BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-079P13
Chromosome11 (Build37)
Map Location 52,955,932 - 53,124,690
singlet/doubletdoublet
Overlap geneFstl4, LOC623205, Hspa4
Upstream geneOlfr1373, Olfr1372-ps1, Olfr1371, Skp1a, Tcf7, Vdac1, 9530068E07Rik, LOC667659, LOC667667, LOC100040523
Downstream geneZcchc10, Aff4, LOC100040576, Leap2, Uqcrq, Gdf9, Shroom1, ENSMUSG00000049427, Ankrd43, LOC546500, Sept8, Cycl, Kif3a, Il4, Il13, LOC667731, Rad50, Il5, Irf1, LOC622459, Slc22a5, LOC667762, Slc22a21, Slc22a4, Pdlim4, P4ha2, LOC623647, Dbi-ps, Csf2, Il3, Acsl6
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-079P13.bB6Ng01-079P13.g
ACCDH895235DH895236
length1,155614
definitionDH895235|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-079P13, 5' end.DH895236|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-079P13, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(52,955,932 - 52,957,108)(53,124,078 - 53,124,690)
sequence
gaattccttgcagatgaaaaacaattgattcaagtgaatctggggcttca
gttgatgctgtcatgcacatcgtgatacccaagtcccttcacatcccttg
tacactctgacaattagccatggacccaaagccccacttaggggctcagg
tacctggtcatagggcccaacagctgccagttatacctcatgacactcca
accagaggagtgttatctgttctctgagaataagcaagctcagagcaacc
tctctgaggagcctccagtggcagggacataggcacatgtatacacccag
atgttcacatgtgtcccctgtttatggctttccagaacccagaaaactgg
gccagaacctcctgtgtgagttttataccaagttaaggtgacacagacac
gcatgcacatacacgactaaaaccagtcctaactctggggttcctaaacc
agactcagggtcagtgatttgcgagaaggattcacagaacccactggaag
ctgggagcctccaaggtgacagtttccagcacggaaaatacaggagtaaa
tctgtcagaagaggccatcaggagaatccagagtttcaagcaagctgcct
cctgaggcccttcccagtgaagccccagatgagctgttttctgtcatcag
gatacactagtgtggccagtccttggtgtccagagatctttctggagctt
catcataacctgcccttggagatgactttggtttagcctgcaacccctca
ggaagcaagatagtcccccacttggcctgaagaccccacataaacaaaga
ttcctaagaacactctagggacttaggcgccatctttctaccgaggaggt
caagagttagcagtttctttgagtggtggaaaatcttgatggcatacacc
ataaggaacagcatcctaagtgcatgcctccctccagtcagctgtcatac
cagagttcgttatgtggcatgaaccccttctcagctcacaaggacaacac
agtgatgagaatatgagaatactacttctttgagctcccagtcaaggggc
gagtagtcactcagtcttcgtgacacacatactccgagtcttgagaagct
gggaccttctcgaggagtgcttcttacgtaccctgattcctttctggtct
ggaac
gaattcctttactttctttaatcaaagtgggtgatctgctctttgtgagc
acggggcatatggagtcttgatgctggagcaaatgtttagggtctgtctg
cctactcccttgggagaactggatgactccagtaattactcctaaaaaat
tatttttgtacttttaaacatgtatatatgcacatctgcgtgtgtgtgtg
tggggggggggcatgcacttgcacattcgaacacacacacacatgcaggg
aagttaaaggacagcttgttggagttagttttctcttttcatcatgtagg
tttcaggatcaattcaaattgtcaagtgaagtggcaagtacgtttaccac
catggagccatcactgtcctcagcatgctgacatggatatgaccctgtca
aaggtaccattgttagttagcagaggcctctctgggtcaggctccagaat
tgataaagccttcctttggatatgttcaagtgttgccagtgtgtacagaa
agcagctttctcccatagggctagctatggaatcacccacagtaggctgg
gcctgcctacctcaattagctcttaagaaaaatgtctggtgctggtgaga
tggctcattgggta
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr11_52955932_52957108
seq2: B6Ng01-079P13.b_44_1198

seq1  GAATTCCTTGCAGATGAAAAACAATTGATTCAAGTGAATCTGGGGCTTCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTTGCAGATGAAAAACAATTGATTCAAGTGAATCTGGGGCTTCA  50

