BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-065P03
Chromosome11 (Build37)
Map Location 108,386,467 - 108,532,853
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCcdc46
Upstream geneA830035A12Rik, Helz, Cacng1, Cacng4, Cacng5, Prkca, Apoh, LOC100041381
Downstream geneOlfr1397-ps1, LOC629945, Axin2, E030025P04Rik, LOC194985, Rgs9, 1700096J18Rik, Gna13, 9930022D16Rik, X83328, Slc16a6, Arsg, Wipi1, Prkar1a
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-065P03.bB6Ng01-065P03.g
ACCDH885271DH885272
length1,1261,065
definitionDH885271|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-065P03, 5' end.DH885272|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-065P03, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(108,531,717 - 108,532,853)(108,386,467 - 108,387,978)
sequence
gaattcagtaaaacctaggtagggatggtgttgtttgtaatccaagcagg
caggaagtggaaaatagggaattcctagagcaaactaactatttagacta
gatagagcacagggctctgggtgtgataaaagatgctacctcaaaatata
agagcactcaaggaaaataccagaccacaatgtctggcttctaaatgcac
ttacatgcatgtaaatatgcagttacactcacatatttggccccatatgt
aagtacacacacatatacatgtacacatacacaagcatgcacacaatcca
aacttcaccataaattaatactgactcattgtttctgagttctatatcac
ccctaggttttcctagctggccttgtgattttttcttccacaaatccttg
ttaggcttggaggtgccatagtagtccactacagctcatagacccacagg
aaaaggacaactttaagttcaccgtctggagggtataatatagattagcc
tgggtgttatttgtcaatcaatttatataaatctcaatattgaatttaaa
atttttaatcaaaggaacaagtaagggaaaagatcaaagaaagaagagaa
ttgaaattagaaatccctttaaagctaaaatgacaatgtcttcatgagtt
aatattaatcctttaattataaatttcaaaggtctgagtagtatctatta
ccttagctttgggtaattatgccatatgaggaatttcttaaatttgaaaa
agatgttgaattgttactccgaatcttttaatgactttagtctggcagat
ttccagaataatccttcagatatcatttaaaattatggactggaaaccta
agctggtaaatgcatgtcaaattcataagagcttttcattttgcatactg
cagaaatcatgacaatatatcttagaatatcaaatgttaagtttagacaa
ttatctataggtgagaacttacaaaggtcgagagaggtatactagactga
atacaaatgaaagcatttgtgtaccatgtactaaagctcataccagaata
tttgccccacgataagatttttcactaaaaatagtttatatattgtcaag
aaaaaaataggaagagaaactgccaa
gaattctttactgtattttagccaccaaataatctaaggttctgctgtca
gcctttctccctgtggaatagacaaaaggaaggaaacatgagaatttgct
ttgtaactggagcttagggcagaagcccactttgcagcagccatggaagt
taggctttgctaccttccaacacactaccgagccaaggagtagtgaaaag
cagagaaaggggattcaatccatggagcagaaaatgtggctcagtgacca
gaagtcctatcttctgtgaatggatgtgagctttaggtttaaatggagaa
aggattagggtggagggcaagtgccctgcatagatgaagcagttttggtc
aagctgtggtctgcttgatgagtatctcagttctaggtctgcactgcaat
ctaagcagttttgattgttgaggggacaagctgattcctggaaatgcctg
ttctgctccaggttatggcttcactagagaggataactccacactagagt
ggataactccacactagagaggataactccacactagagaggataactcc
acactagagtggataactccacactagagaggataactccacactagaga
ggataactccacactagagaggataactccacactagagaggataactcc
acactagagtggataactccacactagagaggataactccacactagaga
ggataactccacactagagaggataactccacactagagaggataactcc
acactagagaggataactccacactagagaggataactccacactagaga
ggataactccacactagagaggataactccacagtagagaggatacctca
cagtagagaagatacttccacactagagaggatactcacactagaagagg
ataactcacactagagtgatactccacactagagaggatactcccactaa
gaagataactcctactagagaggataacttcccctaagaggatactccca
gtaggaaggaaactcccagtagagagatactccactagaggaacctccat
gagaggatactccac
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr11_108531717_108532853
seq2: B6Ng01-065P03.b_45_1170 (reverse)

