BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-086K11
Chromosome11 (Build37)
Map Location 29,323,507 - 29,463,701
singlet/doubletdoublet
Overlap geneA430106J12Rik, 2010316F05Rik, LOC100042990, Mtif2, Rps27a, 1700034F02Rik, LOC628830
Upstream geneCcdc85a, Efemp1, LOC382504, Pnpt1, A630052C17Rik, Smek2, LOC100042972, Ccdc104, LOC672637, LOC100042985
Downstream geneLOC666403, Rtn4, C230094A16Rik, 4931440F15Rik, Spnb2, EG666427, LOC666432, 4930505A04Rik, Acyp2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-086K11.bB6Ng01-086K11.g
ACCDH899993DH899994
length1,2121,136
definitionDH899993|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-086K11, 5' end.DH899994|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-086K11, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(29,323,507 - 29,324,717)(29,462,551 - 29,463,701)
sequence
gaattcactaacttaaataatctttagagatactctaggatatttggttg
tataagtaaaaagaaagattagcatataaaatatgattatttctgattct
gtctctaagtagtaagtaactgccaagtcagagagtaggcatggttcatg
tgctagaggttcttgtggtttggtgacagttccaaagattactgtgagat
catttcattcatatggcaaagacgtgtaccaaatacgaagacatgggtta
gggttacaactgtggtgactggatcaaggaagaccaacagatgtcaggtg
tatctagggtgatggaagtgattgactgcagaactgagggaacgatagca
atgtctaaccagagttaagacagaagcctctgtgtactttcatgtaatga
ctattaaaattgctttatagtctgaaaaaatggattaatgggaagtaaaa
ggaagtctctaatataaaaattttaaattcatcacaggtatattaacctg
atattgaagaatcattctgaatattacatgtttatgataagttcaactga
atctttaaggcaatcttaattgaatgctgttgactagggttgttctacag
ttctgttctggactgataacttttattcagttttttacatatatttctct
attaaaatttattattgtgaaataggatcttactctgtaaccccagtcta
gcctggaaatcgctacgtagtccaggctagctcatatagtagttctccta
ctttagtctcttaaatgctagaattattggtgtgaactactacacccaat
taaacttactgtgataggcatttaaggtcctgatccttaagaacctgtgc
agtgagaaacatatttaaattatatgggtagatgaaccctaatgtttgta
ttttaataagaaaacaataaagaggaactgtttcattagcagccactctg
gcaggtccttctatcagcataatgtaaaaggctggtataatacattttat
aggaaagaaatagatgcagttagcatacttagcttaaacttacttacgtg
cactgttaaccctttaaaaggaatatccttgtcatgtcttcctgcatcat
cactttgtgccacataagccacaatatggggagttcccacatttgttaca
aaattcactcttttttgtcagatagttgaatgttttctttaagaatgatt
gttccaggtgtt
gaattctagggtttgttttgacctgtttgtctcaggattaaattcttacc
ctctgaggaactttgaacctgaccctgcactctgtccctacaatcctcac
tcagaacacagaaagtgagttgttagtgagctggggcttctcttctcaca
gatcatcaggaaagaggtatctgcttagaaactggacctaggagaaataa
cccaacacacaggcagcgaagctgcagaaccaagagatgttcctgatatt
cagaagccaacgctggtctaccaggtatcaatccctcatcactacaagta
gagataatacttcacggaagcctcaagcagacataatagttcaaagagat
aatagttcatgtaagccttcacacagcaaatctctcaaattagcccttag
gaaaagaggagtcacacagtgcctcaaatgaatgttgaataaagtggaaa
aaacaacaaagtaacattgagcaaaatgtgtacgacttcaaatcttaaca
aaggttttcctaccaagtgaaaactggtagctagagcctgatggagaaat
gacttggcttgtgaagtgtttgccactcaaatctgaggacctgagtcctg
atacccaccacccacgtacaccttggcacagcataaagcttctcatacca
gtgctgacaaggcagaggatctctcagggttcggtgaaggctcgcgacat
gagcttgacctccagaagctgtgtataggtgggtgcattgtccttgggcc
cgacttgagtgtggtatatgcatgtgtacactcacattaaataagtgagt
tcaacagtaagtaagtaaataagtagacagagaagcaattagagagtgaa
acttaacctgacctctggtctgcatgctcacgtgtaccactcatctgtgc
atgcatacagacaagcacacacaaaatattaaaatcatactaaatttggg
ctggagatggcttaatggttaaaaacacatactactcttgcagaagagcc
acctctggagagtgccagcatccatactgatgctcataagtcacctgtaa
cctctagttctgggactgactcctcagtcttcgtggaacccaagattcat
gtacaaatatatttggggtctggaatggctcgcagt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr11_29323507_29324717
seq2: B6Ng01-086K11.b_46_1257

seq1  GAATTCACTAACTTAAATAATCTTTAGAGATACTCTAGGATATTTGGTTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTAACTTAAATAATCTTTAGAGATACTCTAGGATATTTGGTTG  50

seq1  TATAAGTAAAAAGAAAGATTAGCATATAAAATATGATTATTTCTGATTCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAAGTAAAAAGAAAGATTAGCATATAAAATATGATTATTTCTGATTCT  100

seq1  GTCTCTAAGTAGTAAGTAACTGCCAAGTCAGAGAGTAGGCATGGTTCATG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTCTAAGTAGTAAGTAACTGCCAAGTCAGAGAGTAGGCATGGTTCATG  150

seq1  TGCTAGAGGTTCTTGTGGTTTGGTGACAGTTCCAAAGATTACTGTGAGAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTAGAGGTTCTTGTGGTTTGGTGACAGTTCCAAAGATTACTGTGAGAT  200

seq1  CATTTCATTCATATGGCAAAGACGTGTACCAAATACGAAGACATGGGTTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTCATTCATATGGCAAAGACGTGTACCAAATACGAAGACATGGGTTA  250

seq1  GGGTTACAACTGTGGTGACTGGATCAAGGAAGACCAACAGATGTCAGGTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTTACAACTGTGGTGACTGGATCAAGGAAGACCAACAGATGTCAGGTG  300

seq1  TATCTAGGGTGATGGAAGTGATTGACTGCAGAACTGAGGGAACGATAGCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCTAGGGTGATGGAAGTGATTGACTGCAGAACTGAGGGAACGATAGCA  350

seq1  ATGTCTAACCAGAGTTAAGACAGAAGCCTCTGTGTACTTTCATGTAATGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTCTAACCAGAGTTAAGACAGAAGCCTCTGTGTACTTTCATGTAATGA  400

seq1  CTATTAAAATTGCTTTATAGTCTGAAAAAATGGATTAATGGGAAGTAAAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATTAAAATTGCTTTATAGTCTGAAAAAATGGATTAATGGGAAGTAAAA  450

seq1  GGAAGTCTCTAATATAAAAATTTTAAATTCATCACAGGTATATTAACCTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGTCTCTAATATAAAAATTTTAAATTCATCACAGGTATATTAACCTG  500

seq1  ATATTGAAGAATCATTCTGAATATTACATGTTTATGATAAGTTCAACTGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTGAAGAATCATTCTGAATATTACATGTTTATGATAAGTTCAACTGA  550

seq1  ATCTTTAAGGCAATCTTAATTGAATGCTGTTGACTAGGGTTGTTCTACAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTTAAGGCAATCTTAATTGAATGCTGTTGACTAGGGTTGTTCTACAG  600

seq1  TTCTGTTCTGGACTGATAACTTTTATTCAGTTTTTTACATATATTTCTCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGTTCTGGACTGATAACTTTTATTCAGTTTTTTACATATATTTCTCT  650

seq1  ATTAAAATTTATTATTGTGAAATAGGATCTTACTCTGTAACCCCAGTCTA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAAAATTTATTATTGTGAAATAGGATCTTACTCTGTAACCCCAGTCTA  700

seq1  GCCTGGAAATCGCTACGTAGTCCAGGCTAGCTCATATAGTAGTTCTCCTA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTGGAAATCGCTACGTAGTCCAGGCTAGCTCATATAGTAGTTCTCCTA  750

seq1  CTTTAGTCTCTTAAATGCTAGAATTATTGGTGTGAACTACTACACCCAAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTAGTCTCTTAAATGCTAGAATTATTGGTGTGAACTACTACACCCAAT  800

seq1  TAAACTTACTGTGATAGGCATTTAAGGTCCTGATCCTTAAGAACCTGTGC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAACTTACTGTGATAGGCATTTAAGGTCCTGATCCTTAAGAACCTGTGC  850

seq1  AGTGAGAAACATATTTAAATTATATGGGTAGATGAACCCTAATGTTTGTA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGAGAAACATATTTAAATTATATGGGTAGATGAACCCTAATGTTTGTA  900

seq1  TTTTAATAAGAAAACAATAAAGAGGAACTGTTTCATTAGCAGCCACTCTG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTAATAAGAAAACAATAAAGAGGAACTGTTTCATTAGCAGCCACTCTG  950

seq1  GCAGGTCCTTCTATCAGCATAATGTAAAAGGCTGGTATAATACAGTCTAT  1000
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||
seq2  GCAGGTCCTTCTATCAGCATAATGTAAAAGGCTGGTATAATACATTTTAT  1000

seq1  AGGAAAGAAATAGATGCAGTTAGCATACTTAGCTTAAACTTACTTACGTG  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAAAGAAATAGATGCAGTTAGCATACTTAGCTTAAACTTACTTACGTG  1050

seq1  CACTGTTAACTCTTTAGAAGGAATATCCTTGTCATGTCTT-CTGCAATCA  1099
      |||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| |||| ||||
seq2  CACTGTTAACCCTTTAAAAGGAATATCCTTGTCATGTCTTCCTGC-ATCA  1099

seq1  TCACTTTGTGCACACATAAGCCAC-ATAT-GTGAGTTCCACCATTTGTTT  1147
      ||||||||||| |||||||||||| |||| | |||||||  |||||| ||
seq2  TCACTTTGTGC-CACATAAGCCACAATATGGGGAGTTCCCACATTTG-TT  1147

seq1  ACAAAATTCA-TC-TTTTTGTCAAGTAGTGTTGAATGTTTTCTATAGGAT  1195
      |||||||||| || |||||||||  ||  |||||||||||||| || || 
seq2  ACAAAATTCACTCTTTTTTGTCAGATA--GTTGAATGTTTTCTTTAAGAA  1195

seq1  TGATTGTTCCA-GTGTT  1211
      ||||||||||| |||||
seq2  TGATTGTTCCAGGTGTT  1212

seq1: chr11_29462551_29463701
seq2: B6Ng01-086K11.g_67_1202 (reverse)

seq1  ACTGCTGAGCCATTTCTCCAGACCCCCAAATATTATTTGTGTACATGAAT  50
      ||||| |||||||   |||||| ||||||||| ||||  |||||||||||
seq2  ACTGC-GAGCCAT---TCCAGA-CCCCAAATA-TATT--TGTACATGAAT  42

seq1  CTTGGTGTCCACGGAGACTGGAGGAGTCAGGTCCCCCAGAACTAGA-GTT  99
      |||||  |||||| ||||| ||||||||||    |||||||||||| |||
seq2  CTTGGGTTCCACGAAGACT-GAGGAGTCAG---TCCCAGAACTAGAGGTT  88

seq1  ACAGGTGACTAATGAGCCATCCAGTATGGATGCTGGCAACTCT-CAGAGG  148
      |||||||||| ||||| ||| |||||||||||||||| ||||| ||||||
seq2  ACAGGTGACTTATGAG-CAT-CAGTATGGATGCTGGC-ACTCTCCAGAGG  135

seq1  TGGCTCTTCTGCAAGAGTAGTATGTGTTTTTAACCATTAAGCCATCTCCA  198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCTCTTCTGCAAGAGTAGTATGTGTTTTTAACCATTAAGCCATCTCCA  185

seq1  GCCCAAATTTAGTATGATTTTTAATATTTTGTGTGTGCTTGTCTGTATGC  248
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCAAATTTAGTATGA-TTTTAATATTTTGTGTGTGCTTGTCTGTATGC  234

seq1  ATGCACAGATGAGTGGTACACGTGAGCATGCAGACCAGAGGTCAGGTTAA  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCACAGATGAGTGGTACACGTGAGCATGCAGACCAGAGGTCAGGTTAA  284

