BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-076P05
Chromosome11 (Build37)
Map Location 9,294,377 - 9,428,989
singlet/doubletdoublet
Overlap geneAbca13
Upstream geneLOC665380, Tns3, LOC638720, Pkd1l1, LOC624800, Hus1, Sunc1, OTTMUSG00000005148, Upp1, LOC626887, LOC100041469
Downstream geneLOC665435, LOC382483
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-076P05.bB6Ng01-076P05.g
ACCDH893062DH893063
length1,163545
definitionDH893062|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-076P05, 5' end.DH893063|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-076P05, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(9,294,377 - 9,295,548)(9,428,439 - 9,428,989)
sequence
gaattcaataatctaactttctgttccatcaaaccttccatttattagta
ttttatttttgagattccccttctcaggtgactcaggtgactcatatgtg
ccaaggtgtcatttaaaactagtatgctgcgctccttgttattgtggcac
acaagcacagtacctttaaagcataatcctttattcttgtccccaagatt
tcatgttcatatccttatacaaaacacagtccaacttttaaaagtctgag
gtctcctaattgtgggctcctgtaattagagcaaaactttactattccaa
acaggaagactgaaaaacataattggatccaaacaacccccaaatttaca
gtttaagcccaaattcggtagctgaatgttcaacatctgcccattgataa
agtgtttttatctatctatctatctatctatctatctatctatctatcta
tctatctatctatttatttttgtggactcctaaaaaaaatctttctagtc
tgtttccttgaaatagatcctagatgctcctttgtgaatgttatcccctt
aatgttcagcttgatgcccacttaccatgcaatgttgtacttattttccc
ctgagagtatgttcttgaagatgtatatacgatcttcaaaggacaggcat
tgctattgaaatctttcttaactacttaatatggatgagtcctatgtgaa
tgtcactgttttagcctgtttttctaatacttaaatgttcctttcaagcc
tttaacaaaactcaaatgtacattttttcccccttcttgttggttcttgg
attaattcccaggaacagataaaaagctatgtcttacaatctccacttaa
aaaatcctatccttttctctcacacagccttggtcagccactggaagggg
tatttcatatgctgtagaagctgacagagttactctaagaactcagctgc
tgtgatactgagtctctcttggattcgtttaacaaaaaatcatggttcac
atgatgcagagcatgaatcctgacccatatgactttatgggtagctgagt
atacttggtttatatttggactcagtactcacgggagcttagttcagatg
tcattgccttcatgttccaggcaagatgaggttatgagccaggaaccatt
tttattacttccc

atcctgaaaagggaagaaaagagaaattggaaagacagtttaatgaaaaa
aaaaaaaaaaaaaaaacctactttatttccatagaagcacattgtgccac
aatagaacaccattcaaaagatggccatctccttgccgctaagacagaac
tctggcttttttcacagtgtgagctattaatctgatgacaatagtttatg
accatgccaagatttcacgatgtgacacagggattttcttggctgttcat
gctgagcaggttatctgggctccatgtggactccaagactctcagatcat
aagcagatatcaagaagcaacaagtaattgcttatttattgcgttagagt
gacatgtttcttcatttctgtgtcatgtcagagtaacttaatcacttaga
gaagagctacagttaagtttccacatgaggaaagatggtgaggatttggg
agacagtgaatagaaatgaataaacaactcttaaactgcatcctacattt
acttatttaattgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr11_9294377_9295548
seq2: B6Ng01-076P05.b_46_1208

seq1  GAATTCAATAATCTAACTTTCTGTTCCATCTTACCTTCCATTTATTAGTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAATAATCTAACTTTCTGTTCCATCAAACCTTCCATTTATTAGTA  50

seq1  TTTTATTTTTGAGATTCCCCTTCTCAGGTGACTCAGGTGACTCATATGTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTATTTTTGAGATTCCCCTTCTCAGGTGACTCAGGTGACTCATATGTG  100

seq1  CCAAGGTGTCATTTAAAACTAGTATGCTGCGCTCCTTGTTATTGTGGCAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAGGTGTCATTTAAAACTAGTATGCTGCGCTCCTTGTTATTGTGGCAC  150

seq1  ACAAGCACAGTACCTTTAAAGCATAATCCTTTATTCTTGTCCCCAAGATT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAGCACAGTACCTTTAAAGCATAATCCTTTATTCTTGTCCCCAAGATT  200

seq1  TCATGTTCATATCCTTATACAAAACACAGTCCAACTTTTAAAAGTCTGAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATGTTCATATCCTTATACAAAACACAGTCCAACTTTTAAAAGTCTGAG  250

seq1  GTCTCCTAATTGTGGGCTCCTGTAATTAGAGCAAAACTTTACTATTCCAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTCCTAATTGTGGGCTCCTGTAATTAGAGCAAAACTTTACTATTCCAA  300

seq1  ACAGGAAGACTGAAAAACATAATTGGATCCAAACAACCCCCAAATTTACA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGAAGACTGAAAAACATAATTGGATCCAAACAACCCCCAAATTTACA  350

seq1  GTTTAAGCCCAAATTCGGTAGCTGAATGTTCAACATCTGCCCATTGATAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTAAGCCCAAATTCGGTAGCTGAATGTTCAACATCTGCCCATTGATAA  400

seq1  AGTGTTTTTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGTTTTTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTA  450

seq1  TCTATCTATCTATTTATTTTTGTGGACTCCTAAAAAAAATCTTTCTAGTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTATCTATCTATTTATTTTTGTGGACTCCTAAAAAAAATCTTTCTAGTC  500

seq1  TGTTTCCTTGAAATAGATCCTAGATGCTCCTTTGTGAATGTTATCCCCTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTCCTTGAAATAGATCCTAGATGCTCCTTTGTGAATGTTATCCCCTT  550