seq1  GTTGATGCTGTCATGCACATCGTGATACCCAAGTCCCTTCACATCCCTTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGATGCTGTCATGCACATCGTGATACCCAAGTCCCTTCACATCCCTTG  100

seq1  TACACTCTGACAATTAGCCATGGACCCAAAGCCCCACTTAGGGGCTCAGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACACTCTGACAATTAGCCATGGACCCAAAGCCCCACTTAGGGGCTCAGG  150

seq1  TACCTGGTCATAGGGCCCAACAGCTGCCAGTTATACCTCATGACACTCCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCTGGTCATAGGGCCCAACAGCTGCCAGTTATACCTCATGACACTCCA  200

seq1  ACCAGAGGAGTGTTATCTGTTCTCTGAGAATAAGCAAGCTCAGAGCAACC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAGAGGAGTGTTATCTGTTCTCTGAGAATAAGCAAGCTCAGAGCAACC  250

seq1  TCTCTGAGGAGCCTCCAGTGGCAGGGACATAGGCACATGTATACACCCAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTGAGGAGCCTCCAGTGGCAGGGACATAGGCACATGTATACACCCAG  300

seq1  ATGTTCACATGTGTCCCCTGTTTATGGCTTTCCAGAACCCAGAAAACTGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTCACATGTGTCCCCTGTTTATGGCTTTCCAGAACCCAGAAAACTGG  350

seq1  GCCAGAACCTCCTGTGTGAGTTTTATACCAAGTTAAGGTGACACAGACAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAGAACCTCCTGTGTGAGTTTTATACCAAGTTAAGGTGACACAGACAC  400

seq1  GCATGCACATACACGACTAAAACCAGTCCTAACTCTGGGGTTCCTAAACC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATGCACATACACGACTAAAACCAGTCCTAACTCTGGGGTTCCTAAACC  450

seq1  AGACTCAGGGTCAGTGATTTGCGAGAAGGATTCACAGAACCCACTGGAAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACTCAGGGTCAGTGATTTGCGAGAAGGATTCACAGAACCCACTGGAAG  500

seq1  CTGGGAGCCTCCAAGGTGACAGTTTCCAGCACGGAAAATACAGGAGTAAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGGAGCCTCCAAGGTGACAGTTTCCAGCACGGAAAATACAGGAGTAAA  550

seq1  TCTGTCAGAAGAGGCCATCAGGAGAATCCAGAGTTTCAAGCAAGCTGCCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTCAGAAGAGGCCATCAGGAGAATCCAGAGTTTCAAGCAAGCTGCCT  600

seq1  CCTGAGGCCCTTCCCAGTGAAGCCCCAGATGAGCTGTTTTCTGTCATCAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGAGGCCCTTCCCAGTGAAGCCCCAGATGAGCTGTTTTCTGTCATCAG  650

seq1  GATACACTAGTGTGGCCAGTCCTTGGTGTCCAGAGATCTTTCTGGAGCTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATACACTAGTGTGGCCAGTCCTTGGTGTCCAGAGATCTTTCTGGAGCTT  700

seq1  CATCATAACCTGCCC-TGGAGATGACTTTGGTTTAGCCTGCAACCCCTCA  749
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCATAACCTGCCCTTGGAGATGACTTTGGTTTAGCCTGCAACCCCTCA  750

seq1  GGAAGCAAGATAGTCCCCCACTTGGCCTGAAGACCCCACATAAACAAAGA  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGCAAGATAGTCCCCCACTTGGCCTGAAGACCCCACATAAACAAAGA  800

seq1  TTCCTAAGAACACTCTAGGGACTTAGGCGCCATCTTTCTACCGAGGAGGT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTAAGAACACTCTAGGGACTTAGGCGCCATCTTTCTACCGAGGAGGT  850

seq1  CAAGAGTTAGCAGTTTCTTTGAGTGGTGGAAAATCTTGATGGCATACACC  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGAGTTAGCAGTTTCTTTGAGTGGTGGAAAATCTTGATGGCATACACC  900

seq1  ATAAGGAACAGCATCCTAAGGTGCATGCCTCCCTCCAGTCAGCTGTCATA  949
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAGGAACAGCATCCTAA-GTGCATGCCTCCCTCCAGTCAGCTGTCATA  949

seq1  CCAGAGTTCGTTATGTGGCATGAACCCCTTCCTCAGCTCACCAAGGACAA  999
      |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||
seq2  CCAGAGTTCGTTATGTGGCATGAACCCCTT-CTCAGCTCA-CAAGGACAA  997