seq1  GTTTCACTCTCTAATTGCTTCTCTGTCTTACTTATTTACTTACTTACTGT  348
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTCACTCTCTAATTGCTTCTCTGTC-TACTTATTTACTTACTTACTGT  333

seq1  TGAACTCACTTATTTAATGTGAGTGTACACATGCATATACCACACTCAAG  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAACTCACTTATTTAATGTGAGTGTACACATGCATATACCACACTCAAG  383

seq1  TCGGGCCCAAGGACAATGCACCCACCTATACACAGCTTCTGGAGGTCAAG  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGGGCCCAAGGACAATGCACCCACCTATACACAGCTTCTGGAGGTCAAG  433

seq1  CTCATGTCGCGAGCCTTCACCGAACCCTGAGGGATCCTCTGCCTTGTCAG  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  CTCATGTCGCGAGCCTTCACCGAACCCTGAGAGATCCTCTGCCTTGTCAG  483

seq1  CACTGGTATGAGAAGCTTTATGCTGTGCCAAGGTGTACGTGGGTGGTGGG  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGGTATGAGAAGCTTTATGCTGTGCCAAGGTGTACGTGGGTGGTGGG  533

seq1  TATCAGGACTCAGGTCCTCAGATTTGAGTGGCAAACACTTCACAAGCCAA  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCAGGACTCAGGTCCTCAGATTTGAGTGGCAAACACTTCACAAGCCAA  583

seq1  GTCATTTCTCCATCAGGCTCTAGCTACCAGTTTTCACTTGGTAGGAAAAC  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCATTTCTCCATCAGGCTCTAGCTACCAGTTTTCACTTGGTAGGAAAAC  633

seq1  CTTTGTTAAGATTTGAAGTCGTACACATTTTGCTCAATGTTACTTTGTTG  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGTTAAGATTTGAAGTCGTACACATTTTGCTCAATGTTACTTTGTTG  683

seq1  TTTTTTCCACTTTATTCAACATTCATTTGAGGCACTGTGTGACTCCTCTT  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTTCCACTTTATTCAACATTCATTTGAGGCACTGTGTGACTCCTCTT  733

seq1  TTCCTAAGGGCTAATTTGAGAGATTTGCTGTGTGAAGGCTTACATGAACT  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTAAGGGCTAATTTGAGAGATTTGCTGTGTGAAGGCTTACATGAACT  783

seq1  ATTATCTCTTTGAACTATTATGTCTGCTTGAGGCTTCCGTGAAGTATTAT  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATCTCTTTGAACTATTATGTCTGCTTGAGGCTTCCGTGAAGTATTAT  833

seq1  CTCTACTTGTAGTGATGAGGGATTGATACCTGGTAGACCAGCGTTGGCTT  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTACTTGTAGTGATGAGGGATTGATACCTGGTAGACCAGCGTTGGCTT  883

seq1  CTGAATATCAGGAACATCTCTTGGTTCTGCAGCTTCGCTGCCTGTGTGTT  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAATATCAGGAACATCTCTTGGTTCTGCAGCTTCGCTGCCTGTGTGTT  933

seq1  GGGTTATTTCTCCTAGGTCCAGTTTCTAAGCAGATACCTCTTTCCTGATG  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTTATTTCTCCTAGGTCCAGTTTCTAAGCAGATACCTCTTTCCTGATG  983

seq1  ATCTGTGAGAAGAGAAGCCCCAGCTCACTAACAACTCACTTTCTGTGTTC  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTGTGAGAAGAGAAGCCCCAGCTCACTAACAACTCACTTTCTGTGTTC  1033

seq1  TGAGTGAGGATTGTAGGGACAGAGTGCAGGGTCAGGTTCAAAGTTCCTCA  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGTGAGGATTGTAGGGACAGAGTGCAGGGTCAGGTTCAAAGTTCCTCA  1083

seq1  GAGGGTAAGAATTTAATCCTGAGACAAACAGGTCAAAACAAACCCTAGAA  1148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGGTAAGAATTTAATCCTGAGACAAACAGGTCAAAACAAACCCTAGAA  1133

seq1  TTC  1151
      |||
seq2  TTC  1136