seq1  TTGGCAGTTTCTCTTCCCTATTTTTTTCATGAACATATATAAACTATTTT  50
      ||||||||||||||| |||||||||||| |||  ||||||||||||||||
seq2  TTGGCAGTTTCTCTT-CCTATTTTTTTCTTGACAATATATAAACTATTTT  49

seq1  TAGTGATAAAAATCTTATCGTTGTGGCAAATATTCTTGGTATGAGCCTTT  100
      |||||  ||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||  ||
seq2  TAGTG--AAAAATCTTATCG-TGGGGCAAATATTC-TGGTATGAGC--TT  93

seq1  TAGTTACATGGTACACAAATGCTTTCATTTGTATTCAGTCTAGTATACCT  150
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAG-TACATGGTACACAAATGCTTTCATTTGTATTCAGTCTAGTATACCT  142

seq1  CTCTCGACCTTTGTAAGTTCTCACCTATAGATAATTGTCTTAAACTTAAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  CTCTCGACCTTTGTAAGTTCTCACCTATAGATAATTGTC-TAAACTTAAC  191

seq1  ATTTTGATATTCTAAGATATATTGTCATGATTTTCTGCAGTATGCAAAAT  250
      | |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  A-TTTGATATTCTAAGATATATTGTCATGA-TTTCTGCAGTATGCAAAAT  239

seq1  GAAAAGCTCTTATGAATTTGACATGCATTTACCAGCTTAGGTTTCCAGTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAAGCTCTTATGAATTTGACATGCATTTACCAGCTTAGGTTTCCAGTC  289

seq1  CATAATTTTAAATGATATCTGAAGGATTATTCTGGAAATCTGCCAGACTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAATTTTAAATGATATCTGAAGGATTATTCTGGAAATCTGCCAGACTA  339

seq1  AAGTCATTAAAAGATTCGGAGTAACAATTCAACATCTTTTTCAAATTTAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTCATTAAAAGATTCGGAGTAACAATTCAACATCTTTTTCAAATTTAA  389

seq1  GAAATTCCTCATATGGCATAATTACCCAAAGCTAAGGTAATAGATACTAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATTCCTCATATGGCATAATTACCCAAAGCTAAGGTAATAGATACTAC  439

seq1  TCAGACCTTTGAAATTTATAATTAAAGGATTAATATTAACTCATGAAGAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGACCTTTGAAATTTATAATTAAAGGATTAATATTAACTCATGAAGAC  489

seq1  ATTGTCATTTTAGCTTTAAAGGGATTTCTAATTTCAATTCTCTTCTTTCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGTCATTTTAGCTTTAAAGGGATTTCTAATTTCAATTCTCTTCTTTCT  539

seq1  TTGATCTTTTCCCTTACTTGTTCCTTTGATTAAAAATTTTAAATTCAATA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGATCTTTTCCCTTACTTGTTCCTTTGATTAAAAATTTTAAATTCAATA  589

seq1  TTGAGATTTATATAAATTGATTGACAAATAACACCCAGGCTAATCTATAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAGATTTATATAAATTGATTGACAAATAACACCCAGGCTAATCTATAT  639

seq1  TATACCCTCCAGACGGTGAACTTAAAGTTGTCCTTTTCCTGTGGGTCTAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATACCCTCCAGACGGTGAACTTAAAGTTGTCCTTTTCCTGTGGGTCTAT  689

seq1  GAGCTGTAGTGGACTACTATGGCACCTCCAAGCCTAACAAGGATTTGTGG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCTGTAGTGGACTACTATGGCACCTCCAAGCCTAACAAGGATTTGTGG  739

seq1  AAGAAAAAATCACAAGGCCAGCTAGGAAAACCTAGGGGTGATATAGAACT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAAAAAATCACAAGGCCAGCTAGGAAAACCTAGGGGTGATATAGAACT  789

seq1  CAGAAACAATGAGTCAGTATTAATTTATGGTGAAGTTTGGATTGTGTGCA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAAACAATGAGTCAGTATTAATTTATGGTGAAGTTTGGATTGTGTGCA  839

