BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-080H03
Chromosome11 (Build37)
Map Location 38,207,884 - 38,317,711
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC100039148, LOC276941
Downstream genenone
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-080H03.bB6Ng01-080H03.g
ACCDH895582DH895583
length1,1891,127
definitionDH895582|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-080H03, 5' end.DH895583|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-080H03, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(38,207,884 - 38,209,075)(38,316,570 - 38,317,711)
sequence
gaattcctagggcttacttttcagaaacaaacagctaagtttcagtccaa
gtaagtgaacatatctcaaaaataaaatttaggggttggagagacagctc
agtggttaagagcactagatgctcttccaaaggtcctgagttcaattccc
agcaaccacatggtggctcacaactgtctctaaagggatctaatgcactg
ttatggtgtgtctgaagacagcaacagagacaatatactcacatacataa
aaaataaaaataaaaataattttaaaataatttttaaaaatttgaaacag
agagaaatagcttgagagagggaaaagtagtttgtacacatatatagaca
tttatataaatacacacacacacatctttcttacaaatgaagttacatga
caaagggtgataacagctcccatagagccaatgtctatgtaataattgtg
gtaaatggtggtgtccttacaaaatatacgaagaaaattaccctagggag
tagcacattacagagacagcagcctcatcctcatcaatacagaattattc
tcaaaagcgcaaatatggaaataagtaaactaataacagatgaatgaaaa
tatagatgtattaattatgcagaattttaaaaacttgaaatcacaaaata
catgaaagagtggttatctgggacaggttgctcagaagaacaggaaacta
ttgatcacagaatacaaggttcagttttccagaatagaagtactagagac
acatgatgccaagctatatttcctccaagcctaggatgtgctctgagaac
tagctctcatgggaatggaagttgttatgcaagcttcccagggaagcaag
caaacaatagtcgtactagcctaatacctatgaaacaaaatgaccagaga
ggcaaaataatcctaacaatgcaatagcaacatttacatctttggtatat
cctattgttatctaattgtgtttaaggtatgctcataaaatgaatgctta
tgtagaactgtcagtctactctgtaacctggtactttaaagccataactg
gcaaggtcatgggatgtagaaaaacaataatgctggtgactttgccaaac
aagtataatttctaactgcacctttatagtaatacgaactggtcatgtca
gaagaaccactgatctggggtgcacaaccctaattgata
gaattccatgcttaggaggtagtgatgattagaatgctagtgtaaacttt
atgtaaagaattccatgcttagcaggtagtgatgattagaatgctagtgt
aaactttatgagcttgggattcttaatatcagattttactctgaattact
attctgattaacatttataacttgcacaggggcagcaaagtataggctgt
ctgggagtacagctgaattatgcttaagatggctttttctagaaatcttt
aatttgttgacacgttactatttattgatggtgtatttttgcttatagca
gtatgacatggcatgtgtataggtttcaaaagactaagtttgttctattt
ttctactatgtgaattccaggaatgaaacatattttccggtctgggaaaa
attgccgttacccatggaatcatcttagtggccctaaactataaagactg
gtggtttgtttgcctgcctttgctaatctcatcaattaatctcttcaatt
tatttgtatcttcaatatgaatgagtgatcagcttctctgtagtgtttat
catcttaggttgatgactttgacttgaaggagagagagagagagaataga
ggtgaataaaatgaatcactgcgtaggagtggttatatgtgagcatgagg
acctgagtttgggtatcaacatccatttaaaaactgagtatggctaagga
tactttcaaacccaccaatggagtgtgggaggttagtgaaatacaagatt
gctgtgcttgcagatacattgagagatcctgtctcaaggcaatagggcaa
caactgatgactgatgaaggacatacatgcttaggtccacaaatccttaa
gtacacatgtggagaattggatataacatataggagaagggaagaaagga
cagagggagggaaggagtgagtgagagagagagatccatcctacaattgg
cttattctttgttccttaaaaatggagctatttattttttgcatgtgtga
acgttcgaaaaaaacatatgtgtacattattcagagttaaaccactagct
cgaatcaatctctacattttagtgtaccctaacttgctacatgccagaga
gccttgattccatatcaacagcatgta
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr11_38207884_38209075
seq2: B6Ng01-080H03.b_52_1240

