BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-065A05
Chromosome11 (Build37)
Map Location 64,827,118 - 64,970,878
singlet/doubletdoublet
Overlap geneAU040829, 1700086D15Rik
Upstream geneCox10, 2810001G20Rik, EG544785, Hs3st3a1, LOC626959, Elac2
Downstream geneLOC100041790, Myocd, Map2k4, Zkscan6, Dnahc9
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-065A05.bB6Ng01-065A05.g
ACCDH884622DH884623
length1,0621,117
definitionDH884622|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-065A05, 5' end.DH884623|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-065A05, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(64,969,814 - 64,970,878)(64,827,118 - 64,828,240)
sequence
gaattctctcagcccagaccttctgcaagtcattgtgagggagccttttt
ttttttcccttgagcagcaattaatcacctcccctcccacttttttccac
cagaggaattcatcaacactgattggtaattttttaataatggtgataag
aagcattgttttcttgtggctgtttaaaaaagtaaattagtagccatgtg
actaaaacagtaatttgtggttatttgttttagagggatctgtaagcatc
ccttttattagtagtcaagagcagattatttccaatgctatttctgtggt
gatgggaaatagggaggttatggtctggctcagtgctgagagctctctga
gctcagagagcaggttctggggacacagagaggatctgtcactcctccat
tcagggacccctgacccttgccgagttggggaggctgtgatgtctagcaa
atcgaaactctcctttctgtccaggaagcaaatgtaactctcattttcta
actttagagataatttttagaataaacgtttattttcccacagaattcgg
tttatttttagccattatttttagttgcataagtaatatttatcatagag
gaatgataaccttatgggtgaccagaaaaagggggacgcttggtgatttt
tctacctagagccacagttaatacttagttaatacttatttaggaggcat
cttccagtctcttattgaggtaatatcttggttgtatgagcttcctggag
tgtgcttgaacaagctaagattgttctgcagccatcggtgacaccattgt
tattgcaatccattgttgacctggacatcatgtgagaatagtgaccatta
ttatgtattctcttggttttttatgtattctcttgtaaccttcttaatca
attgccttcatcttatatcttgaatatgactatcataccagcaaatacag
tgtgcacataatcaataacataatgtctgcggatgtaatagtccaccata
gctactggttttcttgtaccttagttttgggctggttgacctcctttttt
attttttcctgg
gaattcctcagatcccctgtggcttcaaggaggctcttgaaatggaggag
gagtggctcttccgaggatttactggctttcaagtcatctgggacagacg
ccgtcacgggacagacaagctcaggaaagttatagactctagggtgggtg
tcaatgtgtttcctctggtagtcagagcaggccaaggaagattagcaagc
tttaatgctttctgggtttggggattttaacaggaaaaaggagaaagctt
attcctgcacaagggttggaggctgatgacacttggctgcagaggtcagg
gaacacgggaggcggtcagcctcaagtcctgaagcccagccctccactcc
tcaccacactctcttctgcttagaaggcccttccctcatcagggagagga
atcttaagtccttagaagcagggctgcggggggttgctttctctttccaa
gaatggcttctaatattgggaacctcagacgccagagtacccactgatct
gaatcacccaggaaaggagcaggcttgggcatcagttagatattaaacaa
gctctggtaatcatgactgacaaatgccagcagttaagaaccacaagctg
agtgcacgctgccaccttcaccagaggttgctgggccatgccaatcaccc
tgcctgtcaaagagactgacggatagaacatcatgggttcagtgaataca
cttgctgtgtccactgacattttcaagcagtttacataaatcttggggtg
actcaatagcccaggtggcagctccattctcggatacctaaacactcaaa
ggagcaagctactaattatgtacgtctggatgtccagataaactcagccc
aaaggcagcaaggacagagctgctcagttctctgcccagtgggggtggca
cacagaccagaagcatccgaccagatgtctgtctgtatcgacagctcaca
gtctctgctcattgctgtctcagagagctcagaacagactcaaggtgccg
ttgcgtattaggatgataaatggagtgggtgtatcacataactgactcca
gcgggtgctgttgatgggaatatcgaagccacaggaggctccagcacccc
atgactgatacctgagc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr11_64969814_64970878
seq2: B6Ng01-065A05.b_47_1108 (reverse)

seq1  CCAGG-AAAAATAAAAAAGATGTTCAAACCAGCCAAAAACCAAAGGTACA  49
      ||||| |||||||||||||  | || |||||||| |||| | ||||||||
seq2  CCAGGAAAAAATAAAAAAGGAGGTC-AACCAGCCCAAAA-CTAAGGTACA  48

seq1  AGAAAACCAGTTAGCTATGGTGGACTATTACATACCGCAGACATTATGTT  99
      |||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  AGAAAACCAG-TAGCTATGGTGGACTATTACAT-CCGCAGACATTATGTT  96

seq1  ATTGATTATGTGCACACTTGTATTTGCTGGTATGATAGTCATATTCAAGA  149
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGATTATGTGCACAC-TGTATTTGCTGGTATGATAGTCATATTCAAGA  145