seq1  TGCTTGTGTATGTGTACATGTATATGTGTGTGTACTTACATATGGGGCCA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTGTGTATGTGTACATGTATATGTGTGTGTACTTACATATGGGGCCA  889

seq1  AATATGTGAGTGTAACTGCATATTTACATGCATGTAAGTGCATTTAGAAG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATGTGAGTGTAACTGCATATTTACATGCATGTAAGTGCATTTAGAAG  939

seq1  CCAGACATTGTGGTCTGGTATTTTCCTTGAGTGCTCTTATATTTTGAGGT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGACATTGTGGTCTGGTATTTTCCTTGAGTGCTCTTATATTTTGAGGT  989

seq1  AGCATCTTTTATCACACCCAGAGCCCTGTGCTCTATCTAGTCTAAATAGT  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATCTTTTATCACACCCAGAGCCCTGTGCTCTATCTAGTCTAAATAGT  1039

seq1  TAGTTTGCTCTAGGAATTCCCTATTTTCCACTTCCTGCCTGCTTGGATTA  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTTTGCTCTAGGAATTCCCTATTTTCCACTTCCTGCCTGCTTGGATTA  1089

seq1  CAAACAACACCATCCCTACCTAGGTTTTACTGAATTC  1137
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAACAACACCATCCCTACCTAGGTTTTACTGAATTC  1126

seq1: chr11_108386467_108387978
seq2: B6Ng01-065P03.g_66_1130

seq1  GAATTCTTTACTGTATTTTAGCCACCAAATAATCTAAGGTTCTGCTGTCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTACTGTATTTTAGCCACCAAATAATCTAAGGTTCTGCTGTCA  50

seq1  GCCTTTCTCCCTGTGGAATAGACAAAAGGAAGGAAACATGAGAATTTGCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTTTCTCCCTGTGGAATAGACAAAAGGAAGGAAACATGAGAATTTGCT  100

seq1  TTGTAACTGGAGCTTAGGGCAGAAGCCCACTTTGCAGCAGCCATGGAAGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTAACTGGAGCTTAGGGCAGAAGCCCACTTTGCAGCAGCCATGGAAGT  150

seq1  TAGGCTTTGCTACCTTCCAACACACTACCGAGCCAAGGAGTAGTGAAAAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGCTTTGCTACCTTCCAACACACTACCGAGCCAAGGAGTAGTGAAAAG  200

seq1  CAGAGAAAGGGGATTCAATCCATGGAGCAGAAAATGTGGCTCAGTGACCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGAAAGGGGATTCAATCCATGGAGCAGAAAATGTGGCTCAGTGACCA  250

seq1  GAAGTCCTATCTTCTGTGAATGGATGTGAGCTTTAGGTTTAAATGGAGAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGTCCTATCTTCTGTGAATGGATGTGAGCTTTAGGTTTAAATGGAGAA  300

seq1  AGGATTAGGGTGGAGGGCAAGTGCCCTGCATAGATGAAGCAGTTTTGGTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGATTAGGGTGGAGGGCAAGTGCCCTGCATAGATGAAGCAGTTTTGGTC  350

seq1  AAGCTGTGGTCTGCTTGATGAGTATCTCAGTTCTAGGTCTGCACTGCAAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCTGTGGTCTGCTTGATGAGTATCTCAGTTCTAGGTCTGCACTGCAAT  400

seq1  CTAAGCAGTTTTGATTGTTGAGGGGACAAGCTGATTCCTGGAAATGCCTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAGCAGTTTTGATTGTTGAGGGGACAAGCTGATTCCTGGAAATGCCTG  450

seq1  TTCTGCTCCAGGTTATGGCTTCACTAGAGAGGATAACTCCACACTAGAGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGCTCCAGGTTATGGCTTCACTAGAGAGGATAACTCCACACTAGAGT  500

seq1  GGATAACTCCACACTAGAGAGGATAACTCCACACTAGAGAGGATAACTCC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATAACTCCACACTAGAGAGGATAACTCCACACTAGAGAGGATAACTCC  550

seq1  ACACTAGAGTGGATAACTCCACACTAGAGAGGATAACTCCACACTAGAGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACTAGAGTGGATAACTCCACACTAGAGAGGATAACTCCACACTAGAGA  600