seq1  GAATTCCTAGGGCTTACTTTTCAGAAACAAACAGCTAAGTTTCAGTCCAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTAGGGCTTACTTTTCAGAAACAAACAGCTAAGTTTCAGTCCAA  50

seq1  GTAAGTGAACATATCTCAAAAATAAAATTTAGGGGTTGGAGAGACAGCTC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAGTGAACATATCTCAAAAATAAAATTTAGGGGTTGGAGAGACAGCTC  100

seq1  AGTGGTTAAGAGCACTAGATGCTCTTCCAAAGGTCCTGAGTTCAATTCCC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGGTTAAGAGCACTAGATGCTCTTCCAAAGGTCCTGAGTTCAATTCCC  150

seq1  AGCAACCACATGGTGGCTCACAACTGTCTCTAAAGGGATCTAATGCACTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAACCACATGGTGGCTCACAACTGTCTCTAAAGGGATCTAATGCACTG  200

seq1  TTATGGTGTGTCTGAAGACAGCAACAGAGACAATATACTCACATACATAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATGGTGTGTCTGAAGACAGCAACAGAGACAATATACTCACATACATAA  250

seq1  AAAATAAAAATAAAAATAATTTTAAAATAATTTTTAAAAATTTGAAACAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATAAAAATAAAAATAATTTTAAAATAATTTTTAAAAATTTGAAACAG  300

seq1  AGAGAAATAGCTTGAGAGAGGGAAAAGTAGTTTGTACACATATATAGACA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAAATAGCTTGAGAGAGGGAAAAGTAGTTTGTACACATATATAGACA  350

seq1  TTTATATAAATACACACACACACATCTTTCTTACAAATGAAGTTACATGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATATAAATACACACACACACATCTTTCTTACAAATGAAGTTACATGA  400

seq1  CAAAGGGTGATAACAGCTCCCATAGAGCCAATGTCTATGTAATAATTGTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGGGTGATAACAGCTCCCATAGAGCCAATGTCTATGTAATAATTGTG  450

seq1  GTAAATGGTGGTGTCCTTACAAAATATACGAAGAAAATTACCCTAGGGAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAATGGTGGTGTCCTTACAAAATATACGAAGAAAATTACCCTAGGGAG  500

seq1  TAGCACATTACAGAGACAGCAGCCTCATCCTCATCAATACAGAATTATTC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCACATTACAGAGACAGCAGCCTCATCCTCATCAATACAGAATTATTC  550

seq1  TCAAAAGCGCAAATATGGAAATAAGTAAACTAATAACAGATGAATGAAAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAAAGCGCAAATATGGAAATAAGTAAACTAATAACAGATGAATGAAAA  600

seq1  TATAGATGTATTAATTATGCAGAATTTTAAAAACTTGAAATCACAAAATA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAGATGTATTAATTATGCAGAATTTTAAAAACTTGAAATCACAAAATA  650

seq1  CATGAAAGAGTGGTTATCTGGGACAGGTTGCTCAGAAGAACAGGAAACTA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGAAAGAGTGGTTATCTGGGACAGGTTGCTCAGAAGAACAGGAAACTA  700

seq1  TTGATCACAGAATACAAGGTTCAGTTTTCCAGAATAGAAGTACTAGAGAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGATCACAGAATACAAGGTTCAGTTTTCCAGAATAGAAGTACTAGAGAC  750

seq1  ACATGATGCCAAGCTATATTTCCTCCAAGCCTAGGATGTGCTCTGAGAAC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGATGCCAAGCTATATTTCCTCCAAGCCTAGGATGTGCTCTGAGAAC  800

