BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-065N14
Chromosome11 (Build37)
Map Location 28,382,833 - 28,506,025
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCcdc85a
Upstream geneLOC100042377, EG626571
Downstream geneEfemp1, LOC382504, Pnpt1, A630052C17Rik, Smek2, LOC100042972, Ccdc104, LOC672637, LOC100042985, A430106J12Rik, 2010316F05Rik, LOC100042990, Mtif2, Rps27a, 1700034F02Rik, LOC628830, LOC666403
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-065N14.bB6Ng01-065N14.g
ACCDH885204DH885205
length1,105954
definitionDH885204|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-065N14, 5' end.DH885205|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-065N14, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(28,382,833 - 28,383,958)(28,505,065 - 28,506,025)
sequence
gaattccctaaatcctctggaagaaagaagaattcctgtactcaaaggaa
tcttatccttggaagccaggcagcagcgtacttgagcacgtgacagcata
gctgtggtttggcatcagtgtttctcttctatccaagcattaccatttag
tacagctcaagcatactcctccaaaactcaaggtcagctttgctccaaga
ggatcaagagagtgggaatgagtgagagagcaaagggttgggtatatcta
agttagttcaccaatgatttagcccttctactcatgctagcagcctatat
ctgagtttattctcagttttaaacatatttccatgtttaatcaacaagta
tttattcaaataaaatgcttgatatttatcctgaagggtgtcatgagtta
aataactaagtcaaaacctgtctgcccttcccaagtattttttaaggact
tattgtctttaaaattgcacatatgaaagatggactatatgcagatgagt
gctggtgcctgcaaagcccaaagaagaagtcatatattctaagcctagaa
attcaggtagctgtaatccacctgatataggtgctaggaattgagcccaa
gtcttctgcatgaatactatgtactctcactcaactcttcatcccccaag
gctacatcttgcttacctgtccaataagccaagcccttcaggagctaaag
aactgcaccatctctttttgaatagtaatggtccttaaggttactactgg
tacacacttttgtctggtcaactgttcacctctttgagctctccccagct
acataaagctaactcctttattctacattgggtcatctgaatgatctcat
cagagaacttgtagaattctgacttcattatacttacactgaaccatggg
caggcccttagtgaaactcactcccaaccctatgtacacttatgatcacg
attagaaacaggatgataagaatgggacaggggcacagactcatagctac
tgtacatggagacttattagctgtttatagctaaaaataatctgtcctca
ctaggtctgactgcaaactttgttagcaactgattcctcttgttatgaga
agaga
gaattctatgactagaatcacttggtggctctacctatagtcttttgagg
aacacctgtactgtttctcaaagtgactgtactgctgctgtatatattcc
tgttcacagtgtatgagagtttcaatgttcagcatcattactagcatttt
ctgtgatctatcctctgaacataagcatcctaatgaatatgaatgctacc
tcatttgcattttcctggcaggtgaccatgttaaacattcatatgtttaa
tatgcttcttggccattttaatttctttttaagaattaactacccaaaat
atttgcttgttttaaaactaagtcattttttcttttattaatgagttctg
agaattatttctttaatttttattatattacttttgtttagtctttgatc
agtgtgtaatttgtaaatgacttacactcagtaaagaatccccacctatg
aaactcacagattcaaaactgtgtgtgtatacatttgcatgtatgctttc
ctatagttggggtttagaaaaatgagagaggtgagcatgatggcacacaa
ctgaacttctagcatttaggaggctgaggcaggaggatcataaatttgaa
gctagcctaggctacaaagcaagacactgtctcaaaaaaaaggtttgttt
ctgtaagtatacatcaataataaactattgtgagtgcacagaccagaagc
aagtgaagtctgaactctttgtcaattatgtaacagtcaagagagaagac
aagcgcacgtagcacagagctgtgtatgtcctccatctttctaacttact
aaaatgttgctatactttctaaaaaattagatgtatgacacactcactgg
tcatatgatgctttaacagaaagaagaacaagtgtgaatgcttaatccta
cttggaagtggggggacaaataatcatgggaggtggagggagggaaatgg
gagc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr11_28382833_28383958
seq2: B6Ng01-065N14.b_46_1150

seq1  GAATTCCCTAAATCCTCTGGAAGAAAGAAGAATTCCTGTACTCAAAGGAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCCTAAATCCTCTGGAAGAAAGAAGAATTCCTGTACTCAAAGGAA  50

seq1  TCTTATCCTTGGAAGCCAGGCAGCAGCGTACTTGAGCACGTGACAGCATA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTATCCTTGGAAGCCAGGCAGCAGCGTACTTGAGCACGTGACAGCATA  100

seq1  GCTGTGGTTTGGCATCAGTGTTTCTCTTCTATCCAAGCATTACCATTTAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGTGGTTTGGCATCAGTGTTTCTCTTCTATCCAAGCATTACCATTTAG  150

seq1  TACAGCTCAAGCATACTCCTCCAAAACTCAAGGTCAGCTTTGCTCCAAGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAGCTCAAGCATACTCCTCCAAAACTCAAGGTCAGCTTTGCTCCAAGA  200

seq1  GGATCAAGAGAGTGGGAATGAGTGAGAGAGCAAAGGGTTGGGTATATCTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATCAAGAGAGTGGGAATGAGTGAGAGAGCAAAGGGTTGGGTATATCTA  250

seq1  AGTTAGTTCACCAATGATTTAGCCCTTCTACTCATGCTAGCAGCCTATAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTAGTTCACCAATGATTTAGCCCTTCTACTCATGCTAGCAGCCTATAT  300

seq1  CTGAGTTTATTCTCAGTTTTAAACATATTTCCATGTTTAATCAACAAGTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGTTTATTCTCAGTTTTAAACATATTTCCATGTTTAATCAACAAGTA  350

seq1  TTTATTCAAATAAAATGCTTGATATTTATCCTGAAGGGTGTCATGAGTTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATTCAAATAAAATGCTTGATATTTATCCTGAAGGGTGTCATGAGTTA  400

seq1  AATAACTAAGTCAAAACCTGTCTGCCCTTCCCAAGTATTTTTTAAGGACT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAACTAAGTCAAAACCTGTCTGCCCTTCCCAAGTATTTTTTAAGGACT  450

seq1  TATTGTCTTTAAAATTGCACATATGAAAGATGGACTATATGCAGATGAGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTGTCTTTAAAATTGCACATATGAAAGATGGACTATATGCAGATGAGT  500

seq1  GCTGGTGCCTGCAAAGCCCAAAGAAGAAGTCATATATTCTAAGCCTAGAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGTGCCTGCAAAGCCCAAAGAAGAAGTCATATATTCTAAGCCTAGAA  550

seq1  ATTCAGGTAGCTGTAATCCACCTGATATAGGTGCTAGGAATTGAGCCCAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCAGGTAGCTGTAATCCACCTGATATAGGTGCTAGGAATTGAGCCCAA  600

seq1  GTCTTCTGCATGAATACTATGTACTCTCACTCAACTCTTCATCCCCCAAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTTCTGCATGAATACTATGTACTCTCACTCAACTCTTCATCCCCCAAG  650

seq1  GCTACATCTTGCTTACCTGTCCAATAAGCCAAGCCCTTCAGGAGCTAAAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTACATCTTGCTTACCTGTCCAATAAGCCAAGCCCTTCAGGAGCTAAAG  700

seq1  AACTGCACCATCTCTTTTTGAATAGTAATGGTCCTTAAGGTTACTACTGG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTGCACCATCTCTTTTTGAATAGTAATGGTCCTTAAGGTTACTACTGG  750

seq1  TACACACTTTTGTCTGGTCAACTGTTCACCTCTTTGAGCTCTCCCCAGCT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACACACTTTTGTCTGGTCAACTGTTCACCTCTTTGAGCTCTCCCCAGCT  800

seq1  ACATAAAGCTAACTCCTTTATTCTACATTGGGTCATCTGAATGATCTCAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATAAAGCTAACTCCTTTATTCTACATTGGGTCATCTGAATGATCTCAT  850

seq1  CAGAGAACTTGTAGAATTCTGACTTCATTATACTTACACTGAACCAT-GG  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  CAGAGAACTTGTAGAATTCTGACTTCATTATACTTACACTGAACCATGGG  900

seq1  CAGGCCCTTAGTGAAAACTCACTCCCAACCCTATGTACAACTTATGATTC  949
      ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||| ||
seq2  CAGGCCCTTAGTG-AAACTCACTCCCAACCCTATGTAC-ACTTATGA-TC  947

seq1  ACCGATTAGAAACAGGGATGATAAAGGAATGGGGACAGGGGCACAGGACT  999
      | |||||||||||| |||||||||  |||| |||||||||||||| ||||
seq2  A-CGATTAGAAACA-GGATGATAA--GAAT-GGGACAGGGGCACA-GACT  991

seq1  CATAGCTAACTGTACCATGGAGAACTTATTTAGCCTGTTTATAGGCTAAA  1049
      ||||||| |||||| ||||||| ||||| |||| ||||||||| ||||||
seq2  CATAGCT-ACTGTA-CATGGAG-ACTTA-TTAG-CTGTTTATA-GCTAAA  1035

seq1  AATAATCTGTCCCTCACCTAGTTTCTTGACTTGCAAAACTATG-TAGCAA  1098
      |||||||||| ||||| |||| |   |||| ||| ||||| || ||||||
seq2  AATAATCTGT-CCTCA-CTAGGT--CTGAC-TGC-AAACTTTGTTAGCAA  1079