seq1  TATAAGATGAAGGCAATTGATTAAGAAGGTTACAAGAGAATACATAAAAA  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAAGATGAAGGCAATTGATTAAGAAGGTTACAAGAGAATACATAAAAA  195

seq1  ACCAAGAGAATACATAAT-ATGGTCACTATTCTCACATGATGTCCAGGTC  248
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAAGAGAATACATAATAATGGTCACTATTCTCACATGATGTCCAGGTC  245

seq1  AACAATGGATTGCAATAACAATGGTGTCACCGATGGCTGCAGAACAATCT  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAATGGATTGCAATAACAATGGTGTCACCGATGGCTGCAGAACAATCT  295

seq1  TAGCTTGTTCAAGCACACTCCAGGAAGCTCATACAACCAAGATATTACCT  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCTTGTTCAAGCACACTCCAGGAAGCTCATACAACCAAGATATTACCT  345

seq1  CAATAAGAGACTGGAAGATGCCTCCTAAATAAGTATTAACTAAGTATTAA  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATAAGAGACTGGAAGATGCCTCCTAAATAAGTATTAACTAAGTATTAA  395

seq1  CTGTGGCTCTAGGTAGAAAAATCACCAAGCGTCCCCCTTTTTCTGGTCAC  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGGCTCTAGGTAGAAAAATCACCAAGCGTCCCCCTTTTTCTGGTCAC  445

seq1  CCATAAGGTTATCATTCCTCTATGATAAATATTACTTATGCAACTAAAAA  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATAAGGTTATCATTCCTCTATGATAAATATTACTTATGCAACTAAAAA  495

seq1  TAATGGCTAAAAATAAACCGAATTCTGTGGGAAAATAAACGTTTATTCTA  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATGGCTAAAAATAAACCGAATTCTGTGGGAAAATAAACGTTTATTCTA  545

seq1  AAAATTATCTCTAAAGTTAGAAAATGAGAGTTACATTTGCTTCCTGGACA  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATTATCTCTAAAGTTAGAAAATGAGAGTTACATTTGCTTCCTGGACA  595

seq1  GAAAGGAGAGTTTCGATTTGCTAGACATCACAGCCTCCCCAACTCGGCAA  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGGAGAGTTTCGATTTGCTAGACATCACAGCCTCCCCAACTCGGCAA  645

seq1  GGGTCAGGGGTCCCTGAATGGAGGAGTGACAGATCCTCTCTGTGTCCCCA  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTCAGGGGTCCCTGAATGGAGGAGTGACAGATCCTCTCTGTGTCCCCA  695

seq1  GAACCTGCTCTCTGAGCTCAGAGAGCTCTCAGCACTGAGCCAGACCATAA  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACCTGCTCTCTGAGCTCAGAGAGCTCTCAGCACTGAGCCAGACCATAA  745

seq1  CCTCCCTATTTCCCATCACCACAGAAATAGCATTGGAAATAATCTGCTCT  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCCCTATTTCCCATCACCACAGAAATAGCATTGGAAATAATCTGCTCT  795

seq1  TGACTACTAATAAAAGGGATGCTTACAGATCCCTCTAAAACAAATAACCA  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACTACTAATAAAAGGGATGCTTACAGATCCCTCTAAAACAAATAACCA  845

seq1  CAAATTACTGTTTTAGTCACATGGCTACTAATTTACTTTTTTAAACAGCC  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATTACTGTTTTAGTCACATGGCTACTAATTTACTTTTTTAAACAGCC  895

seq1  ACAAGAAAACAATGCTTCTTATCACCATTATTAAAAAATTACCAATCAGT  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAGAAAACAATGCTTCTTATCACCATTATTAAAAAATTACCAATCAGT  945

seq1  GTTGATGAATTCCTCTGGTGGAAAAAAGTGGGAGGGGAGGTGATTAATTG  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGATGAATTCCTCTGGTGGAAAAAAGTGGGAGGGGAGGTGATTAATTG  995

seq1  CTGCTCAAGGGAAAAAAAAAAAGGCTCCCTCACAATGACTTGCAGAAGGT  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTCAAGGGAAAAAAAAAAAGGCTCCCTCACAATGACTTGCAGAAGGT  1045

seq1  CTGGGCTGAGAGAATTC  1065
      |||||||||||||||||
seq2  CTGGGCTGAGAGAATTC  1062

seq1: chr11_64827118_64828240
seq2: B6Ng01-065A05.g_59_1175

seq1  GAATTCCTCAGATCCCCTGTGGCTTCAAGGAGGCTCTTGAAATGGAGGAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTCAGATCCCCTGTGGCTTCAAGGAGGCTCTTGAAATGGAGGAG  50

seq1  GAGTGGCTCTTCCGAGGATTTACTGGCTTTCAAGTCATCTGGGACAGACG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTGGCTCTTCCGAGGATTTACTGGCTTTCAAGTCATCTGGGACAGACG  100

seq1  CCGTCACGGGACAGACAAGCTCAGGAAAGTTATAGACTCTAGGGTGGGTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGTCACGGGACAGACAAGCTCAGGAAAGTTATAGACTCTAGGGTGGGTG  150