seq1  GGATAACTCCACACTAGAGAGGATAACTCCACACTAGAGAGGATAACTCC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATAACTCCACACTAGAGAGGATAACTCCACACTAGAGAGGATAACTCC  650

seq1  ACACTAGAGTGGATAACTCCACACTAGAGAGGATAACTCCACACTAGAGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACTAGAGTGGATAACTCCACACTAGAGAGGATAACTCCACACTAGAGA  700

seq1  GGATAACTCCACACTAGAGAGGATAACTCCACACTAGAGAGGATAACTCC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATAACTCCACACTAGAGAGGATAACTCCACACTAGAGAGGATAACTCC  750

seq1  ACACTAGAGAGGATAACTCCACACTAGAGAGGATAACTCCACACTAGAGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACTAGAGAGGATAACTCCACACTAGAGAGGATAACTCCACACTAGAGA  800

seq1  GGATAACTCCACACTAGAGAGGATAACTCCACAGTAGAGAGGATAACTCC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |
seq2  GGATAACTCCACACTAGAGAGGATAACTCCACAGTAGAGAGGATACCT-C  849

seq1  ACAGTAGAGAGGATAACTCCACACTAGAGAGGATAACTCCACACTAG-AG  899
      |||||||||| ||||  ||||||||||||||||| ||| |||||||| ||
seq2  ACAGTAGAGAAGATACTTCCACACTAGAGAGGAT-ACT-CACACTAGAAG  897

seq1  AGGATAACTCCACACTAGAGAGGATAACTCCACACTAGAGAGGATAACTC  949
      ||||||||| ||||||||||  ||| ||||||||||||||||||| ||||
seq2  AGGATAACT-CACACTAGAG-TGAT-ACTCCACACTAGAGAGGAT-ACTC  943

seq1  CACACTAGAGAGGATAACTCCACACTAGAGAGGATAACTCCACACTAGAG  999
      | ||||| ||| |||||||||  |||||||||||||||| | | ||| ||
seq2  C-CACTA-AGAAGATAACTCC-TACTAGAGAGGATAACTTC-CCCTA-AG  988

seq1  AGGATAACTCCACAGTAGAGAGGATAACTCCACAGTAGAGAGGATAACTC  1049
      ||||| ||||| ||||||  |||| |||||| ||||||||| ||| ||||
seq2  AGGAT-ACTCC-CAGTAGGAAGGA-AACTCC-CAGTAGAGA-GAT-ACTC  1032

seq1  CACACTAGAGAGGATAACTCCACACTAGAGAGGATAACTCCACACTAGAG  1099
      |||     |||||| | |||||     |||||||| |||||||       
seq2  CAC----TAGAGGA-ACCTCCA----TGAGAGGAT-ACTCCAC-------  1065

seq1  AGGATAACTCCACAGTAGAGAGGATAACTCCACACTAGAGAGGATAACTC  1149
                                                        
seq2  --------------------------------------------------  1065

seq1  CACACTAGAGAGGATAACTCCACACTAGAGAGGATAACTCCACACTAGAG  1199
                                                        
seq2  --------------------------------------------------  1065

seq1  AGGATAACTCCACAGTAGAGAGGATAACTCCACAGTAGAGAGGATAACTC  1249
                                                        
seq2  --------------------------------------------------  1065

seq1  CACAGTAGAGAGGATAACTCCACACTAGAGAGGATAACTCCACAGTAGAG  1299
                                                        
seq2  --------------------------------------------------  1065

seq1  AGGATAACTCCACAGTAGAGAGGATAACTCCACACTAGAGAGGATAACTC  1349
                                                        
seq2  --------------------------------------------------  1065

seq1  CACACTAGAGAGGATAACTCCACACTAGAGAGGATAACTCCACACTAGAG  1399
                                                        
seq2  --------------------------------------------------  1065

seq1  AGGATAACTCCACACTAGAGAGGATAACTCCACACTAGAGAGGATAACTC  1449
                                                        
seq2  --------------------------------------------------  1065

seq1  CACACTAGAGAGGATAACTCCACAGTAGAGAGGATAACTCCACAGTAGAG  1499
                                                        
seq2  --------------------------------------------------  1065

seq1  AGGATAACTCCAC  1512
                   
seq2  -------------  1065