BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-077D13
Chromosome11 (Build37)
Map Location 106,221,394 - 106,313,231
singlet/doubletdoublet
Overlap gene2310007L24Rik, Icam2, Ern1
Upstream geneRnf190, EG666807, Tanc2, LOC667737, Cyb561, Ace, EG217246, Kcnh6, Wdr68, Ccdc44, Map3k3, Limd2, 2610019A05Rik, 2610204L23Rik, Ddx42, Ftsj3, Psmc5, Smarcd2, Tcam1, Gh, Cd79b, Scn4a
Downstream geneLOC100041277, Tex2, Pecam1, Gm885, Polg2, Ddx5, Ccdc45, Smurf2, LOC666873, Kpna2, 1810010H24Rik, Bptf, LOC100042899, Nol11, LOC671692, Pitpnc1
LinkOpen Mouse BAC browser

no map image available.



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-077D13.bB6Ng01-077D13.g
ACCDH893255DH893256
length1,1401,193
definitionDH893255|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-077D13, 5' end.DH893256|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-077D13, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(106,221,394 - 106,222,552)(106,312,026 - 106,313,231)
sequence
gaattcacagatttatgcatgctaggctacacccttagccctgagctata
ttcccttccctcccttccttcctccctccctgtcccttcctcccaccacc
actttattcctccatttatttatttatttatttatttatttatttattta
tttatttttcttcctttcttttcttttcttttttttccagtttttcaaga
cagggtttctctgtgtagccctggctgtcctggaactcactttgtagacc
aggctggcctcgaactcagaaatccacctgcctctgcctcccaagtacta
ggattacaggcatatgccaccactgctcggcttattcccccatttcttat
tccttatttccttttccttattgttgatacagggtcttatgtatcctagg
ctgtccttgaacttgctacatagccaagaatgactctgagcttctccttc
tgcctctacctcaggaggactgggattgcagatgtgcactctgcctgctt
tctgtgctgcagggacagggcccacactaggcaggtacacagcactgagt
catcccagacccctagattctttgttgaaaagttagcaccatgtaccagg
ccctggttcacctactgcggttttattataccaagagaggatttgaacac
agctttctttcatgccaaccccacgtacctactactacaaacatggcctt
cctccagccctttacagcactgacctgggcatggttgacctacagcacaa
atagccccctgcactgagctggcttttgcttcagggcacgctagaggcct
tgcttgaagccccttgaaaggtatggctgctgaagatgcctgacggccta
gaagaccatgcttgcttgcttcttgggtctctgtgtcgtggctgaaggtc
tgggaacacaccagtcagcagcctggcaaagactttctggatacttgttt
gttttaagtcatgatctctatatgtggcttgggctaacctgaactcacga
taggattgtaccaccatcctacttgagccaattagtcccccatatctatc
taatgtctactatggcctatttgcatttcttggtcacacagacactctac
atacacaaagttcagctctgtgactaattccactgctcaa
gaattcccaggttttggacgatgcgtgtcttcttcctttctacctcactg
ctcaagtacaagaaaggtgttttttctcaatgtctgtgaggattaaaatt
agtctgacatgaggggattatgacaaagctttttgtttgtttattttttg
agacagggtttttctgtgtagttcccagaactcactctgtagaccagact
ggcctcgaactcatagagacccacctgcttctgcctcccaagtgctggga
ttaaagatgtgtgccacaaacacccagtctggcaaagctttttatttccg
aagcaaaatctttcacattaaaaagtaaaattaattaattaattaattaa
atagtaaaatccaggcccagggagatgatgagtagataaggcactgacta
tgcaagtgtgaggactagtgctcagattaccagcacacacagggcaagct
gggtagctagattagctaaacttgcaagtaccaggtttatcaagagatct
agactcagtaaataaggtgaagatgcactgagaaagacatccagtctcac
tctctggcctccacacaccacacacacatgtgcacgcacacaatcatacc
acgcacactttaaaaaactaaaatacaaggcccacgaaaaagctgagctt
agcattaagcacccataacttcagcactgggggagggaagaggacagaaa
cagatggattccagaggcttgttgaccagttagcctgtcctgcctaacta
ataaagatccaagttcagaaggcttggagaaattactgccgaagacatct
tgaagttaacatctgacccctacacatgtacacacatgggtgagagcacg
catgtggacacatgtgcacacataggtgcagagagagagagagagagaca
gagacagacagacaaggacagagagctgggcctgatgacacatatctatg
attctaactgctcagaggctgagcagcaaaatcaaaagctcaagggccta
cagggttataaactgaagatcaagaacagcctggacaattagtgagaata
ctatttcaaatacaaataaaaagggaactggaaaacaaaatctggaactt
gtgcttgtaagcaagaatcctcccatgtactaaatcctaaccatgtgaag
ttttaacattttccaacataaatacctgtaggatacatgcact
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr11_106221394_106222552
seq2: B6Ng01-077D13.b_45_1184