seq1  CACAGTGATGGAGAAATATGAGATACCTACCTTCTTTGAGCTCACAGTCA  1049
      ||||||||| ||| |||||||||   ||| ||||||||||||| ||||||
seq2  CACAGTGAT-GAG-AATATGAGAATACTA-CTTCTTTGAGCTCCCAGTCA  1044

seq1  AGGGGCGAGTAGTCACTCAAGCCATCCGGTGACCACACATACCCCGAGGT  1099
      |||||||||||||||||| || | ||  |||| ||||||||| |||| ||
seq2  AGGGGCGAGTAGTCACTC-AGTCTTC--GTGA-CACACATACTCCGA-GT  1089

seq1  CTTGAAGAAGCTGGGAACTTTCCTTCCAGAAGGAGGTGCCTTCTTACGTA  1149
      |||| |||||||||||     |||||  | |||| ||| |||||||||||
seq2  CTTG-AGAAGCTGGGA-----CCTTCTCG-AGGA-GTG-CTTCTTACGTA  1130

seq1  CCTCTGATCCCCTTTCCTGGTCTTGAAC  1177
      || ||||| ||  || ||||||| ||||
seq2  CC-CTGATTCC--TTTCTGGTCTGGAAC  1155

seq1: chr11_53124078_53124690
seq2: B6Ng01-079P13.g_72_685 (reverse)

seq1  TACCCACTGAGCCATCTCACCAGCCCCAGACA-TTTTCTTAAGAGCTAAT  49
      |||||| ||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||
seq2  TACCCAATGAGCCATCTCACCAGCACCAGACATTTTTCTTAAGAGCTAAT  50

seq1  TGAGGTAGGCAGGCCCAGCCTACTGTGGGTGATTCCATAGCTAGCCCTAT  99
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGGTAGGCAGGCCCAGCCTACTGTGGGTGATTCCATAGCTAGCCCTAT  100

seq1  GGGAGAAAGCTGCTTTCTGTACACACTGGCAACACTTGAACATATCCAAA  149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAGAAAGCTGCTTTCTGTACACACTGGCAACACTTGAACATATCCAAA  150

seq1  GGAAGGCTTTATCAATTCTGGAGCCTGACCCAGAGAGGCCTCTGCTAACT  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGGCTTTATCAATTCTGGAGCCTGACCCAGAGAGGCCTCTGCTAACT  200

seq1  AACAATGGTACCTTTGACAGGGTCATATCCATGTCAGCATGCTGAGGACA  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAATGGTACCTTTGACAGGGTCATATCCATGTCAGCATGCTGAGGACA  250

seq1  GTGATGGCTCCATGGTGGTAAACGTACTTGCCACTTCACTTGACAATTTG  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGATGGCTCCATGGTGGTAAACGTACTTGCCACTTCACTTGACAATTTG  300

seq1  AATTGATCCTGAAACCTACATGATGAAAAGAGAAAACTAACTCCAACAAG  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTGATCCTGAAACCTACATGATGAAAAGAGAAAACTAACTCCAACAAG  350

seq1  CTGTCCTTTAACTTCCCTGCATGTGTGTGTGTGTTCGAATGTGCAAGTGC  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTCCTTTAACTTCCCTGCATGTGTGTGTGTGTTCGAATGTGCAAGTGC  400

seq1  ATGCCCCCCCCCCACACACACACACGCAGATGTGCATATATACATGTTTA  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCCCCCCCCCCACACACACACACGCAGATGTGCATATATACATGTTTA  450

seq1  AAAGTACAAAAATAATTTTTTAGGAGTAATTACTGGAGTCATCCAGTTCT  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTACAAAAATAATTTTTTAGGAGTAATTACTGGAGTCATCCAGTTCT  500

seq1  CCCAAGGGAGTAGGCAGACAGACCCTAAACATTTGCTCCAGCATCAAGAC  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAAGGGAGTAGGCAGACAGACCCTAAACATTTGCTCCAGCATCAAGAC  550

seq1  TCCATATGCCCCGTGCTCACAAAGAGCAGATCACCCACTTTGATTAAAGA  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCATATGCCCCGTGCTCACAAAGAGCAGATCACCCACTTTGATTAAAGA  600

seq1  AAGTAAAGGAATTC  613
      ||||||||||||||
seq2  AAGTAAAGGAATTC  614