BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-059P19
Chromosome11 (Build37)
Map Location 81,552,204 - 81,683,808
singlet/doubletdoublet
Overlap geneAccn1, 5530401A14Rik
Upstream geneMyo1d, Tmem98, Spaca3, 1700071K01Rik
Downstream geneCcl2, Ccl7, Ccl11, Ccl12, Ccl8, Ccl1, Tmem132e, Cct6b, Ccdc16, Lig3, Rffl
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-059P19.bB6Ng01-059P19.g
ACCDH881103DH881104
length9581,065
definitionDH881103|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-059P19, 5' end.DH881104|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-059P19, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(81,552,204 - 81,553,162)(81,682,738 - 81,683,808)
sequence
gaattccaggttcagtgagagactctttatcaaaaaaataagacagtgat
tgaggaagacactggcttgtaaacatgcctgcatgcacactccaccctaa
cttataagaaatgctctgcatgcacaatcaggtgcgagaatcacctaggg
caccagtcaggaagggggtagctgctggttggttattcactactctgtgt
aatcttgagactgtctctggatttctatggattaatgtggttctccctgt
tagtaggagaccacaaactaaaccacaggatcctggattcagattctagg
atatttacatctaggagacatggtgtggggtggcacacacagtgtaacac
aatccacagctgttactcccaccttcctgcgtttctgtccagccctggct
ggctcacattgactgtggctcacctatagggtgagtgttgaggacctttc
taactcacatgttggctgatgtcaggtacatggggtttcccatctgtcat
cccttgtactctggggattcacaaagggagatttgtgattaaagctgatt
ggctggaggttttattgttgatgactttcagactatgtgtcagttttatt
ctcactggggaatggaaaatattttgatgtttcttcgatgaactccctaa
gggggtggagagaaggactcagcgactctgcacaattacttcctgccaga
tgtgaactaacttcttcatataaacccagagcacacttgggcagttagga
gaaacctactaggactcaggaagaggaaaaagggagggaagaagaagagt
ctgcatgggctatttgtgtgttgaagcacacatgcacacatgggcacaca
tgcatgcatgtacattgggccccatgatgtgggcagctacctgtacagtg
agcattccttgactgccctcatcttggcatgcacttgttggatgggggtg
gggaagct
gaattctgtttatcagcataattgtatccttatgtgttttgttttgtttc
ctgccaagtagaattcagttttctggatataccacagttcatcaatccat
cattggttggcattgtataatttccagtttggaactcttacaaatgaatc
tgttatgaacattcacatttaagtcttctaggggacctgtgtgttcattt
tcatctggtgaatccataagagtgaaatgggtatgtcaaataagaggcaa
gggtttaaattttttaagggatggctctgttgatttccagagtggcccca
ccactttgcatagtagtgtttgcacttcagttattctggatacttaataa
aacttgggttttgccttcttgatttaagaagagtgaaatctctctggact
tttgctttacagttttctaatggttgattaacactgagcaaattctcatc
actcctgatgaacatacggagatgtttctactggggatgcaattctcaag
agaacaaattcttggactctcttagagaatgttgccaagctacttcagag
tgagagatgctgaaggaaggatgctgtggtacacgctacttctgatttgt
ccttgtttaggtccctgtatctacttcctaactaaatcagtgaaaagcat
tttaactctttttaccccatgaccccatactaagtgccatccattctcgg
aggtgagaaagagttagcttggtttgatggtcacctccgtgctgggtttg
cgtatttacttccctgctgagagacagagatacacccatgttacagctgt
gcagcagaagctcagagagaagtgcattttcatagttaggggaggtggag
cttattacaggtttaaggttaacagccctgtgtctctgttcatgagccac
ctccctttgatcgcaccgcttcccaggtgcttgagaagaaacatcttgac
tgattgtacagagcgctgttgaaaactgtgctgagaggctcttgccatga
tctgaccttgttgcatgccagtctcctctccactctcatctggatgttcg
ggaagatttccaaca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr11_81552204_81553162
seq2: B6Ng01-059P19.b_51_1008

seq1  GAATTCCAGGTTCAGTGAGAGACTCTTTATCAAAAAAATAAGACAGTGAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAGGTTCAGTGAGAGACTCTTTATCAAAAAAATAAGACAGTGAT  50

seq1  TGAGGAAGACACTGGCTTGTAAACATGCCTGCATGCACACTCCACCCTAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGGAAGACACTGGCTTGTAAACATGCCTGCATGCACACTCCACCCTAA  100

seq1  CTTATAAGAAATGCTCTGCATGCACAATCAGGTGCGAGAATCACCTAGGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTATAAGAAATGCTCTGCATGCACAATCAGGTGCGAGAATCACCTAGGG  150

seq1  CACCAGTCAGGAAGGGGGTAGCTGCTGGTTGGTTATTCACTACTCTGTGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCAGTCAGGAAGGGGGTAGCTGCTGGTTGGTTATTCACTACTCTGTGT  200

seq1  AATCTTGAGACTGTCTCTGGATTTCTATGGATTAATGTGGTTCTCCCTGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCTTGAGACTGTCTCTGGATTTCTATGGATTAATGTGGTTCTCCCTGT  250

seq1  TAGTAGGAGACCACAAACTAAACCACAGGATCCTGGATTCAGATTCTAGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTAGGAGACCACAAACTAAACCACAGGATCCTGGATTCAGATTCTAGG  300

seq1  ATATTTACATCTAGGAGACATGGTGTGGGGTGGCACACACAGTGTAACAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTTACATCTAGGAGACATGGTGTGGGGTGGCACACACAGTGTAACAC  350

seq1  AATCCACAGCTGTTACTCCCACCTTCCTGCGTTTCTGTCCAGCCCTGGCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCCACAGCTGTTACTCCCACCTTCCTGCGTTTCTGTCCAGCCCTGGCT  400

seq1  GGCTCACATTGACTGTGGCTCACCTATAGGGTGAGTGTTGAGGACCTTTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTCACATTGACTGTGGCTCACCTATAGGGTGAGTGTTGAGGACCTTTC  450

seq1  TAACTCACATGTTGGCTGATGTCAGGTACATGGGGTTTCCCATCTGTCAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACTCACATGTTGGCTGATGTCAGGTACATGGGGTTTCCCATCTGTCAT  500

seq1  CCCTTGTACTCTGGGGATTCACAAAGGGAGATTTGTGATTAAAGCTGATT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTTGTACTCTGGGGATTCACAAAGGGAGATTTGTGATTAAAGCTGATT  550

seq1  GGCTGGAGGTTTTATTGTTGATGACTTTCAGACTATGTGTCAGTTTTATT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTGGAGGTTTTATTGTTGATGACTTTCAGACTATGTGTCAGTTTTATT  600

seq1  CTCACTGGGGAATGGAAAATATTTTGATGTTTCTTCGATGAACTCCCTAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCACTGGGGAATGGAAAATATTTTGATGTTTCTTCGATGAACTCCCTAA  650

seq1  GGGGGTGGAGAGAAGGACTCAGCGACTCTGCACAATTACTTCCTGCCAGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGGTGGAGAGAAGGACTCAGCGACTCTGCACAATTACTTCCTGCCAGA  700

seq1  TGTGAACTAACTTCTTCATATAAACCCAGAGCACACTTGGGCAGTTAGGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGAACTAACTTCTTCATATAAACCCAGAGCACACTTGGGCAGTTAGGA  750

seq1  GAAACCTACTAGGACTCAGGAAGAGGAAAAAGGGAGGGAAGAAGAAGAGT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAACCTACTAGGACTCAGGAAGAGGAAAAAGGGAGGGAAGAAGAAGAGT  800

seq1  CTGCAGGGGCTATTTGTGTGTTGAAGCACACATGCACACATGGGCACACA  850
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCATGGGCTATTTGTGTGTTGAAGCACACATGCACACATGGGCACACA  850

seq1  TGCATGCATGTACATTGGGCCCCATGATGTGGGCAGCTACCTGTACAGTG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCATGCATGTACATTGGGCCCCATGATGTGGGCAGCTACCTGTACAGTG  900

seq1  AGCATTCCTGGACTGCCCTCATCTTGGCATGCACTTGTTGGGATGGGGGT  950
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  AGCATTCCTTGACTGCCCTCATCTTGGCATGCACTTGTT-GGATGGGGGT  949

seq1  GGGGAGGCT  959
      ||||| |||
seq2  GGGGAAGCT  958

seq1: chr11_81682738_81683808
seq2: B6Ng01-059P19.g_70_1134 (reverse)

seq1  TGTTGGAAATTCTTTCCCGAACATCCCAGATGAGGAGTGGAGGAGAGACT  50
      ||||||||||   ||||||||||| |||||||| ||||||||  ||||||
seq2  TGTTGGAAAT--CTTCCCGAACAT-CCAGATGA-GAGTGGAGAGGAGACT  46

seq1  GGCATGCAACAAAGCTCAGAATCATGGCAAGAGCCTCTCAGCACAGTTTT  100
      |||||||||| ||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCATGCAAC-AAGGTCAG-ATCATGGCAAGAGCCTCTCAGCACAGTTTT  94