seq1  AATGTTCAGCTTGATGCCCACTTACCATGCAATGTTGTACTTATTTTCCC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTTCAGCTTGATGCCCACTTACCATGCAATGTTGTACTTATTTTCCC  600

seq1  CTGAGAGTATGTTCTTGAAGATGTATATACGATCTTCAAAGGACAGGCAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGAGTATGTTCTTGAAGATGTATATACGATCTTCAAAGGACAGGCAT  650

seq1  TGCTATTGAAATCTTTCTTAACTACTTAATATGGATGAGTCCTATGTGAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTATTGAAATCTTTCTTAACTACTTAATATGGATGAGTCCTATGTGAA  700

seq1  TGTCACTGTTTTAGCCTGTTTTTCTAATACTTAAATGTTCCTTTCAAGCC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCACTGTTTTAGCCTGTTTTTCTAATACTTAAATGTTCCTTTCAAGCC  750

seq1  TTTAACAAAACTCAAATGTACATTTTTTCCCCCTTCTTGTTGGTTCTTGG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAACAAAACTCAAATGTACATTTTTTCCCCCTTCTTGTTGGTTCTTGG  800

seq1  ATTAATTCCCAGGAACAGATAAAAAGCTATGTCTTACAATCTCCACTTAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAATTCCCAGGAACAGATAAAAAGCTATGTCTTACAATCTCCACTTAA  850

seq1  AAAATCCTATCCTTTTCTCTCACACAGCCTTGGTCAGCCACTGGAAGGGG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATCCTATCCTTTTCTCTCACACAGCCTTGGTCAGCCACTGGAAGGGG  900

seq1  TATTTCATATGCTGTAGAAGCTGACAGAGTTACTCTAAGAACTCAGGCTG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  TATTTCATATGCTGTAGAAGCTGACAGAGTTACTCTAAGAACTCA-GCTG  949

seq1  CTGTGATACTGAGTCTCTCTTGGATTCGTTTTAACAAAAAATCAATGGTT  1000
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||
seq2  CTGTGATACTGAGTCTCTCTTGGATTCG-TTTAACAAAAAATC-ATGGTT  997

seq1  CACATGATGCAGAGCATGAATCCTGACCCATATGACTTTATGGGGTTAGC  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||
seq2  CACATGATGCAGAGCATGAATCCTGACCCATATGACTTTATGGG--TAGC  1045

seq1  TGAGTATACTTGGTTTATATTTGGACTCAGTACTCACGGGAGCATAGTTC  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  TGAGTATACTTGGTTTATATTTGGACTCAGTACTCACGGGAGCTTAGTTC  1095

seq1  AGATGTCATTGCCTTCAGTGTCTCAGGCAAAGATGAGGTTTATGAGCAAG  1150
      ||||||||||||||||| |||  ||||| ||||||||| |||||||| ||
seq2  AGATGTCATTGCCTTCA-TGTTCCAGGC-AAGATGAGG-TTATGAGCCAG  1142

seq1  GAACCATTTTTAATTACTTCCC  1172
      ||||||||||| ||||||||||
seq2  GAACCATTTTT-ATTACTTCCC  1163


seq1: chr11_9428439_9428989
seq2: B6Ng01-076P05.g_71_621 (reverse)

seq1  CACACACACACACACACACACACACACACACACAATTAAATAAGTAAATG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACACACACACACACACACACACACACACACAATTAAATAAGTAAATG  50

seq1  TAGGATGCAGTTTAAGAGTTGTTTATTCATTTCTATTCACTGTCTCCCAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGATGCAGTTTAAGAGTTGTTTATTCATTTCTATTCACTGTCTCCCAA  100

seq1  ATCCTCACCATCTTTCCTCATGTGGAAACTTAACTGTAGCTCTTCTCTAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCTCACCATCTTTCCTCATGTGGAAACTTAACTGTAGCTCTTCTCTAA  150

seq1  GTGATTAAGTTACTCTGACATGACACAGAAATGAAGAAACATGTCACTCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGATTAAGTTACTCTGACATGACACAGAAATGAAGAAACATGTCACTCT  200

seq1  AACGCAATAAATAAGCAATTACTTGTTGCTTCTTGATATCTGCTTATGAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACGCAATAAATAAGCAATTACTTGTTGCTTCTTGATATCTGCTTATGAT  250

seq1  CTGAGAGTCTTGGAGTCCACATGGAGCCCAGATAACCTGCTCAGCATGAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGAGTCTTGGAGTCCACATGGAGCCCAGATAACCTGCTCAGCATGAA  300

seq1  CAGCCAAGAAAATCCCTGTGTCACATCGTGAAATCTTGGCATGGTCATAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCCAAGAAAATCCCTGTGTCACATCGTGAAATCTTGGCATGGTCATAA  350

seq1  ACTATTGTCATCAGATTAATAGCTCACACTGTGAAAAAAGCCAGAGTTCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTATTGTCATCAGATTAATAGCTCACACTGTGAAAAAAGCCAGAGTTCT  400

seq1  GTCTTAGCGGCAAGGAGATGGCCATCTTTTGAATGGTGTTCTATTGTGGC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTTAGCGGCAAGGAGATGGCCATCTTTTGAATGGTGTTCTATTGTGGC  450

seq1  ACAATGTGCTTCTATGGAAATAAAGTAGGTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAATGTGCTTCTATGGAAATAAAGTAGGTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTT  500

seq1  CATTAAACTGTCTTTCCAATTTCTCTTTTCTTCCCTCTTCAGGATGAATT  550
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  CATTAAACTGTCTTTCCAATTTCTCTTTTCTTCCCTTTTCAGGATGAATT  550

seq1  C  551
      |
seq2  C  551


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |