BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-066C09
Chromosome11 (Build37)
Map Location 72,826,292 - 72,969,555
singlet/doubletdoublet
Overlap geneP2rx1, LOC100043309, Camkk1, 1200014J11Rik, Itgae, Gsg2
Upstream geneAipl1, 6720460F02Rik, Pitpnm3, 4933427D14Rik, Txnl5, Med31, 4930563E22Rik, Slc13a5, Fbxo39, LOC628100, Tekt1, D130058I21Rik, Ggt6, Mybbp1a, 9830002I17Rik, LOC432577, Ube2g1, Ankfy1, Cyb5d2, Zzef1, LOC627119, Atp2a3
Downstream geneP2rx5, Tmem93, Tax1bp3, Ctns, Carkl, Trpv1, Trpv3, Aspa, Spata22, Olfr20, Olfr376, Olfr377-ps1, Olfr1, Olfr75-ps1, Olfr378, Olfr379-ps1, Olfr380, Olfr381, Olfr382, Olfr383-ps1, Olfr385, Olfr386, Olfr387-ps1, 1700012C15Rik, Olfr388-ps1, Olfr389, Olfr390, Olfr391-ps1, Olfr392, Olfr393, Olfr394, Olfr395, Olfr396-ps1, Olfr23, Olfr22-ps1, Olfr397, Olfr398, Olfr139, Olfr399, OTTMUSG00000006163, LOC668567, Olfr400-ps1, Olfr401, Olfr402
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-066C09.bB6Ng01-066C09.g
ACCDH885407DH885408
length1,056321
definitionDH885407|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-066C09, 5' end.DH885408|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-066C09, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(72,968,493 - 72,969,555)(72,826,292 - 72,826,612)
sequence
gaattcctgagcagtcagtacttgcagagccctgataaatgccttcctta
cctagtggaatcctcacaaacctccgcatgattagaaccatcactaccat
gtctcccactcagaggttagatgtacccatgaccatactgtttgtaagcc
tgtgtctgaactaggaccaggttttccctcaccgtggcctaaagatctag
ggagcccggcagaaaggttctcacaaaggccacatcacacttcccaaagc
aagatctggatcattgccggggctgtcggttcacatgttttggctgaagg
ctctttaatgtatagcatgcgtgtctgtcttgtcactatggagggaggcc
attgctggggacaaggtcccatagacactgtcttcctccccagagtactt
ctaaatgtcactcctggagtcctttccaggggccagaggtgaagctagtc
ttcaagttccctccttaccttctcttcacctttcatccgtcctcccacaa
agtgcccaccatgcctctttacaatgagcacggtctctggaagtcacgga
caggcttagcatccagagcacctctctggttcacaaacctgcatctggtt
ggatgagctcggatatacactgtgcagcgatggggagttagaactcagat
tcgacaggcctctgtttttctatcatctcctttctcctaagacctggcac
tttttaaagtctattttccatgtggtttggactggttcctggtaccacct
cgctcagctgtgcgtcctgggacagtctccaatagaaaccatcgtgacag
ggctggtgggatgtctcagcaattagagtgctggctgctcttccaagggt
ttaattatcagttcccaccactgtctataactcccattccaggaaatctg
acaccttcacatagacatacatgcaggcacacaccaatgtacataaaata
aaaataattcttttgaaaggaaagaaagaaaagaaaccatactgacatct
acaagagccctgcccactccaaggaaatgcatggggcttggggctgatct
cctcac
aactcttctggatggaggctcaccattctccttgagcaatgctggagggt
cccttcctaatgctcaggcacacaatgtgctttgtcaccttctcccgcta
cctgtccgtcgcccccagatttgccaggcactttgtgcagaatgggacaa
accgtcgtcacctcttcaaggtgtttgggattcgctttgatatccttgtg
gatggcaaggtaagtgtcctatgtgaagggatggctgccaaggcaccttc
ctgctttggatgtctgttgttatggatgatatgaaatgatatgatattgt
tatggatgatatgatgggatg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr11_72968493_72969555
seq2: B6Ng01-066C09.b_47_1102 (reverse)

seq1  GTGAGGGAGATCAGCCCCCAGCCCCCAGTGCATTTCCTTGGAGTGGGGCA  50
      |||| ||||||||||||| ||||||   |||||||||||||||| |||||
seq2  GTGA-GGAGATCAGCCCCAAGCCCC--ATGCATTTCCTTGGAGT-GGGCA  46

seq1  GGGCTCTGTGT-GATGTCAGTATGGTTTCTTTTCTTTCTTTCCTTTTCAA  99
      ||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  GGGCTCT-TGTAGATGTCAGTATGGTTTCTTTTCTTTCTTTCC-TTTCAA  94

seq1  AAGAATTTATTTTTATTTTATGTACATTGGTGTTGTGCCTGCATGTATGT  149
      ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  AAGAA-TTATTTTTATTTTATGTACATTGGTG-TGTGCCTGCATGTATGT  142

seq1  CTATGTGAAGGTGTCAGATTTCCTGGAATGGGAGTTATAGACAGTGGTGG  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATGTGAAGGTGTCAGATTTCCTGGAATGGGAGTTATAGACAGTGGTGG  192

seq1  GAACTGATAATTAAACCCTTGGAAGAGCAGCCAGCACTCTAATTGCTGAG  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACTGATAATTAAACCCTTGGAAGAGCAGCCAGCACTCTAATTGCTGAG  242