seq1  TAGCTCTCATGGGAATGGAAGTTGTTATGCAAGCTTCCCAGGGAAGCAAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCTCTCATGGGAATGGAAGTTGTTATGCAAGCTTCCCAGGGAAGCAAG  850

seq1  CAAACAATAGTCGTACTAGCCTAATACCTATGAAACAAAATGACCAGAGA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAACAATAGTCGTACTAGCCTAATACCTATGAAACAAAATGACCAGAGA  900

seq1  GGCAAAATAATCCTAACAATGCAATAGCAACATTTACATCTTTGGTATAT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAAAATAATCCTAACAATGCAATAGCAACATTTACATCTTTGGTATAT  950

seq1  CCTATTGTTATCTAATTGTGTTTAAGGTATGCTCAATAAAAATGAATGCT  1000
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||
seq2  CCTATTGTTATCTAATTGTGTTTAAGGTATGCTCA--TAAAATGAATGCT  998

seq1  TATGTAGAACTGTCAGTCTACTCTGTAAACCTGGTACTTTAAAGCCATAA  1050
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTAGAACTGTCAGTCTACTCTGT-AACCTGGTACTTTAAAGCCATAA  1047

seq1  CTGGCAAGGTCATGGGATGTAGAAAA--CATAATGCT-GTGACTTTGCCA  1097
      ||||||||||||||||||||||||||   |||||||| ||||||||||||
seq2  CTGGCAAGGTCATGGGATGTAGAAAAACAATAATGCTGGTGACTTTGCCA  1097

seq1  AACAAGTATAATTTCTAACTGCATCTTTATAGTAATACAGAACTGGTCAA  1147
      ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||| |
seq2  AACAAGTATAATTTCTAACTGCACCTTTATAGTAATAC-GAACTGGTC-A  1145

seq1  TGTTCAG-AGAACCACTGATACTGGGGTGCACAACCCTAATTGATA  1192
      || |||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  TG-TCAGAAGAACCACTGAT-CTGGGGTGCACAACCCTAATTGATA  1189

seq1: chr11_38316570_38317711
seq2: B6Ng01-080H03.g_66_1192 (reverse)

seq1  TACATACTGTTGATATGAAGTCAAGACTCTTCTGGCATGGTAAGCAGTTT  50
      ||||| ||||||||||| | ||||| ||| |||||||||   ||||  ||
seq2  TACATGCTGTTGATATGGAATCAAGGCTC-TCTGGCATG--TAGCAAGTT  47

seq1  AGGGTTAACTTAAAATGTTAAGAATTGATCTGAGCTAGTGGTTTTACTCC  100
      |||||  || ||||||||  || ||||||  ||||||||||||| |||| 
seq2  AGGGTACAC-TAAAATGTAGAG-ATTGATTCGAGCTAGTGGTTTAACTC-  94

seq1  TTGAATAAATGTACACATATGTTTTTATCGAACTGTTCACAACATGCAAA  150
       ||||| ||||||||||||||||||| |||||| |||||| |||||||||
seq2  -TGAAT-AATGTACACATATGTTTTTTTCGAAC-GTTCAC-ACATGCAAA  140

seq1  AAAATTAAATAGCTCCATTTTTTTAAGGAACAAAGAATAAGCAAATTGTA  200
      |||  ||||||||||||  ||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  AAA--TAAATAGCTCCA--TTTTTAAGGAACAAAGAATAAGCCAATTGTA  186

seq1  GGATGGATCTCTCTCTCTCACTCACTCCTTCCCTCCCTCTGTCCTTTCTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATGGATCTCTCTCTCTCACTCACTCCTTCCCTCCCTCTGTCCTTTCTT  236

seq1  CCCTTCCTCCTATATGTTATATCCAATTCTCCACATGTGTACTTAAGGAT  300
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTT-CTCCTATATGTTATATCCAATTCTCCACATGTGTACTTAAGGAT  285

seq1  TTGTGGACCTAAGCATGTATGTCCTTCATCAGTCATCAGTTGTTGCCCTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGGACCTAAGCATGTATGTCCTTCATCAGTCATCAGTTGTTGCCCTA  335

seq1  TTGCCTTGAGACAGGATCTCTCAATGTATCTGCAAGCACAGCAATCTTGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCCTTGAGACAGGATCTCTCAATGTATCTGCAAGCACAGCAATCTTGT  385

seq1  ATTTCACTAACCTCCCACACTCCATTGGTGGGTTTGAAAGTATCCTTAGC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCACTAACCTCCCACACTCCATTGGTGGGTTTGAAAGTATCCTTAGC  435

seq1  CATACTCAGTTTTTAAATGGATGTTGATACCCAAACTCAGGTCCTCATGC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATACTCAGTTTTTAAATGGATGTTGATACCCAAACTCAGGTCCTCATGC  485

seq1  TCACATATAACCACTCCTACGCAGTGATTCATTTTATTCACCTCTATTCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACATATAACCACTCCTACGCAGTGATTCATTTTATTCACCTCTATTCT  535

seq1  CTCTCTCTCTCTCCTTCAAGTCAAAGTCATCAACCTAAGATGATAAACAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCTCTCTCTCCTTCAAGTCAAAGTCATCAACCTAAGATGATAAACAC  585

seq1  TACAGAGAAGCTGATCACTCATTCATATTGAAGATACAAATAAATTGAAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAGAGAAGCTGATCACTCATTCATATTGAAGATACAAATAAATTGAAG  635

seq1  AGATTAATTGATGAGATTAGCAAAGGCAGGCAAACAAACCACCAGTCTTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATTAATTGATGAGATTAGCAAAGGCAGGCAAACAAACCACCAGTCTTT  685

seq1  ATAGTTTAGGGCCACTAAGATGATTCCATGGGTAACGGCAATTTTTCCCA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGTTTAGGGCCACTAAGATGATTCCATGGGTAACGGCAATTTTTCCCA  735

seq1  GACCGGAAAATATGTTTCATTCCTGGAATTCACATAGTAGAAAAATAGAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCGGAAAATATGTTTCATTCCTGGAATTCACATAGTAGAAAAATAGAA  785

seq1  CAAACTTAGTCTTTTGAAACCTATACACATGCCATGTCATACTGCTATAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAACTTAGTCTTTTGAAACCTATACACATGCCATGTCATACTGCTATAA  835

seq1  GCAAAAATACACCATCAATAAATAGTAACGTGTCAACAAATTAAAGATTT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAAAATACACCATCAATAAATAGTAACGTGTCAACAAATTAAAGATTT  885

seq1  CTAGAAAAAGCCATCTTAAGCATAATTCAGCTGTACTCCCAGACAGCCTA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGAAAAAGCCATCTTAAGCATAATTCAGCTGTACTCCCAGACAGCCTA  935

seq1  TACTTTGCTGCCCCTGTGCAAGTTATAAATGTTAATCAGAATAGTAATTC  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTTTGCTGCCCCTGTGCAAGTTATAAATGTTAATCAGAATAGTAATTC  985

seq1  AGAGTAAAATCTGATATTAAGAATCCCAAGCTCATAAAGTTTACACTAGC  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGTAAAATCTGATATTAAGAATCCCAAGCTCATAAAGTTTACACTAGC  1035

seq1  ATTCTAATCATCACTACCTGCTAAGCATGGAATTCTTTACATAAAGTTTA  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTAATCATCACTACCTGCTAAGCATGGAATTCTTTACATAAAGTTTA  1085

seq1  CACTAGCATTCTAATCATCACTACCTCCTAAGCATGGAATTC  1142
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTAGCATTCTAATCATCACTACCTCCTAAGCATGGAATTC  1127