BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-067L01
Chromosome11 (Build37)
Map Location 77,994,184 - 78,204,542
singlet/doubletdoublet
Overlap geneTlcd1, Rpl23a, Rab34, 4933404M19Rik, Supt6h, Sdf2, 2610507B11Rik, BC030499, LOC100043544, LOC100042648, Spag5, Aldoc, Pigs, Unc119, Foxn1
Upstream geneEfcab5, Ssh2, LOC544800, Coro6, Ankrd13b, 2210008F06Rik, Git1, Trp53i13, 1300007F04Rik, Taok1, LOC668641, Nufip2, Cryba1, LOC100043506, Myo18a, Pipox, Sez6, LOC100043518, Phf12, Dhrs13, Flot2, Eral1, BC017647, LOC100043525, Traf4, Nek8
Downstream geneOTTMUSG00000000132, Slc13a2, Slc46a1, A830091I15Rik, Vtn, Og9x, AI316787, Poldip2, Tnfaip1, Ift20, Tmem97, Nlk, LOC100043570, LOC100042674, 1810009O10Rik, 1810012P15Rik, Nos2, Lgals9, Ksr1, LOC100042697, Wsb1, Nf1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-067L01.bB6Ng01-067L01.g
ACCDH886494DH886495
length1,003696
definitionDH886494|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-067L01, 5' end.DH886495|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-067L01, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(77,994,184 - 77,995,188)(78,203,847 - 78,204,542)
sequence
gaattcttgtaaagcttgtcctttgagcctgtgatggagcagtgtcccag
gagaaccaacacctgtctataataaatgaccctggtactgagctagcatg
gggactgcatcatcatgtgtccccattgggttaagcaaatcaagtcttaa
ttgctcagagctgagaaagccctgggtttgatcccagcacccaccccgca
gcatggccttgtccccagcccaactagaaagcgacaaatgacaagcagca
ttatttatggtgaaaaaagtatatatttagaattagccatctggactcag
tttagatgatcccaatctgaaaaacaaaacaaaacggagctgagttactg
gagctgaattccttaaggttaagtgtgctgggaggacaggacagggaggg
cggggcttgttagagagtgcagtcagatttgctgttgatgcagcatctaa
acagagaaatgattatgcttaccttgttggcaacatctagggcatcataa
tcaggagccaagcgaacatacgccttcttctctccgtcgggcctgtgtgg
agaaggaagcctcagagttagatgctcacaacccctgcccttcccacacc
cttcccatatccctcctcagcatcagtggttcctttgttggtgtcattct
tttccaaacattgagttttccatcatttgcacagagcttaagtaaaggcc
cacaagctttctgatctctgcctggcccaactcaccttatcagggtattg
actttggccacatcgatgtcatagagtttcttgacagcctgtttgatctg
atgcttattggccttgacatccacaatgaacacaagagtgttgttgtcct
ctattttcttcatggctgactccgtggtcagtgggaatttgatgatagca
tagtggtcaagcttagggagagatgggagaggaaatggagtcagctgccc
tggtgccagcatcaacacatggtttattttagaccagactagggaaagaa
tgg
gaattcacttatttattttgatgtcaaaatcacatttagttttttttttt
aattggggatagtttttttgtataatttttatttattttatttatgtatt
tattactggggccgtgacacacatgtggaactcagaagacaactatatgg
gatcagttttatctatctaactatatgtgggttctggagatcgaactcag
aaagcaagcacatttatcccgtaagccggctcatcaggccaggagtgttt
ttatttacttttgagtccaaatcttgccgcaaactgaagctgcccctgag
tgcctggctccaaagctcacctggtctcacctgtgaagcctctctgggag
ttctgaagattgtccaggcaagttttaaatactctaagccattagcatag
atcccctcttcccctggactccaggctcaacctgtaaagctctaagggcc
aaggaccttaggtttggaatttgatggacattctgtttggagattatttg
aacaagaacctgcttccatgcaacatctttttagttttctcattccatta
caggacacatcttttgtattatccataggccttatttttatgttggtcag
taaaagcctattgcttttctgatgtggattcttagtaaactcactggtgg
gctgcaatgtcgttactgtggaggtgtgggtcttcttgtctgttct
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr11_77994184_77995188
seq2: B6Ng01-067L01.b_44_1046

seq1  GAATTCTTGTAAAGCTTGTCCTTTGAGCCTGTGATGGAGCAGTGTCCCAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTGTAAAGCTTGTCCTTTGAGCCTGTGATGGAGCAGTGTCCCAG  50

seq1  GAGAACCAACACCTGTCTATAATAAATGACCCTGGTACTGAGCTAGCATG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAACCAACACCTGTCTATAATAAATGACCCTGGTACTGAGCTAGCATG  100

seq1  GGGACTGCATCATCATGTGTCCCCATTGGGTTAAGCAAATCAAGTCTTAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGACTGCATCATCATGTGTCCCCATTGGGTTAAGCAAATCAAGTCTTAA  150

seq1  TTGCTCAGAGCTGAGAAAGCCCTGGGTTTGATCCCAGCACCCACCCCGCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTCAGAGCTGAGAAAGCCCTGGGTTTGATCCCAGCACCCACCCCGCA  200

seq1  GCATGGCCTTGTCCCCAGCCCAACTAGAAAGCGACAAATGACAAGCAGCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATGGCCTTGTCCCCAGCCCAACTAGAAAGCGACAAATGACAAGCAGCA  250

seq1  TTATTTATGGTGAAAAAAGTATATATTTAGAATTAGCCATCTGGACTCAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTTATGGTGAAAAAAGTATATATTTAGAATTAGCCATCTGGACTCAG  300

seq1  TTTAGATGATCCCAATCTGAAAAACAAAACAAAACGGAGCTGAGTTACTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAGATGATCCCAATCTGAAAAACAAAACAAAACGGAGCTGAGTTACTG  350

seq1  GAGCTGAATTCCTTAAGGTTAAGTGTGCTGGGAGGACAGGACAGGGAGGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCTGAATTCCTTAAGGTTAAGTGTGCTGGGAGGACAGGACAGGGAGGG  400

seq1  CGGGGCTTGTTAGAGAGTGCAGTCAGATTTGCTGTTGATGCAGCATCTAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGGGCTTGTTAGAGAGTGCAGTCAGATTTGCTGTTGATGCAGCATCTAA  450

seq1  ACAGAGAAATGATTATGCTTACCTTGTTGGCAACATCTAGGGCATCATAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGAGAAATGATTATGCTTACCTTGTTGGCAACATCTAGGGCATCATAA  500

seq1  TCAGGAGCCAAGCGAACATACGCCTTCTTCTCTCCGTCGGGCCTGTGTGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGGAGCCAAGCGAACATACGCCTTCTTCTCTCCGTCGGGCCTGTGTGG  550

seq1  AGAAGGAAGCCTCAGAGTTAGATGCTCACAACCCCTGCCCTTCCCACACC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGGAAGCCTCAGAGTTAGATGCTCACAACCCCTGCCCTTCCCACACC  600

seq1  CTTCCCATATCCCTCCTCAGCATCAGTGGTTCCTTTGTTGGTGTCATTCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCCATATCCCTCCTCAGCATCAGTGGTTCCTTTGTTGGTGTCATTCT  650

seq1  TTTCCAAACATTGAGTTTTCCATCATTTGCACAGAGCTTAAGTAAAGGCC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCAAACATTGAGTTTTCCATCATTTGCACAGAGCTTAAGTAAAGGCC  700

seq1  CACAAGCTTTCTGATCTCTGCCTGGCCCAACTCACCTTATCAGGGTATTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAAGCTTTCTGATCTCTGCCTGGCCCAACTCACCTTATCAGGGTATTG  750

seq1  ACTTTGGCCACATCGATGTCATAGAGTTTCTTGACAGCCTGTTTGATCTG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTTGGCCACATCGATGTCATAGAGTTTCTTGACAGCCTGTTTGATCTG  800

seq1  ATGCTTATTGGCCTTGACATCCACAATGAACACAAGAGTGTTGTTGTCCT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTTATTGGCCTTGACATCCACAATGAACACAAGAGTGTTGTTGTCCT  850

seq1  CTATTTTCTTCATGGCTGACTCCGTGGTCAGTGGGAATTTGATGATAGCA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATTTTCTTCATGGCTGACTCCGTGGTCAGTGGGAATTTGATGATAGCA  900