seq1  ACATCCCACCAGCCCTGTCACGATGGTTTCTATTGGAGACTGTCCCAGGA  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATCCCACCAGCCCTGTCACGATGGTTTCTATTGGAGACTGTCCCAGGA  292

seq1  CGCACAGCTGAGCGAGGTGGTACCAGGAACCAGTCCAAACCACATGGAAA  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGCACAGCTGAGCGAGGTGGTACCAGGAACCAGTCCAAACCACATGGAAA  342

seq1  ATAGACTTTAAAAAGTGCCAGGTCTTAGGAGAAAGGAGATGATAGAAAAA  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGACTTTAAAAAGTGCCAGGTCTTAGGAGAAAGGAGATGATAGAAAAA  392

seq1  CAGAGGCCTGTCGAATCTGAGTTCTAACTCCCCATCGCTGCACAGTGTAT  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGGCCTGTCGAATCTGAGTTCTAACTCCCCATCGCTGCACAGTGTAT  442

seq1  ATCCGAGCTCATCCAACCAGATGCAGGTTTGTGAACCAGAGAGGTGCTCT  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCGAGCTCATCCAACCAGATGCAGGTTTGTGAACCAGAGAGGTGCTCT  492

seq1  GGATGCTAAGCCTGTCCGTGACTTCCAGAGACCGTGCTCATTGTAAAGAG  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATGCTAAGCCTGTCCGTGACTTCCAGAGACCGTGCTCATTGTAAAGAG  542

seq1  GCATGGTGGGCACTTTGTGGGAGGACGGATGAAAGGTGAAGAGAAGGTAA  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATGGTGGGCACTTTGTGGGAGGACGGATGAAAGGTGAAGAGAAGGTAA  592

seq1  GGAGGGAACTTGAAGACTAGCTTCACCTCTGGCCCCTGGAAAGGACTCCA  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGGGAACTTGAAGACTAGCTTCACCTCTGGCCCCTGGAAAGGACTCCA  642

seq1  GGAGTGACATTTAGAAGTACTCTGGGGAGGAAGACAGTGTCTATGGGACC  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGTGACATTTAGAAGTACTCTGGGGAGGAAGACAGTGTCTATGGGACC  692

seq1  TTGTCCCCAGCAATGGCCTCCCTCCATAGTGACAAGACAGACACGCATGC  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTCCCCAGCAATGGCCTCCCTCCATAGTGACAAGACAGACACGCATGC  742

seq1  TATACATTAAAGAGCCTTCAGCCAAAACATGTGAACCGACAGCCCCGGCA  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATACATTAAAGAGCCTTCAGCCAAAACATGTGAACCGACAGCCCCGGCA  792

seq1  ATGATCCAGATCTTGCTTTGGGAAGTGTGATGTGGCCTTTGTGAGAACCT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGATCCAGATCTTGCTTTGGGAAGTGTGATGTGGCCTTTGTGAGAACCT  842

seq1  TTCTGCCGGGCTCCCTAGATCTTTAGGCCACGGTGAGGGAAAACCTGGTC  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGCCGGGCTCCCTAGATCTTTAGGCCACGGTGAGGGAAAACCTGGTC  892

seq1  CTAGTTCAGACACAGGCTTACAAACAGTATGGTCATGGGTACATCTAACC  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGTTCAGACACAGGCTTACAAACAGTATGGTCATGGGTACATCTAACC  942

seq1  TCTGAGTGGGAGACATGGTAGTGATGGTTCTAATCATGCGGAGGTTTGTG  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGAGTGGGAGACATGGTAGTGATGGTTCTAATCATGCGGAGGTTTGTG  992

seq1  AGGATTCCACTAGGTAAGGAAGGCATTTATCAGGGCTCTGCAAGTACTGA  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGATTCCACTAGGTAAGGAAGGCATTTATCAGGGCTCTGCAAGTACTGA  1042

seq1  CTGCTCAGGAATTC  1063
      ||||||||||||||
seq2  CTGCTCAGGAATTC  1056

seq1: chr11_72826292_72826612
seq2: B6Ng01-066C09.g_73_393

seq1  AACTCTTCTGGATGGAGGCTCACCATTCTCCTTGAGCAATGCTGGAGGGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTCTTCTGGATGGAGGCTCACCATTCTCCTTGAGCAATGCTGGAGGGT  50

seq1  CCCTTCCTAATGCTCAGGCACACAATGTGCTTTGTCACCTTCTCCCGCTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTTCCTAATGCTCAGGCACACAATGTGCTTTGTCACCTTCTCCCGCTA  100

seq1  CCTGTCCGTCGCCCCCAGATTTGCCAGGCACTTTGTGCAGAATGGGACAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGTCCGTCGCCCCCAGATTTGCCAGGCACTTTGTGCAGAATGGGACAA  150

seq1  ACCGTCGTCACCTCTTCAAGGTGTTTGGGATTCGCTTTGATATCCTTGTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCGTCGTCACCTCTTCAAGGTGTTTGGGATTCGCTTTGATATCCTTGTG  200

seq1  GATGGCAAGGTAAGTGTCCTATGTGAAGGGATGGCTGCCAAGGCACCTTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGGCAAGGTAAGTGTCCTATGTGAAGGGATGGCTGCCAAGGCACCTTC  250

seq1  CTGCTTTGGATGTCTGTTGTTATGGATGATATGAAATGATATGATATTGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTTTGGATGTCTGTTGTTATGGATGATATGAAATGATATGATATTGT  300

seq1  TATGGATGATATGATGGGATG  321
      |||||||||||||||||||||
seq2  TATGGATGATATGATGGGATG  321