seq1  CTGGAATCCCTCTTGTTAGTGAG-AGAGA  1126
      |||  || |||||||||| |||| |||||
seq2  CTG--ATTCCTCTTGTTA-TGAGAAGAGA  1105

seq1: chr11_28505065_28506025
seq2: B6Ng01-065N14.g_67_1020 (reverse)

seq1  GCTCCCCCTTTTCCCTCCCTCCACCTCCCATGATTATTTTGTCCCCCCAC  50
      |||  ||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  GCT--CCCATTTCCCTCCCTCCACCTCCCATGATTA-TTTGTCCCCCCAC  47

seq1  TTCCAAGTAGGATTGAAGCATCCACACTTTGTTCTTCCTTCTTGTTAAGC  100
      |||||||||||||| |||||| ||||| ||||||||| ||||  | ||||
seq2  TTCCAAGTAGGATT-AAGCATTCACAC-TTGTTCTTCTTTCTGTTAAAGC  95

seq1  ATCATATGACCAGTGAGTTGTGTCATACATCTAATTTTTTAGAAAGTATA  150
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCATATGACCAGTGAG-TGTGTCATACATCTAATTTTTTAGAAAGTATA  144

seq1  GCAACATTTTAGTAAGTTAGAAAAGATGGAGGACATACACAGCTCTGTGC  200
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAACATTTTAGTAAGTTAG-AAAGATGGAGGACATACACAGCTCTGTGC  193

seq1  TACGTGCGCTTGTCTTCTCTCTTGACTGTTACATAATTGACAAAGAGTTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACGTGCGCTTGTCTTCTCTCTTGACTGTTACATAATTGACAAAGAGTTC  243

seq1  AGACTTCACTTGCTTCTGGTCTGTGCACTCACAATAGTTTATTATTGATG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACTTCACTTGCTTCTGGTCTGTGCACTCACAATAGTTTATTATTGATG  293

seq1  TATACTTACAGAAACAAACCTTTTTTTTGAGACAGTGTCTTGCTTTGTAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATACTTACAGAAACAAACCTTTTTTTTGAGACAGTGTCTTGCTTTGTAG  343

seq1  CCTAGGCTAGCTTCAAATTTATGATCCTCCTGCCTCAGCCTCCTAAATGC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAGGCTAGCTTCAAATTTATGATCCTCCTGCCTCAGCCTCCTAAATGC  393

seq1  TAGAAGTTCAGTTGTGTGCCATCATGCTCACCTCTCTCATTTTTCTAAAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAAGTTCAGTTGTGTGCCATCATGCTCACCTCTCTCATTTTTCTAAAC  443

seq1  CCCAACTATAGGAAAGCATACATGCAAATGTATACACACACAGTTTTGAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAACTATAGGAAAGCATACATGCAAATGTATACACACACAGTTTTGAA  493

seq1  TCTGTGAGTTTCATAGGTGGGGATTCTTTACTGAGTGTAAGTCATTTACA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTGAGTTTCATAGGTGGGGATTCTTTACTGAGTGTAAGTCATTTACA  543

seq1  AATTACACACTGATCAAAGACTAAACAAAAGTAATATAATAAAAATTAAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTACACACTGATCAAAGACTAAACAAAAGTAATATAATAAAAATTAAA  593

seq1  GAAATAATTCTCAGAACTCATTAATAAAAGAAAAAATGACTTAGTTTTAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATAATTCTCAGAACTCATTAATAAAAGAAAAAATGACTTAGTTTTAA  643

seq1  AACAAGCAAATATTTTGGGTAGTTAATTCTTAAAAAGAAATTAAAATGGC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAAGCAAATATTTTGGGTAGTTAATTCTTAAAAAGAAATTAAAATGGC  693

seq1  CAAGAAGCATATTAAACATATGAATGTTTAACATGGTCACCTGCCAGGAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGAAGCATATTAAACATATGAATGTTTAACATGGTCACCTGCCAGGAA  743

seq1  AATGCAAATGAGGTAGCATTCATATTCATTAGGATGCTTATGTTCAGAGG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGCAAATGAGGTAGCATTCATATTCATTAGGATGCTTATGTTCAGAGG  793

seq1  ATAGATCACAGAAAATGCTAGTAATGATGCTGAACATTGAAACTCTCATA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGATCACAGAAAATGCTAGTAATGATGCTGAACATTGAAACTCTCATA  843

seq1  CACTGTGAACAGGAATATATACAGCAGCAGTACAGTCACTTTGAGAAACA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGTGAACAGGAATATATACAGCAGCAGTACAGTCACTTTGAGAAACA  893

seq1  GTACAGGTGTTCCTCAAAAGACTATAGGTAGAGCCACCAAGTGATTCTAG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACAGGTGTTCCTCAAAAGACTATAGGTAGAGCCACCAAGTGATTCTAG  943

seq1  TCATAGAATTC  961
      |||||||||||
seq2  TCATAGAATTC  954