BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-062J20
Chromosome11 (Build37)
Map Location 52,323,282 - 52,460,617
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100040523
Upstream geneCol23a1, Agxt2l2, Hnrpab, Nola2, Rmnd5b, C330016O10Rik, D930048N14Rik, 0610009B22Rik, Sec24a, LOC100040402, Sar1b, Phf15, D11Ertd497e, Ube2b, Cdkl3, LOC100040437, Ppp2ca, Olfr1373, Olfr1372-ps1, Olfr1371, Skp1a, Tcf7, Vdac1, 9530068E07Rik, LOC667659, LOC667667
Downstream geneFstl4, LOC623205, Hspa4, Zcchc10, Aff4, LOC100040576, Leap2, Uqcrq, Gdf9, Shroom1, ENSMUSG00000049427, Ankrd43, LOC546500, Sept8, Cycl, Kif3a, Il4, Il13, LOC667731
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-062J20.bB6Ng01-062J20.g
ACCDH882957DH882958
length1,1071,112
definitionDH882957|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-062J20, 5' end.DH882958|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-062J20, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(52,459,490 - 52,460,617)(52,323,282 - 52,324,409)
sequence
gaattcctgagaaacacttctgcctttgttgctttcaacatcattaaaac
agccaccctacagcggaacctgggctctaagaacaacagcccttgggaga
aacatttattgggcaccaaccacacatgcttgctaaacctttaacacccc
catactgcaaagagggaatgggatggttttaactgtcaacttggcacaac
ctagaatcacctagaaagagagtctcaatgaggcgctgggtttacccctg
ggcatgtctctggagattgtcttgattgaggtgggaagacccacccactg
tgggtggcaccattccctagggctgggccttgaactctatcaaagtagaa
aatgtgcagtgagcaaaagcatgcatgcattctttgtcctggtcctgatt
atggacacaatgtagccagctctttccagcttctgcctctgtgattgcct
gtagcctggaactgtgggctgaagtaaacctcttcttccctaagtgtttt
tcttttttttttttttaagtagtttagcacagccacagacatgaaatcag
gataggaaggggcagtaattagcccctttatggaggtcctgagagtactc
tgaagagcggtggctgtgaatagaactgagatttgctccagctcctaagc
aatcccactttcaaaacatggacgagagtcatctcagtctatttgcacct
gagatcaacacatctctggactccaagggagggggagacagcctctgcct
cctgtctgaaggctgtccctaccctctatctaatccattaagtaaccaga
ctcattttgttaatgcctcaatcttgatattgaaatacttgtgtcactca
agccctggcccagatcgtgtgtcaacccaacccattctccacccccagct
ccactacaggccatgcaatgctcacctgctgattgaatatgcaattaagg
atatagaaatccattctgcgtagtgccatctgcatgcacgtctgacagct
aatttgatggtgctctgtatcataagcactcatgcagtagccaggaaatt
taccttttttttcctaccattatagcaaaaaaaaaaaaaccctcctgctt
gctctac
gaattccttatgtcctgtttttgggaagctgttgattagtcccttgtaga
gctaactttatgcatagtcatttttttccccacttttcaagtagaggggc
tcaggcaaacagggcctggtataaagtaggcagacatttatgcaaaaatg
aatggatgaatgaatgaatgagcaaggctttcctatcctctccatctttg
cagtctcattagacttttttaacacccaagctggcatttatgagttcact
cctataataggttaagcggtgtccctccaaatccatgtataatgagaact
ttaggctgtgagctgattgaaaacagggtctatgtggatgtaattagtta
aggatcttgagatgaaaacctctctggatttgcagtgagtactaaagcaa
ataactcatgtcttggatgagggaggagaccaagggagaaacagggatag
cgatctgccaagatggagccagagactggtgtgatgtgatccaagcccag
agcagccggatggttggttcccatctgcagctaagagagggtcttagctg
tagactccaggaaacatcagctaaccctgcttttgaactcacagcttcct
aatatgtgagggaataacttctgatttttttctctttacttgtatatgtg
tgcaggtgtgcacgtatgcagtattagggtgtgtgcttgtggaggctaga
ggacaacatcagctgtcatcatttcctaatcattgtccagggctggcttg
aaggtcaccaagtaggctaagctggctgacttgtgactccagagttcctc
ctgtctctgcctctccagcactgggattgccaatgcgtgttaccatgtgt
gacttctttttgtaaatgtgagttctggagaagtggactcaggagaaaag
catgttaccagctgggccattacctcattaccaagttaccctgtttatgg
taacttgttttagcatccttgaacactagataaccttatagctctggata
ggctgtaaatcctctctgttcctaccttgatcagctaggagaagtttggg
tcatagctggatgtctgtgtctgaaaatactgaacaattcttggtttgac
tggtcttcaaaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr11_52459490_52460617
seq2: B6Ng01-062J20.b_48_1154 (reverse)