seq1  GAATTCACAGATTTATGCATGCTAGGCTACACCCTTAGCCCTGAGCTATA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACAGATTTATGCATGCTAGGCTACACCCTTAGCCCTGAGCTATA  50

seq1  TTCCCTTCCCTCCCTTCCTTCCTCCCTCCCTGTCCCTTCCTCCCACCACC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCTTCCCTCCCTTCCTTCCTCCCTCCCTGTCCCTTCCTCCCACCACC  100

seq1  ACTTTATTCCTCCATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTTATTCCTCCATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTA  150

seq1  TTTATTTTTCTTCCTTTCTTTTCTTTTCTTTTTTTTCCAGTTTTTCAAGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATTTTTCTTCCTTTCTTTTCTTTTCTTTTTTTTCCAGTTTTTCAAGA  200

seq1  CAGGGTTTCTCTGTGTAGCCCTGGCTGTCCTGGAACTCACTTTGTAGACC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGGTTTCTCTGTGTAGCCCTGGCTGTCCTGGAACTCACTTTGTAGACC  250

seq1  AGGCTGGCCTCGAACTCAGAAATCCACCTGCCTCTGCCTCCCAAGTACTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCTGGCCTCGAACTCAGAAATCCACCTGCCTCTGCCTCCCAAGTACTA  300

seq1  GGATTACAGGCATATGCCACCACTGCTCGGCTTATTCCCCCATTTCTTAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATTACAGGCATATGCCACCACTGCTCGGCTTATTCCCCCATTTCTTAT  350

seq1  TCCTTATTTCCTTTTCCTTATTGTTGATACAGGGTCTTATGTATCCTAGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTATTTCCTTTTCCTTATTGTTGATACAGGGTCTTATGTATCCTAGG  400

seq1  CTGTCCTTGAACTTGCTACATAGCCAAGAATGACTCTGAGCTTCTCCTTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTCCTTGAACTTGCTACATAGCCAAGAATGACTCTGAGCTTCTCCTTC  450

seq1  TGCCTCTACCTCAGGAGGACTGGGATTGCAGATGTGCACTCTGCCTGCTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTCTACCTCAGGAGGACTGGGATTGCAGATGTGCACTCTGCCTGCTT  500

seq1  TCTGTGCTGCAGGGACAGGGCCCACACTAGGCAGGTACACAGCACTGAGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTGCTGCAGGGACAGGGCCCACACTAGGCAGGTACACAGCACTGAGT  550

seq1  CATCCCAGACCCCTAGATTCTTTGTTGAAAAGTTAGCACCATGTACCAGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCCCAGACCCCTAGATTCTTTGTTGAAAAGTTAGCACCATGTACCAGG  600

seq1  CCCTGGTTCACCTACTGCGGTTTTATTATACCAAGAGAGGATTTGAACAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTGGTTCACCTACTGCGGTTTTATTATACCAAGAGAGGATTTGAACAC  650

seq1  AGCTTTCTTTCATGCCAACCCCACGTACCTACTACTACAAACATGGCCTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTTTCTTTCATGCCAACCCCACGTACCTACTACTACAAACATGGCCTT  700

seq1  CCTCCAGCCCTTTACAGCACTGACCTGGGCATGGTTGACCTACAGCACAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCCAGCCCTTTACAGCACTGACCTGGGCATGGTTGACCTACAGCACAA  750

seq1  ATAGCCCCCTGCACTGAGCTGGCTTTTGCTTCAGGGCAGGCTAGAGGCCT  800
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  ATAGCCCCCTGCACTGAGCTGGCTTTTGCTTCAGGGCACGCTAGAGGCCT  800

seq1  TGCTTGAAGCCCCTTGAAAGGTATGGCTGCTGAAGATGCCTGACAGGCCT  850
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  TGCTTGAAGCCCCTTGAAAGGTATGGCTGCTGAAGATGCCTGAC-GGCCT  849

seq1  AGAAGGACCATGCTTGCTTGCTTCTTGGGTCTCTGTGTCGTGGGCTGAAG  900
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  AGAA-GACCATGCTTGCTTGCTTCTTGGGTCTCTGTGTCGT-GGCTGAAG  897

seq1  GTCTGGGAACACACCAGTCAGCAGCCTGGCAAAGAACTTTCTGGATACTT  950
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  GTCTGGGAACACACCAGTCAGCAGCCTGGCAAAG-ACTTTCTGGATACTT  946

seq1  GTTTGTTTTAAGTCAGGATCTCTATATGTGGCTTGGGCTAACCTTGAACT  1000
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  GTTTGTTTTAAGTCATGATCTCTATATGTGGCTTGGGCTAACC-TGAACT  995

seq1  CACTATAGGATTGTACCACCATCCCTAACTGGAACCAATTAG-CCCCCAT  1049
      ||| ||||||||||||||||||||   ||| || |||||||| |||||||
seq2  CACGATAGGATTGTACCACCATCC--TACTTGAGCCAATTAGTCCCCCAT  1043

seq1  ATCTATCTAATGTCTACTATGGCCTATTTGCCATTTCTTGGCACACACAC  1099
      |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||        |
seq2  ATCTATCTAATGTCTACTATGGCCTATTTG-CATTTCTTGG-------TC  1085

seq1  ACACACACACACACACACACACACAGTGTCAGCTCTGTGACTAATTTCCC  1149
      ||||| |||| |  ||| ||||| ||| ||||||||||||||||||  ||
seq2  ACACAGACACTC-TACATACACAAAGT-TCAGCTCTGTGACTAATT--CC  1131

seq1  AGCTGCTCAA  1159
      | ||||||||
seq2  A-CTGCTCAA  1140

seq1: chr11_106312026_106313231
seq2: B6Ng01-077D13.g_68_1260 (reverse)

seq1  AGTGCATGGTATCCTACAGAGTACATTTATGTTGGAAAATGTTTAAAAAC  50
      ||||||| ||||||||||| ||  |||||||||||||||||||  |||||
seq2  AGTGCAT-GTATCCTACAG-GT--ATTTATGTTGGAAAATGTT--AAAAC  44

seq1  ATTTCACATGGGGTTAGGGATTTAGTACAGTGGGAGGATACTTGCCTAAC  100
        |||||||  ||||| |||||||||||| ||||||||| |||| || ||
seq2  --TTCACAT--GGTTA-GGATTTAGTACA-TGGGAGGATTCTTG-CTTAC  87

seq1  AAGCACAAGGTCCAGGATTTTG-TCTCCAGTTCCCTTTTTATTTGTATTT  149
      ||||||||| |||| ||||||| | |||||||||||||||||||||| ||
seq2  AAGCACAAGTTCCA-GATTTTGTTTTCCAGTTCCCTTTTTATTTGTA-TT  135

seq1  TGAAATAGTA-TCTCACTAATTGTCCAGGCTGGTCTTGATC-TCAGTTTA  197
      |||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||
seq2  TGAAATAGTATTCTCACTAATTGTCCAGGCTGTTCTTGATCTTCAGTTTA  185

seq1  TAGACCCTGTAGG-CCTTGAGCTTTTGATTTTGCTGCCTCAGCCTCTTGA  246
      || |||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||| |||
seq2  TA-ACCCTGTAGGCCCTTGAGCTTTTGATTTTGCTG-CTCAGCCTC-TGA  232

seq1  GCAGTTAGAATCATAGATATGTGTCATCAGGCCCAGCTCTCTGTCCTTGT  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGTTAGAATCATAGATATGTGTCATCAGGCCCAGCTCTCTGTCCTTGT  282

seq1  CTGTCTGTCTCTGTCTCTCTCTCTCTCTCTCTGCACCTATGTGTGCACAT  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTCTGTCTCTGTCTCTCTCTCTCTCTCTCTGCACCTATGTGTGCACAT  332