seq1  CAACAGCGCTTCTGTACAATCAGTC-AGATGTGTCTTCTCAAGCACCTGG  149
      ||||||||| ||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||
seq2  CAACAGCGC-TCTGTACAATCAGTCAAGATGTTTCTTCTCAAGCACCTGG  143

seq1  GAAGCGGTGCGATCAAAGGGAGGTGGCTCATGGAACAGAGACACAGGGCT  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  GAAGCGGTGCGATCAAAGGGAGGTGGCTCAT-GAACAGAGACACAGGGCT  192

seq1  GTTAACCTTAAACCTGTGATAAGCTCCACCTCCCCTAACTATGAAAATGC  249
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAACCTTAAACCTGTAATAAGCTCCACCTCCCCTAACTATGAAAATGC  242

seq1  ACTTCTCTCTGAGCTTCTGCTGCACAGCTGTAACATGGGTGTATCTCTGT  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTCTCTCTGAGCTTCTGCTGCACAGCTGTAACATGGGTGTATCTCTGT  292

seq1  CTCTCAGCAGGGAAGTAAATACGCAAACCCAGCACGGAGGTGACCATCAA  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCAGCAGGGAAGTAAATACGCAAACCCAGCACGGAGGTGACCATCAA  342

seq1  ACCAAGCTAACTC-TTCTCACCTCCGAGAATGGATGGCACTTAGTATGGG  398
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAAGCTAACTCTTTCTCACCTCCGAGAATGGATGGCACTTAGTATGGG  392

seq1  GTCATGGGGTAAAAAGAGTTAAAATGCTTTTCACTGATTTAGTTAGGAAG  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCATGGGGTAAAAAGAGTTAAAATGCTTTTCACTGATTTAGTTAGGAAG  442

seq1  TAGATACAGGGACCTAAACAAGGACAAATCAGAAGTAGCGTGTACCACAG  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGATACAGGGACCTAAACAAGGACAAATCAGAAGTAGCGTGTACCACAG  492

seq1  CATCCTTCCTTCAGCATCTCTCACTCTGAAGTAGCTTGGCAACATTCTCT  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCCTTCCTTCAGCATCTCTCACTCTGAAGTAGCTTGGCAACATTCTCT  542

seq1  AAGAGAGTCCAAGAATTTGTTCTCTTGAGAATTGCATCCCCAGTAGAAAC  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGAGTCCAAGAATTTGTTCTCTTGAGAATTGCATCCCCAGTAGAAAC  592

seq1  ATCTCCGTATGTTCATCAGGAGTGATGAGAATTTGCTCAGTGTTAATCAA  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTCCGTATGTTCATCAGGAGTGATGAGAATTTGCTCAGTGTTAATCAA  642

seq1  CCATTAGAAAACTGTAAAGCAAAAGTCCAGAGAGATTTCACTCTTCTTAA  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATTAGAAAACTGTAAAGCAAAAGTCCAGAGAGATTTCACTCTTCTTAA  692

seq1  ATCAAGAAGGCAAAACCCAAGTTTTATTAAGTATCCAGAATAACTGAAGT  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAAGAAGGCAAAACCCAAGTTTTATTAAGTATCCAGAATAACTGAAGT  742

seq1  GCAAACACTACTATGCAAAGTGGTGGGGCCACTCTGGAAATCAACAGAGC  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAACACTACTATGCAAAGTGGTGGGGCCACTCTGGAAATCAACAGAGC  792

seq1  CATCCCTTAAAAAATTTAAACCCTTGCCTCTTATTTGACATACCCATTTC  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCCCTTAAAAAATTTAAACCCTTGCCTCTTATTTGACATACCCATTTC  842

seq1  ACTCTTATGGATTCACCAGATGAAAATGAACACACAGGTCCCCTAGAAGA  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCTTATGGATTCACCAGATGAAAATGAACACACAGGTCCCCTAGAAGA  892

seq1  CTTAAATGTGAATGTTCATAACAGATTCATTTGTAAGAGTTCCAAACTGG  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAAATGTGAATGTTCATAACAGATTCATTTGTAAGAGTTCCAAACTGG  942

seq1  AAATTATACAATGCCAACCAATGATGGATTGATGAACTGTGGTATATCCA  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTATACAATGCCAACCAATGATGGATTGATGAACTGTGGTATATCCA  992

seq1  GAAAACTGAATTCTACTTGGCAGGAAACAAAACAAAACACATAAGGATAC  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAACTGAATTCTACTTGGCAGGAAACAAAACAAAACACATAAGGATAC  1042

seq1  AATTATGCTGATAAACAGAATTC  1071
      |||||||||||||||||||||||
seq2  AATTATGCTGATAAACAGAATTC  1065