seq1  GTAGCAGCAGAGCAGGGAGTGGTTTTTTTTTTTTTTTTGCTTATAAATGG  50
      |||| |||| |||| |||| |    ||||||||||||||| ||| |||| 
seq2  GTAG-AGCA-AGCA-GGAGGG----TTTTTTTTTTTTTGC-TAT-AATG-  40

seq1  TGTAGGAAAAAAAAAAGGTAAATTTCCTGGCTACTGCATGAGTGCTTTAT  100
       |||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   
seq2  -GTAGG--AAAAAAAAGGTAAATTTCCTGGCTACTGCATGAGTGCTT--A  85

seq1  TGATTACAGAGCACCAATCAAATTAGCTGTCAGACGTGCATGCAGATGGC  150
      ||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGA-TACAGAGCACC-ATCAAATTAGCTGTCAGACGTGCATGCAGATGGC  133

seq1  ACTACGCAGAATGGATTTTCTATATCCCTTAATTGCATTATTTCAATCAG  200
      ||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||   |||||||||
seq2  ACTACGCAGAATGGA-TTTCTATAT-CCTTAATTGCAT--ATTCAATCAG  179

seq1  CAGGTGAGCATTGCATGGCCTGTAGTGGAGCTGGGGGTGGAGAATGGGTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGTGAGCATTGCATGGCCTGTAGTGGAGCTGGGGGTGGAGAATGGGTT  229

seq1  GGGTTGACACACGATCTGGGCCAGGGCTTGAGTGACACAAGTATTTCAAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTTGACACACGATCTGGGCCAGGGCTTGAGTGACACAAGTATTTCAAT  279

seq1  ATCAAGATTGAGGCATTAACAAAATGAGTCTGGTTACTTAATGGATTAGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAAGATTGAGGCATTAACAAAATGAGTCTGGTTACTTAATGGATTAGA  329

seq1  TAGAGGGTAGGGACAGCCTTCAGACAGGAGGCAGAGGCTGTCTCCCCCTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAGGGTAGGGACAGCCTTCAGACAGGAGGCAGAGGCTGTCTCCCCCTC  379

seq1  CCTTGGAGTCCAGAGATGTGTTGATCTCAGGTGCAAATAGACTGAGATGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTGGAGTCCAGAGATGTGTTGATCTCAGGTGCAAATAGACTGAGATGA  429

seq1  CTCTCGTCCATGTTTTGAAAGTGGGATTGCTTAGGAGCTGGAGCAAATCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCGTCCATGTTTTGAAAGTGGGATTGCTTAGGAGCTGGAGCAAATCT  479

seq1  CAGTTCTATTCACAGCCACCGCTCTTCAGAGTACTCTCAGGACCTCCATA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTTCTATTCACAGCCACCGCTCTTCAGAGTACTCTCAGGACCTCCATA  529

seq1  AAGGGGCTAATTACTGCCCCTTCCTATCCTGATTTCATGTCTGTGGCTGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGGGCTAATTACTGCCCCTTCCTATCCTGATTTCATGTCTGTGGCTGT  579

seq1  GCTAAACTACTTAAAAAAAAAAAAAAGAAAAACACTTAGGGAAGAAGAGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTAAACTACTTAAAAAAAAAAAAAAGAAAAACACTTAGGGAAGAAGAGG  629