seq1  GTGTCCACATGCGTGCTCTCACCCATGTGTGTACATGTGTAGGGGTCAGA  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTCCACATGCGTGCTCTCACCCATGTGTGTACATGTGTAGGGGTCAGA  382

seq1  TGTTAACTTCAAGATGTCTTCGGCAGTAATTTCTCCAAGCCTTCTGAACT  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTAACTTCAAGATGTCTTCGGCAGTAATTTCTCCAAGCCTTCTGAACT  432

seq1  TGGATC-TTATTAGTTAGGCAGGACAGGCTAACTGGTCAACAAGCCTCTG  495
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGATCTTTATTAGTTAGGCAGGACAGGCTAACTGGTCAACAAGCCTCTG  482

seq1  GAATCCATCTGTTTCTGTCCTCTTCCCTCCCCCAGTGCTGAAGTTATGGG  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATCCATCTGTTTCTGTCCTCTTCCCTCCCCCAGTGCTGAAGTTATGGG  532

seq1  TGCTTAATGCTAAGCTCAGCTTTTTCGTGGGCCTTGTATTTTAGTTTTTT  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTAATGCTAAGCTCAGCTTTTTCGTGGGCCTTGTATTTTAGTTTTTT  582

seq1  AAAGTGTGCGTGGTATGATTGTGTGCGTGCACATGTGTGTGTGGTGTGTG  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTGTGCGTGGTATGATTGTGTGCGTGCACATGTGTGTGTGGTGTGTG  632

seq1  GAGGCCAGAGAGTGAGACTGGATGTCTTTCTCAGTGCATCTTCACCTTAT  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGCCAGAGAGTGAGACTGGATGTCTTTCTCAGTGCATCTTCACCTTAT  682

seq1  TTACTGAGTCTAGATCTCTTGATAAACCTGGTACTTGCAAGTTTAGCTAA  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACTGAGTCTAGATCTCTTGATAAACCTGGTACTTGCAAGTTTAGCTAA  732

seq1  TCTAGCTACCCAGCTTGCCCTGTGTGTGCTGGTAATCTGAGCACTAGTCC  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAGCTACCCAGCTTGCCCTGTGTGTGCTGGTAATCTGAGCACTAGTCC  782

seq1  TCACACTTGCATAGTCAGTGCCTTATCTACTCATCATCTCCCTGGGCCTG  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACACTTGCATAGTCAGTGCCTTATCTACTCATCATCTCCCTGGGCCTG  832

seq1  GATTTTACTATTTAATTAATTAATTAATTAATTTTACTTTTTAATGTGAA  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTTTACTATTTAATTAATTAATTAATTAATTTTACTTTTTAATGTGAA  882

seq1  AGATTTTGCTTCGGAAATAAAAAGCTTTGCCAGACTGGGTGTTTGTGGCA  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATTTTGCTTCGGAAATAAAAAGCTTTGCCAGACTGGGTGTTTGTGGCA  932

seq1  CACATCTTTAATCCCAGCACTTGGGAGGCAGAAGCAGGTGGGTCTCTATG  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATCTTTAATCCCAGCACTTGGGAGGCAGAAGCAGGTGGGTCTCTATG  982

seq1  AGTTCGAGGCCAGTCTGGTCTACAGAGTGAGTTCTGGGAACTACACAGAA  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTCGAGGCCAGTCTGGTCTACAGAGTGAGTTCTGGGAACTACACAGAA  1032

seq1  AAACCCTGTCTCAAAAAATAAACAAACAAAAAGCTTTGTCATAATCCCCT  1095
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACCCTGTCTCAAAAAATAAACAAACAAAAAGCTTTGTCATAATCCCCT  1082

seq1  CATGTCAGACTAATTTTAATCCTCACAGACATTGAGAAAAAACACCTTTC  1145
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTCAGACTAATTTTAATCCTCACAGACATTGAGAAAAAACACCTTTC  1132

seq1  TTGTACTTGAGCAGTGAGGTAGAAAGGAAGAAGACACGCATCGTCCAAAA  1195
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTACTTGAGCAGTGAGGTAGAAAGGAAGAAGACACGCATCGTCCAAAA  1182

seq1  CCTGGGAATTC  1206
      |||||||||||
seq2  CCTGGGAATTC  1193