTGAAGGAAAGTA  691

seq1  CTTTCCTCTTCTTTGTTTACCCATCTACAAAGAATCTTATTCAAAACGGT  742
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCCTCTTCTTTGTTTACCCATCTACAAAGAATCTTATTCAAAACGGT  741

seq1  GGTGACATTTCAATGCAGAACAATGGCTATCTTTCACTGGAGAGGTCACT  792
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGACATTTCAATGCAGAACAATGGCTATCTTTCACTGGAGAGGTCACT  791

seq1  ACACACTGTGTCCTTCACACTCAATCAAACCCTGACTCTACTTCCCCCAG  842
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACTGTGTCCTTCACACTCAATCAAACCCTGACTCTACTTCCCCCAG  841

seq1  TAGAATGAAAAGGTAGCCATGTTCAGATTTTGAATACCAACAGTGCAGCA  892
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAATGAAAAGGTAGCCATGTTCAGATTTTGAATACCAACAGTGCAGCA  891

seq1  ATGCAGAAATCTGATTTTCTACAGAGTGAATTAAGTAGCCATACATCAAC  942
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCAGAAATCTGATTTTCTACAGAGTGAATTAAGTAGCCATACATCAAC  941

seq1  ACCCACTCACTTAGTCACTTCAAGCACATGCATAAATATCTACTCTACCA  992
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCACTCACTTAGTCACTTCAAGCACATGCATAAATATCTACTCTACCA  991

seq1  AGGGTGACTATTGAATTCTCTTGCTGGTAATGTGTGGGAGTGGACCTACA  1042
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGTGACTATTGAATTCTCTTGCTGGTAATGTGTGGGAGTGGACCTACA  1041

seq1  TG  1044
      ||
seq2  TG  1043

seq1: chr11_44536287_44536719
seq2: B6Ng01-056I02.g_69_501

seq1  GAATTCACTTTGCTGAGGACTTGGAGCCCACTGGTTCTCTTTTCTATAGG  50
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTTTGTTGAGGACTTGGAGCCCACTGGTTCTCTTTTCTATAGG  50

seq1  GGAATGTTTTAATGTACACAGCTCAGGTTGTGAGAGAACCCTTGTGCTAT  100
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAATTTTTTAATGTACACAGCTCAGGTTGTGAGAGAACCCTTGTGCTAT  100

seq1  CTGTGGATAAATGAGGAGGGACATGGGGATGTGAACACAGAGGTAGTTAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGGATAAATGAGGAGGGACATGGGGATGTGAACACAGAGGTAGTTAT  150

seq1  TTGCATGCATTATTCAGGCCCTTTTAAACTTGAATAGGAGGCATCAGAGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCATGCATTATTCAGGCCCTTTTAAACTTGAATAGGAGGCATCAGAGA  200

seq1  TGTAGCTCAGTAAGAGAATGCTTGACTATGCCGGAGTCTTTGGATTTGAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAGCTCAGTAAGAGAATGCTTGACTATGCCGGAGTCTTTGGATTTGAT  250

seq1  CTTCAGTGCCATTTTTTAAAAAGTAGATCTCATCTAGAAATGGAAGAAAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCAGTGCCATTTTTTAAAAAGTAGATCTCATCTAGAAATGGAAGAAAT  300

seq1  GAGAGCTAACCTTCCTGTGTCATCAAGTTCTTGAGTGAACTTGATGCAAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGCTAACCTTCCTGTGTCATCAAGTTCTTGAGTGAACTTGATGCAAG  350

seq1  ATCCCAAGAGTTAAAATATCAAACTTGGCCTTTCAGTTGTAAGGAATGGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCCAAGAGTTAAAATATCAAACTTGGCCTTTCAGTTGTAAGGAATGGA  400

seq1  AGGGAGAAGGGATATATGTTAGTGTAGAGAAAC  433
      |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGAGAAGGGATATATGTTAGTGTAGAGAAAC  433