seq1  TTTACTTCAGCCCACAGTTCCAGGCTACAGGCAATCACAGAGGCAGAAGC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTACTTCAGCCCACAGTTCCAGGCTACAGGCAATCACAGAGGCAGAAGC  679

seq1  TGGAAAGAGCTGGCTACATTGTGTCCATAATCAGGACCAGGACAAAGAAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAAAGAGCTGGCTACATTGTGTCCATAATCAGGACCAGGACAAAGAAT  729

seq1  GCATGCATGCTTTTGCTCACTGCACATTTTCTACTTTGATAGAGTTCAAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATGCATGCTTTTGCTCACTGCACATTTTCTACTTTGATAGAGTTCAAG  779

seq1  GCCCAGCCCTAGGGAATGGTGCCACCCACAGTGGGTGGGTCTTCCCACCT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCAGCCCTAGGGAATGGTGCCACCCACAGTGGGTGGGTCTTCCCACCT  829

seq1  CAATCAAGACAATCTCCAGAGACATGCCCAGGGGTAAACCCAGCGCCTCA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATCAAGACAATCTCCAGAGACATGCCCAGGGGTAAACCCAGCGCCTCA  879

seq1  TTGAGACTCTCTTTCTAGGTGATTCTAGGTTGTGCCAAGTTGACAGTTAA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAGACTCTCTTTCTAGGTGATTCTAGGTTGTGCCAAGTTGACAGTTAA  929

seq1  AACCATCCCATTCCCTCTTTGCAGTATGGGGGTGTTAAAGGTTTAGCAAG  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCATCCCATTCCCTCTTTGCAGTATGGGGGTGTTAAAGGTTTAGCAAG  979

seq1  CATGTGTGGTTGGTGCCCAATAAATGTTTCTCCCAAGGGCTGTTGTTCTT  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTGTGGTTGGTGCCCAATAAATGTTTCTCCCAAGGGCTGTTGTTCTT  1029

seq1  AGAGCCCAGGTTCCGCTGTAGGGTGGCTGTTTTAATGATGTTGAAAGCAA  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGCCCAGGTTCCGCTGTAGGGTGGCTGTTTTAATGATGTTGAAAGCAA  1079

seq1  CAAAGGCAGAAGTGTTTCTCAGGAATTC  1128
      ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGGCAGAAGTGTTTCTCAGGAATTC  1107

seq1: chr11_52323282_52324409
seq2: B6Ng01-062J20.g_70_1181

seq1  GAATTCCTTATGTCCTGTTTTTGGGAAGCTGTTGATTAGTCCCTTGTAGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTTATGTCCTGTTTTTGGGAAGCTGTTGATTAGTCCCTTGTAGA  50

seq1  GCTAACTTTATGCATAGTCATTTTTTTCCCCACTTTTCAAGTAGAGGGGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTAACTTTATGCATAGTCATTTTTTTCCCCACTTTTCAAGTAGAGGGGC  100

seq1  TCAGGCAAACAGGGCCTGGTATAAAGTAGGCAGACATTTATGCAAAAATG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGGCAAACAGGGCCTGGTATAAAGTAGGCAGACATTTATGCAAAAATG  150

seq1  AATGGATGAATGAATGAATGAGCAAGGCTTTCCTATCCTCTCCATCTTTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGGATGAATGAATGAATGAGCAAGGCTTTCCTATCCTCTCCATCTTTG  200

seq1  CAGTCTCATTAGACTTTTTTAACACCCAAGCTGGCATTTATGAGTTCACT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTCTCATTAGACTTTTTTAACACCCAAGCTGGCATTTATGAGTTCACT  250

seq1  CCTATAATAGGTTAAGCGGTGTCCCTCCAAATCCATGTATAATGAGAACT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTATAATAGGTTAAGCGGTGTCCCTCCAAATCCATGTATAATGAGAACT  300

seq1  TTAGGCTGTGAGCTGATTGAAAACAGGGTCTATGTGGATGTAATTAGTTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGGCTGTGAGCTGATTGAAAACAGGGTCTATGTGGATGTAATTAGTTA  350