seq1  TCAATGTGTTTCCTCTGGTAGTCAGAGCAGGCCAAGGAAGATTAGCAAGC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAATGTGTTTCCTCTGGTAGTCAGAGCAGGCCAAGGAAGATTAGCAAGC  200

seq1  TTTAATGCTTTCTGGGTTTGGGGATTTTAACAGGAAAAAGGAGAAAGCTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAATGCTTTCTGGGTTTGGGGATTTTAACAGGAAAAAGGAGAAAGCTT  250

seq1  ATTCCTGCACAAGGGTTGGAGGCTGATGACACTTGGCTGCAGAGGTCAGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCCTGCACAAGGGTTGGAGGCTGATGACACTTGGCTGCAGAGGTCAGG  300

seq1  GAACACGGGAGGCGGTCAGCCTCAAGTCCTGAAGCCCAGCCCTCCACTCC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACACGGGAGGCGGTCAGCCTCAAGTCCTGAAGCCCAGCCCTCCACTCC  350

seq1  TCACCACACTCTCTTCTGCTTAGAAGGCCCTTCCCTCATCAGGGAGAGGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACCACACTCTCTTCTGCTTAGAAGGCCCTTCCCTCATCAGGGAGAGGA  400

seq1  ATCTTAAGTCCTTAGAAGCAGGGCTGCGGGGGGTTGCTTTCTCTTTCCAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTAAGTCCTTAGAAGCAGGGCTGCGGGGGGTTGCTTTCTCTTTCCAA  450

seq1  GAATGGCTTCTAATATTGGGAACCTCAGACGCCAGAGTACCCACTGATCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATGGCTTCTAATATTGGGAACCTCAGACGCCAGAGTACCCACTGATCT  500

seq1  GAATCACCCAGGAAAGGAGCAGGCTTGGGCATCAGTTAGATATTAAACAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATCACCCAGGAAAGGAGCAGGCTTGGGCATCAGTTAGATATTAAACAA  550

seq1  GCTCTGGTAATCATGACTGACAAATGCCAGCAGTTAAGAACCACAAGCTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCTGGTAATCATGACTGACAAATGCCAGCAGTTAAGAACCACAAGCTG  600

seq1  AGTGCACGCTGCCACCTTCACCAGAGGTTGCTGGGCCATGCCAATCACCC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGCACGCTGCCACCTTCACCAGAGGTTGCTGGGCCATGCCAATCACCC  650

seq1  TGCCTGTCAAAGAGACTGACGGATAGAACATCATGGGTTCAGTGAATACA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTGTCAAAGAGACTGACGGATAGAACATCATGGGTTCAGTGAATACA  700

seq1  CTTGCTGTGTCCACTGACATTTTCAAGCAG-TTACATAAATCTTGGGGTG  749
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  CTTGCTGTGTCCACTGACATTTTCAAGCAGTTTACATAAATCTTGGGGTG  750

seq1  ACTCAATAGCCCAGGTGGCAGCTCCATTCTCGGATACCTAAACACTCAAA  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCAATAGCCCAGGTGGCAGCTCCATTCTCGGATACCTAAACACTCAAA  800

seq1  GGAGCAAGCTACTAATTATGTACGTCTGGATGTCCAGATAAACTCAGCCC  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGCAAGCTACTAATTATGTACGTCTGGATGTCCAGATAAACTCAGCCC  850

seq1  AAAGGCAGCAAGGACAGAGCTGCTCAGTTCTCTGCCCAGTGGGGGTGGCA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGCAGCAAGGACAGAGCTGCTCAGTTCTCTGCCCAGTGGGGGTGGCA  900

seq1  CACAGACCAGAAGCATCCGACCAGATGTCTGTCTGTATCGACAGCTCACA  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  CACAGACCAGAAGCATCCGACCAGATGTCTGTCTGTATCGACAGCTCAC-  949

seq1  AGTCTCTGCTCATTGCTGTCTCAAGAGAGCTCAGAACAGACTCAAGGTGC  999
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCTCTGCTCATTGCTGTCTC-AGAGAGCTCAGAACAGACTCAAGGTGC  998

seq1  CGGTTGCGTATAAGGATGATAAAATGGAAGTGGGTGTAATCACA-AACTG  1048
      | ||||||||| |||||||| |||||| ||||||||| |||||| |||||
seq2  C-GTTGCGTATTAGGATGAT-AAATGG-AGTGGGTGT-ATCACATAACTG  1044

seq1  ACTCCAGCGGGTGCTGTTGATGGAGAT-TCGAAGCCCACAGGGAGGCTCC  1097
      |||||||||||||||||||||||  || |||||| ||||| |||||||||
seq2  ACTCCAGCGGGTGCTGTTGATGGGAATATCGAAG-CCACA-GGAGGCTCC  1092

seq1  AGCAACCCCATGACTGAGAACTGAGC  1123
      ||| ||||||||||||| | ||||||
seq2  AGC-ACCCCATGACTGATACCTGAGC  1117