seq1  TAGTGGTCAAGCCTAGGGAGAGATGGGAGAGGAAAATGGAGTTAGCTGCC  950
      |||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||
seq2  TAGTGGTCAAGCTTAGGGAGAGATGGGAGAGG-AAATGGAGTCAGCTGCC  949

seq1  CTGGTGCCAGCATTCAACACATGGTTTACTTTAGAACCAGACTA-GGAAA  999
      |||||||||||| ||||||||||||||| ||||| ||||||||| |||||
seq2  CTGGTGCCAGCA-TCAACACATGGTTTATTTTAG-ACCAGACTAGGGAAA  997

seq1  GAATAG  1005
      |||| |
seq2  GAATGG  1003

seq1: chr11_78203847_78204542
seq2: B6Ng01-067L01.g_66_761 (reverse)

seq1  AGAACAGACACAGAAGACCCACACCTCCACAGTAACGACATTGCAGCCCA  50
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAACAGACA-AGAAGACCCACACCTCCACAGTAACGACATTGCAGCCCA  49

seq1  CCAGTGAGTTTACTAAGAATCCACATCAGAAAAGCAATAGGCTTTTACTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGTGAGTTTACTAAGAATCCACATCAGAAAAGCAATAGGCTTTTACTG  99

seq1  ACCAACATAAAAATAAGGCCTATGGATAATAC-AAAGATGTGTCCTGTAA  149
      |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  ACCAACATAAAAATAAGGCCTATGGATAATACAAAAGATGTGTCCTGTAA  149

seq1  TGGAATGAGAAAACTAAAAAGATGTTGCATGGAAGCAGGTTCTTGTTCAA  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAATGAGAAAACTAAAAAGATGTTGCATGGAAGCAGGTTCTTGTTCAA  199

seq1  ATAATCTCCAAACAGAATGTCCATCAAATTCCAAACCTAAGGTCCTTGGC  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATCTCCAAACAGAATGTCCATCAAATTCCAAACCTAAGGTCCTTGGC  249

seq1  CCTTAGAGCTTTACAGGTTGAGCCTGGAGTCCAGGGGAAGAGGGGATCTA  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTAGAGCTTTACAGGTTGAGCCTGGAGTCCAGGGGAAGAGGGGATCTA  299

seq1  TGCTAATGGCTTAGAGTATTTAAAACTTGCCTGGACAATCTTCAGAACTC  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTAATGGCTTAGAGTATTTAAAACTTGCCTGGACAATCTTCAGAACTC  349

seq1  CCAGAGAGGCTTCACAGGTGAGACCAGGTGAGCTTTGGAGCCAGGCACTC  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGAGAGGCTTCACAGGTGAGACCAGGTGAGCTTTGGAGCCAGGCACTC  399

seq1  AGGGGCAGCTTCAGTTTGCGGCAAGATTTGGACTCAAAAGTAAATAAAAA  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGGCAGCTTCAGTTTGCGGCAAGATTTGGACTCAAAAGTAAATAAAAA  449

seq1  CACTCCTGGCCTGATGAGCCGGCTTACGGGATAAATGTGCTTGCTTTCTG  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTCCTGGCCTGATGAGCCGGCTTACGGGATAAATGTGCTTGCTTTCTG  499

seq1  AGTTCGATCTCCAGAACCCACATATAGTTAGATAGATAAAACTGATCCCA  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTCGATCTCCAGAACCCACATATAGTTAGATAGATAAAACTGATCCCA  549

seq1  TATAGTTGTCTTCTGAGTTCCACATGTGTGTCACGGCCCCAGTAATAAAT  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAGTTGTCTTCTGAGTTCCACATGTGTGTCACGGCCCCAGTAATAAAT  599

seq1  ACATAAATAAAATAAATAAAAATTATACAAAAAAACTATCCCCAATTAAA  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATAAATAAAATAAATAAAAATTATACAAAAAAACTATCCCCAATTAAA  649

seq1  AAAAAAAACTAAATGTGATTTTGACATCAAAATAAATAAGTGAATTC  696
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAAAACTAAATGTGATTTTGACATCAAAATAAATAAGTGAATTC  696