seq1  AGGATCTTGAGATGAAAACCTCTCTGGATTTGCAGTGAGTACTAAAGCAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGATCTTGAGATGAAAACCTCTCTGGATTTGCAGTGAGTACTAAAGCAA  400

seq1  ATAACTCATGTCTTGGATGAGGGAGGAGACCAAGGGAGAAACAGGGATAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAACTCATGTCTTGGATGAGGGAGGAGACCAAGGGAGAAACAGGGATAG  450

seq1  CGATCTGCCAAGATGGAGCCAGAGACTGGTGTGATGTGATCCAAGCCCAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGATCTGCCAAGATGGAGCCAGAGACTGGTGTGATGTGATCCAAGCCCAG  500

seq1  AGCAGCCGGATGGTTGGTTCCCATCTGCAGCTAAGAGAGGGTCTTAGCTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGCCGGATGGTTGGTTCCCATCTGCAGCTAAGAGAGGGTCTTAGCTG  550

seq1  TAGACTCCAGGAAACATCAGCTAACCCTGCTTTTGAACTCACAGCTTCCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGACTCCAGGAAACATCAGCTAACCCTGCTTTTGAACTCACAGCTTCCT  600

seq1  AATATGTGAGGGAATAACTTCTGATTTTTTTCTCTTTACTTGTATATGTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATGTGAGGGAATAACTTCTGATTTTTTTCTCTTTACTTGTATATGTG  650

seq1  TGCAGGTGTGCACGTATGCAGTATTAGGGTGTGTGCTTGTGGAGGCTAGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAGGTGTGCACGTATGCAGTATTAGGGTGTGTGCTTGTGGAGGCTAGA  700

seq1  GGACAACATCAGCTGTCATCATTTCCTAATCATTGTCCAGGGCTGGCTTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACAACATCAGCTGTCATCATTTCCTAATCATTGTCCAGGGCTGGCTTG  750

seq1  AAGGTCACCAAGTAGGCTAAGCTGGCTGACTTGTGACTCCAGAGTTCCTC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGTCACCAAGTAGGCTAAGCTGGCTGACTTGTGACTCCAGAGTTCCTC  800

seq1  CTGTCTCTGCCTCTCCAGCACTGGGATTGCCAATGCGTGTTACCATGTGT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTCTCTGCCTCTCCAGCACTGGGATTGCCAATGCGTGTTACCATGTGT  850

seq1  GACTTCTTTTTGTTAAATGTGAGTTCTGGAGAAGTGGACTCAGGAGAAAA  900
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTTCTTTTTG-TAAATGTGAGTTCTGGAGAAGTGGACTCAGGAGAAAA  899

seq1  GCATGTTACCAGCTGGGCCATTACCCCATTACCAAGTTACCCTGTTTATG  950
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATGTTACCAGCTGGGCCATTACCTCATTACCAAGTTACCCTGTTTATG  949

seq1  GTAACTTGTTTTAGCATCCTTGAAACACTAAGATAACCTTATTAGCATCT  1000
      |||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| |||| |||
seq2  GTAACTTGTTTTAGCATCCTTG-AACACT-AGATAACCTTA-TAGC-TCT  995

seq1  -GATAGGCTGTTAAATCCTCTCTTGTTCCCTACCTTGATCAGCTTAGGAG  1049
       ||||||||| ||||||||||| |||| ||||||||||||||| ||||||
seq2  GGATAGGCTG-TAAATCCTCTC-TGTT-CCTACCTTGATCAGC-TAGGAG  1041

seq1  AAGGTTTGGGTCATAGCTGAATGTCTGTGTCCTGAAAATAACCTGACCAA  1099
      || |||||||||||||||| |||||||||| |||||||||  |||| |||
seq2  AA-GTTTGGGTCATAGCTGGATGTCTGTGT-CTGAAAATA--CTGAACAA  1087

seq1  ATATCTTGGTTTGACTGGGTCTTCCAAAA  1128
         ||||||||||||| ||||||| ||| 
seq2  --TTCTTGGTTTGACT-GGTCTTCAAAA-  1112